[요지] 이 건에서 청구법인들은 공동사업협약을 체결하여 공동사업장을 등록하고, 각자 맡은 블록별로 책임시공을 하여 쟁점건축물을 준공한 후 각자의 사업지분율대로 소유권보존등기를 경료한바, 쟁점건축물의 취득에 대한 취득세 납세의무자는 공동사업장이 아닌 청구법인들이라 할 것이고, 그 취득가격 산정의 기준이 되는 “법인장부”는 공동사업장의 비용을 집계한 것을 뜻하는 것이 아니라 취득세 납세의무자인 청구법인들이 각자 공사비를 지출한 후 그 내용을 장부에 기장한 청구법인들 각자의 장부를 의미한다고 보는 것이 타당하다고 판단됨.
[참조결정] 조심2018지0550
[주 문] OOO이 2020.6.8. 청구법인들에게 한 취득세 등의 합계액 OOO원의 경정청구 거부처분은, 청구법인들 각자가 회계처리한 법인장부를 토대로 OOO의 공동주택 및 상가 건축물의 취득가격을 산정하되, 처분청이 ① 공동주택 설계 용역의 지출액 및 지반조사 용역의 지출액이 적정한지, ② 부가가치세 매입세액을 취득가격에서 제외한 것이 적정한지 등 청구법인들의 법인장부상 금액이 적정한지를 재조사하여 그 결과에 따라 취득세 과세표준 및 세액을 경정한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인들 주장 및 처분청 의견
(1) 실제로 거래상대방 혹은 제3자에게 지출된 비용이 아니라 공동사업체의 수지정산 목적으로 산정한 예상가격에 불과한 쟁점도급금액을 지방세법상 취득세 과세표준으로 보는 것은 위법하고, 청구법인들의 법인장부를 통해 입증되는 실제로 투입된 공사비를 쟁점건축물의 취득세 과세표준으로 산정하는 것이 적법하다. (가) 지방세법제10조 제5항 제3호, 같은 법 시행령 제18조 제1항 및 제3항 제2호에 따르면, 취득세 과세표준은 법인장부에 의하여 입증되는 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 간접비용의 합계액을 말하며, 법인장부란 객관적 증거서류에 의하여 법인이 작성한 원장·보조장·출납전표·결산서 등을 말한다. (나) 과세물건의 사실상의 취득가격이 법인장부에 의하여 명백하게 입증되는 경우에 한하여 이를 취득세 과세표준으로 하는 것(대법원 1993.4.27. 선고 92누15895 판결, 행정안전부 지방세운영과-3644, 2012.11.12. 참조)인데, 아래의 내용을 종합하면, 청구법인들이 당초 신고한 과세표준의 기초로 삼은 쟁점도급금액은 취득세 과세표준으로 인정할 수 있는 사실상의 취득가격으로 볼 수 없다.
1. 쟁점도급금액은 사업시행자인 동시에 시공사인 청구법인들이 자신들에게 지급하는 비용으로서 거래상대방 또는 제3자에게 지급한 비용이 아니다.
2. 쟁점도급금액은 공동사업체의 대표회사인 청구법인 주식회사 AAA이 과거에 유사한 공사를 수행하면서 축적된 정보를 바탕으로 동일 면적의 공동주택 건축 시 소요되는 자재의 예상 수량 및 단가를 기준으로 개산견적 방식을 적용하여 산출한 예상가격에 불과하므로, 실제 투입된 공사비에 해당하지 아니한다. (다) 조세심판원 결정 및 행정안전부는 공동 사업주체가 공동으로 공사한 건물을 공동으로 취득한 경우에 공동사업장의 장부를 필수요건으로 하지 않고 각 주체의 법인장부에 의하여 증명되는 공사원가 를 취득세 과세표준으로 하도록 해석(행정안전부 세정 13407-826, 2000.6.27., 조심 2018지550, 2018.5.23. 등 참조)하고 있는바, 시공자인 청구법인들의 법인장부에 의하여 입증되는 공사비 및 취득 관련 비용을 취득세 과세표준으로 함이 타당하다. (라) 한편 처분청은 청구법인들 중 1개 회사에 대한 세무조사 당시에 쟁점건축물의 취득세 과세표준이 쟁점도급금액인지 아니면 청구법인들의 법인장부상 공사비인지에 대하여 질의하였고, 이에 대하여 행정안전부 장관은 “본 사업의 공동사업 참여회사는 취득세 납세의무자인 시행자(도급자)이자 시공자(수급자)의 지위에서 각 단지별로 책임시공을 담당한 것으로, 도급계약서상 도급금액은 거래상대방 또는 제3자에게 지급하는 비용이라 보기 어려워 개별 책임시공회사의 법인장부상 공사비를 기초로 대표참여회사가 작성한 공동사업장의 장부에 의하여 해당 건축물의 취득가격(공사원가)이 입증되는 경우라면 이를 사실상의 취득가격으로 보아서 취득세 과세표준을 산정하는 것이 타당하다”라고 회신(부동산세제과-847, 2019.10.29.)하였다. 위 회신내용에 대하여 처분청은 ‘대표참여회사가 작성한 공동사업장의 장부에 의하여 취득가격(공사원가)이 입증되는 경우’에 한하여만 이를 사실상 취득가격으로 할 수 있음을 의미하는 것이라고 주장하나, 위 회신의 취지는 대표참여회사가 작성한 공동사업장의 장부에 의하여만 취득가격을 인정하겠다는 것이 아니라 ‘개별 책임시공회사의 법인장부상 공사비를 기초로 해당 건축물의 취득가격(공사원가)이 입증되는 경우’에는 이를 취득세 과세표준으로 하여야 한다는 것이다.
(2) 청구법인들이 제출한 법인장부는 금융거래내역 등의 객관적인 증거자료를 토대로 작성한 장부이고, 처분청은 법인장부에 따라 청구법인들이 지출한 용역비 등을 확인할 수 있으며, 취득세 과세표준에서 제외되는 매입부가가치세도 확인 가능함에도 사실관계를 오인하고 있다. (가) 처분청이 문제 삼은 설계용역비 및 지반조사용역비의 경우, 그 용역계약금액 전체가 청구법인들의 원장 및 공사원가명세서에 전액 반영되어 있는 사실이 법인장부에 의해 객관적으로 확인됨에도 처분청은 이를 제대로 확인하지 아니하였다. (나) 또한 처분청이 지적한 “매입부가가치세”에 대하여 보면 아래와 같다.
1. 지방세법 시행령제18조 제2항 제4호에서 부가가치세를 취득세 과세표준에서 제외하도록 규정하고 있는데, 청구법인들이 당초 취득세를 신고할 때에는 부가가치세 매입세액이 제외된 금액인 쟁점도급금액을 과세표준 산정의 기초자료로 사용함에 따라 부가가치세를 별도로 고려할 이유가 없었다.
2. 그러나 경정청구 시에는 쟁점도급금액이 아닌 청구법인들이 실제로 지출한 공사원가를 취득세 과세표준 산정의 기초자료로 사용하였고, 그 공사원가에는 부가가치세 매입세액이 합산되어 있는바, 청구법인들의 장부상 공사원가에서 부가가치세 매입세액을 제외함으로써 취득세 과세표준을 적법하게 계산한 것인데, 처분청은 이러한 과세표준 산정자료가 다른 점을 오인하였다.
3. 참고로, 부가가치세 매입세액을 제외한 근거를 보면, 국민주택규모 이하의 주택 건설용역을 건설산업기본법등 관계법에 의하여 등록을 한 자로부터 공급받는 경우에는 부가가치세가 면제되므로 부가가치세 매입세액이 발생하지 아니한다. 그러나, 재료비ㆍ임차료ㆍ일반 지급수수료 및 그 외 식대 등 부대비용과 건설산업기본법등 관계법에 의하여 등록한 자가 아닌 자로부터 공급받는 재화 및 용역은 부가가치세 과세대상이므로, 그 용역을 공급받는 경우에는 부가가치세 매입세액을 포함한 금액을 거래상대방에게 지급하게 되는바, 그 부가가치세 매입세액은 청구법인들의 원장에 지출항목으로 기록된다. 따라서 청구법인들은 법인장부에 계상되어 있으면서 취득세 과세표준에 포함되어서는 안될 부가가치세 매입세액을 “매입부가가치세”라는 항목으로 제외하여 취득세 과세표준을 적법하게 조정한 것이다.
(1) 법인장부상 취득가액은 그 가액이 무조건 취득세 과세표준이 되는 것이 아니고, 그 가액이 적정하다고 입증되는 경우에 한해 취득세 과세표준이 될 수 있다 할 것(대법원 1993.4.27. 선고 92누15895 판결 및 행정안전부 지방세운영과-3644, 2012.11.12. 등 참조)인데, 아래의 내용을 종합하여 볼 때, 청구법인들이 제시한 법인장부상 가액은 그 가액의 적정하다고 입증되지 아니하므로 법인장부에 따라 취득세 과세표준을 산정한 경정청구는 적법하지 아니하다. (가) 청구법인들이 당초에 취득세 신고시 제출한 과세표준 신고서에는 청구법인들의 인감이 날인되어 있으나, 경정청구 및 심판청구시 제출된 장부는 임의로 작성된 것으로 보일 뿐, 금융거래내역 등의 객관적인 자료에 의해 입증되는 것인지 알 수 없다. (나) 한편, 청구법인들이 제출한 자료에서 발견된 아래의 문제점을 보면 청구법인들이 제출한 공사원가명세서 등이 신뢰할 만한 법인장부라고 보기 어렵다.
1. 청구법인들의 경정청구 자료 중에서 전체 공사내역 중 확인이 용이한 2개 구역의 공사내역을 보면, 공동주택 설계용역비 및 지반조사 용역비가 취득세 과세표준에 포함되어야 할 제반 비용이 누락되어 있는 것으로 확인된다.
2. 청구법인들이 심판청구서에 기재한 취득세 과세표준 산정내용을 보면, 취득세 과세표준에서 제외하는 항목으로 “매입부가세 OOO원”을 기재하고 있으나, 공동주택 설계용역 및 지반조사 용역 등 대부분의 경우 부가가치세가 포함되어 있지 아니한데, 부가가치세 매입세액을 건축물의 과세표준 산정시 차감한 것도 이해할 수 없는 계산방식이다.
(2) 건축물의 취득세 과세표준 산정의 기초가 되는 “법인장부”는 공동사업체 자체의 장부를 말하는 것일 뿐, 그 구성원인 청구법인들이 자체적으로 작성한 법인장부를 의미하는 것은 아니라 할 것이므로, 청구주장은 타당하지 아니하다. (가) 이 건과 관련한 처분청의 질의에 대하여 행정안전부는 “개별 책임시공회사의 법인장부상 공사비를 기초로 대표참여 회사가 작성한 공동사업장의 장부에 의하여 해당 건축물의 취득가격(공사원가)이 입증되는 경우라면 이를 사실상의 취득가격으로 보아 취득세 과세표준을 산정하는 것이 타당하다”라고 회신하였다. 따라서 취득세 과세표준 산정의 기초가 되는 “법인장부”는 청구법인들이 자체적으로 작성한 것이 아니라 공동사업체가 작성한 것을 말한다 할 것이다. (나) 청구법인들이 자체적으로 작성한 장부가 아닌 쟁점공동사업체의 장부를 통해 취득세 과세표준으로 계산하는 것이 타당하다.
1. 청구법인들은 청구법인 주식회사 AAA을 대표자로 하여 공동사업체를 부가가치세법상 공동사업자인 개인사업장OOO으로 사업자등록하였다.
2. 한편, 두 개 이상의 법인이 공동으로 사업을 영위하는 경우 세금계산서를 공동사업자의 명의로 발급하거나 발급받는 것(국세청 서면법규-1292, 2014.12.9.)인바, 청구법인들은 쟁점사업을 수행하면서 쟁점사업장의 사업자등록번호를 이용해 세금계산서를 발급하거나 발급받았을 것으로 보인다.
3. 소득세법제87조 제3항 및 제160조 제1항 등에서 공동사업장도 사업에 관한 거래를 파악할 수 있도록 복식부기에 따라 장부를 기록ㆍ관리하도록 규정하고 있으므로, 청구법인들은 쟁점사업장에 대한 장부를 작성ㆍ관리하였고, 이를 통해 건축물의 취득세 과세표준을 산정할 수 있다.
4. 쟁점사업장의 명의로 수수한 세금계산서와 전표가 있고, 시산표 등의 자료가 있는바, 쟁점사업장의 자료를 이용해 재무상태표와 손익계산서를 작성할 수 있다고 보이고, 처분청이 쟁점사업장의 자료를 이용해 분양매출원가를 정리한 내역은 아래 ＜표1＞과 같다. ＜표1＞ 처분청이 쟁점사업장의 자료로 산정한 분양매출원가 내역 (단위: 백만원) 위 표를 보면, 건축비에 해당하는 외주비는 총 OOO원으로 청구법인들이 당초 신고한 건축물 과세표준인 OOO원과 비슷하고, 그 금액에 지급수수료와 용역비, 건설자금이자 등을 합하면 쟁점사업장의 장부에 의한 건축물 취득원가는 청구법인들이 당초 신고한 건축물의 취득세 과세표준 금액을 넘을 것으로 예상된다.
3. 심리 및 판단
(1) 지방세법 제10조[과세표준] ① 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다. 다만, 연부(年賦)로 취득하는 경우에는 연부금액(매회 사실상 지급되는 금액을 말하며, 취득금액에 포함되는 계약보증금을 포함한다. 이하 이 절에서 같다)으로 한다.
② 제1항에 따른 취득 당시의 가액은 취득자가 신고한 가액으로 한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 제4조에서 정하는 시가표준액보다 적을 때에는 그 시가표준액으로 한다.
③ 건축물을 건축(신축과 재축은 제외한다)하거나 개수한 경우와 대통령령으로 정하는 선박, 차량 및 기계장비의 종류를 변경하거나 토지의 지목을 사실상 변경한 경우에는 그로 인하여 증가한 가액을 각각 과세표준으로 한다. 이 경우 제2항의 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 신고가액이 대통령령으로 정하는 시가표준액보다 적을 때에는 그 시가표준액으로 한다.
⑤ 다음 각 호의 취득(증여·기부, 그 밖의 무상취득 및소득세법 제101조 제1항 또는법인세법제52조 제1항에 따른 거래로 인한 취득은 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항 후단에도 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액을 과세표준으로 한다.
3. 판결문·법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득
(2) 지방세법 시행령 제18조[취득가격의 범위] ① 법 제10조 제5항 각 호에 따른 취득가격 또는 연부금액은 취득시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 간접비용의 합계액으로 한다.(단서 생략)
1. 건설자금에 충당한 차입금의 이자 또는 이와 유사한 금융비용
2. 할부 또는 연부(年賦) 계약에 따른 이자 상당액 및 연체료.(단서 생략)
3. 농지법에 따른 농지보전부담금, 산지관리법에 따른 대체산림자원조성비 등 관계 법령에 따라 의무적으로 부담하는 비용
4. 취득에 필요한 용역을 제공받은 대가로 지급하는 용역비ㆍ수수료
5. 취득대금 외에 당사자의 약정에 따른 취득자 조건 부담액과 채무인수액
6. 부동산을 취득하는 경우 주택도시기금법 제8조에 따라 매입한 국민주택채권을 해당 부동산의 취득 이전에 양도함으로써 발생하는 매각차손.(후문 생략)
7. 공인중개사법에 따른 공인중개사에게 지급한 중개보수.(단서 생략)
8. 제1호부터 제7호까지의 비용에 준하는 비용
② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 비용은 취득가격에 포함하지 아니한다.
1. 취득하는 물건의 판매를 위한 광고선전비 등의 판매비용과 그와 관련한 부대비용
4. 부가가치세
③ 법 제10조 제5항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호에서 정하는 것을 말한다.
2. 법인장부: 금융회사의 금융거래 내역 또는 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률 제6조에 따른 감정평가서 등 객관적 증거서류에 의하여 법인이 작성한 원장ㆍ보조장ㆍ출납전표ㆍ결산서. 다만, 법인장부의 기재사항 중 중고자동차 또는 중고기계 장비의 취득가액이 법 제4조 제2항에서 정하는 시가표준액보다 낮은 경우에는 그 취득 가액 부분(중고자동차 또는 중고기계장비가 천재지변, 화재, 교통사고 등으로 그 가액이 시가표준액보다 하락한 것으로 시장ㆍ군수ㆍ구청장이 인정한 경우는 제외한다)은 객관적 증거서류에 의하여 취득가액이 증명되는 법인장부에서 제외한다.
(1) 심리자료의 내용은 아래와 같다. (가) OOO이 발행한 사용검사 확인증에 따르면, 청구법인들은 2017.4.26. 쟁점건축물의 사용검사를 받은 것으로 나타난다. (나) 등기사항전부증명서에 따르면, 쟁점건축물 중 OOO는 2017.6.22. 소유권보존등기되면서 쟁점협약서상 사업지분율과 동일한 비율로 공유지분 등기가 경료된 것으로 나타난다. (다) 청구법인들이 제시한 쟁점협약서의 주요내용은 아래와 같고, 동 협약서에는 청구법인들은 공동사업체와 각 체결한 공사도급계약에 따라 블록별 책임시공을 하기로 하였고, 블록별 공사수행과 관련한 모든 하도급 계약은 청구법인들 각자의 책임 하에 체결 및 이행(제16조)하며, 쟁점사업장(공동사업자)과 청구법인들은 대표사인 주식회사 AAA이 개산견적 산출방식을 적용하여 산정한 합의예산을 도급계약금액에 포함(제19조부터 제21조까지)하기로 약정한 내용이 나타난다. (라) 사업자등록증 등에 따르면, 청구법인들은 부가가치세법에 따라 주식회사 AAA을 대표사로 하여 위 사업지분율에 따른 공동사업자로 쟁점사업장의 사업자등록을 하였고, 쟁점사업장은 청구법인들로부터 쟁점도급계약에 따른 세금계산서와 쟁점사업에서 공통적으로 발생한 비용에 대한 세금계산서를 수취한 것으로 나타난다. (마) 취득세 신고서에 따르면, 청구법인들은 2017.4.26. 각 블록별 공사를 준공하고, 2017.6.21. 아래 ＜표2＞와 같이 쟁점도급금액을 기준으로 하여 취득세 등을 신고·납부하였다. ＜표2＞ 청구법인들이 당초 신고한 취득세 과세표준 (단위: 원) (바) 경정청구서 등에 따르면, 청구법인들은 쟁점건축물의 취득세 과세표준을 시공자인 청구법인들의 법인장부 등에 의하여 확인된 공사원가로 산정하여야 한다고 주장하며 그 근거로 원장과 공사원가명세서를 제출하였고, 그에 따라 산정한 경정청구금액은 아래 ＜표3＞과 같으며, 쟁점건축물의 취득세 과세표준은 당초 신고한 금액이 OOO원, 경정청구서상 금액이 OOO원으로, 그 차이금액은 OOO원으로 나타난다. ＜표3＞ 경정청구서상 취득세 과세표준 (단위: 원) (사) 행정안전부는 쟁점건축물의 취득세 과세표준 산정방법에 대한 처분청의 질의에 대하여 아래와 같이 회신(부동산세제과-847, 2019.10.29.)한 것으로 나타난다. (아) 처분청이 청구법인들 법인장부의 신뢰성이 낮다는 근거로 제시한 두 가지 사례 및 청구법인의 항변내용은 아래와 같다.
1. 공동주택 설계용역비 및 지반조사 용역비에 대한 내용
2. 처분청이 지적한 “매입부가가치세”에 관하여 청구법인이 설명한 내용은 아래와 같다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 본다. (가) 처분청은 공동사업장의 장부를 기준으로 쟁점건축물의 취득가격을 산정하여야 한다는 의견을 제시하였다. (나) 살피건대, 아래의 내용을 종합하여 보면, 공동사업장의 장부가 아닌 청구법인들 각자의 법인장부가 쟁점건축물의 취득가격 산정의 기초가 되어야 하고, 청구법인들이 제출한 법인장부상 금액이 적정한지에 대하여 처분청이 재조사를 실시한 후 그에 따라 취득세 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.
1. 지방세법제10조 제5항 제3호에서 “판결문·법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득”에 대하여 사실상의 취득가격을 과세표준으로 하도록 규정하고 있고, 취득가격의 범위에 대하여 같은 법 시행령 제18조 제1항에서 “취득시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 간접비용의 합계액으로 한다”라고 규정하고 있다. 이 건에서 청구법인들은 공동사업협약을 체결하여 공동사업장을 등록하고, 각자 맡은 블록별로 책임시공을 하여 쟁점건축물을 준공한 후 각자의 사업지분율대로 소유권보존등기를 경료한바, 쟁점건축물의 취득에 대한 취득세 납세의무자는 공동사업장이 아닌 청구법인들이라 할 것이고, 그 취득가격 산정의 기준이 되는 “법인장부”는 공동사업장의 비용을 집계한 것을 뜻하는 것이 아니라 취득세 납세의무자인 청구법인들이 각자 공사비를 지출한 후 그 내용을 장부에 기장한 청구법인들 각자의 장부를 의미한다고 보는 것이 타당하다 할 것이다.
2. 한편 법인장부의 정의에 대하여 지방세법 시행령제18조 제3항에서 “금융회사의 금융거래 내역 또는 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률 제6조에 따른 감정평가서 등 객관적 증거서류에 의하여 법인이 작성한 원장ㆍ보조장ㆍ출납전표ㆍ결산서”로 각각 규정하고 있는바, 청구법인들의 법인장부라 함은 단순히 엑셀 프로그램에 집계된 회계처리가 아니라, 객관적인 증빙자료에 의하여 취득세 과세대상 물건의 취득을 위하여 실제로 지출된 사실이 뒷받침되는 것을 의미한다 할 것이다. 이 건에서 처분청은 청구법인의 자료를 검토한 결과, ① 공동주택 설계 용역의 지출액 및 지반조사 용역의 지출액이 실제 지출액에 비하여 과소계상되었고, ② 당초 취득세 신고 시에 나타나지 아니하였던 부가가치세 매입세액 항목이 이 건 심판청구 시에는 취득가격의 제외항목으로 나타나는 등의 이유로 청구법인들이 제시한 법인장부의 신빙성이 낮다는 의견을 제시하였다. 따라서 처분청이 재조사를 통하여 위 항목들을 포함하여 청구법인들이 제시한 법인장부의 기재내용이 적정한지를 확인한 후 그에 따라 쟁점건축물의 취득에 대한 취득세 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법제96조 제6항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.