[요지] 2014.1.1. 개정된 지방세법제103조의22에서 법인지방소득세의 세액공제 및 감면에 관한 사항은지방세특례제한법에서 정하도록 하였으나, 현행지방세특례제한법에서는 개인지방소득세의 경우와는 달리 법인지방소득세에 대하여는 세액공제나 감면을 인정하는 규정을 두고 있지 아니한 점 등에 비추어 볼 때, 2014.1.1. 지방세법 개정 전에 조세특례제한법 규정에 따른 법인세 감면으로 인하여 지방소득세가 경감되었다 하더라도 이를 그 개정 후의 일반적 경과조치의 적용대상이라고 보기 어렵다 할 것임
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 2014.1.1. 법률 제12153호로지방세법이 개정되기 전까지는 청구법인이 신고․납부한 법인세가 법인지방소득세의 과세표준이 되므로 청구법인과 같이조세특례제한법제63조의2에 따라 법인세를 감면받은 경우 감면받은 법인세만큼 법인지방소득세의 과세표준이 감소하여 이에 따른 법인지방소득세도 감면의 효과를 보게 되는 것이다.
(2) 2014.1.1. 개정된지방세법부칙 제15조(이하 “이 건 부칙”이라 한다)에서 “종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.”고 규정하고 있는바, 청구법인이 이 건 사업연도 중 신고․납부한 법인지방소득세 중 법인세를 감면받음에 따라 감소하게 되는 이 건 지방소득세를 환급하는 것이 타당함에도 처분청들이 지방세법령에 관련 규정이 없다는 이유만으로 이를 거부한 처분은 부당하다.
(1) 2014.1.1. 이전에는 지방세법상 법인지방소득세가 법인세액을 과세표준으로 하고 10%의 세율을 적용하여 산출되었으므로, 세액감면이 적용된 법인세액을 과세표준으로 하여 법인지방소득세가 산출되어 법인지방소득세에서도 세액감면의 보았다.
(2) 그러나 이는 반사적 효과에 불과할 뿐, 지방세법령상 법인지방소득세 세액감면 관련 규정에 따른 법률효과는 아니었으므로 이 건 부칙에서 종전규정의 적용대상으로 규정한 ‘종전의 법령에 따라 감면 또는 부과되어야 할 지방세’에 해당한다고 보기 어려우므로 이 건 지방소득세에 대한 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
(1) 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정되기 전의 것) 제89조(세율) ①소득분의 표준세율은 다음과 같다. 구분 세율 소득세분 법인세분 소득세액의 100분의 10 법인세액의 100분의 10
(2) 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된 것) 제103조의19(과세표준) 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은 법인세법 제13조에 따라 계산한 금액(조세특례제한법 및 다른 법률에 따라 과세표준 산정에 관련한 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 법인세의 과세표준)과 동일한 금액으로 한다. 제103조의22(세액공제 및 세액감면) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 세액공제 및 세액감면에 관한 사항은 지방세특례제한법에서 정한다.(후문 생략) 부칙 제15조(일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.
(3) 지방세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12175호로 개정된 것) 제102조(연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제) ① 내국인이 각 과세연도에 연구ㆍ인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 100분의 10을 해당 과세연도의 개인지방소득세(사업소득에 대한 개인지방소득세만 해당한다)에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2015년 12월 31일까지 발생한 해당 연구ㆍ인력개발비에 대해서만 적용한다.(각 호 이하 생략)
(4) 조세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12173호로 개정되기 전의 것) 제63조의2(법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 등 감면) ① 다음 각 호의 요건을 갖춘 법인(이하 이 조에서 “지방이전법인”이라 한다)은 제2항부터 제4항까지의 규정에 따라 법인세를 감면받을 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부동산업, 건설업, 소비성서비스업, 무점포판매업 및 해운중개업을 경영하는 법인의 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 수도권과밀억제권역에 3년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 하거나 3년 이상 계속하여 본점 또는 주사무소(이하 이 조에서 “본사”라 한다)를 둔 법인일 것
2. 공장시설의 전부 또는 본사를 수도권 밖(공장시설을 광역시로 이전하는 경우에는산업입지 및 개발에 관한 법률에 따른 산업단지만 해당한다. 이하 이 조에서 같다)으로 대통령령으로 정하는 바에 따라 2020년 12월 31일까지 이전하여 사업을 개시하거나, 수도권 밖에 2023년 12월 31일까지 공장 또는 본사를 신축하여 사업을 개시할 것(공장 또는 본사의 부지를 2020년 12월 31일까지 보유하고 2020년 12월 31일이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 할 때 이전계획서를 제출하는 경우만 해당한다)
② 지방이전법인은 제1호부터 제3호까지의 소득(지방이전 후 합병·분할·현물출자 또는 사업의 양수를 통하여 사업을 승계하는 경우 승계한 사업장에서 발생한 소득은 제외한다)에 대하여 이전일 이후 지방이전법인에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(이전일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 소득이 발생하지 아니한 경우에는 이전일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 6년(수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 4년) 이내에 끝나는 과세연도까지는 법인세의 전액을, 그 다음 3년(수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 2년) 이내에 끝나는 과세연도에는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.
1. 공장을 이전한 경우에는 그 공장에서 발생하는 소득
(1) 심리자료의 내용은 아래와 같다. (가) 청구법인은 이 건 사업연도 기간 중 조세특례제한법제63조의2 제2항에 따라 법인세 산출세액의 100분의 50을 감면받았으므로 종전의 규정에 따라 그 감면세액의 10%를 법인지방소득세 산출세액에서 제외하여야 한다고 주장한다. (나) 법령의 개정연혁 등에 따르면, 법인지방소득세는 과거에는 “법인세분 지방소득세”의 명칭으로 조세특례제한법상 이월세액공제 등이 적용된 후에 계산된 법인세 납부세액의 10%로 산출되다가 2014.1.1. 지방세법이 개정되면서 2014사업연도분부터 과세표준을 법인세법 제13조에 따라 계산한 금액(제103조의19)으로 하되, 세액공제나 감면은 지방세특례제한법으로 정하도록 하였고(제103조의22), 2014.1.1. 개정된지방세특례제한법은 개인지방소득세에 대한 이월세액공제나 감면을 적용하는 규정을 두고 있으나, 법인지방소득세에 대하여는 별도로 규정하고 있지 아니한 것으로 나타난다. (다) 개정 지방세법의 개정이유에는 “소득세 및 법인세의 부가세 형태로 부과ㆍ징수하고 있는 지방소득세를 독립세 방식으로 전환함으로써 지방자치단체의 자주재원을 확충하고 지역경제의 발전을 지방세수의 신장과 연계”하기 위한 것으로 기재되어 있다. (라) 개정지방세법이 발의되었을 당시 국회 행정안전위원회 전문위원이 작성한 검토보고서에 의하면, “구 지방세법 하에서 법인세 세액공제 및 감면에 연동하여 부가적으로 법인지방소득세도 세액공제ㆍ감면을 받았으나,지방세법의 개정으로 더 이상 이와 같은 혜택이 유지되지 않는다. 법률 개정안이 지방소득세를 부가세에서 독립세 방식으로 전환하였으므로, 지방소득세에 대한 특례조항을 별도로 규정할 필요가 있어 개정안은 개인지방소득세에 관한 세액공제 등에 대하여는 새로이지방세특례제한법등에 옮겨 규정하였던 반면, 법인지방소득세에 관한 특례조항은 배제함으로써 법인에 대한 지방소득세의 과세를 강화하였다.”고 기재되어 있다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 본다. (가) 청구법인은 이 건 사업연도의 기간에도 조세특례제한법제63조의2에 따라 감면받은 법인세의 10% 상당액을 법인지방소득세의 산출세액에서 공제하여야 한다고 주장한다. (나) 살피건대, 법인에 부과되는 지방소득세는 과거에는 법인세 납부세액의 10%로 계산하여 납부하는 부가세 방식으로 징수되었으나, 지방세법이 2014.1.1. 개정되면서 국세와는 별도의 독립세 방식으로 전환됨에 따라 2014사업연도 이후의 소득에 대한 법인지방소득세는 개정된 지방세법령에서 정한 과세체계를 적용하게 된 점, 2014.1.1. 개정된 지방세법제103조의22에서 법인지방소득세의 세액공제 및 감면에 관한 사항은지방세특례제한법에서 정하도록 하였으나, 현행지방세특례제한법에서는 개인지방소득세의 경우와는 달리 법인지방소득세에 대하여는 세액공제나 감면을 인정하는 규정을 두고 있지 아니한 점, 일반적 경과조치는 지방세법령에 명시적으로 규정한 내용에 한하여 그 효력이 미치는 것인데, 2014.1.1. 개정 전 지방세법령에서 조세특례제한법의 적용에 따른 법인세 감면에 관하여 별도로 규정한 바가 없는바, 조세특례제한법에 따른 법인세 감면효과를 법인지방소득세에 계속 적용하는 것은 지방세법상의 일반적 경과조치의 적용범위를 벗어난다고 보이는 점 등에 비추어 볼 때, 2014.1.1. 지방세법 개정 전에 조세특례제한법 규정에 따른 법인세 감면으로 인하여 지방소득세가 경감되었다 하더라도 이를 그 개정 후의 일반적 경과조치의 적용대상이라고 보기 어렵다 할 것이므로, 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제96조 제6항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.