① 청구법인이 2016년도 및 2017년도 재산세 과세기준일(6.1) 현재 쟁점토지를 고유업무에 직접 사용하지 않은 것으로 보아 재산세 등을 과세한 처분의 당부 ② 쟁점토지의 2017년도분 재산세 등이 「지방세특례제한법」제78조 제1항에 따라 100분의 35 감면대상인지 여부

[주 문]

1. OOO시장이 2020.5.15. 청구법인에게 한 2017년도 토지분 재산세 OOO원 지방교육세 OOO원 합계 OOO원의 부과처분은 OOO㎡(세부내용은 6쪽 ＜표＞ 기재와 같다)에 대한 재산세의 35%를 경감하는 것으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

2. 나머지 심판청구는 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 처분청은 2016년 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 청구법인이 소유하고 있는 OOO㎡(이하 “이 건 제①토지”라 한다) 및 2017년 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 청구법인이 소유하고 있는 이 건 제①토지와 OOO㎡(이하 “이 건 제②토지”라 하고, 이 건 제①토지와 합하여 “이 건 토지”라 한다)에 대하여 지방세특례제한법제14조 제3항에 따른 농업협동조합법에 따라 설립된 조합이 그 고유업무에 직접 사용하고 있는 것으로 보아 2016년도 및 2017년도 토지분 재산세 등을 면제하였다.
• 나. 처분청은 청구법인이 2016년도 및 2017년도 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 이 건 토지를 그 고유업무에 직접 사용하지 아니하여 재산세 면제 대상이 아닌 것으로 보아 2020.5.15. 청구법인에게 지방세법제4조 제1항에 따른 시가표준액에 같은 법 시행령 제109조의 공정시장가액비율을 곱하여 산출한 금액을 과세표준으로 하고 지방세법제111조 제1항 제1호 다목 3)의 세율을 적용하여 산출한 2016년도 토지분 재산세(도시지역분 포함) OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원과 2017년도 토지분 재산세(도시지역분 포함) OOO원 지방교육세 OOO원 합계 OOO원을 부과·고지 하였다.
• 다. 청구법인은 이 건 토지 중 그 고유업무에 직접 사용하지 않고 있는 OOO㎡를 제외한 토지(이하 “쟁점토지”라 한다)에 대하여 부과된 2016년도 토지분 재산세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원과 2017년도 토지분 재산세 OOO원 지방교육세 OOO원 합계 OOO원에 대하여 불복하여 2020.8.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 쟁점토지를 취득한 후 2016년도 및 2017년도 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 그 지상에 공장용 건축물 건축을 위하여 토목공사를 진행하는 등 각종 업무를 지속적으로 수행하고 있었으므로 그 고유업무에 직접 사용중인 것으로 보아야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 2016년도 및 2017년도 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 쟁점토지상에 공장용 건축물의 신축공사를 착공하지 못하였으므로 그 고유업무에 직접 사용중인 것으로 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점

① 청구법인이 2016년도 및 2017년도 재산세 과세기준일(6.1) 현재 쟁점토지를 고유업무에 직접 사용하지 않은 것으로 보아 재산세 등을 과세한 처분의 당부

② 쟁점토지의 2017년도분 재산세 등이 지방세특례제한법제78조 제1항에 따라 100분의 35 감면대상인지 여부(직권심리)

• 나. 관련 법령: ＜별지＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 1971.8.28. 조합원이 생산하는 물자의 제조, 가공, 판매, 수출 등의 사업을 목적사업으로 하고 OOO을 주사무소 소재지로 하여 설립되었다. (나) 청구법인의 정관 제1조 명칭을 보면 “우리 조합은 농업협동조합법에 의하여 설립되며 OOO조합이라 한다”고 규정하고 있고, 제5조 제1항 제2호 가목 사업의 종류를 보면 “조합원이 생산하는 물자의 제조·가공·판매·수출 등의 사업”이라고 규정하고 있다. (다) OOO시장은 2016.1.18. 청구법인을 사업시행자로 하고, 위치를 쟁점토지로 하여 OOO일반산업단지계획을 승인·고시하였고, 2018.1.2. 산업단지 인·허가절차 간소화를 위한 특례법제15조 규정에 의하여 다시 변경 승인·고시를 아래와 같이 하였다.

○○○ (라) 청구법인은 기존의 노후화된 OOO공장 및 OOO공장을 통합하여 신공장을 건축하기 위해 아래와 같이 2016.3.16.부터 2016.9.28.까지 쟁점토지를 취득하였다. ＜표＞ 쟁점토지 세부현황

○○○ (마) 청구법인은 2016.10.12. 쟁점토지의 토목공사를 위하여 OOO건설산업 주식회사(이하 “OOO건설산업”이라 한다)와 아래와 같이 공사도급계약을 체결하였다.

○○○ (바) 청구법인은 쟁점토지상에 공장용 건축물의 착공 지연 원인으로 쟁점토지 중 OOO소재 지상물의 철거를 위하여 OOO법원에 소를 제기하여 2017.4.21. 판결로 그 지상물의 철거와 그 부지를 인도받는 것에 상당시간이 소요되었다고 주장한다. (사) 청구법인은 2017.9.27. 쟁점토지의 토목공사를 위하여 OOO건설산업과 그 공사의 종기를 2017.10.11.에서 2018.1.11.로 연장하는 계약을 체결하였고, 2018.1.4. 다시 2018.4.30.로 연장하는 계약을 체결하였다. (아) 청구법인은 쟁점토지상에 공장용 건축물 건축을 위하여 2018. 2.6. 처분청으로부터 아래와 같이 건축허가를 받았고, 2018.8.16. 착공신고 수리 통지를 받았으며, 2020.6.23. 쟁점토지상에 신축한 건축물의 사용승인을 받은 것으로 확인된다.

○○○

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다. 지방세특례제한법 제14조 제3항에서 농업협동조합법에 따라 설립된 조합이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를, 과세기준일 현재 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세를 각각 2017년 12월 31일까지 면제한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제123조에서 법 또는 다른 법령에서의 토지에 대한 재산세의 감면규정을 적용할 때 직접 사용의 범위에는 해당 감면대상 업무에 사용할 건축물을 건축 중인 경우를 포함한다고 규정하고 있다. 청구법인은 쟁점토지를 취득한 후 2016년도 및 2017년도 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 그 고유업무에 직접 사용중이었다고 주장하고 있으나, 청구법인의 정관 및 법인등기를 보면 그 고유업무에 조합원이 생산하는 물자의 제조, 가공, 판매, 수출 등의 사업 등을 기재하고 있을 점, 청구법인은 2017년도 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 쟁점토지에서는 토목공사를 진행중이었을 뿐, 그 고유업무에 직접 사용 할 공장용 건축물 건축을 위한 착공까지는 진행하지 못한 점 등에 비추어 청구법인이 2016년도 및 2017년도 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 쟁점토지를 그 고유업무에 직접 사용한 것으로 보기는 어려우므로 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

(3) 다음으로 쟁점②에 대하여 살펴본다. 지방세특례제한법제78조 제1항에서산업입지 및 개발에 관한 법률제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자가 산업단지를 조성하기 위하여, 조성공사가 시행되고 있는 토지에 대해서는 재산세의 100분의 35를 2019년 12월 31일까지 경감한다고 규정하고 있다. 청구법인은 OOO시장으로부터 2016.1.18. 고시 제OOO호로 승인받은 OOO산업단지계획에서 사업시행자로 지정된 것이 확인되고, 그 계획에서 쟁점토지 중 OOO㎡를 제외한 OOO㎡가 산업단지 부지로 포함되어 있는 점, 청구법인은 2016.10.12. 산업단지 조성을 위하여 OOO건설산업과 공사도급계약을 체결하고, 2016년 10월경 그 조성공사에 착공한 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구법인은 2017년도 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 쟁점토지 중 OOO㎡를 제외한 토지에서 산업단지를 조성하고 있어 지방세특례제한법제78조 제1항의 재산세 감면요건을 충족한 것으로 보이므로 위 토지의 2017년도분 재산세의 100분의 35를 감면하는 것으로 하여 그 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 지방세기본법 제96조 제6항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세특례제한법(2016.5.29. 법률 제14226호로 개정된 것) 제14조(농업협동조합 등의 농어업 관련 사업 등에 대한 감면) ③ 농업협동조합법에 따라 설립된 조합(조합공동사업법인을 포함한다), 수산업협동조합법에 따라 설립된 조합(어촌계 및 조합공동사업법인을 포함한다), 산림조합법에 따라 설립된 산림조합(산림계 및 조합공동사업법인을 포함한다) 및 엽연초생산협동조합이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(임대용 부동산은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)에 대해서는 취득세를, 과세기준일 현재 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세를 각각 2017년 12월 31일까지 면제한다. 제78조(산업단지 등에 대한 감면) ① 산업입지 및 개발에 관한 법률제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자 또는 산업기술단지 지원에 관한 특례법 제4조에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를, 조성공사가 시행되고 있는 토지에 대해서는 재산세의 100분의 35(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 60)를 각각 2019년 12월 31일까지 경감한다. 다만, 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득한 부동산의 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하지 아니하는 경우에 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세 및 재산세를 추징한다. 제178조(감면된 취득세의 추징) 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

(2) 지방세특례제한법 시행령(2017.3.27. 대통령령 제27959호로 개정된 것) 제123조(직접 사용의 범위) 법 또는 다른 법령에서의 토지에 대한 재산세의 감면규정을 적용할 때 직접 사용의 범위에는 해당 감면대상 업무에 사용할 건축물을 건축 중인 경우를 포함한다.

(3) 지방세법(2016.3.29. 법률 제14116호로 개정된 것) 제111조(세율) ① 재산세는 제110조의 과세표준에 다음 각 호의 표준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

1. 토지

• 다. 분리과세대상

3. 그 밖의 토지: 과세표준의 1천분의 2

(4) 지방세법 시행령(2017.3.29. 대통령령 제27972호로 개정된 것) 제102조(분리과세대상 토지의 범위) ⑤ 법 제106조 제1항 제3호 마목에서 “대통령령으로 정하는 토지”란 다음 각 호에서 정하는 토지(법 제106조 제1항 제3호 다목에 따른 토지는 제외한다)를 말한다. 다만, 제1호 및 제37호에 따른 토지 중 취득일부터 5년이 지난 토지로서 용지조성사업 또는 건축을 착공하지 아니한 토지는 제외하며, 제4호 및 제8호부터 제10호까지의 토지는 같은 호에 따른 시설 및 설비공사를 진행 중인 토지를 포함한다.

18. 산업입지 및 개발에 관한 법률제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자가 소유하고 있는 토지로서 같은 법에 따른 산업단지개발실시계획의 승인을 받아 산업단지조성공사를 시행하고 있는 토지