산업단지 내에 공장용 건축물을 신축한 것에 대하여 착공 당시의 도세 감면조례 제4조 제1항 제2호의 감면규정을 적용하여 취득세를 면제하여야 한다는 청구주장의 당부

[주 문] OOO군수가 2020.5.1. 청구법인에게 한 경정청구거부처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 농산물을 가공하는 식품업을 영위하는 법인으로서 2015.6.16. OOO토지상에 공장용 건축물 OOO㎡(이하 “이 건 건축물”이라 한다)를 신축한 후, 2015.6.22. 취득신고를 하면서 이 건 건축물이 지방세특례제한법제71조 제4항과 OOO도 도세 감면조례(2015.3.26. 조례 제3982호로 전면 개정된 것, 이하 “도세감면조례”라 한다) 제8조 제2호의 감면대상에 해당된다는 사유로 감면신청을 하여 취득세의 100분의 75를 감면받고, 나머지 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 합계 OOO원을 신고·납부하였다.
• 나. 이 후 청구법인은 2020.2.16. 이 건 건축물이 도세감면조례 제4조 제1항 제2호의 감면대상에 해당되고, 이 건 건축물의 착공 당시 조례에 따라 취득세 면제대상에 해당되므로, 신고납부한 취득세 등을 환급하여야 한다는 취지로 경정청구를 하였으나, 처분청은 2020.5.1. 이를 거부하는 통지를 하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2020.5.7. 이의신청을 거쳐 2020.10. 13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 농·수·축산물 가공업을 영위하는 법인으로 이 건 건축물을 신축함에 있어 착공 시점의 구 도세감면조례 제4조의 지역특산품 생산단지 등에 대한 감면 규정을 신뢰하여 2014.7.4. 건축허가를 받은 후 2014.9.30. 착공을 한 것이고, 2015.3.26. 개정된 도세감면조례 부칙 제3조에서 “이 조례 시행 전에 종전의 조례에 따라 감면하였거나, 부과 또는 감면하여야 할 도세에 대해서는 종전의 조례에 따른다”고 일반적 경과규정을 두고 있고, 일반적 경과 규정은 납세의무자의 정당한 신뢰를 보호하기 위하여 존재하는 것이므로 착공 당시의 조례에 따라 취득세를 감면하는 것이 타당하다는 조세심판원 선결정례와 같이 2015.3.26. 개정된 감면조례가 아닌 개정 전의 조례를 적용하여 취득세를 면제하여야 할 것이므로, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인이 착공 시점의 도세감면조례 제4조의 농산물가공품 생산업자가 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제받는다는 규정을 신뢰하여 이 건 건축물을 건축하게 된 것인데, 이 건 건축물의 사용승인 시점에서 도세감면조례가 개정이 되면서 취득세 면제를 받을 수 있는 대상이 식품산업진흥법제19조의3 제1항에 따라 자금 지원을 받은 자로 한정이 되어 청구법인이 취득세 면제 대상에서 제외되는 것은 부당하므로 일반적 경과규정에 따라 개정 전의 도세감면조례를 적용하여야 한다는 청구법인의 주장에 대해 살펴보면, 조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별히 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적인 이유 없이 확장해석하거나 유추 해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세 공평의 원칙에도 부합한다고 판시하고 있다. 취득세 감면의 기본 전제는 취득세 납세의무가 성립되어야 하는 것이고 그 다음으로 감면 요건을 충족하여야 하는 바, 건물의 착공은 취득을 위한 준비 행위에 지나지 않고, 지방세법 시행령제20조에서 건축물의 취득시기를 사용승인서를 내주는 날과 사실상의 사용일 중 빠른 날이라고 명시하고 있어 이 건 건축물의 취득시기는 사용승인일인 2015.6.16.로서 해당 시점에 시행된 도세감면조례를 적용하는 것이 타당하므로 이 건 건축물에 대하여 적용할 도세감면조례는 개정 후 조례라고 보아야 할 것이며, 개정 후 도세감면조례의 부칙 제2조에서 이 조례는 2015.1.1. 이후 납세의무가 최초로 성립하는 경우부터 적용한다고 명시하고 있고, 이 건 건축물의 납세의무 성립일은 건물 사용승인일인 2015.6.16.이므로 도세감면조례 제4조에 따라 식품산업진흥법제19조의3 제1항에 따라 자금 지원을 받은 자로 한정하여 취득세를 감면하는 것이 타당하다 하겠다. 더욱이, 청구법인이 착공 시점의 도세감면조례의 감면 규정을 신뢰하였다고 한다면, 개정 전 도세감면조례 제4조의 규정이 해당 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 2014.12. 31.까지 면제한다고 명시하고 있으므로, 2014.12.31.까지 이 건 건축물을 취득하였어야 함에도 2015.6.16. 이 건 건축물을 취득함으로써 감면 일몰기한을 도과했다고 할 것이므로, 처분청에서 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 적법하다 하겠다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 산업단지 내에 공장용 건축물을 신축한 것에 대하여 착공 당시의 도세감면조례 제4조 제1항 제2호의 감면규정을 적용하여 취득세를 면제하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법률

(1) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것) 제78조(산업단지 등에 대한 감면) ④ 제1호 각 목의 지역(이하 “산업단지등”이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.

1. 대상 지역

• 가. 산업입지 및 개발에 관한 법률에 따라 지정된 산업단지
• 나. 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률에 따른 유치지역
• 다. 산업기술단지 지원에 관한 특례법에 따라 조성된 산업기술단지

2. 경감 내용

• 가. 산업용 건축물등을 건축하려는 자[공장용 건축물(건축법제2조 제1항 제2호에 따른 건축물을 말한다)을 건축하여 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다]가 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2016년 12월 31일까지 경감한다.

(2) OOO도 도세감면조례 (2015.3.26. 조례 제3982호로 전부 개정된 것) 제4조(지역특산품 생산단지 등에 대한 감면) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자가 해당 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 2016년 12월 31일까지 면제한다.

1. 농어업·농어촌 및 식품산업기본법제50조 제1항에 따른 지역특산품 생산단지의 지정을 받은 자

2. 식품산업진흥법제19조의3 제1항에 따른 자금 지원을 받아 농산물가공품의 생산을 업으로 하거나 하려는 자

3. 식품산업진흥법제19조의4 제1항 제1호에 따른 수산가공품의 생산·개발·수출 촉진 및 수산가공품 전문판매점의 설치·운영을 하려는 자 제8조(산업·물류단지에 대한 감면) 지방세특례제한법(이하 “법”이라 한다) 제71조 제4항 및 제78조 제8항에 따라 취득세를 경감하는 대상과 그에 따른 감면율의 적용은 다음 각 호와 같다.

1. 법 제71조 제1항 및 제78조 제1항·제2항·제3항 제1호의 경우에는 취득세의 100분의 60을 2016년 12월 31일까지 경감

2. 법 제71조 제2항 및 제78조 제4항 제2호 가목의 경우에는 취득세의 100분의 75를 2016년 12월 31일까지 경감

3. 법 제78조 제4항 제2호 나목의 경우에는 취득세의 100분의 40을 2016년 12월 31일까지 경감 ＜부칙＞ 제1조(시행일) 이 조례는 공포한 날부터 시행한다. 제2조(일반적 적용례) 이 조례는 2015년 1월 1일 이후 납세의무가 최초로 성립하는 경우부터 적용한다. 제3조(일반적 경과조치) 이 조례 시행 전에 종전의 조례에 따라 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 도세에 대해서는 종전의 조례에 따른다. 제4조(산업단지 입주기업에 대한 감면 특례) 제8조 제2호를 적용 시 지방세특례제한법제78조 제1항에 따른 사업시행자와 2015년 12월 31일까지 분양계약을 체결하고 제78조 제4항 제1호의 대상지역에서 산업용 건축물등을 건축［공장용 건축물(건축법제2조 제1항 제2호에 따른 건축물을 말한다)을 건축하여 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다］하려는 자가 제78조 제4항에 따라 취득하는 부동산에 대한 취득세의 감면에 대해서는 2017년 12월 31일까지 종전의 조례 제12조의2 제5호의 규정에 따라 적용하고, 이 조례 시행일로부터 납세의무가 성립하는 경우부터 적용한다.

(3) OOO도 도세 감면 조례 (2014.5.1. 조례 제3908호로 일부 개정된 것) 제4조(지역특산품 생산단지 등에 대한 감면) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자가 해당 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 2014년 12월 31일까지 면제한다.

1. 농어업·농어촌 및 식품산업기본법제50조 제1항에 따른 지역특산품 생산단지의 지정을 받은 자

2. 식품산업진흥법제19조의3 제1항에 따른 농산물가공품의 생산을 업으로 하거나 하려는 자

3. 식품산업진흥법제19조의4 제1항 제1호에 따른 수산가공품의 생산·개발·수출 촉진 및 수산가공품 전문판매점의 설치·운영을 하려는 자

(4) 식품산업진흥법(2015.3.27. 법률 제13257호로 개정된 것) 제19조의3(농산물가공품 생산 등의 지원) ① 농림축산식품부장관은 농산물을 세척 박피 절단 등 단순가공하거나 농산물을 원료 또는 재료로 하여 가공한 식품 및 민속예술품(이하“농산물가공품”이라 한다) 생산을 업으로 하거나 하려는 자에 대하여 농산물가공품의 생산 및 개발, 전문판매점의 설치 운영 수출의 촉진, 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항에 대하여 필요한 자금을 지원할 수 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구법인이 제출한 심리자료는 다음과 같다. (가) 청구법인은 2005.7.19. 농․수․축산물 도․소매업, 농․수․축산물 가공업 및 판매업, 무역업, 육가공식품 제조업 및 판매업 등을 목적사업으로 하여 설립된 법인인 것으로 법인등기사항일부증명서에 기재되어 있다. (나) 청구법인은 2014.7.4. 제품 제조공장 용도인 이 건 건축물에 대한 건축허가를 받고, 2014.9.30. 착공신고를 하여 2015.6.16. 사용승인을 받은 사실이 건축물대장에서 확인된다. (다) 청구법인이 제출한 공사기성금 청구서에 따르면, 시공사인 ㈜OOO이 2014.10.27.부터 매월 공사기성금을 청구한 내역이 나타난다. (라) 청구법인은 이 건 건축물을 취득한 후 2015.6.22. 취득신고를 하면서 이 건 건축물이 산업단지 내에서 토지를 분양받아 산업용 건축물 등을 신축한 경우에 해당된다는 사유로 감면신청을 하여 처분청으로부터 취득세의 100분의 75를 감면받았다

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살펴본다. (가) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것) 제78조 제4항 제1호 가목 및 제2호 나목의 규정을 종합하면, 산업입지 및 개발에 관한 법률에 따라 지정된 산업단지에서 산업용 건축물등을 건축하려는 자가 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2016년 12월 31일까지 경감하도록 규정하고 있고, 개정 전 도세감면조례」(2014.5.1. 조례 제3908호로 일부 개정된 것) 제4조 제1항 본문 및 제2호에서 식품산업진흥법제19조의3 제1항에 따른 농산물가공품의 생산을 업으로 하거나 하려는 자가 해당 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 2014년 12월 31일까지 면제하도록 규정하고 있었으나, 2015.3.26. 조례 제3982호로개정된 도세감면조례 제4조 제1항 본문 및 제2호에서 식품산업진흥법제19조의3 제1항에 따른 자금 지원을 받아 농산물가공품의 생산을 업으로 하거나 하려는 자가 해당 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 2016년 12월 31일까지 면제하도록 납세자에게 불리하게 개정되었고, 도세감면조례 부칙 제3조(일반적 경과조치)에서 이 조례 시행 전에 종전의 조례에 따라 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 도세에 대해서는 종전의 조례에 따른다고 규정하고 있다. (나) 청구법인의 경우 이 건 건축물에 대한 2014.9.30. 착공신고를 할 당시에는 이 건 건축물은 지방세특례제한법제78조 제4항과 도세감면조례 제8조 제2호의 감면대상에 해당되고, 개정전 도세감면조례 제4조 제1항 제2호의 면제대상에도 해당되었으나, 이 건 건축물을 신축할 당시에는 도세감면조례 제4조 제1항 제2호의 감면대상에서 제외되었다. (다) 이와 같이 납세자에게 불리하게 법령 등이 개정된 경우 개정 전 법령이 적용되기 위하여는 개정 전 법령의 시행 당시 과세요건이 모두 충족되어 납세의무가 성립하였거나, 비록 과세요건이 모두 충족되지는 않았더라도 납세의무자가 개정 전 법령을 신뢰하여 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 원인행위로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 그 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우에야 할 것인바, 통상적으로 착공에 이르기 이전까지 부지의 매입, 건축설계, 도급공사계약, 건축허가 등 건축업무의 중요한 부분이 이루어지게 되므로 착공은 중대한 원인행위이고 이로 인하여 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성한 것으로 볼 수 있는 점, 청구법인은 2014.7.4. 농산품 가공업을 영위하기 위한 공장을 신축하기 위하여 건축허가를 받고 2014.9.30. 착공신고를 하고, 2015.6.16. 이 건 건축물에 대한 사용승인을 받았으므로 종전 규정이 일몰되기 전에 착공하였다는 청구주장에 수긍이 가는 점, OOO도 도세감면조례에서 농어촌특산품 가공업자에 대한 관련 규정이 2000.3.8. 신설되어 2014.12.31. 종전 규정이 일몰되기 전까지 약 16년간 취득세를 면제하는 내용이 계속되어 왔으므로 청구법인은 이 건 건축물에 대한 사용승인을 받을 때까지 동 규정이 유지될 것이라고 기대하였다고 볼 수 있는 측면등에 비추어 이 건 건축물의 취득에 대하여 개정전 도세감면조례에 따른 감면규정을 적용하여야 한다는 청구주장은 타당하다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제96조 제6항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.