과점주주의 지분율 증가분을 계산함에 있어 종전에 이루어진 자기주식 취득에 따른 지분율 증가분은 제외되어야 한다는 청구주장의 당부

[주 문] OOO시장이 2020.6.22. 청구인에게 한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원의 부과처분은 청구인의 2018.5.29. OOO 주식회사 주식 OOO주의 취득으로 인해 청구인과 그 특수관계인이 해당 법인의 총액에 대한 과점주주가 가진 주식의 비율이 OOO% 증가된 것으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구인은 2018.5.7. 그와 특수관계에 있는 AAA(청구인의 父), BBB(청구인의 母), CCC(청구인의 친족)이 OOO 주식회사(이하 “이 건 법인”이라 한다)의 주식 OOO주를 보유하고 있는 상태에서 이 건 법인의 주식 OOO주(이하 “이 건 주식”이라 한다)를 취득하였고, 같은 날 CCC도 OOO주를 추가로 취득함으로써 청구인과 그의 특수관계인(이하 “이 건 과점주주”라 한다)은 이 건 법인의 주식 OOO주(이하 “1차 지분율”이라 한다)를 소유하게 되었다.
• 나. 이 건 법인은 2018.5.23. 자기주식 OOO주(이하 “이 건 자기주식”이라 한다)를 취득하였고, 이 건 법인의 발행주식 총수 OOO주 중에서 의결권이 있는 주식의 수는 이 건 자기주식을 제외한 OOO주가 되었으며, 이에 따라 이 건 과점주주의 지분율은 OOO%로 증가되었고, 청구인이 2018.5.29. 이 건 법인의 주식 OOO주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 추가로 취득하면서 이 건 과점주주의 지분율은 다시 OOO%(이하 “2차 지분율”이라 한다)로 증가되었다.
• 다. 이후, 처분청은 2020.6.22. 청구인이 이 건 주식과 쟁점주식을 취득하고 취득세 등을 신고·납부하지 아니하였다면서 이 건 주식에 대해서는 1차 지분율에서 이 건 과점주주의 2005.12.31. 당시의 지분율인 OOO%를 차감한 OOO%를 지분율 증가분으로 하고, 쟁점주식에 대해서는 2차 지분율에서 1차 지분율을 차감한 OOO%를 지분율 증가분으로 보아 이 건 법인의 부동산 등의 장부가액 OOO원에 OOO%를 적용한 OOO원을 과세표준으로 하여 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 부과·고지하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2020.8.21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 이 건 자기주식의 취득에 따라 이 건 과점주주의 지분율이 증가하였다 하더라도 이는 지방세법 제7조 제5항에 따른 취득세 납세의무가 없는 것이 명백함에도 이후에 이 건 자기주식에 따른 증가분을 쟁점주식에 대한 취득세 과세표준에 포함하는 것은 부당하다. 따라서 쟁점주식에 따른 취득세 과세표준은 쟁점주식의 취득에 따라 증가된 지분율인 OOO%를 기준으로 산정하는 것이 타당하다.
• 나. 처분청 의견 과점주주에 대한 취득세는 법인의 과점주주가 되면 해당 법인의 자산에 대해 사실상 지배력을 취득하게 되는 것이므로 과점주주가 되거나 과점비율이 증가하는 시점에 그 증가된 비율만큼 부동산 등을 취득한 것으로 보아 취득세를 과세하는 것이므로 그 이후에 과점주주가 유상증자 등으로 주식 또는 지분을 취득하여 과점비율이 증가한 경우에는, 주식 또는 지분 취득시점의 과점비율에서 자기주식 취득 전의 과점비율을 차감한 비율에 대해서 취득세 납세의무가 성립한다 할 것이다. 따라서 청구인은 쟁점주식을 취득한 시점에 이 건 자기주식 취득에 따라 증가된 부분에 대해서도 취득세 납세의무가 성립되는 것이므로 2차 지분율에서 1차 지분율을 차감한 OOO%를 기준으로 쟁점주식에 대한 취득세를 산출하는 것이 타당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 과점주주의 지분율 증가분을 계산함에 있어 종전에 이루어진 자기주식 취득에 따른 지분율 증가분은 제외되어야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 지방세기본법 제2조(정의) 34. "특수관계인"이란 본인과 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다. 이 경우 이 법 및 지방세관계법을 적용할 때 본인도 그 특수관계인의 특수관계인으로 본다.

• 가. 혈족·인척 등 대통령령으로 정하는 친족관계
• 나. 임원·사용인 등 대통령령으로 정하는 경제적 연관관계
• 다. 주주·출자자 등 대통령령으로 정하는 경영지배관계 제46조(출자자의 제2차 납세의무) 법인(주식을 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 증권시장으로서 대통령령으로 정하는 증권시장에 상장한 법인은 제외한다)의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 지방자치단체의 징수금에 충당하여도 부족한 경우에는 그 지방자치단체의 징수금의 과세기준일 또는 납세의무성립일(이에 관한 규정이 없는 세목에 있어서는 납기개시일) 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호에 따른 과점주주의 경우에는 그 부족액을 그 법인의 발행주식총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 소유주식수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다.

1. 무한책임사원

2. 주주 또는 유한책임사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 해당 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들(이하 "과점주주"라 한다)

(2) 지방세법 제7조(납세의무자 등) ⑤ 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 지방세기본법 제46조 제2호에 따른 과점주주(이하 "과점주주"라 한다)가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산등(법인이 신탁법에 따라 신탁한 재산으로서 수탁자 명의로 등기ㆍ등록이 되어 있는 부동산등을 포함한다)을 취득(법인설립 시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 취득으로 보지 아니한다)한 것으로 본다. 이 경우 과점주주의 연대납세의무에 관하여는 지방세기본법 제44조를 준용한다.

(3) 지방세법 시행령 제11조(과점주주의 취득 등) ① 법인의 과점주주(지방세기본법 제47조 제2호에 따른 과점주주를 말한다. 이하 같다)가 아닌 주주 또는 유한책임사원이 다른 주주 또는 유한책임사원의 주식 또는 지분(이하 "주식등"이라 한다)을 취득하거나 증자 등으로 최초로 과점주주가 된 경우에는 최초로 과점주주가 된 날 현재 해당 과점주주가 소유하고 있는 법인의 주식등을 모두 취득한 것으로 보아 법 제7조 제5항에 따라 취득세를 부과한다.

② 이미 과점주주가 된 주주 또는 유한책임사원이 해당 법인의 주식등을 취득하여 해당 법인의 주식등의 총액에 대한 과점주주가 가진 주식등의 비율(이하 이 조에서 "주식등의 비율"이라 한다)이 증가된 경우에는 그 증가분을 취득으로 보아 법 제7조 제5항에 따라 취득세를 부과한다. 다만, 증가된 후의 주식등의 비율이 해당 과점주주가 이전에 가지고 있던 주식등의 최고비율보다 증가되지 아니한 경우에는 취득세를 부과하지 아니한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제시한 자료에 따르면 아래와 같은 사실이 확인된다. (가) 이 건 법인은 1999.3.2. OOO을 본점으로 하고 OOO 제조 및 판매업 등을 목적으로 하여 설립되었으며, 대표이사는 AAA이 맡고 있고, 감사는 CCC이 맡고 있는 것으로 나타난다. (나) 청구인이 이 건 주식 및 쟁점주식을 취득할 당시에 이 건 법인의 부동산 및 차량 등 취득세 과세물건의 장부상 가액은 OOO원으로 나타난다. (다) 처분청이 제출한 주식등변동상황명세서에 따르면, 이 건 법인의 발행주식 총수는 OOO주이고, 이 건 과점주주는 2005.12.31. 이 건 법인의 지분 중 OOO%를 보유하고 있었으며, 이 건 법인은 2018.5.23. 자기주식 OOO주를 취득하였고, 2018.5.29. 쟁점주식 취득에 따라 의결권 있는 주식 총수 대비 이 건 과점주주의 지분율은 OOO%에 이른 것으로 나타나며, 그 변동 내역은 아래 ＜표＞와 같다. ＜표＞ 이 건 법인의 주주 변경 내역 (단위: 주, %)

○○○

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴보면, 처분청은 종전에 지방세법 제7조 제5항에 따라 납세의무가 성립한 당시보다 지분율이 증가된 경우에는 그 증가분 전부에 대해서 취득세를 부과하여야 한다는 의견이나, 취득세는 본래 취득행위를 그 과세대상으로 삼고 있으므로 청구인이 아닌 제3자(이 건 법인)의 취득행위에 터잡아 청구인에게 취득세를 부과하기는 어려운 점, 지방세법 시행령 제11조 제2항은 과점주주가 해당 법인의 주식을 취득하여 해당 법인의 주식 등의 비율이 증가된 경우에는 그 증가분을 취득으로 보아 취득세를 부과한다고 규정하고 있는바, 청구인이 쟁점주식을 취득한 것에 대해서는 그 지분율의 증가분인 OOO%를 취득한 것으로 보는 것이 관련 법령에 부합하는 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 이 건 자기주식 취득에 따라 증가된 지분율을 포함하여 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법 제96조 제6항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.