쟁점토지를 「지방세특례제한법」제11조 제1항의 규정에 따라 농업회사법인이 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내에 취득하는 부동산으로 보아 취득세 등을 감면할 수 있는지 여부

[참조결정] 조심2018지2254 / 조심2013지0425

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2013.9.27. 기업적 농업경영 등을 영위할 목적으로 설립된 법인으로, 2014.5.14. OOO 임야 7,537㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 증여를 원인으로 소유권이전등기를 경료한 후, 같은 날 시가표준액 OOO원을 과세표준으로 하고, 지방세법(2014.3.24. 법률 제12505호로 개정된 것, 이하 같다) 제11조 제1항 제2호의 세율(1천분의 35)을 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 신고․납부하였다.
• 나. 이 후 2019.5.14. 청구법인은 쟁점토지를 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것, 이하 같다) 제11조 제1항의 규정에 따라 농업회사법인이 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내에 취득하는 부동산으로 보아 기납부한 취득세 등의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2020.1.14. 이를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2020.4.10. 이의신청을 거쳐 2020.8.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제19조에 따른 농업회사법인으로, 2013.9.27. 설립등기를 마쳤고, 그로부터 2년 내인 2014.5.14. 쟁점토지를 제3자인 AAA으로부터 증여받아 취득하였으며, 그 목적은 소나무 묘목 재배에 사용하기 위한 것이므로 지방세특례제한법제11조 제1항의 요건을 모두 충족한다 할 것이다. 그런데, 처분청은 청구법인이 제출한 자료가 쟁점토지 취득 이전에 발생한 자료이고, 그 자료만으로 청구법인이 쟁점토지를 영농․유통․가공에 직접 사용하였다고 보기 어려우며, 현장확인 결과 소나무가 관리되지 않고 방치되어 있어 영농에 사용한 것으로 보이지 않는다는 이유로 쟁점토지가 지방세특례제한법제11조 소정의 감면대상 요건에 충족되지 않는 것으로 판단하였다. 그러나, 청구법인의 대표이사 BBB은 2013.10.4.경 2년생 소나무 묘목을 구입하여 쟁점토지에 식재하였고, 이 후 계속하여 재배․관리해 온 사실이 금융거래자료, 이체확인증 등에 의해 확인되는데, 비록 그 자료가 청구법인이 쟁점토지를 취득하기 전이라고 하더라도 BBB은 청구법인의 대표이사로서 사실상 청구법인과 동일시 할 수 있는 자이고, 위 묘목 구입과 청구법인의 쟁점토지 취득 시점이 불과 7개월 정도 밖에 차이가 나지 않는다는 점에서 청구법인이 쟁점토지를 취득한 목적이 소나무 묘목의 재배에 있었다고 볼 수 있다. 아울러, 처분청은 2019.5.28. 현장조사에서 쟁점토지에서 소나무가 관리되지 않고 방치되어 있다는 점을 거부처분의 이유로 들고 있으나, 이처럼 경정청구 시점의 현황을 근거로 취득 당시의 목적으로 판단하는 것은 아래와 같은 이유로 부당하다. 첫째, 위 기준에 따르면 납세자가 영농에 직접 사용하기 위한 목적으로 부동산을 취득하였으나, 영농능력의 부족, 병충해 유행, 날씨 여건 악화 등 후발적 사유로 재배하고자 한 작물 등이 일정한 상품성을 확보하지 못한 경우, 납세자가 마치 처음부터 그 부동산을 영농에 사용하지 않을 목적이었던 것으로 판단될 수 있는데, 이는 농업회사법인을 지원하고자 하는 법 조항의 취지에 반하는 것일 뿐만 아니라 실질과세의 원칙에도 위반된다. 둘째, 납세자가 경정청구를 언제 하느냐에 따라 다른 결론에 이를 수 있다. 납세자가 영농에 사용하고자 부동산을 취득하였고 이후에도 상당기간 동안 영농에 사용하였으나, 이 후 특정시점에 그 사용을 중단한 경우를 상정해 보면, 그 납세자가 사용중단 전에 경정청구를 한 경우에는 당시 사용현황에 근거하여 조세감면 혜택이 주어질 것이나, 그 사용중단 이 후 시점에 경정청구를 한 경우에는 사용현황이 없거나 식재한 작물 등의 상품성이 이미 저하되어 있어 그 혜택이 주어지지 않게 된다. 이는 지방세기본법제50조 제1항이 보장하고 있는 “법정신고 기간이 지난 후 5년”이라는 경정청구기간을 “법정신고기한 후 사용중단 전까지 또는 법정신고기간 후 지상작물의 상품성이 확보되어 있는 때까지”로 사실상 그 청구기간을 부당하게 단축하는 것이다. 따라서, 처분청이 쟁점토지를 지방세특례제한법제11조 제1항에서 규정한 농업회사법인이 영농에 사용하기 위하여 취득하는 토지에 해당되지 않는 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 지방세특례제한법제11조에서 농업회사법인이 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내에 취득하는 토지에 대하여 취득세를 면제하는 취지는 기업적 농업경영체 육성을 통한 농업의 경쟁력을 제고하고자 하는 정책적 고려에 따른 것이다. 그런데, 농업회사법인은 기업적 농업경영을 하는 영리목적의 상법상 회사에 준하는 법인으로서, 취득하는 토지의 지목이나 면적 등에 특별한 제한이 없으므로 자경농민과 달리 대규모 농지를 취득할 개연성이 높고, 그 결과 지방세특례제한법제11조에 따른 농업회사법인의 토지 취득세 감면제도는 자칫 시세차익을 목적으로 한 토지 투기에 악용될 위험성이 매우 크다. 2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 지방세특례제한법제11조 제3항에서 농업회사법인의 취득세 감면에 대한 추징조항을 별도로 규정하면서, 그 추징을 면하기 위한 계속 사용기간을 2년에서 3년으로 연장하여 사후관리를 더욱 엄격히 강화한 것도 위와 같은 악용의 위험성을 고려한 것이다(헌재 2018.2.22. 선고 2016헌바420, 같은 뜻임). 지방세특례제한법제11조 제1항에서 규정한 농업회사법인이 영농에 사용하기 위하여 취득하는 토지란 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률제19조 제1항의 입법 취지에 따라, 해당 법인이 기업적으로 농산물을 재배하는 토지거나 수확한 농산물을 출하․유통 및 가공 등을 하는데 사용하는 토지로 보는 것이 타당하고, 농산물을 재배하였다 하더라도 이를 공동으로 출하하거나 유통한 사실이 없거나, 영농과 관련하여 거래명세서 외에 별다른 증빙자료를 제출하지 못하고 있는 점 등으로 보아 이를 농업회사법인의 영농활동을 보기는 어렵다(조심 2018지2254, 2019.1.15., 같은 뜻임). 또한, 쟁점토지의 공부상 및 현황상 지목이 모두 임야인 것으로 확인되는 점, 처분청이 현장조사를 하여 쟁점토지가 영농에 사용되지 않았음을 확인하였으며, 2014년～2019년 항공사진 및 로드뷰에서 쟁점토지가 잡풀이 무성한 것으로 확인되는 점, 청구법인이 제출한 소나무 묘목 거래내역 및 이체확인증은 청구법인이 아닌 대표이사 개인이 거래한 내역이며, 거래 시점도 쟁점토지를 취득하기 이전인 2013.10.4.～2013.10.29.로 확인되는 점, 청구법인이 쟁점토지에서 기업적 농업경영을 통하여 생산성을 향상시키거나 생산된 농산물을 유통, 가공, 판매한 사실이 확인되지 않는 점 등을 종합하여 볼 때, 처분청이 쟁점토지를 지방세특례제한법제11조 제1항에서 규정한 농업회사법인이 영농에 사용하기 위하여 취득하는 토지에 해당되지 않는 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 쟁점토지를 지방세특례제한법제11조 제1항의 규정에 따라 농업회사법인이 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내에 취득하는 부동산으로 보아 취득세 등을 감면할 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 지방세법(2014.3.24. 법률 제12505호로 개정된 것) 제11조(부동산 취득의 세율) ① 부동산에 대한 취득세는 제10조의 과세표준에 다음 각 호에 해당하는 표준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

2. 제1호 외의 무상취득: 1천분의 35. 다만, 대통령령으로 정하는 비영리사업자의 취득은 1천분의 28로 한다.

(2) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것) 제11조(농업법인에 대한 감면) ① 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제16조에 따른 영농조합법인과 같은 법 제19조에 따른 농업회사법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)이 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내에 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를, 농업법인의 설립등기에 대하여는 등록면허세를 각각 2017년 12월 31일까지 면제한다.

(3) 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제19조(농업회사법인 및 어업회사법인의 설립 등) ① 농업의 경영이나 농산물의 유통ㆍ가공ㆍ판매를 기업적으로 하려는 자나 농업인의 농작업을 대행하거나 농어촌 관광휴양사업을 하려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 농업회사법인을 설립할 수 있다.

(4) 농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법 제3조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “농업”이란 농작물재배업, 축산업, 임업 및 이들과 관련된 산업으로서 대통령령으로 정하는 것을 말한다.

(5) 농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법 시행령 제2조(농업의 범위) 농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법(이하 “법”이라 한다) 제3조 제1호에 따른 농업은 다음 각 호와 같다.

1. 농작물재배업: 식량작물 재배업, 채소작물 재배업, 과실작물 재배업, 화훼작물 재배업, 특용작물 재배업, 약용작물 재배업, 사료작물 재배업, 풋거름작물 재배업, 버섯 재배업, 양잠업 및 종자ㆍ묘목 재배업(임업용 종자ㆍ묘목 재배업은 제외한다)

2. 축산업: 동물(수생동물은 제외한다)의 사육업ㆍ증식업ㆍ부화업 및 종축업

3. 임업: 영림업(임업용 종자ㆍ묘목 재배업 및 산림문화ㆍ휴양에 관한 법률과 수목원ㆍ정원의 조성 및 진흥에 관한 법률에 따른 자연휴양림, 수목원 및 정원의 조성 또는 관리ㆍ운영업을 포함한다) 및 임산물 생산ㆍ채취업

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) 등기사항전부증명서에 따르면, 청구법인은 2013.9.27. 기업적 농업경영을 통하여 생산성을 향상시키거나 생산된 농산물을 유통, 가공, 판매함으로써 농업의 부가가치를 높이고 노동력 부족 등으로 농업경영이 곤란한 농업인의 농작업의 전부 또는 일부를 대행하여 영농의 편의성을 도모함을 목적으로 설립되었음을 알 수 있다. (나) 2014년도～2019년도 재산세 과세내역에 따르면, 쟁점토지의 지목은 공부와 현황 모두 “임야”로 나타난다. (다) 이 건 토지의 등기사항전부증명서상 소유권에 관한 사항은 아래와 같다. OOO (라) 청구법인이 2019.5.14. 경정청구를 제기한 후, 처분청 담당공무원이 2019.5.28. 현지조사를 한 결과, 쟁점토지에 소나무가 일부 식재되어 있으나, 관리되지 아니하여 영농에 사용되지 않은 것으로 조사되었으며, 2014년～2019년 항공사진 및 로드뷰에서 잡풀이 우거져 있는 것으로 조사되었다. (마) 청구법인이 제출한 청구법인 대표이사 BBB의 OOO 금융거래자료(OOO) 중 소나무 묘목 구입관련 거래내역은 아래와 같다. (단위: 원) OOO (바) 청구법인이 제출한 이체확인증(20장) 내역은 아래와 같다. (단위: 원) OOO

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점토지가 지방세특례제한법제11조 제1항의 규정에 따른 농업회사법인이 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내에 취득하는 부동산에 해당하여 취득세 등을 감면하여야 한다고 주장하나, 지방세특례제한법 제11조에서 규정한 영농의 의미는 농어업ㆍ농어촌 및 식품산업 기본법 제3조 제1호 및 같은 법 시행령 제2조에서 규정하는 농작물 재배업․축산업․임업 등을 직접 경영하는 것을 말하여, 사전적 의미로도 농작물을 효율적으로 재배하고 이를 수확하는 활동을 의미(조심 2013지425, 2013.9.16. 같은 뜻임)하는 것이며, 법인이 농산물을 재배하고 있다 하더라도 이를 공동으로 출하하거나 유통한 사실이 확인되지 않으면 이를 농업회사법인이 영농활동을 하였다고 보기는 어렵다고 할 것(조심 2018지2254, 2019.1.15. 같은 뜻임)인바, 이 건의 경우, 비록 2013년 10월 경 쟁점토지에 소나무 묘목이 식재되기는 하였으나, 묘목이 식재된 이후부터 약 5년 6개월이 지난 처분청의 현지조사일까지 청구법인이 소나무 묘목을 관리하거나, 판매 또는 유통한 흔적이 나타나지 아니하고, 법인의 인격을 가진 청구법인은 영농과 관련된 각종 수입과 지출을 장부에 기장한 후 관련 증빙을 일정기간 보관하여야 하며 필요시 과세당국에 이를 제출할 의무가 있음에도 이러한 자료를 제시하지 못하고 있는 정황 등에 비추어 청구법인이 쟁점토지에서 영농활동을 하였다고 보기는 어렵다. 더욱이, 청구법인과 청구법인의 대표이사는 법인과 자연인의 각 독립된 인격으로서 공법상 및 사법상 그 행위능력과 법적책임을 달리 보아야 하는바, 청구법인이 쟁점토지를 취득하기 전에 법인명의가 아닌 개인명의로 묘목을 구입한 사실로 보아서도 청구법인의 영농행위를 하였다고 인정하기 어렵다 할 것이다. 한편, 청구법인은 영농의 작황 실태 및 경정청구의 시기 등에 따라 감면여부가 달라질 수 있다고 주장하나, 농업회사법인이 세법 등 관련 법령에서 규정한 의무를 준수하여 본래의 설립 목적에 맞게 영농행위를 한다면, 기한 내에는 언제든지 경정청구를 통해 감면이라는 소정의 목적을 달성할 수 있으므로 청구주장은 그 이유가 없다. 따라서, 처분청이 쟁점토지를 지방세특례제한법제11조 제1항에서 규정한 농업회사법인이 영농에 사용하기 위하여 취득하는 토지에 해당되지 않는 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제96조 제6항과국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.