산업단지 조성사업에 의한 지목변경에 대하여 일반적 경과조치를 적용하여 종전 규정에 따라 취득세를 면제하여야 한다는 청구주장의 당부

[참조결정] 조심2019지2072

[주 문] OOO시장이 2020.7.10. 청구법인에게 한 취득세 등 합계 OOO원의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2008.5.30. OOO 일원에 3,905,709.9㎡의 OOO산업단지(이하 “쟁점산업단지”라 한다)의 사업시행자로 지정되었고, 사업을 시행하면서 2015.2.4.～2016.12.2.에 걸쳐 쟁점산업단지의 지목이 변경됨(이하 “이 건 지목변경”이라 한다)에 따라 지방세특례제한법(이하 “지특법”이라 한다) 제85조의2 제1항에 따라 감면율 50%를 적용하여 아래 ＜표＞와 같이 취득세 등 합계 OOO원을 신고‧납부하였다. (단위: 원)

○○○

• 나. 이후 청구법인은 이 건 지목변경에 대하여 지특법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것) 제78조(산업단지 등에 대한 감면) 제1항(이하 “종전 규정”이라 한다) 및 지특법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것) 부칙 제14조(이하 “일반적 경과조치”이라 한다)를 적용하여 종전 규정에 따라 취득세 등이 면제되어야 하므로 기 납부한 취득세 등 합계 OOO원을 환급하여야 한다는 취지로 2020.4.1. 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2020.7.10. 이를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2020.8.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 일반적 경과조치는 조세법령 불소급주의에 대한 예외로서 납세자에게 유리한 종전 규정에 대한 납세자의 신뢰 및 기득권을 보호하기 위한 것인바, 종전 규정 시행시 납세의무 성립 요건인 취득행위가 이루어지지 않았다 하더라도 취득과 밀접하게 관련된 직접적인 행위에 나아갔다면, 납세자의 신뢰를 보호하기 위하여 종전 규정을 적용하는 것이 타당하다 할 것이다. 청구법인은 종전 규정 시행시 쟁점산업단지 부지를 매입하고 착공을 하여 이 건 지목변경과 밀접하게 관련된 직접적인 원인행위를 하였고, 종전 규정은 약 20년간 그 골자가 바뀌지 않고 유지되면서 그 감면율 및 일몰기한의 축소 등에 대한 입법예고도 없어 종전 규정이 유지되리라는 것에 대한 청구법인의 정당한 신뢰가 존재하였다. 따라서, 이 건 지목변경 당시 지특법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것) 제78조 제1항(이하 “개정후 규정”이라 한다)의 감면율이 축소되었다 하더라도 종전 규정을 적용하여 이 건 지목변경에 대한 취득세 등을 면제하는 것이 타당하다 할 것이므로 이 건 경정청구 거부처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 세금의 부과는 납세의무의 성립시 유효한 법령의 규정에 의하여야 하고, 세법의 개정이 있을 경우에도 특별한 사정이 없는 한 개정 전후의 법령 중에서 납세의무가 성립될 당시의 법령을 적용하여야 할 것이며 조세법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 있어서 일반적 경과규정을 근거로 하여 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 종전 규정을 적용할 경우가 있다고 하더라도, 납세의무가 성립하기 전의 원인행위 시에 유효하였던 종전 규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인 행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에 특별히 면제한다거나 과세를 유예한다는 내용을 명시적으로 규정하고 있지 않는 한, 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세 감면 등을 신뢰하였다 하더라도 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호되어야 할 정도의 것으로 볼 수는 없다 할 것인바, 청구법인이 이 건 지목변경 공사에 착공한 2013.3.29. 당시 종전 규정에서는 2014.12.31.까지 취득세를 면제한다고 규정하고 있어, 2015.1.1.부터는 감면이 종료되거나 감면율이 축소될 수 있다는 사실을 충분히 인지할 수 있는 상황으로, 청구법인이 그 후에 쟁점산업단지 조성을 완료한다 하더라도 취득세 등이 면제될 것이라고 신뢰함을 정당한 것으로 보기는 곤란하여 처분청의 처분이 신뢰보호원칙에 위배된다고 하기는 어렵다. 따라서 이 건 경정청구 거부처분은 달리 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 산업단지 조성사업에 의한 지목변경에 대하여 일반적 경과조치를 적용하여 종전 규정에 따라 취득세를 면제하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것) 제78조(산업단지 등에 대한 감면) ① 산업입지 및 개발에 관한 법률 제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자 또는 산업기술단지 지원에 관한 특례법 제4조에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제하고, 조성공사가 시행되고 있는 토지에 대하여는 2014년 12월 31일까지 재산세의 100분의 50을 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 면제)한다. 다만, 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득한 부동산의 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하지 아니하는 경우에 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.

(2) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것) 제78조(산업단지 등에 대한 감면) ① 산업입지 및 개발에 관한 법률 제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자 또는 산업기술단지 지원에 관한 특례법 제4조에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를, 조성공사가 시행되고 있는 토지에 대해서는 재산세의 100분의 35(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 60)를 각각 2016년 12월 31일까지 경감한다. 다만, 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득한 부동산의 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하지 아니하는 경우에 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세 및 재산세를 추징한다. 제85조의2(지방공기업 등에 대한 감면) ① 지방공기업법에 따라 설립된 지방공사(농수산물공사 및 도시철도공사를 제외한다)에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2016년 12월 31일까지 지방세를 경감한다. 1.그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50(100분의 50 범위에서 조례로 따로 정하는 경우에는 그 율)에 지방자치단체의 주식소유비율[해당 지방공사의 발행주식총수에 대한 지방자치단체의 소유주식(지방공기업법 제53조 제4항에 따라 지방자치단체가 출자한 것으로 보는 주식을 포함한다) 수의 비율을 말한다. 이하 이 조에서 같다]을 곱한 금액을 경감한다. 부칙(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것) 제14조(일반적 경과조치) 이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 자료에 따르면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) OOO도지사는 2008.5.30. 청구법인 및 OOO시장을 사업시행자로 하여 쟁점산업단지 지구지정 고시를 하였다. (나) 2013년 5월 OOO신문, OOO 보도자료(2017.7.15.) 등에 의하면, OOO시는 2013.5.14. 쟁점산업단지에 대한 기공식을 개최하였다. (다) OOO도지사는 2016.12.2. 쟁점산업단지 개발사업 준공인가를 공고하였다.

(2) 산업단지 등에 대한 감면 규정의 연혁은 아래 ＜표＞와 같다. (3)

○○○

(4) 안전행정부에서 지특법 일부개정법률(안)의 개정에 앞서 2014.9.15. 입법예고 사항을 공고한 일부 내용은 아래와 같다.

○○○

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 일반적 경과조치는 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 종전 규정을 적용하도록 한 특별규정에 해당하므로, 종전 규정이 장래의 한정된 기간 동안 과세요건의 충족이 있는 경우에도 취득세를 면제하겠다고 명시적으로 규정하는 등 신뢰보호와 관련된 내용을 담고 있고, 청구법인이 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하여 종전 규정의 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 원인행위로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 그 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우에는 예외적으로 종전 규정이 적용된다고 할 것이다. (나) 일반적 경과조치는 종전 규정이 시행될 당시에는 납세의무가 성립되지는 아니하였으나 납세자가 종전 규정을 신뢰하고 원인행위를 한 경우 이를 보호하고자 하는데 그 취지가 있다 할 것이고, 청구법인은 종전 규정 시행 당시 지목변경에 따른 취득세가 면제될 것임을 신뢰하고 쟁점산업단지의 사업시행자로 지정된 후 이 건 지목변경 공사를 계속 이행하였으며, 산업단지에 대한 취득세 면제조항은 1995년에 신설되어 2015년 감면율이 인하될 때까지 약 20년간 계속되었으므로 청구법인이 쟁점산업단지의 지목변경 공사를 완료할 때까지 동 면제조항이 유지될 것이라고 기대하는 것이 무리가 아닌 것으로 보이는바, 이 건 지목변경 행위와 같이 개정된 법령 시행 후에 과세요건이 완성된 경우에도 종전 규정을 적용하여 납세의무자의 정당한 신뢰를 보호하는 것이 타당하다 할 것이다. 따라서 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법 제96조 제6항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.