「지방세법」개정과 함께 규정한 일반적 경과조치를 근거로 개정 전 「지방세법」을 적용하여 「조세특례제한법」상 세액공제 규정을 적용할 수 있는지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 자동차 및 변속기 등의 제조 및 판매를 주요 사업으로 하는 법인으로, 2009〜2010사업연도까지 지출한 연구·인력개발비 등(이하 “이 건 연구비 등”이라 한다)에 대하여 조세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12173호로 개정되기 전의 것, 이하 “구 조세특례제한법”이라 한다) 제10조에 따른 세액공제를 적용하려 하였으나, 최저한세 규정 탓에 이 건 연구비 등에 대한 세액공제를 받지 못하였다가 2014사업연도에 구 조세특례제한법 제144조 제1항(이하 “이월공제 규정”이라 한다)에 따라 이 건 연구비 등에 대한 세액공제를 적용하여 법인세(이하 “이 건 법인세”라 한다)를 신고·납부하였다.
• 나. 이후, 청구법인은 2020.4.30. ＜별지1＞ 기재 처분청들(이하 “처분청들”이라 한다)에게 2014사업연도 법인지방소득세에 대하여, 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된 것, 이하 “개정 지방세법”이라 한다) 부칙 제15조(이하 “일반적 경과조치”라 한다)에 따라 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정되기 전의 것) 제89조 제1항(이하 “종전 규정”이라 한다)의 적용을 전제로 하여 구 조세특례제한법의 이월공제 규정을 적용해 달라는 취지로 경정청구를 제기하였고, 처분청들은 2020.5.14.〜2020.6.26. 이를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2020.8.13.〜2020.8.24. 기간 동안 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청들 의견

• 가. 청구법인 주장 일반적 경과조치는 종전 규정에 의하여 청구법인에게 부여된 신뢰를 보호하기 위한 특별규정이고, 청구법인은 이 건 연구비 등을 지출함에 있어 법인세법령에 따른 세액공제 외에도 그에 부가되는 지방소득세에 대해서도 5년간 이월하여 공제받을 수 있다는 신뢰를 가지고 있었다. 비록, 종전 부가세 방식이었던 지방소득세 법인세분이 독립세 방식인 법인지방소득세로 전환된 취지가 세액공제 규정을 배제하기 위한 것이라 하더라도, 이는 종전의 세액공제 혜택까지 배제하려는 취지로 볼 수는 없다. 따라서 일반적 경과조치의 적용대상에는 종전 규정 및 이월공제 규정도 포함되어야 하므로 경정청구를 거부한 처분은 위법하다.
• 나. 처분청들 의견 종전 규정은 법인세분 지방소득세의 과세표준을 법인세액으로 정하고 있었으나, 법인지방소득세로 전환됨에 따라 그 과세표준을 법인세 과세표준으로 규정하고 있고, 일반적 경과조치 규정으로서 개정법률 시행 당시 종전의 규정에 따라 감면하였거나 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다고 하였는바, 이에 따르면 위 개정이후 사업연도에 대하여 개정 전 과세표준을 적용하여 법인지방소득세를 계산하려면 위 일반적 경과조치의 적용이 가능한 경우라야 한다고 할 것이다. 그런데, 일반적 경과조치 규정과 관련하여 대법원은 종전 규정이 장래 과세요건을 갖추는 경우에도 일정한 기간 내에는 특별히 비과세 내지 면제 등을 한다는 내용으로 규정하고 있지 않는 한 조세감면 등에 관한 종전 규정은 적용할 수 없다는 취지로 판시하고 있다(대법원 2001.5.29. 선고 98두13713 판결, 2004.12.9. 선고 2003두13076 판결, 2004.11.25. 선고 2003두12929 판결, 2013.9.12. 선고 2012두12662 판결 등 다수). 즉 종전 청구법인이 구 조세특례제한법제121조의2에 의해 법인세 감면을 받은 결과 그 이후의 법인세 결정세액을 과세표준으로 하여 법인세분 지방소득세를 산정할 수 있었다고 하더라도, 당해 규정은 그 조문에 의해 법인세 감면을 받던 자가 향후 이 사건 과세표준 변경 등 법인지방소득세와 관련한 과세요건을 충족하더라도 특정기간 간에는 특히 그 지방세감면을 한다는 취지로 정한 바는 없고, 종전 규정의 경우에도 법인세분 지방소득세의 세율을 법인세액의 100분의 10이라고 하여 그 과세표준이 법인세액임을 정하고 있었다고 하여도, 그 외 종전 규정을 통하여 장래 과세요건을 갖추는 경우에도 일정기간 내에는 특별히 조세를 감면한다는 내용의 정함은 없었던 것으로 위 법률개정으로 법인지방소득세 과세표준 체계가 변경된 이후에도 종전의 과세표준을 적용하여 계산하기 위한 일반적 경과조치 적용기준의 충족이 있었다고 보기는 어렵다고 할 것이다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 지방세법개정과 함께 규정한 일반적 경과조치를 근거로 개정 전 지방세법의 적용을 전제로 하여 조세특례제한법상 세액공제 규정을 적용할 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령: ＜별지2＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 이월세액공제 잔액의 확인을 위하여 2009〜2010사업연도 법인세계산서 신고서 등을 제출하였고, 이월세액공제를 적용하여 법인세를 신고하였다는 증빙으로 2014사업연도 법인세 신고서 등을 제출하였으며, 각 사업연도의 법인지방소득세에서 이 건 연구비 등의 세액공제가 이루어지지 않았다는 사실에는 이견이 없다.

(2) 개정 지방세법의 개정이유에는 “소득세 및 법인세의 부가세 형태로 부과ㆍ징수하고 있는 지방소득세를 독립세 방식으로 전환함으로써 지방자치단체의 자주재원을 확충하고 지역경제의 발전을 지방세수의 신장과 연계”하기 위한 것으로 기재되어 있다.

(3) 개정지방세법이 발의되었을 당시 국회 행정안전위원회 전문위원이 작성한 검토보고서에 의하면, “구 지방세법하에서 법인세 세액공제 및 감면에 연동하여 부가적으로 법인지방소득세도 세액공제ㆍ감면을 받았으나, 지방세법의 개정으로 더 이상 이와 같은 혜택이 유지되지 않는다. 법률 개정안이 지방소득세를 부가세에서 독립세 방식으로 전환하였으므로, 지방소득세에 대한 특례조항을 별도로 규정할 필요가 있어 개정안은 개인지방소득세에 관한 세액공제 등에 대하여는 새로이지방세특례제한법등에 옮겨 규정하였던 반면, 법인지방소득세에 관한 특례조항은 배제함으로써 법인에 대한 지방소득세의 과세를 강화하였다”는 취지로 기재하고 있다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 일반적 경과조치에서 규정한 종전 규정의 범위에 구 조세특례제한법도 포함되는 것을 전제로 하여 종전 규정이 신뢰보호와 관련된 내용을 담고 있다고 주장하나, 법인세분 지방소득세는 그 신고기한(해당 사업연도 종료일부터 4개월)이 법인세 신고기한(사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월) 이후일 수밖에 없고, 종전 규정도 확정된 법인세액을 과세표준으로 하여 지방소득세를 계산하도록 규정하고 있으므로 지방소득세는 이미 확정된 법인세액에 따라 그 세액의 100분의 10을 신고납부하면 되는 것이지 그 산정 과정에서 법인세법령이나 조세특례제한법령을 별도로 고려할 이유가 없는 점, 법인세분 지방소득세를 산정함에 있어 구 조세특례제한법이 적용된다고 볼 수는 없으므로 일반적 경과조치에서 규정한 종전 규정의 범위에 구 조세특례제한법이 포함된다고 보기 어려운 점, 종전 규정이 신뢰보호와 관련된 내용을 담고 있는지 보면 해당 규정에서는 과세표준 및 세율에 대한 내용만 담고 있을 뿐 감면이나 세액공제와 관련된 내용을 명시적으로 규정하고 있다고 보기 어려운 점 등에 비추어 종전 규정은 일반적 경과조치의 적용대상이 되는 규정에 해당하지 않는다 할 것인바, 처분청들의 이 건 경정청구 거부처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제96조 제6항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지1＞ 처분청별 청구세액 및 경정청구 거부통지일 내역 ＜별지2＞ 관련 법령

(1) 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정되기 전의 것) 제89조(세율) ①소득분의 표준세율은 다음과 같다. 구분 세율 소득세분 법인세분 소득세액의 100분의 10 법인세액의 100분의 10

② 지방자치단체의 장은 조례로 정하는 바에 따라 소득분의 세율을 제1항의 표준세율의 100분의 50의 범위에서 가감할 수 있다.

(2) 지방세법 (2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된 것) 제103조의19(과세표준) 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은 법인세법 제13조에 따라 계산한 금액(조세특례제한법 및 다른 법률에 따라 과세표준 산정에 관련한 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 법인세의 과세표준)과 동일한 금액으로 한다. 제103조의22(세액공제 및 세액감면) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 세액공제 및 세액감면에 관한 사항은 지방세특례제한법에서 정한다. 이 경우 공제 및 감면되는 세액은 법인지방소득세 산출세액(제103조의31에 따른 토지 등 양도소득에 대한 법인지방소득세 세액을 제외한 법인지방소득세 산출세액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에서 공제한다.

② 제1항에 따른 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 공제세액 또는 감면세액이 법인지방소득세 산출세액을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 없는 것으로 한다. 부칙 제15조(일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.

(3) 조세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12173호로 개정되기 전의 것) 제132조(최저한세액에 미달하는 세액에 대한 감면 등의 배제) ① 내국법인(제72조제1항을 적용받는 조합법인 등은 제외한다)의 각 사업연도의 소득과 법인세법 제91조 제1항을 적용받는 외국법인의 각 사업연도의 국내원천소득에 대한 법인세(법인세법 제55조의2에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인세와 같은 법 제96조에 따른 법인세에 추가하여 납부하는 세액, 가산세 및 대통령령으로 정하는 추징세액은 제외하며, 대통령령으로 정하는 세액공제 등을 하지 아니한 법인세를 말한다)를 계산할 때 다음 각 호의 어느 하나에 규정된 감면 등을 적용받은 후의 세액이 제1호 및 제2호에 따른 손금산입 및 소득공제 등을 하지 아니한 경우의 과세표준(제1호에 따른 준비금을 관계 규정에 따라 익금에 산입한 금액을 포함하며, 이하 이 조에서 "과세표준"이라 한다)에 100분의 17[과세표준이 100억원 초과 1천억원 이하 부분은 100분의 12, 과세표준이 100억원 이하 부분은 100분의 10, 중소기업의 경우에는 100분의 7(중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 그 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도에는 100분의 8, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도에는 100분의 9로 한다)]을 곱하여 계산한 세액(이하 "법인세 최저한세액"이라 한다)에 미달하는 경우 그 미달하는 세액에 상당하는 부분에 대해서는 감면 등을 하지 아니한다.

1. 제9조에 따라 각 사업연도의 소득금액계산을 할 때 손금으로 산입하는 연구·인력개발준비금

2. 제8조, 제8조의2, 제10조의2, 제13조, 제14조, 제55조의2제4항, 제60조제2항, 제61조제3항, 제62조제1항, 제63조의2제5항에 따른 소득공제금액, 손금산입금액, 익금불산입금액 및 비과세금액

② 거주자의 사업소득(제16조를 적용받는 경우에만 해당 부동산임대업에서 발생하는 소득을 포함한다. 이하 이 항에서 같다)과 비거주자의 국내사업장에서 발생한 사업소득에 대한 소득세(가산세와 대통령령으로 정하는 추징세액은 제외하며 사업소득에 대한 대통령령으로 정하는 세액공제 등을 하지 아니한 소득세를 말한다)를 계산할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 감면 등을 적용받은 후의 세액이 제1호 및 제2호에 따른 손금산입 및 소득공제 등을 하지 아니한 경우의 사업소득(제1호에 따른 준비금을 관계 규정에 따라 익금에 산입한 금액을 포함한다)에 대한 산출세액에 100분의 45(산출세액이 3천만원 이하인 부분은 100분의 35)를 곱하여 계산한 세액(이하 "소득세 최저한세액"이라 한다)에 미달하는 경우 그 미달하는 세액에 상당하는 부분에 대해서는 감면 등을 하지 아니한다.

1. 제9조에 따라 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금으로 산입하는 연구·인력개발준비금

2. 제8조, 제10조의2, 제16조, 제86조의3 및 제132조의2에 따른 손금산입금액 및 소득공제금액

③ 이 법을 적용할 때 제1항 각 호 및 제2항 각 호에 열거된 감면 등과 그 밖의 감면 등이 동시에 적용되는 경우 그 적용순위는 제1항 각 호 및 제2항 각 호에 열거된 감면 등을 먼저 적용한다.

④ 제1항 및 제2항에 따른 최저한세의 적용에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제144조(세액공제액의 이월공제) ①제5조, 제7조의2, 제8조의3, 제10조, 제11조, 제12조제2항, 제12조의3, 제12조의4, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제29조의2, 제30조의2, 제30조의4, 제94조, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18, 제104조의22, 제104조의25, 제126조의6, 제126조의7 제8항 및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조제2항(종전 제37조의 개정규정만 해당한다)에 따라 공제할 세액 중 해당 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제132조에 따른 법인세 최저한세액 및 소득세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 5년(제5조에 따라 공제할 세액으로서 중소기업이 설립일로부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 7년) 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 소득세[사업소득(제126조의6을 적용하는 경우에는 소득세법 제45조제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득을 포함한다)에 대한 소득세만 해당한다] 또는 법인세에서 공제한다.

② 각 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제할 금액으로서 제5조, 제7조의2, 제10조, 제11조, 제12조 제2항, 제12조의3, 제12조의4, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제29조의2, 제30조의2, 제30조의4, 제94조, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18, 제104조의25, 제126조의6, 제126조의7 제8항 및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조제2항(종전 제37조의 개정규정만 해당한다)에 따라 공제할 금액과 제1항에 따라 이월된 미공제 금액이 중복되는 경우에는 제1항에 따라 이월된 미공제 금액을 먼저 공제하고 그 이월된 미공제 금액 간에 중복되는 경우에는 먼저 발생한 것부터 차례대로 공제한다.

③ 제1항에도 불구하고 제26조 제1항 제2호 각 목 외의 부분 단서에 따라 해당 투자가 이루어진 과세연도에 공제받지 못한 금액과 제26조제6항에 따라 소득세 또는 법인세로 납부한 금액은 다음 각 호의 순서대로 계산한 금액을 더한 금액을 한도로 하여 해당 투자가 이루어진 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 5년 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 이월공제받는 과세연도의 상시근로자 수는 제3호 각 목에 따른 상시근로자 수 중 큰 수를 초과하여야 한다.

1. 이월공제받는 과세연도에 최초로 근로계약을 체결한 상시근로자 중 산업수요맞춤형고등학교등의 졸업생 수 × 2천만원

2. 이월공제받는 과세연도에 최초로 근로계약을 체결한 제1호 외의 상시근로자 중 청년근로자, 장애인근로자, 60세 이상인 근로자 수 × 1천500만원

3. (이월공제받는 과세연도의 상시근로자 수 - 제1호에 따른 졸업생 수 - 제2호에 따른 청년근로자, 장애인근로자, 60세 이상인 근로자 수 - 다음 각 목의 수 중 큰 수) × 1천만원

• 가. 이월공제받는 과세연도의 직전 과세연도의 상시근로자 수
• 나. 이월공제받는 금액의 해당 투자가 이루어진 과세연도의 직전 과세연도의 상시근로자 수
• 다. 제26조제6항에 따라 상시근로자 수가 감소하여 소득세 또는 법인세를 납부한 경우 그 상시근로자 수가 감소한 과세연도(2개 과세연도 연속으로 상시근로자 수가 감소한 경우에는 두 번째 과세연도)의 상시근로자 수