쟁점토지를 취득일부터 1년이 경과할 때까지 영농에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 농업회사법인에 대한 취득세 감면액을 추징한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2017.4.4. 설립된 농업회사법인으로, 2017.6.19.부터 2018.8.14.까지 OOO㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 아래 ＜표1＞과 같이 취득한 후 지방세특례제한법 제11조 제2항에 따라 농업법인이 영농에 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 각 처분청에 감면을 신청하여 취득세 등을 면제 받았다.
• 나. 처분청은 청구법인에 대해 세무조사를 하여 청구법인이 쟁점토지를 취득일부터 1년이 경과할 때까지 영농에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 2020.5.6. 청구법인에게 취득세 등 OOO원을 부과·고지하였다. ＜표1＞ 과세물건 및 부과내역 (단위: 원)

○○○

• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2020.8.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 과세요건 사실의 존재 및 절차의 적법성의 입증책임은 과세관청에게 있으므로 이 건 추징 요건 충족여부는 처분청에게 입증할 책임이 있다. 그럼에도 처분청은 쟁점토지가 영농에 사용되지 아니하였다는 사실을 조사하여 밝힌 것이 아니라 단지 청구법인이 농업 관련 매입·매출 내역을 기장하지 아니하였다는 사유만으로 이 건 부과처분을 한 것으로, 쟁점토지를 영농에 직접 사용하였는지 여부와 법인 장부 기장여부는 서로 직접적인 관련이 없으므로 이 건 부과처분은 과세요건 충족사실이 입증되지 아니하여 부당하다. 쟁점 농지는 지목이 모두 답이고, 그 현황도 맹지이거나 답 밀집지역내 경지정리된 전형적인 답으로 농지외의 다른 목적으로 전용도 불가능한 토지이며, 청구법인이 취득당시부터 현재까지 직접 벼농사 및 매실농사를 하고 있다. 농지원부에도 자경상태인 것으로 기재되어 있다. 단지, 청구법인이 농산물 판매 및 농자재 구입을 법인 명의로 하지 아니하고 대표자 명의로 한 사실이 있으나 이는 거래금액이 미미하고 청구법인이 세법에 무지하여 일어난 일로, 이 건 세무조사 후에는 모두 관련 거래를 법인 장부에 기장한 후 법인세 및 지방소득세를 수정신고하였다.
• 나. 처분청 의견 지방세특례제한법에서 농업법인에 대한 감면의 경우 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률에 따른 영농조합법인이나 농업회사법인으로서 법인설립등기일부터 2년 이내에 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제하는 것으로 규정하여 자경농민에 비해 자격요건이나 감면범위에 있어 더 큰 혜택을 부여하고 있는바(자경농민은 거주요건, 농지규모, 감면율에 제한이 있음), 이는 법인은 그 수입금액와 비용을 장부에 기장하고 법인세 과세표준 및 세액신고서를 작성하여 국세청에 신고할 의무를 지는 등 개인에 비해 투명성이 담보되기 때문이다. 그런데 청구법인은 법인 장부에 농작물재배로 인한 수입과 비용을 전혀 기장하지 아니하였고, 법인 명의로 농작물을 매출한 사실이 없으므로 청구법인이 쟁점토지를 직접 영농에 사용하였다고 보기 어렵다. 청구법인은 대표자 명의의 벼 수매내역과 비료 거래내역을 제시하며 청구법인이 쟁점토지를 영농에 사용한 것이라고 주장하나, 법인과 그 대표자는 엄연히 법인격이 구분되므로 대표자 명의로 한 거래행위를 법인의 거래로 인정할 수 없으며, 청구법인의 대표자는 그 배우자와 감면한도를 초과하는 규모의 농지를 소유하면서 경작하고 있는 사람(쟁점토지를 청구법인의 대표자 개인 명의로 취득하면 자경농민에 대한 감면을 적용받을 수 없음)으로 청구법인 대표자 개인의 거래내역을 청구법인의 영농활동에 대한 근거로 삼을 수도 없다. 또한 청구법인이 제출한 대표자 명의의 벼 매출규모는 2019년 OOO포대로, 이는 통계청이 발표한 2019년 OOO지역 평균 미곡생산량(491kg/10a × 30,258㎡ = 14,856kg)에 현저하게 미달하는 규모이다. 농업법인에 대한 세제 지원은 대규모 영농을 장려하기 위함인데 청구법인이 쟁점토지를 매입하여 이를 입법취지에 맞게 대규모 영농에 사용한 것으로 보기도 어렵다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 쟁점토지를 취득일부터 1년이 경과할 때까지 영농에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 농업회사법인에 대한 취득세 감면액을 추징한 처분의 당부
• 나. 관련 법령: ＜별지＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 제출한 증빙서류와 처분청이 제시한 심리자료에서 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2017.4.4. OOO을 본점으로 하여 농산물의 유통, 가공, 판매업, 농작업의 전부 또는 일부 대행업 등을 목적으로 설립된 농업회사법인으로, 대표이사는 AAA, 사내이사는 BBB(AAA의 배우자), 감사는 CCC이다. (나) 청구법인에 대한 농지원부(2018.6.12. 최초 작성)와 농업경영체 등록확인서(2018.11.21. 등록) 등에 기재된 쟁점토지의 경작 현황은 아래 ＜표2＞ 기재와 같고, 청구법인은 밭 OOO㎡를 소유하며 자경하고, 논 OOO㎡를 소유하고 그 중 OOO㎡를 자경하는 것으로 기재되어 있으나, 청구법인이 쌀직불금 등을 수령하거나 면세유 등을 매입한 내역은 기재되어 있지 아니하다. ＜표2＞ 쟁점토지에 대한 농지원부 등 기재 현황

○○○ (다) 청구법인의 대표이사 AAA에 대한 농지원부에는 AAA이 OOO㎡를 소유하고 그 중 OOO㎡를 자경하며, 논 OOO㎡를 소유하고 그 중 OOO㎡를 자경하는 것으로 기재되어 있다. (라) 청구법인은 쟁점토지가 농지로 사용될 수밖에 없는 토지로, 영농에 사용된 것은 사실이라며 항공사진 등을 제출하였다. (마) 청구법인이 제출한 AAA의 농협거래내역은 아래 ＜표3＞ 기재와 같다. ＜표3＞ AAA의 농협거래내역

○○○ (바) 청구법인이 2020.5.11. OOO세무서장에게 한 법인세 수정신고 내역은 아래 ＜표4＞ 기재와 같은바, 이에 대해 청구법인은 수정신고전 2017사업연도 수입금액은 부동산매각으로 인한 유형자산처분이익, 2018∼2019사업연도 수입금액은 대표자 대여금으로 인한 이자수익이고, 수정신고시에는 식량작물재배업(벼)에 따른 각 사업연도 수입금액을 가산한 것이라고 소명하였다. ＜표4＞ 법인세 수정신고 내역 (단위: 원)

○○○ (사) 통계청장이 국가통계포털에 공표한 2019년 농작물생산조사에 나타난 OOO시 지역의 논벼생산량은 아래 ＜표5＞ 기재와 같다. ＜표5＞ 2019년 미곡생산량(논벼)

○○○

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 지방세특례제한법제11조는 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제19조에 따른 농업회사법인이 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내에 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제하나(제1항 제2호), 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다(제2항 제1호)고 규정하고, 같은 법 제2조 제8항에서 “직접 사용”이란 부동산 등의 소유자가 해당 부동산 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다고 규정하고 있다. 청구법인은 쟁점토지를 영농에 직접 사용하였다고 주장하나, 청구법인이 쟁점토지를 경작하였다며 제출한 자료는 대표이사 개인이 농자재를 구입하여 농작물을 매출한 내역이며, 대표이사 개인의 경작활동과 구분되는 청구법인의 영농활동을 하였다고 인정할 만한 청구법인의 매입, 매출 자료는 제출하지 못하고 있는 점, 청구법인이 작물재배업의 사업활동을 한 것으로 장부를 기장하거나 법인세 신고를 하지 아니하다가 이 건 감면세액이 추징된 후에서야 작물재배업에 따른 수입금액을 가산하여 법인세 과세표준과 세액을 수정신고한 점, 청구법인의 대표이사도 쟁점토지 소재지에 상당한 규모의 농지를 소유하면서 이를 자경한 자로 해당 지역 평균 미곡생산량에 비추어 청구법인이 제시한 대표이사 개인의 농작물 매출 규모가 개인 소유 농지의 농작물 생산량을 초과하는 것으로 보이지 아니하는 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점토지를 직접 영농에 사용하였다고 인정하기 어려워 보인다. 따라서, 처분청에서 청구법인이 쟁점토지를 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하였다고 보아 이 건 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제96조 제6항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세특례제한법 제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

8. “직접 사용”이란 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등의 소유자가 해당 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다. 제6조(자경농민의 농지 등에 대한 감면) ① 대통령령으로 정하는 바에 따라 농업을 주업으로 하는 사람으로서 2년 이상 영농에 종사한 사람 또는 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제10조에 따른 후계농업경영인(이하 이 조에서 "자경농민"이라 한다)이 대통령령으로 정하는 기준에 따라 직접 경작할 목적으로 취득하는 농지(논, 밭, 과수원 및 목장용지를 말한다. 이하 이 절에서 같다) 및 관계 법령에 따라 농지를 조성하기 위하여 취득하는 임야에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2020년 12월 31일까지 경감한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 2년이 경과할 때까지 자경농민으로서 농지를 직접 경작하지 아니하거나 농지조성을 시작하지 아니하는 경우

2. 해당 농지를 직접 경작한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 제11조(농업법인에 대한 감면) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 농업법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)이 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내에 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 2019년 12월 31일까지 면제한다.

1. 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제16조에 따른 영농조합법인

2. 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제19조에 따른 농업회사법인

③ 제1항 및 제2항에 대한 감면을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

(2) 지방세특례제한법 시행령 제3조(자경농민 및 직접 경작농지의 기준 등) ① 법 제6조제1항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 농업을 주업으로 하는 사람으로서 2년 이상 영농에 종사한 사람"이란 본인 또는 배우자(동일한 세대별 주민등록표에 기재되어 있는 경우로 한정한다. 이하 이 조에서 같다) 중 1명 이상이 취득일 현재 다음 각 호의 요건을 모두 갖추고 있는 사람을 말한다.

1. 농지(지방세법 시행령 제21조에 따른 농지를 말한다. 이하 같다)를 소유하거나 임차하여 경작하는 방법으로 직접 2년 이상 계속하여 농업에 종사할 것

2. 제1호에 따른 농지의 소재지인 특별자치시ㆍ특별자치도ㆍ시ㆍ군ㆍ구(자치구를 말한다. 이하 "시ㆍ군ㆍ구"라 한다) 또는 그와 잇닿아 있는 시ㆍ군ㆍ구에 거주하거나 해당 농지의 소재지로부터 20킬로미터 이내의 지역에 거주할 것

3. 직전 연도 농업 외의 종합소득금액(소득세법 제4조제1항제1호에 따른 종합소득에서 농업, 임업에서 발생하는 소득, 소득세법 제45조 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업에서 발생하는 부동산임대소득 또는 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득을 제외한 금액을 말한다)이 농업소득의 보전에 관한 법률 제6조 제3항 제1호 및 같은 법 시행령 제6조 제1항 본문에 따른 금액 미만일 것

② 법 제6조 제1항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 기준"이란 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 경우를 말한다.

1. 농지 및 임야의 소재지가 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 도시지역(개발제한구역과 녹지지역은 제외한다. 이하 이 항에서 "도시지역"이라 한다) 외의 지역일 것

2. 농지 및 임야를 취득하는 사람의 주소지가 농지 및 임야의 소재지인 시ㆍ군ㆍ구 또는 그 지역과 잇닿아 있는 시ㆍ군ㆍ구 지역이거나 농지 및 임야의 소재지로부터 20킬로미터 이내의 지역일 것

3. 본인 또는 배우자가 소유하고 있는 농지 및 임야(도시지역 안의 농지 및 임야를 포함한다)와 본인 또는 배우자가 새로 취득하는 농지 및 임야를 모두 합한 면적이 논, 밭, 과수원은 3만제곱미터(농지법에 따라 지정된 농업진흥지역 안의 논, 밭, 과수원은 20만제곱미터로 한다), 목장용지는 25만제곱미터, 임야는 30만제곱미터 이내일 것. 이 경우 초과부분이 있을 때에는 그 초과부분만을 경감대상에서 제외한다