일반적 경과조치 또는 신뢰보호원칙에 따라 종전규정(지식산업센터의 취득에 대한 취득세 50% 감면)을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2018.2.13. OOO에 연면적 11,467.72㎡의 건축물(이하 “이 건 건축물”이라 한다)을 취득(신축)한 후, 2018.4.13. 및 2018.4.23. 이 건 건축물의 본점 사업용 부동산 취득에 대하여 취득세 과밀억제권역 중과세율 8.4%를 적용하고, 그 중 기업부설연구소로 인정받은 부분(이하 “쟁점기업부설연구소”라 한다)에 대하여는 지방세특례제한법(2016.12.27. 법률 제14477호로 개정된 것, 이하 “개정후지특법”이라 한다) 제46조 제1항(이하 “개정후규정”이라 한다)에 따른 100분의 35의 감면율을 적용하여 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 신고‧납부하였다.
• 나. 이후 청구법인은 2020.5.12. 본점 사업용 부동산 신고분 중 이에 해당하지 않은 이 건 건축물에 대하여 취득세 일반세율(2.8%)을 적용하고 쟁점기업부설연구소에 대하여는 개정후지특법 부칙 제15조(이하 “이 건 일반적 경과조치”라 한다) 및 지방세특례제한법(2016.12.27. 법률 제14477호로 개정되기 전의 것, 이하 “개정전지특법”이라 한다) 제58조의2 제1항 제1호(이하 “종전규정”이라 한다)에 따라 100의 50의 감면율을 적용하여 취득세 등 합계 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2020.7.2. 일반세율을 적용하여 달라는 경정청구만을 받아들여 취득세 등 합계 OOO원을 환급하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2020.8.18. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 납세자에게 불리하게 세법이 개정된 경우 종전규정 시행 당시 과세요건이 성립하지 아니하였더라도 납세자가 종전규정을 신뢰하여 착공행위 등 과세요건 성립을 위한 원인행위를 한 경우는 법 개정 후 과세요건이 성립되더라도 일반적 경과조치에 따라 종전규정을 적용하여야 할 것인바, 청구법인이 쟁점지식산업센터 취득을 위한 원인행위인 사업승인, 건축허가, 신축공사 착공 등을 한 이후 감면규정이 불리하게 개정(취득세 등의 35% 감면)된 이 건의 경우는 개정 후 취득행위가 완성되어 과세요건이 성립되었더라도 종전규정 및 일반적 경과조치에 따라 종전규정의 감면율(50%)을 적용함이 타당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인의 종전규정의 계속 적용에 대한 신뢰는 2016.12.31.까지만 보호되는 신축적·잠정적·일시적인 것에 불과하므로, 일몰 이후에 대한 신뢰까지 보호할 근거는 없다. 종전규정은 2016.10.21.부터 같은 달 31일까지 지방세특례제한법 일부개정법률(안) 입법예고를 통해 감면율 축소가 공고된 바, 청구인은 위와 같은 입법예고를 통해 감면율 축소를 예상하였으므로, 청구인의 신뢰가 마땅히 보호할 정도에 이르렀다고 보기 어렵고, 구체적인 근거 법률 없이 일반적 경과조치만으로 위 일몰기한이 경과한 후 납세의무가 성립된 이 건에서 적용이 종료된 종전규정을 적용할 수는 없다 할 것이다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 일반적 경과조치 또는 신뢰보호원칙에 따라 종전규정(기업부설연구소의 취득에 대한 취득세 50% 감면)을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령: ＜별지＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 자료에 따르면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 처분청으로부터 이 건 건축물에 대한 건축허가를 받고, 2016.6.30. 착공신고를 하였으며, 2018.2.13. 사용승인을 받았다. (나) 청구법인은 2018.4.18. 이 건 건축물 중 쟁점기업부설연구소에 해당하는 1,781.24㎡에 대하여 OOO으로부터 기업부설연구소로 인정받았다. (다) 연구개발 지원을 위한 감면 규정은 1982년 지방세법에 신설되면서 일몰기한 없이 취득세를 면제하는 것으로 규정하였고, 2010.3.31. 해당 규정이 지방세특례제한법(2011.1.1. 시행) 제46조 제1항으로 이관되면서 감면율의 변동 없이 일몰기한이 신설되었으며, 2014.12.31. 개정전지특법으로 개정되면서 감면율은 50%로 축소되고, 일몰기한은 2016.12.31.로 연장되었으며, 이후 2016.12.27. 개정후지특법으로 개정되면서 감면율은 35%로 축소되고, 일몰기한은 2019.12.31.로 연장되었다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인이 기업부설연구소를 신축하여 취득함에 있어 그 취득세 납세의무가 성립하기 전의 원인행위인 건축공사에 착공할 당시 시행 중이던 종전규정의 경우, 대통령령으로 정하는 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 50%를 감면한다고 규정하면서 그 적용 기간을 2016.12.31.까지 취득하는 경우로 한정하여 규정하고 있었던 점, 이러한 기업부설연구소에 대한 취득세 등의 감면규정은 2010.12.31. 이전에는 취득세 등을 면제한다는 내용이었으나, 청구법인이 쟁점기업부설연구소 건축공사를 착공할 당시에는 2016.12.31.까지 취득세 등을 50% 감면하는 것으로 축소되었다가, 청구법인이 쟁점기업부설연구소 건축공사를 완료하고 사용승인을 받은 당시에는 2019.12.31.까지 취득세 등을 35% 감면하는 것으로 계속하여 그 감면범위를 축소하는 것으로 개정되어 온 점 등에 비추어 청구법인의 종전규정에 대한 신뢰가 보호할 정도에 이르렀다고 보기 어려우므로 이러한 경우에까지 이 건 일반적 경과조치에 따라 종전규정의 감면을 적용하기는 어렵다 할 것이다. 따라서, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제96조 제6항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세특례제한법(2016.12.27. 법률 제14477호로 개정된 것) 제46조(연구개발 지원을 위한 감면) ① 대통령령으로 정하는 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내인 것으로 한정한다. 이하 이 조에서 같다)에 대해서는 취득세의 100분의 35를, 과세기준일 현재 기업부설연구소에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 35를 각각 2019년 12월 31일까지 경감한다. 부 칙 제1조(시행일) 이 법은 2017년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 법률 제12955호 지방세특례제한법 일부개정법률 부칙 제2조의 개정규정은 공포한 날부터 시행한다. 제2조(일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행 후 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다. 제15조(일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 지방세를 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다.

(2) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것) 제46조(연구개발 지원을 위한 감면) ① 대통령령으로 정하는 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내인 것으로 한정한다. 이하 이 조에서 같다)에 대해서는 취득세의 100분의 50을, 과세기준일 현재 기업부설연구소에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 50을 2016년 12월 31일까지 각각 경감한다.

(3) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것) 제46조(연구개발 지원을 위한 감면) 대통령령으로 정하는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내인 것으로 한정한다. 이하 이 항에서 같다)에 대하여는 취득세를, 과세기준일 현재 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세를 각각 2014년 12월 31일까지 면제한다. 다만, 연구소 설치 후 4년 이내에 정당한 사유 없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세를 추징한다.

(4) 지방세법(2010.3.31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것) 제282조(기업부설연구소용 부동산에 대한 면제) 대통령령이 정하는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내의 것에 한한다. 이하 이 조에서 같다)에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세를 면제한다. 다만, 연구소 설치후 4년 이내에 정당한 사유없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다.