비영리법인의 출자총액 증가에 따른 등록면허세 과세표준이 순자산가액 증가액인지 법인등기부등본상의 자산가액 증가액인지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2018.6.11. 본인의 이사인 OOO로부터 OOO토지 및 건축물(이하 “이 건 부동산”이라 한다)을 증여 받은 후, 2019.4.15. 법인등기부상 표기된 증가된 자산의 가액 OOO원을 과세표준으로 하고, 지방세법제28조 제1항 제6호 나목 2)의 세율을 적용하여 산출한 등록면허세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원(이하 “이 건 등록면허세 등”이라 한다)을 처분청에 신고ㆍ납부하였다.
• 나. 청구법인은 2020.4.20. 이 건 등록면허세 등의 과세표준은 이 건 부동산을 출연받음에 따라 증가된 자산의 가액에서 증가된 부채의 가액을 차감한 순자산가액 등이라고 주장하며 이 건 등록면허세 등의 일부를 환급해야 한다는 이유로 경정청구를 하였으나, 처분청은 2020.6. 15. 이를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2020.8.4. 심판청구를 제기하였다. 2.청구법인 주장 및 처분청 의견 가.청구법인 주장 청구법인은 2018.6.11. 증축 및 용도변경 전 상태의 이 건 부동산을 OOO로부터 출연받음으로서 청구법인의 정관상 기본재산의 가액이 OOO원(이하 “당초 출연가액”이라 한다) 증가하였으나, 법인등기부상 자산의 가액 변경 등기를 하지 않고 있다가 그 출연받은 재산에 대한 증축 및 용도변경을 하고 이 건 부동산에 대한 감정평가를 받은 후 그 감정평가금액인 OOO원을 청구법인의 정관상 기본재산의 가액에 반영하여 법인등기부상 자산의 가액 변경 등기를 하였다. 지방세법제28조 제1항 제6호 나목 2)에서 비영리법인의 출자총액 또는 재산총액의 증가의 경우 납입한 출자 또는 재산가액을 등록면허세 과세표준으로 규정하고 있고, 납입한 재산가액이라 함은 부채총액을 제외한 순자산가액으로 보아야 하므로 당초 출연가액 OOO원에서 이 건 부동산의 부채 OOO원을 차감한 OOO원(이하 “순자산가액”이라 한다)을 이 건 등록면허세 등의 과세표준으로 적용하여야 한다. 또한, 순자산가액을 등록면허세 과세표준으로 적용할 수 없다면 처분청에 신고한 과세표준은 당초 출연가액에 청구법인이 OOO로부터 출연받은 후 부담한 증축 및 용도변경 공사비가 포함된 것으로 이를 이 건 등록면허세 등의 과세표준으로 적용하는 것은 부당하므로 청구법인이 OOO로부터 출연받을 당시의 재산가액인 OOO원을 이 건 등록면허세 등의 과세표준으로 적용하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 등록면허세는 공부상에 재산권과 그 밖의 권리의 설정·변경 등에 관한 사항을 등기하거나 등록하는 행위에 대한 행위세의 일종이고, 비영리법인의 출자총액 또는 재산총액의 증가의 경우 등록면허세의 과세표준은 비영리법인에 납입한 자산총액에서 부채총액을 차감한 순자산가액을 의미하는 것이 아니라 비영리법인의 등기부등본에 기재되어 있는 자산의 총액에서 증가전의 자산의 총액을 차감한 금액을 의미한다고 할 것이며, 청구법인의 등기부등본을 보면 2019.4.15. 자산의 총액이 OOO원 증가한 것으로 기재되어 있으므로 처분청의 이 건 거부처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 비영리법인의 출자총액 증가에 따른 등록면허세 과세표준이 순자산가액 증가액인지 법인등기부등본상의 자산가액 증가액인지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 지방세기본법 제34조(납세의무의 성립시기) ① 지방세를 납부할 의무는 다음 각 호의 구분에 따른 시기에 성립한다.

2. 등록면허세

• 가. 등록에 대한 등록면허세: 재산권과 그 밖의 권리를 등기하거나 등록하는 때

(2) 지방세법 제23조(정의) 등록면허세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "등록"이란 재산권과 그 밖의 권리의 설정ㆍ변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기하거나 등록하는 것을 말한다. 제27조(과세표준) ① 부동산, 선박, 항공기, 자동차 및 건설기계의 등록에 대한 등록면허세(이하 이 절에서 "등록면허세"라 한다)의 과세표준은 등록 당시의 가액으로 한다. 제28조(세율) ① 등록면허세는 등록에 대하여 제27조의 과세표준에 다음 각 호에서 정하는 세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

6. 법인 등기

• 나. 비영리법인의 설립 또는 합병으로 인한 존속법인

1. 설립과 납입: 납입한 출자총액 또는 재산가액의 1천분의 2

2. 출자총액 또는 재산총액의 증가: 납입한 출자 또는 재산가액의 1천분의 2

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다.

○○○ (가) 청구법인은 2018.6.11. OOO와 이 건 부동산의 증여계약을 아래와 같이 체결하였다. (나) 청구법인은 증여받은 이 건 부동산을 기본재산 목록에 반영하기 위하여 OOO시장에게 정관변경허가를 요청하였고, OOO시장은 2018.7.10. 이를 아래와 같이 허가하였다.

○○○ (다) 청구법인은 증여받은 이 건 부동산의 일부를 증축하고 용도를 병원으로 변경한 후, 금융기관으로 대출을 받고자 이 건 부동산을 아래와 같이 감정평가를 받았다.

○○○ (라) 청구법인은 감정평가받은 이 건 부동산을 기본재산 목록에 반영하기 위하여 OOO시장에게 정관변경허가를 요청하였고, OOO시장은 2019년 4월 아래와 같이 허가하였다.

○○○ (마) 청구법인이 제출한 법인등기부를 보면 2019.4.15. 자산의 총액이 아래와 같이 변경등기 된 것으로 나타난다.

○○○ (바) 청구법인은 2019.4.15. 법인등기부상 표기된 증가된 자산의 가액 OOO원을 과세표준으로 하고, 지방세법제28조 제1항 제6호 나목 2)의 세율을 적용하여 산출한 이 건 등록면허세 등을 처분청에 신고ㆍ납부하였다. (사) 청구법인은 2020.4.20. 이 건 등록면허세 등의 과세표준은 출연을 받음에 따라 증가된 자산의 가액에서 증가된 부채의 가액을 차감한 순자산가액 등이라고 주장하며 이 건 등록면허세 등의 일부를 환급해야 한다는 이유로 경정청구를 하였으나, 처분청은 이를 2020.6.15. 거부하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴 본다. 지방세법제28조 제1항에서 등록면허세는 등록에 대하여 제27조의 과세표준에 다음 각 호에서 정하는 세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다고 규정하면서, 그 제6호 나목 2)에서 출자총액 또는 재산총액의 증가하는 경우는 납입한 출자 또는 재산가액의 1천분의 2를 규정하고 있다. 청구법인은 비영리법인의 자산총액 증가등기에 따른 등록면허세 과세표준이 순자산가액 증가액 등이라고 주장하나, 등록면허세는 재산권 기타 권리의 취득, 이전, 변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록하는 경우에 등기 또는 등록이라는 단순한 사실의 존재를 과세물건으로 하여 그 등기 또는 등록을 받는 자에게 부과하는 세금으로서, 그 등기 또는 등록의 유ㆍ무효나 실질적인 권리귀속여부와는 관계가 없는 점, 법인의 자산총액 증가등기에 따른 등록면허세의 과세표준이 되는 “납입한 자산가액”이란 법인등기부의 자산의 총액란에 기재되어 있는 증가된 금액을 의미한다고 보는 것이 타당한 점, 등기사항전부증명서에 의하면 청구법인은 2019.4.15. 자산의 총액 OOO원을 증가하는 등기를 한 것으로 확인되는 점 등에 비추어 청구법인의 자산총액 증가등기에 따른 등록면허세의 과세표준은 청구법인 등기부에 기재된 자산총액 증가액으로 보는 것이 타당하므로 처분청이 이 건 거부처분을 한 것은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제96조 제6항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.