청구인의 쟁점건축물의 취득일에 그 대지지분인 쟁점토지를 취득한 것으로 볼 수 있는지 여부

[주 문] OOO시장이 2020.7.17. 청구인에게 한 취득세 등의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구인은 2006.7.10. OOO소재 근린생활시설용 건축물 OOO㎡ 및 그 부속토지 OOO㎡(이하 “이 건 토지”라 한다) 중 1층 제3호 건축물 OOO㎡(이하 “쟁점건축물”이라 한다)를 매매로 취득한 후, 2006.7.14. 처분청에 그 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하고 지방세법(2002.12.30. 법률 제6838호로 개정된 것) 제112조 제1항 등의 세율을 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원 및 등록세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원을 신고․납부하였다.
• 나. 청구인은 OOO법원이 2020.5.12. 이 건 토지 중 OOO분의 OOO지분인 OOO㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)에 관하여 2006.7.10. 매매를 원인으로 하여 청구인 명의로 지분이전등기절차를 이행하라는 판결(이하 “이 건 판결”이라 한다)을 하자, 쟁점토지를 청구인 명의로 등기하기 위하여 2020.6.9. 처분청에 쟁점토지의 시가표준액인 OOO원을 과세표준으로 하고 지방세법 제11조 제1항 제2호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 신고․납부하였다.
• 다. 청구인은 2020.7.1. 집합건물에서 구분소유자의 대지사용권은 규약이나 특별한 사정이 없는 한 전유부분과 일체불가분성이 인정되어 쟁점건축물의 취득일인 2006.7.10. 그 대지인 쟁점토지도 같이 취득한 것으로 볼 수 있고, 따라서 청구인은 쟁점토지에 대한 취득세 등을 부과제척기간(5년)이 경과된 후에 신고·납부한 것이므로 환급되어야 한다는 이유로 처분청에 경정청구를 하였으나, 처분청은 2020.7.17. 이를 거부하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2020.8.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 집합건물의 소유 및 관리에 관한 법률 제20조 제1항 및 제2항에서 집합건물에서 구분소유자의 대지사용권은 규약이나 공정증서로써 달리 정하는 특별한 사정이 없는 한 전유부분과 종속적 일체불가분성이 인정된다고 규정하고 있고, 대지소유권을 가진 집합건물의 건축자로부터 전유부문을 매수하여 그에 관한 소유권이전등기를 마친 매수인은 전유부분의 대지사용권에 해당하는 토지공유지분(대지지분)에 관한 이전등기를 마치지 아니한 때에도 대지지분에 대한 소유권을 취득한다 할 것이며, 수분양자가 전유부분 외에 대지지분을 함께 매수하였다고 볼 증거가 없다고 할지라도 전유부분의 처분에는 그에 대응하는 대지사용권도 수반되어 함께 이전되었다고 할 것이 것인바, 전소유자인 aaa은 낙찰에 의하여 쟁점건축물을 취득함으로써 쟁점건축물과 그 대지인 쟁점토지를 취득한 것이고, 그 이후 쟁점건축물의 취득자인 bbb 및 bbb으로부터 쟁점건축물을 취득한 청구인 역시 순차로 쟁점토지를 취득하였다 할 것이다. 따라서, 청구인은 쟁점토지에 대한 취득세 등을 신고․납부기한으로부터 5년을 경과한 2020.6.9. 신고․납부하였는바, 이 건 취득세 등은 부과제척기간이 경과된 후에 신고․납부한 것으로서 환급되어야 하므로 처분청이 이 건 거부처분을 한 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 일반적으로 소유권에 다툼이 있어 법원에 소를 제기하여 승소판결로 취득하는 경우 법원의 판결은 소유권을 원시적으로 창설하는 것이 아니고 소유권의 취득사실을 확인하고 이를 확정하여 주는 의미가 있다 하겠으므로 통상 법원 판결문상에 나타나는 명백한 취득의 시기는 인정하여야 할 것이나, 청구인의 경우 판결문에서 당사자가 변론기일에 출석하지 아니하여 상대방이 주장하는 사실을 명백히 다투지 아니하여 그 사실을 자백한 것으로 간주한 판결과 공시송달로 기일통지를 받고 변론기일에 출석하지 아니한 경우의 판결임이 확인되므로 이 건 판결문의 내용 자체가 진정한 사실관계에 부합된다고 인정하기 어려워 청구인의 주장과 같이 쟁점건축물의 취득일인 2006.7.10. 그 대지부분인 쟁점토지를 취득하였다고 보기는 어렵다. 따라서, 청구인이 쟁점토지를 소유권이전등기일인 2020.6.10. 취득했다고 볼 수 밖에 없고 지방세 부과제척기간(5년)이 경료되었다고 보기 어려우므로 처분청이 이 건 거부처분을 한 것은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 청구인의 쟁점건축물의 취득일에 그 대지지분인 쟁점토지를 취득한 것으로 볼 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령 등: ＜별지＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) ccc은 1984.7.28. 이 건 토지에 쟁점건축물을 포함한 건축물을 신축한 것으로 집합건축물대장 등에서 확인된다. (나) 이 건 판결의 청구원인 및 이 건 토지 등의 등기부등본을 보면 ddd은 1986.12.29. 쟁점건축물과 쟁점토지를 ccc로부터 취득하였고, eee은 1997.4.10. ddd으로부터 쟁점건축물과 쟁점토지를 취득하였다가 채권자인 AAA은행의 쟁점건축물에 대한 임의경매 신청으로 인하여 1998.10.30. 낙찰자인 aaa에게 소유권이 이전되었으며, bbb은 2003.5.9. aaa로부터 쟁점건축물만을 취득하였다가 2006.7.10. 청구인에게 매도한 것으로 기재되어 있다. (다) 청구인은 2006.7.10. 대지권이 미등기된 쟁점건축물을 매매로 취득한 후, 그 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하고 지방세법(2005.12.29. 법률 제7775호로 개정된 것) 제112조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원과 제131조 제1항 제3호 (2)의 세율을 적용하여 산출한 등록세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원을 2006.7.14. 처분청에 신고․납부하였다. (라) 쟁점건축물의 집합건물 등기부등본을 보면 부동산등기규칙 제88조 제1항에서 건물의 등기기록에 대지권의 등기를 할 때에는 전유부분의 표제부 중 대지권의 표시란에 표시번호, 대지권의 목적인 토지의 일련번호, 대지권의 종류, 대지권의 비율, 등기원인 및 그 연월일과 등기연월일을 각각 기록하여야 한다고 규정하고 있음에도 불구하고, 그 등기부등본에는 대지권에 대하여 별도로 기록되어 있지 않은 것으로 확인된다. (마) 청구인은 aaa이 쟁점건축물만을 경매로 취득하였을 때 그 대지지분인 쟁점토지도 함께 취득한 것이므로 쟁점건축물의 전전 소유자인 aaa, 전 소유자인 bbb에게 순차적으로 쟁점토지가 이전등기 된 후 최종적으로 청구인에게로 이전등기 되어야 한다는 사유로 하여 OOO법원에 지분이전등기청구의 소를 제기하였고, 동 법원은 2020.5.12. 청구인에게 지분이전등기 절차를 이행하라는 자백간주 및 공시송달 판결을 아래와 같이 하였다.

○○○ (바) 이 건 토지의 등기부등본을 보면, 쟁점토지는 1998.10.30. 임의경매로 인하여 낙찰자 aaa 명의로 2020.6.10. 소유권이전등기 되었고, 2003.5.9. aaa으로부터 매매를 원인으로 하여 bbb 명의로 2020.6.10. 소유권이전등기 되었으며, 2006.7.10. bbb으로부터 매매를 원인으로 하여 2020.6.10. 청구인 명의로 소유권이전등기된 것으로 기재되어 있다. (사) 청구인은 2020.6.9. 쟁점토지의 시가표준액 OOO원을 과세표준으로 하고 지방세법제11조 제1항 제2호의 세율을 적용하여 산출한 이 건 취득세 등을 신고․납부하였다. (아) 청구인은 2020.7.1. 집합건물에서 구분소유자의 대지사용권은 규약이나 특별한 사정이 없는 한 전유부분과 일체불가분성이 인정되어 쟁점건축물의 취득일인 2006.7.10. 그 대지인 쟁점토지도 같이 취득한 것으로 볼 수 있고, 따라서 청구인은 쟁점토지에 대한 취득세 등을 부과제척기간(5년)이 경과된 후에 신고·납부한 것이므로 환급되어야 한다는 이유로 처분청에 경정청구를 하였으나, 처분청은 2020.7.17. 이를 거부하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 지방세기본법 제38조 제1항에서 지방세는 대통령령으로 정하는 바에 따라 부과할 수 있는 날부터 다음 각 호에서 정하는 기간이 만료되는 날까지 부과하지 아니한 경우에는 부과할 수 없다고 규정하면서 그 제5호에서 그 밖의 경우에는 5년이라고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제20조 제1항에서 유상승계취득의 경우에는 다음 각 호에서 정하는 날에 취득한 것으로 본다고 규정하면서 그 제1호에서 법 제10조 제5항 제1호부터 제4호까지의 규정 중 어느 하나에 해당하는 유상승계취득의 경우에는 그 사실상의 잔금지급일을 규정하고 있다. 처분청은 이 건 취득세 등의 경정청구 거부처분이 정당하다는 의견이나, 집합건물의 소유 및 관리에 관한 법률제20조 제1항에서 구분소유자의 대지사용권은 그가 가지는 전유부분의 처분에 따른다고 규정하고 있고, 제2항에서 구분소유자는 그가 가지는 전유부분과 분리하여 대지사용권을 처분할 수 없다고 규정하고 있는바, 대지소유권을 가진 집합건물의 건축자로부터 전유부문을 매수하여 그에 관한 소유권이전등기를 마친 매수인은 전유부분의 대지사용권에 해당하는 토지공유지분(대지지분)에 관한 이전등기를 마치지 아니한 때에도 대지지분에 대한 소유권을 취득한다 할 것인 점, 이 건 판결에서 청구인이 쟁점건축물을 취득한 날인 2006.7.10. 쟁점토지를 취득한 것으로 보고 있고 동 판결에 따라 이 건 토지의 등기부등본이 정리된 점, 청구인은 2006.7.10. 쟁점건축물을 취득한 후 그로부터 5년을 경과한 2020.6.9. 이 건 토지에 대한 취득세 등을 신고․납부한 점 등에 비추어, 청구인은 2006.7.10. 쟁점건축물을 취득하면서 그 대지지분인 쟁점토지를 함께 취득하였으나 쟁점토지에 대한 취득세 등을 부과제척기간이 경과된 후인 2020.6.9. 신고․납부하여 동 취득세 등은 환급대상으로 보는 것이 타당하므로 처분청이 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법 제96조 제6항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세기본법 제38조(부과의 제척기간) ① 지방세는 대통령령으로 정하는 바에 따라 부과할 수 있는 날부터 다음 각 호에서 정하는 기간이 만료되는 날까지 부과하지 아니한 경우에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 “조세조약”이라 한다)에 따라 상호합의절차가 진행 중인 경우에는 국제조세조정에 관한 법률제51조에서 정하는 바에 따른다.

1. 납세자가 사기나 그 밖의 부정한 행위로 지방세를 포탈하거나 환급ㆍ공제 또는 감면받은 경우: 10년

2. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준 신고서를 제출하지 아니한 경우: 7년. 다만, 다음 각 목에 따른 취득으로서 법정신고기한까지 과세표준 신고서를 제출하지 아니한 경우에는 10년으로 한다.

• 가. 상속 또는 증여를 원인으로 취득하는 경우
• 나. 부동산 실권리자명의 등기에 관한 법률제2조 제1호에 따른 명의신탁약정으로 실권리자가 사실상 취득하는 경우
• 다. 타인의 명의로 법인의 주식 또는 지분을 취득하였지만 해당 주식 또는 지분의 실권리자인 자가 제46조 제2호에 따른 과점주주가 되어 지방세법제7조 제5항에 따라 해당 법인의 부동산등을 취득한 것으로 보는 경우

3. 그 밖의 경우: 5년

(2) 지방세법(2009.12.29. 법률 제9847호로 개정된 것) 제29조 (납세의무의 성립시기) ① 지방세를 납부할 의무는 다음 각 호의 시기에 성립한다.

2. 등록세: 재산권 기타 권리를 등기 또는 등록하는 때 제124조 (납세의무자) 등록세는 재산권 기타 권리의 취득ㆍ이전ㆍ변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록(登載를 포함한다. 이하 같다)하는 경우에 그 등기 또는 등록을 받는 자에게 부과한다. 제130조 (과세표준) ①부동산ㆍ선박ㆍ항공기ㆍ자동차 및 건설기계에 관한 등록세의 과세표준은 등기ㆍ등록당시의 가액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 과세표준은 조례가 정하는 바에 의하여 등기ㆍ등록자의 신고에 의한다. 다만, 신고가 없거나 신고가액이 제111조제2항 각호의 규정에 의한 시가표준액에 미달하는 경우에는 시가표준액을 과세표준으로 한다. 제131조 (부동산등기의 세율) ①부동산에 관한 등기를 받을 때에는 다음 각호의 표준세율에 의하여 등록세를 납부하여야 한다.

1. 상속으로 인한 소유권의 취득

(1) 농지 부동산가액의 1,000분의 3

(2) 기타 부동산가액의 1,000분의 8

2. 제1호 이외의 무상으로 인한 소유권의 취득: 부동산가액의 1,000분의 15. 다만, 제127조 제1항 제1호의 규정에 의한 비영리사업자가 소유권을 취득한 때에는 그 가액의 1,000분의 8로 한다.

3. 제1호 및 제2호 이외의 원인으로 인한 소유권의 취득

(1) 농지 부동산가액의 1,000분의 10

(2) 기타 부동산가액의 1,000분의 20

(3) 지방세법(2010.3.31. 법률 제10221호로 개정된 것) 부 칙 제6조(등록세 등의 경과조치) 이 법 시행 전에 이 법에 규정된 취득세 과세물건을 취득한 자로서 이 법 시행 후에 그 물건을 등기하거나 등록하는 자는 종전의 규정에 따른 등록세 및 지방교육세의 납세의무를 진다.

(4) 지방세법 시행령 제20조 (취득의 시기 등) ② 유상승계취득의 경우에는 다음 각 호에서 정하는 날에 취득한 것으로 본다.

1. 법 제10조 제5항 제1호부터 제4호까지의 규정 중 어느 하나에 해당하는 유상승계취득의 경우에는 그 사실상의 잔금지급일

2. 제1호에 해당하지 아니하는 유상승계취득의 경우에는 그 계약상의 잔금지급일(계약상 잔금지급일이 명시되지 아니한 경우에는 계약일부터 60일이 경과한 날을 말한다). 다만, 해당 취득물건을 등기ㆍ등록하지 아니하고 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 서류에 의하여 계약이 해제된 사실이 입증되는 경우에는 취득한 것으로 보지 아니한다.

• 가. 화해조서ㆍ인낙조서(해당 조서에서 취득일부터 60일 이내에 계약이 해제된 사실이 입증되는 경우만 해당한다)
• 나. 공정증서(공증인이 인증한 사서증서를 포함하되, 취득일부터 60일 이내에 공증받은 것만 해당한다)
• 다. 행정안전부령으로 정하는 계약해제신고서(취득일부터 60일 이내에 제출된 것만 해당한다)
• 라. 부동산 거래신고 관련 법령에 따른 부동산거래계약 해제등 신고서(취득일부터 60일 이내에 등록관청에 제출한 경우만 해당한다)

(5) 민사소송법 제150조(자백간주) ① 당사자가 변론에서 상대방이 주장하는 사실을 명백히 다투지 아니한 때에는 그 사실을 자백한 것으로 본다. 다만, 변론 전체의 취지로 보아 그 사실에 대하여 다툰 것으로 인정되는 경우에는 그러하지 아니하다.

② 상대방이 주장한 사실에 대하여 알지 못한다고 진술한 때에는 그 사실을 다툰 것으로 추정한다.

③ 당사자가 변론기일에 출석하지 아니하는 경우에는 제1항의 규정을 준용한다. 다만, 공시송달의 방법으로 기일통지서를 송달받은 당사자가 출석하지 아니한 경우에는 그러하지 아니하다. 제194조(공시송달의 요건) ① 당사자의 주소등 또는 근무장소를 알 수 없는 경우 또는 외국에서 하여야 할 송달에 관하여 제191조의 규정에 따를 수 없거나 이에 따라도 효력이 없을 것으로 인정되는 경우에는 법원사무관등은 직권으로 또는 당사자의 신청에 따라 공시송달을 할 수 있다.

② 제1항의 신청에는 그 사유를 소명하여야 한다.

③ 재판장은 제1항의 경우에 소송의 지연을 피하기 위하여 필요하다고 인정하는 때에는 공시송달을 명할 수 있다.

④ 재판장은 직권으로 또는 신청에 따라 법원사무관등의 공시송달처분을 취소할 수 있다.

(6) 집합건물의 소유 및 관리에 관한 법률 제20조(전유부분과 대지사용권의 일체성) ① 구분소유자의 대지사용권은 그가 가지는 전유부분의 처분에 따른다.

② 구분소유자는 그가 가지는 전유부분과 분리하여 대지사용권을 처분할 수 없다. 다만, 규약으로써 달리 정한 경우에는 그러하지 아니하다.

③ 제2항 본문의 분리처분금지는 그 취지를 등기하지 아니하면 선의(善意)로 물권을 취득한 제3자에게 대항하지 못한다.

④ 제2항 단서의 경우에는 제3조제3항을 준용한다.

(7) 부동산등기규칙 제88조(대지권의 등기) ① 건물의 등기기록에 대지권의 등기를 할 때에는 1동의 건물의 표제부 중 대지권의 목적인 토지의 표시란에 표시번호, 대지권의 목적인 토지의 일련번호ㆍ소재지번ㆍ지목ㆍ면적과 등기연월일을, 전유부분의 표제부 중 대지권의 표시란에 표시번호, 대지권의 목적인 토지의 일련번호, 대지권의 종류, 대지권의 비율, 등기원인 및 그 연월일과 등기연월일을 각각 기록하여야 한다. 다만, 부속건물만이 구분건물인 경우에는 그 부속건물에 대한 대지권의 표시는 표제부 중 건물내역란에 부속건물의 표시에 이어서 하여야 한다.

② 부속건물에 대한 대지권의 표시를 할 때에는 대지권의 표시의 끝부분에 그 대지권이 부속건물에 대한 대지권이라는 뜻을 기록하여야 한다.