[요지] 청구법인이 쟁점개수공사에 대하여지방세법제15조(세율의 특례) 제2항 제1호의 취득세율(2%)에, 의료업에 직접 사용한 부분에 대하여는지방세특례제한법제38조 제1항에 따른 취득세 감면세율(15/1,000)을 적용하고, 임대부분은 일반세율을 적용하여 취득세를 신고ㆍ납부한 점 등에 비추어 처분청이 건축물의 쟁점개수공사를 의료업에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 이 건 취득세를 부과한 처분에는 잘못이 있다고 판단됨.
[요지] 청구법인이 쟁점개수공사에 대하여지방세법제15조(세율의 특례) 제2항 제1호의 취득세율(2%)에, 의료업에 직접 사용한 부분에 대하여는지방세특례제한법제38조 제1항에 따른 취득세 감면세율(15/1,000)을 적용하고, 임대부분은 일반세율을 적용하여 취득세를 신고ㆍ납부한 점 등에 비추어 처분청이 건축물의 쟁점개수공사를 의료업에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 이 건 취득세를 부과한 처분에는 잘못이 있다고 판단됨.
[주 문] OOO구청장이 2020.5.14. 청구법인에게 한 취득세 등 합계 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
3. 심리 및 판단
(1) 지방세법(2015.12.29. 법률 제13636호로 개정되기 전의 것) 제6조(정의) 취득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음 각 호와 같다.
1. "취득"이란 매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자, 건축, 개수(改修), 공유수면의 매립, 간척에 의한 토지의 조성 등과 그 밖에 이와 유사한 취득으로서 원시취득(수용재결로 취득한 경우 등 과세대상이 이미 존재하는 상태에서 취득하는 경우는 제외한다), 승계취득 또는 유상·무상의 모든 취득을 말한다.
6. "개수"란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다. 가.건축법제2조 제1항 제9호에 따른 대수선
1. 상속으로 인한 취득
2. 제1호 외의 무상취득: 1천분의 35. 다만, 대통령령으로 정하는 비영리사업자의 취득은 1천분의 28로 한다.
3. 원시취득: 1천분의 28
4. 삭제 ＜2014. 1. 1.＞
5. 공유물의 분할 또는 부동산 실권리자명의 등기에 관한 법률 제2조 제1호 나목에서 규정하고 있는 부동산의 공유권 해소를 위한 지분이전으로 인한 취득(등기부등본상 본인 지분을 초과하는 부분의 경우에는 제외한다): 1천분의 23
6. 합유물 및 총유물의 분할로 인한 취득: 1천분의 23
7. 그 밖의 원인으로 인한 취득
1. 개수로 인한 취득(제11조 제3항에 해당하는 경우는 제외한다). 이 경우 과세표준은 제10조 제3항에 따른다.
(2) 지방세법 시행령 제5조(시설의 범위) ② 법 제6조 제4호 및 같은 조 제6호 나목에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 각각 잔교(棧橋)(이와 유사한 구조물을 포함한다), 기계식 또는 철골조립식 주차장, 차량 또는 기계장비 등을 자동으로 세차 또는 세척하는 시설, 방송중계탑(방송법제54조제1항제5호에 따라 국가가 필요로 하는 대외방송 및 사회교육방송 중계탑은 제외한다) 및 무선통신기지국용 철탑을 말한다.
(3) 지방세특례제한법(2015.12.29. 법률 제13637호로 개정되기 전의 것) 제38조(의료법인 등에 대한 과세특례) ①의료법제48조에 따라 설립된 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 2016년 12월 31일까지 취득세의 100분의 75(2017년 1월 1일부터 2018년 12월 31일까지는 100분의 50)를 경감[특별시·광역시 및 도청소재지인 시 지역에서 취득하는 부동산에 대해서는 2016년 12월 31일까지지방세법제11조 제1항의 세율에서 1천분의 15(2017년 1월 1일부터 2018년 12월 31일까지는지방세법제11조 제1항의 세율에서 1천분의 10)를 경감하는 것을 말한다]하고, 과세기준일 현재 의료업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 2016년 12월 31일까지 재산세(지방세법제112조에 따른 부과액을 포함한다)의 100분의 75(2017년 1월 1일부터 2018년 12월 31일까지는 100분의 50)를 경감한다.
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 의료기관의 설치 운영, 지역영세민 진료 및 무의촌 순회진료, 전기화상의 치료 및 연구, 기타 전력사업 의료지원 등을 목적사업으로 하여 설립된 비영리 의료법인이다. (나) 청구법인은 2014년부터 2016년까지 서울특별시 도봉구에 소재하는 OOO에 대하여 쟁점개수공사를 아래와 같이 진행하였다. ＜쟁점개수공사 현황＞ (다) 청구법인은 쟁점개수공사에 대하여지방세법제15조(세율의 특례) 제2항 제1호 규정을 적용한 취득세율(2%)에, 의료업에 직접 사용한 부분에 대하여는지방세특례제한법제38조 제1항에 따라 취득세 감면세율(15/1,000)을 적용하였고, 임대부분은 일반세율을 적용하여 취득세를 신고ㆍ납부하였다. (라) 처분청은 쟁점개수공사는지방세특례제한법제38조 제1항에서 규정하는 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 해당하지 아니한 것으로 보아, 청구법인에게 취득세 감면을 배제하여 취득세를 부과ㆍ고지하였다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 건축물에 대한 쟁점개수공사를 의료업에 직접 사용하는 부동산으로 볼 수 없다는 의견이나,지방세특례제한법제38조 제1항에서 의료법제48조에 따라 설립된 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 각 호에서 정하는 바에 따라 취득세를 경감하도록 규정하고 있고, 건축물의 개수는 건물을 취득한 것으로지방세법제6조 제1호에서 취득세 과세대상에 포함하고 있으므로 건축물을 개수하여 의료업에 직접 사용하는 경우에는 취득세가 경감되는 것으로 보아야 하는 점, 청구법인은 지역영세민 진료 및 무의촌 순회진료 등을 목적사업으로 설립된 비영리 의료법인으로, 병원 시설의 노후화 개선 및 진료시설 확충을 목적으로 철골조립식 주차장 증축, 대수선 공사 등의 쟁점개수공사를 실시하여 의료업에 사용한 것으로 보이는 점, 청구법인이 쟁점개수공사에 대하여지방세법제15조(세율의 특례) 제2항 제1호의 취득세율(2%)에, 의료업에 직접 사용한 부분에 대하여는지방세특례제한법제38조 제1항에 따른 취득세 감면세율(15/1,000)을 적용하고, 임대부분은 일반세율을 적용하여 취득세를 신고ㆍ납부한 점 등에 비추어 처분청이 건축물의 쟁점개수공사를 의료업에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 이 건 취득세를 부과한 처분에는 잘못이 있다고 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로지방세기본법제96조 제6항과국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.