청구법인이 2013사업연도에 법인세에서 공제받지 못한 이월세액공제액에 대하여 2014.1.1. 개정된 「지방세법」의 부칙(일반적 경과규정)을 적용하여 개정 전 「지방세법」의 규정에 따라 지방소득세 산출세액에서 「조세특례제한법」상 이월세액공제액을 차감하여야 한다는 청구주장의 당부

[참조결정] 조심2020지3225

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2013사업연도 법인세 신고시 연구·인력개발비 등(이하 “이 건 연구비 등”이라 한다)에 대하여 조세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12173호로 개정되기 전의 것, 이하 “구 조특법”이라 한다) 제10조에 따른 세액공제를 적용하려 하였으나, 최저한세 규정 탓에 이 건 연구비 등에 대한 세액공제를 받지 못하였다가 2014∼2015사업연도에 구 조특법 제144조 제1항(이하 “이월세액공제 규정”이라 한다)에 따라 이 건 연구비 등에 대한 세액공제를 적용하여 법인세(이하 “이 건 법인세”라 한다)를 신고·납부하였다.
• 나. 청구법인은 2014, 2015사업연도 법인지방소득세 신고시 법인세법제13조에 따라 산정한 금액을 과세표준으로 하여 법인지방소득세를 산정하고 이를 사업장별로 처분청들에게 안분하여 신고납부하였다.
• 다. 그후, 청구법인은 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된 것, 이하 “개정 지방세법”이라 한다) 부칙 제15조의 일반적 경과규정에 따라 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정되기 전의 것) 제89조 제1항(이하 “종전 규정”이라 한다)을 적용하여 지방소득세를 산정하고, 이러한 산출세액에서 구 조특법에 따른 이월세액공제액 중 10%에 해당하는 세액을 차감하여 법인지방소득세액을 산정하여야 한다는 취지로 2020.5.1. 경정청구를 제기하였고, 처분청들은 2020.5.15.∼2020.7.1. 이를 거부하는 통지를 하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2020.8.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 2013사업연도 법인세 신고시 최저한세 한도로 인하여 이 긴 연구비 등에 대한 세액공제를 전부 받지 못하였기 때문에 구 조특법의 규정에 따라 2014, 2015사업연도 법인세 신고시 이를 추가로 공제받았다. 2014.1.1. 지방세법이 개정되면서 법인지방소득세의 경우 이월세액공제를 받지 못하도록 개정되었는바, 청구법인은 2013년 당시 이 건 연구비 등과 관련한 세액공제액을 법인지방소득세에서도 공제받을 수 있을 것으로 신뢰하여 연구인력개발비 및 각종 설비 등에 투자하였으며, 2013사업연도 법인세 신고시 최저한세로 인하여 세액공제를 전부 받지 못하여 2014사업연도 이후로 이월하여 세액공제를 받게 되었던 것으로서, 지방세법이 납세자에게 불리하게 개정됨에 따라 법인세와 달리 법인지방소득세의 경우 이월 세액공제를 받지 못하게 된 경우에는 일반적 경과규정에 따라 종전의 규정에 따라 세액공제를 하는 것이 타당하다 할 것이고, 이와 관련한 판례(수원고등법원 2020.6.10. 선고 2019누13158 판결, 서울행정법원 2019.11.19. 선고 2018구합87279 판결)에서도 지방세법부칙 제15조에 따라 종전의 규정을 적용하여, 2014년 이후 법인지방소득세에서 이월세액공제액을 공제함이 타당함을 판시하였으므로, 청구법인의 경우에도 2014, 2015사업년도에 이월된 세액공제액의 10% 해당하는 부분은 종전과 같이 법인지방소득세에서 공제하여야 할 것이다.
• 나. 처분청 의견 종전 규정은 법인세분 지방소득세의 과세표준을 납부하여야 할 법인세액으로 규정하고 있었으나, 개정 지방세법에서는 법인지방소득세로 전환되면서 그 과세표준을 법인세 과세표준으로 규정하고 있고, 그 부칙에서 일반적 경과규정을 두면서 개정법률 시행 당시 종전의 규정에 따라 감면하였거나 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다고 규정하고 있고, 이에 따르면 위 개정이후 사업연도에 대하여 개정 전 과세표준을 적용하여 법인지방소득세를 계산하려면 위 일반적 경과조치의 적용이 가능한 경우라야 한다고 할 것이다. 그런데, 일반적 경과조치 규정과 관련하여 대법원은 종전 규정이 장래 과세요건을 갖추는 경우에도 일정한 기간 내에는 특별히 비과세 내지 면제 등을 한다는 내용으로 규정하고 있지 않는 한 조세감면 등에 관한 종전 규정은 적용할 수 없다는 취지로 판시하고 있다(대법원 2001.5.29. 선고 98두13713 판결, 2004.12.9. 선고 2003두13076 판결, 2004.11.25. 선고 2003두12929 판결, 2013.9.12. 선고 2012두12662 판결 등 다수). 종전에 청구법인이 구 조특법 제10조 제1항에 의해 법인세 세액공제를 받은 결과 일부 이월 공제세액이 발생하였다 하더라도 당해 이월공제액에 대하여 그 이후의 법인세 납부세액을 산정하면서 이를 공제받을 수 있으므로, 이에 대한 법인세분 지방소득세를 산정할 수 있었다고 하더라도, 당해 규정에서 법인세 세액공제를 받던 자가 향후 특정기간 내에는 지방소득세를 공제받을 수 있다는 취지로 규정하고 있지 아니하고, 종전 규정의 경우에도 법인세분 지방소득세의 세율을 법인세액의 100분의 10이라고 하여 그 과세표준이 법인세액임을 정하고 있었다고 하여도, 그 외 당해 종전 규정을 통하여 장래 과세요건을 갖추는 경우에도 일정기간 내에는 특별히 조세를 감면한다는 내용을 규정하지는 않았으므로, 지방세법의 개정으로 법인지방소득세 과세표준 체계가 변경된 이후에도 종전의 과세표준을 적용하여 계산하기 위한 일반적 경과조치 적용기준의 충족이 있었다고 보기는 어렵다고 할 것이다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 청구법인이 2013사업연도에 법인세에서 공제받지 못한 이월세액공제액에 대하여 2014.1.1. 개정된지방세법의 부칙(일반적 경과규정)을 적용하여 개정 전 지방세법의 규정에 따라 지방소득세 산출세액에서 조세특례제한법상 이월세액공제액을 차감하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법률

(1) 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정되기 전의 것) 85조(정의) 지방소득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

4. “법인세분”이란 법인세법에 따라 납부하여야 하는 법인세액을 과세표준으로 하는 지방소득세를 말한다. 제89조(세율) ①소득분의 표준세율은 다음과 같다. 구분 세율 소득세분 법인세분 소득세액의 100분의 10 법인세액의 100분의 10

② 지방자치단체의 장은 조례로 정하는 바에 따라 소득분의 세율을 제1항의 표준세율의 100분의 50의 범위에서 가감할 수 있다.

(2) 지방세법 (2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된 것) 제103조의19(과세표준) 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은 법인세법제13조에 따라 계산한 금액(조세특례제한법및 다른 법률에 따라 과세표준 산정에 관련한 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 법인세의 과세표준)과 동일한 금액으로 한다. 제103조의22(세액공제 및 세액감면) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 세액공제 및 세액감면에 관한 사항은 지방세특례제한법에서 정한다. 이 경우 공제 및 감면되는 세액은 법인지방소득세 산출세액(제103조의31에 따른 토지 등 양도소득에 대한 법인지방소득세 세액을 제외한 법인지방소득세 산출세액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에서 공제한다.

② 제1항에 따른 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 공제세액 또는 감면세액이 법인지방소득세 산출세액을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 없는 것으로 한다. ＜부 칙＞ 제15조(일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.

(3) 조세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12173호로 개정되기 전의 것) 제144조(세액공제액의 이월공제) ①제5조, 제7조의2, 제8조의3, 제10조, 제11조, 제12조제2항, 제12조의3, 제12조의4, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제29조의2, 제30조의2, 제30조의4, 제94조, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18, 제104조의22, 제104조의25, 제126조의6, 제126조의7 제8항 및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조제2항(종전 제37조의 개정규정만 해당한다)에 따라 공제할 세액 중 해당 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제132조에 따른 법인세 최저한세액 및 소득세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 5년(제5조에 따라 공제할 세액으로서 중소기업이 설립일로부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 7년) 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 소득세[사업소득(제126조의6을 적용하는 경우에는 소득세법 제45조제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득을 포함한다)에 대한 소득세만 해당한다] 또는 법인세에서 공제한다.

③ 제1항에도 불구하고 제26조 제1항 제2호 각 목 외의 부분 단서에 따라 해당 투자가 이루어진 과세연도에 공제받지 못한 금액과 제26조제6항에 따라 소득세 또는 법인세로 납부한 금액은 다음 각 호의 순서대로 계산한 금액을 더한 금액을 한도로 하여 해당 투자가 이루어진 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 5년 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 이월공제받는 과세연도의 상시근로자 수는 제3호 각 목에 따른 상시근로자 수 중 큰 수를 초과하여야 한다.

1. 이월공제받는 과세연도에 최초로 근로계약을 체결한 상시근로자 중 산업수요맞춤형고등학교등의 졸업생 수 × 2천만원

2. 이월공제받는 과세연도에 최초로 근로계약을 체결한 제1호 외의 상시근로자 중 청년근로자, 장애인근로자, 60세 이상인 근로자 수 × 1천500만원

3. (이월공제받는 과세연도의 상시근로자 수 - 제1호에 따른 졸업생 수 - 제2호에 따른 청년근로자, 장애인근로자, 60세 이상인 근로자 수 - 다음 각 목의 수 중 큰 수) × 1천만원

• 가. 이월공제받는 과세연도의 직전 과세연도의 상시근로자 수
• 나. 이월공제받는 금액의 해당 투자가 이루어진 과세연도의 직전 과세연도의 상시근로자 수
• 다. 제26조제6항에 따라 상시근로자 수가 감소하여 소득세 또는 법인세를 납부한 경우 그 상시근로자 수가 감소한 과세연도(2개 과세연도 연속으로 상시근로자 수가 감소한 경우에는 두 번째 과세연도)의 상시근로자 수
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구법인이 제출한 심리자료는 다음과 같다. (가) 청구법인은 2013사업연도에 조세특례제한법상 세액공제 대상인 연구인력개발비 및 각종 설비 등에 투자하였으나, 2013년 법인세 납부세액을 계산함에 있어 최저한세 한도 적용으로 인하여 아래 ＜표1＞과 같이 세액공제대상액 OOO원 중 OOO원을 공제받지 못한 것으로 2013년 법인세 최저한세조정계산서에서 나타난다. ＜표1＞ 2013년 최저한세 한도에 따른 세액공제 조정감 내역 (나) 청구법인은 조세특례제한법제144조 제1항에 따라 최저한세로 인하여 2013사업연도에 공제받지 못한 이월세액공제 상당액을 2014∼2015사업연도 산출한 법인세액에서 아래 ＜표2＞와 같이 공제하였다. ＜표2＞ 2013년 이월세액공제액 2014∼2015사업연도 공제내역 (다) 개정 지방세법의 개정이유에는 “소득세 및 법인세의 부가세 형태로 부과ㆍ징수하고 있는 지방소득세를 독립세 방식으로 전환함으로써 지방자치단체의 자주재원을 확충하고 지역경제의 발전을 지방세수의 신장과 연계”하기 위한 것으로 기재되어 있다. (라) 개정 지방세법이 발의되었을 당시 국회 OOO 전문위원이 작성한 검토보고서에 의하면, “구 지방세법 하에서 법인세 세액공제 및 감면에 연동하여 부가적으로 법인지방소득세도 세액공제․감면을 받았으나, 지방세법의 개정으로 더 이상 이와 같은 혜택이 유지되지 않는다. 법률 개정안이 지방소득세를 부가세에서 독립세 방식으로 전환하였으므로, 지방소득세에 대한 특례조항을 별도로 규정할 필요가 있어 개정안은 개인지방소득세에 관한 세액공제 등에 대하여는 새로이 지방세특례제한법 등에 옮겨 규정하였던 반면, 법인지방소득세에 관한 특례조항은 배제함으로써 법인에 대한 지방소득세의 과세를 강화하였다”는 취지로 기재하고 있다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살펴본다. 청구법인은 2014.1.1. 이후 법인지방소득세에서도 2014.1.1. 개정된 지방세법부칙 제15조에 따라 2014.1.1. 이전에 발생한 법인세 세액공제의 이월공제를 적용하여야 한다고 주장하나, 법인세 세액공제 및 이월공제를 규정한 조세특례제한법에서는 연구·인력개발비 등 각종 세액공제대상을 법인세에서 공제하되 해당 사업연도에 공제받지 못한 금액은 이월하여 공제한다고 규정한 것인데, 2014.1.1. 개정전 지방세법상 법인지방소득세의 산정방식이 법인세액을 법인지방소득세 과세표준으로 삼았던 결과 법인지방소득세 산출시 법인세 세액공제 및 이월공제에 따른 세액감소 효과를 간접적으로 보았던 것뿐이므로, 위 법령에서 법인지방소득세에 대하여도 비과세 내지 감면을 명시적으로 규정하고 있었다고 보기 어렵고, 지방세법령에서도 달리 세액공제와 그 이월공제에 관하여 정한 바가 없어 법인세 세액공제 이월공제에 따른 지방소득세 경감액을 개정된 지방세법부칙 제15조에서 종전의 규정에 따르도록 정한 “이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세”라고 보기 어려우므로 결국 개정 지방세법 부칙 제15조에 따라 법인세 세액공제 이월공제를 법인지방소득세 세액산출시 적용하기는 어렵다고 보아 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2020지3225, 2020.12.11. 같은 뜻임).

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제96조 제6항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 처분청별 청구세액