2014.1.1. 이후 법인지방소득세를 산출함에 있어 「조세특례제한법」상 외국인 투자기업에 대한 법인세 세액감면 및 연구이력개발비 등 법인세 세액공제 이월액을 반영하여야 한다는 청구주장의 당부

[참조결정] 조심2020지3225

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2012∼2019사업연도 법인세를 신고하면서 법인세법상 산출세액에 조세특례제한법 제121조의2 제1항 제2호에 따른 외국인투자기업에 대한 법인세 감면 및 같은 법 제10조 제1항 및 제144조 제1항에 따른 연구인력개발비 세액공제 이월액 등을 적용한 후의 세액을 납부하였으나, 2014.1.1. 이후 법인지방소득세에 대하여는 위 법인세 과세표준과 동일한 금액을 과세표준으로 하고 위 법인세 세액감면 및 법인세 세액공제 이월액 등을 적용하지 아니하여 산출한 세액을 신고·납부하였다.
• 나. 청구법인은 2014.1.1. 이후의 법인지방소득세에 있어서도 외국인투자기업에 대한 감면 및 2013.12.31. 이전 발생한 법인세 세액공제의 이월공제를 적용하여 ＜표1＞ 기재와 같이 그 세액을 경정하여야 한다며 2020.4.29. 아래 각 처분청들에 대하여 ＜별지1＞ 기재와 같이 법인지방소득세 경정청구를 하였다. ＜표1＞ 경정청구액
• 다. 처분청들은 2020.6.15.부터 2020.7.20.까지 청구법인에게 위 경정청구를 거부하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2020.9.12. 심판청구를 하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청들 의견

• 가. 청구법인 주장 2014.1.1. 법률 제12153호로 개정되기 전의 지방세법(이하 “개정전 지방세법”이라 한다)상 지방소득세 법인세분은 법인세 납부세액에 100분의 10을 곱하여 산출되었으므로(제176조의8, 제176조의12) 법인세 납부세액 산출시 적용되는 법인세 세액공제와 세액감면은 모두 지방소득세 법인세분에도 적용되었다. 그러나 2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된 지방세법(이하 “개정후 지방세법”이라 한다)은 지방소득세 법인세분을 법인지방소득세로 변경하면서 법인지방소득세 산출방식을 ‘법인세법 제13조에 따라 계산한 금액’인 법인세 과세표준을 법인지방소득세 과세표준으로 하고 이에 일정한 세율을 곱한 금액을 법인지방소득세로 납부하도록 한 결과(제103조의 20), 법인세 세액공제 및 세액감면 효과가 법인지방소득세에 영향을 미치지 아니하게 되었다. 그러나, 개정 후 지방세법 부칙 제15조에서는 “이 법 시행당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다”라고 규정함으로써 2014.1.1. 개정 전 지방세법 관련 규정에 따라 지방세가 감면되는 경우에는 종전과 동일하게 지방세를 감면받을 수 있도록 하였다. 따라서, 청구법인이 2014.1.1. 전에 승인받아 2014.1.1. 이후에 적용받은 법인세 외국인투자세액감면 및 2014.1.1. 전에 발생하였으나 2014.1.1. 이후로 이월된 법인세 세액공제액은 법인세 납부세액에만 반영될 것이 아니라 법인지방소득세 산출세액 계산시에도 종전과 같이 반영되어야 한다.
• 나. 처분청들 의견 2014.1.1. 전에는 지방세법상 법인세액을 과세표준으로 하고 10%의 세율을 적용하여 지방소득세 법인세분이 산출되었으므로, 각종 세액공제가 적용된 법인세액을 과세표준으로 하여 지방소득세가 산출된 결과 지방소득세에서도 외국납부세액 이월공제의 반사적 효과를 얻어왔으나, 이는 지방세법령상 지방소득세 세액공제 관련 규정에 따른 법률효과는 아니었으므로 이를 개정 후 지방세법 부칙에서 종전규정의 적용대상으로 규정한 ‘종전의 법령에 따라 감면 또는 부과되어야 할 지방세’에 해당한다고 보기 어렵다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 2014.1.1. 이후 법인지방소득세를 산출함에 있어 조세특례제한법상 외국인 투자기업에 대한 법인세 세액감면 및 연구인력개발비 등 법인세 세액공제 이월액을 반영하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령: ＜별지2＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 제출한 증빙서류와 처분청이 제시한 심리자료에서 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2011년경 OOO으로부터 탄소섬유 및 기타 탄소제품 제조업을 할 목적으로 OOO원을 투자(증자)받은 후, 2012.1.25. 이에 대해 외국인투자에 대한 조세감면신청을 하여 2012.2.6. 기획재정부로부터 감면승인을 받았다. (나) 청구법인은 2014.1.1. 이후 법인세 신고시 아래 ＜표2＞와 같이 위 감면승인에 따른 외국인투자에 대한 법인세 감면액을 적용하여 납부세액을 산출하였으나, 해당 사업연도 법인지방소득세 신고시에는 이를 적용하지 아니하였다. ＜표2＞ 외국인투자기업에 대한 법인세 감면액 관련 경정청구액 (다) 청구법인은 2014.1.1.∼2014.12.31.사업연도 및 2017.4.1.∼2018.3.31.사업연도 법인세 신고시 아래 ＜표3＞과 같이 2014.1.1. 이전에 신청하고도 납부할 세액이 없거나 법인세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 법인세 세액공제액으로서 해당 사업연도에 공제가능한 이월세액을 적용하여 법인세 납부세액을 산출하였으나, 해당 사업연도 법인지방소득세 신고시에는 동 이월세액공제를 적용하지 아니하였다. ＜표3＞ 법인세 세액공제 이월공제액 관련 경정청구액 (라) 청구법인은 위 2014.1.1. 전 승인받은 외국인투자에 대한 2014.1.1. 이후 법인세 감면액 및 2014.1.1. 전 발생한 법인세 세액공제 이월공제액 중 2014.1.1.∼2014.12.31.사업연도 및 2017.4.1.∼2018.3.31.사업연도에 공제가능한 금액의 10%를 법인지방소득세 산출세액에서 차감하여 납부세액을 계산한 후 청구법인의 기납부세액과 차액의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 2014.1.1. 이후 법인지방소득세에서도 2014.1.1. 개정된 지방세법 부칙 제15조에 따라 2014.1.1. 이전 승인받은 세액감면 및 2014.1.1. 이전 신청한 법인세 세액공제의 이월공제 등을 적용하여야 한다고 주장하나, 법인세 세액감면 또는 세액공제와 그 이월공제를 규정한 조세특례제한법에서는 해당 법인세 감면세액 또는 세액공제액을 법인세 산출세액에서 공제하되 해당 사업연도에 공제받지 못한 금액은 이월하여 공제한다고 규정한 것인데, 2014.1.1. 개정전 지방세법상 지방소득세 법인세분의 산정방식이 법인세액을 지방소득세 법인세분의 과세표준으로 삼았던 결과 지방소득세 법인세분 산출시 법인세 세액감면 등에 따른 세액감소 효과를 간접적으로 보았던 것뿐이므로, 위 법령에서 지방소득세 법인세분에 대하여도 세액감면 또는 세액공제를 규정하고 있었다고 보기 어렵고, 지방세법령에서도 달리 세액공제와 그 이월공제에 관하여 정한 바가 없어 법인세 세액공제 이월공제에 따른 지방소득세 경감액을 개정 후지방세법 부칙 제15조에서 종전의 규정에 따르도록 정한 “이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세”라고 보기 어려우므로 결국 개정 후 지방세법 부칙 제15조에 따라 법인세 세액감면 및 세액공제 이월공제를 법인지방소득세 세액산출시 적용하기는 어렵다고 보아 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2020지3225, 2020.12.11. 외 다수, 같은 뜻임)

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제96조 제6항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지1＞ 법인지방소득세 경정청구내역 ＜별지2＞ 관련 법령

(1) 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된 것) 제103조의19(과세표준) 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은 법인세법 제13조에 따라 계산한 금액(조세특례제한법 및 다른 법률에 따라 과세표준 산정에 관련한 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 금액)으로 한다. 제103조의20(세율) ①내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 표준세율은 다음 표와 같다. (표 생략) 제103조의22(세액공제 및 세액감면) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 세액공제 및 세액감면에 관한 사항은 지방세특례제한법에서 정한다. 이 경우 공제 및 감면되는 세액은 법인지방소득세 산출세액(제103조의31에 따른 토지 등 양도소득, 조세특례제한법 제100조의32제2항에 따른 미환류소득에 대한 법인지방소득세 세액을 제외한 법인지방소득세 산출세액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에서 공제한다. 부칙 제15조(일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.

(2) 조세특례제한법 제10조(연구·인력개발비에 대한 세액공제) ① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호는 2021년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다. (1.∼3. 생략) 제121조의2(외국인투자에 대한 조세 감면) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 하기 위한 외국인투자(외국인투자촉진법 제2조 제1항 제4호에 따른 외국인투자를 말한다. 이하 이 장에서 같다)로서 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 외국인투자에 대해서는 제2항, 제4항, 제5항 및 제12항에 따라 법인세, 소득세, 취득세 및 재산세(지방세법 제111조에 따라 부과된 세액을 말한다. 이하 같다)를 각각 감면한다. (1.∼3. 생략) 제132조(최저한세액에 미달하는 세액에 대한 감면 등의 배제) ① 내국법인(제72조 제1항을 적용받는 조합법인 등은 제외한다)의 각 사업연도의 소득과 법인세법 제91조 제1항을 적용받는 외국법인의 각 사업연도의 국내원천소득에 대한 법인세(법인세법 제55조의2에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인세와 같은 법 제96조에 따른 법인세에 추가하여 납부하는 세액, 제100조의32에 따른 투자·상생협력 촉진을 위한 과세특례를 적용하여 계산한 법인세, 가산세 및 대통령령으로 정하는 추징세액은 제외하며, 대통령령으로 정하는 세액공제 등을 하지 아니한 법인세를 말한다)를 계산할 때 다음 각 호의 어느 하나에 규정된 감면 등을 적용받은 후의 세액이 제1호 및 제2호에 따른 손금산입 및 소득공제 등을 하지 아니한 경우의 과세표준(제1호에 따른 준비금을 관계 규정에 따라 익금에 산입한 금액을 포함하며, 이하 이 조에서 "과세표준"이라 한다)에 100분의 17[과세표준이 100억원 초과 1천억원 이하 부분은 100분의 12, 과세표준이 100억원 이하 부분은 100분의 10, 중소기업의 경우에는 100분의 7(중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 그 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도에는 100분의 8, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도에는 100분의 9로 한다)]을 곱하여 계산한 세액(이하 "법인세 최저한세액"이라 한다)에 미달하는 경우 그 미달하는 세액에 상당하는 부분에 대해서는 감면 등을 하지 아니한다.

3. 제5조, 제7조의2, 제7조의4, 제8조의3, 제10조(중소기업이 아닌 자만 해당한다. 이하 이 조에서 같다), 제12조 제2항, 제12조의3, 제12조의4, 제13조의2, 제19조 제1항, 제25조, 제25조의4부터 제25조의7까지, 제26조, 제29조의2부터 제29조의5까지, 제29조의7, 제30조의2부터 제30조의4까지, 제31조 제6항, 제32조 제4항, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18, 제104조의22, 제104조의25, 제122조의4 제1항 및 제126조의7 제8항에 따른 세액공제금액 제144조(세액공제액의 이월공제) ①제5조, 제7조의2, 제7조의4, 제8조의3, 제10조, 제12조 제2항, 제12조의3, 제12조의4, 제13조의2, 제19조제1항, 제25조, 제25조의4부터 제25조의7까지, 제26조, 제29조의2부터 제29조의5까지, 제29조의7, 제30조의2부터 제30조의4까지, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18, 제104조의22, 제104조의25, 제122조의4 제1항, 제126조의6, 제126조의7 제8항 및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정만 해당한다)에 따라 공제할 세액 중 해당 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제132조에 따른 법인세 최저한세액 및 소득세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 5년(제5조에 따라 공제할 세액을 중소기업이 설립일로부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 공제받지 못하는 경우는 7년, 제10조에 따라 공제할 세액을 중소기업이 설립일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 공제받지 못하는 경우는 10년) 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 소득세[사업소득(제126조의6을 적용하는 경우에는 소득세법 제45조제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득을 포함한다)에 대한 소득세만 해당한다] 또는 법인세에서 공제한다.