[요지] 청구법인의 경우, 기부채납협약에 근거하여 청구법인이 초등학교를 직접 증축하여 기부채납을 완료함에 따라 이 건 부동산 취득가액의 일부를 구성하였던 쟁점학교용지분담금이 처분청으로부터 환급되어 청구법인이 이를 반환받은 사실이 확인되는 이상 쟁점학교용지분담금은 이 건 부동산의 취득세 등의 과세표준에 포함될 수 없다고 보는 것이 타당하므로 처분청이 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단됨
[요지] 청구법인의 경우, 기부채납협약에 근거하여 청구법인이 초등학교를 직접 증축하여 기부채납을 완료함에 따라 이 건 부동산 취득가액의 일부를 구성하였던 쟁점학교용지분담금이 처분청으로부터 환급되어 청구법인이 이를 반환받은 사실이 확인되는 이상 쟁점학교용지분담금은 이 건 부동산의 취득세 등의 과세표준에 포함될 수 없다고 보는 것이 타당하므로 처분청이 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단됨
[주 문] OOO구청장이 2020.5.4. 청구법인에게 한 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 위탁자인 주식회사 BBB로부터 수탁을 받아 이 건 부동산을 신축·판매하는 주택건설사업시행자로서 이 건 부동산을 신축하는 과정에서 2015.10.21. 처분청으로부터 이 건 학교용지부담금을 부과 받으면서, AAA 교실 등을 증축하여 기부채납을 할 경우 학교용지부담금을 환급 받기로 되어 있었고, 실제 기부채납을 완료함에 따라 기 납부한 이 건 학교용지부담금 OOO원 중 일부인 쟁점학교용지부담금 OOO원을 2019.12.20. 환급받았는바, 청구법인은 이 건 부동산 취득시기 이전에 학교용지부담금을 환급받기로 예정되어 있었고, 이 건 부동산 취득 후 실제 기부채납을 이행하여 학교용지부담금을 환급받았으므로 처분청은 쟁점학교용지부담금에 대한 취득세 등을 환급하여야 한다.
(2) 처분청이 2019.8.9. 청구법인에게 한 이 건 부동산에 대한 취득세 등 부과처분에는 AAA의 실제 증축비용인 이 건 초등학교증축비용 OOO원이 포함되어 있음에도 환급받은 쟁점학교용지부담금 OOO원을 이 건 부동산의 취득가액에 포함하는 것은 이중과세에 해당한다.
(1) 청구법인은 학교용지 확보 등에 관한 특례법제5조 제1항에 따라 이 건 학교용지부담금을 납부하지 아니하고는 이 건 부동산의 신축·분양사업 및 사업승인 등을 받을 수 없었을 것이고, 청구법인이 같은 법 제5조 제5항 제1호에 따라 쟁점학교용지부담금을 면제받았다고 하더라도 최초의 부과처분을 취소하는 형식이 아닌 이상 부과와 면제는 별개의 처분이라고 보아야 하므로 학교용지부담금이 이 건 부동산을 취득하기 이전에 그 지급원인이 발생하거나 확정된 사실 등을 고려할 때, 쟁점학교용지부담금에 대한 취득세 등은 환급대상이 아니다.
(2) 학교용지부담금은 자연적인 원인이 아니라 개발사업의 시행으로 인하여 학생 수가 증가하거나 증가가 예상되는 경우 이를 수용하기 위한 학교용지의 확보 또는 기존 학교의 증축이라는 공익사업에 필요한 재원을 그 원인자인 개발사업의 시행자에게 부담하게 하는데 그 취지가 있다 할 것인바, 학교를 조성·개발하는 데 소요되는 비용과는 그 목적이 다르다 할 것이므로 학교용지부담금과 증축비용을 각각 과세표준에 포함하는 것은 이중과세로 볼 수 없다.
3. 심리 및 판단
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 증빙자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 위탁자인 주식회사 BBB로부터 수탁 받아 이 건 부동산에 공동주택 OOO세대 및 상가 OOO호를 신축하여 판매하는 주택건설사업자이다. (나) 주식회사 BBB(‘도급인’)과 주식회사 CCC(‘수급인’)은 2014.6.25. OOO일원에서 시행하는 이 건 부동산 신축사업과 관련하여 공사도급계약을 체결하였다. (다) 청구법인은 2015.2.11. 주식회사 BBB(‘도급인’)과 관리형토지신탁계약을 체결한 후, 이 건 부동산 신축과 관련한 공사도급계약상 도급인으로서의 지위를 승계하고, 공사에 착수하여 2018.2.28. 이 건 부동산을 신축(사용승인)하였다. (라) 청구법인과 OOO교육지원청은 2015.9.15. 이 건 부동산 신축 등에 따른 AAA 학교시설 기부채납협약서를 아래와 같이 체결하였다. ＜ 기부채납협약서(발췌) ＞
○○○ (마) 청구법인은 OOO교육지원청과의 기부채납약정에 따라 2018.8.30. AAA를 증축한 후 기부채납을 완료하였다. (바) 처분청은 학교용지 확보 등에 관한 특례법에 따라 2015.10.21. 이 건 부동산의 총분양금액의 0.8%에 해당하는 OOO원을 청구법인에게 부과하였다. ＜ 학교용지부담금 부과내역 ＞
○○○ (사) 처분청은 청구법인이 2018.8.30. AAA를 증축하여 기부채납을 완료함에 따라 2015.10.21. 청구법인에게 부과한 학교용지부담금 중 일부인 쟁점학교용지부담금 OOO원을 2019.12.20. 청구법인에게 환급하였다. (아) 처분청의 청구법인에 대한 세무조사를 통해 청구법인이 이 건 부동산을 신축하는 과정에서 ① 이 건 학교용지부담금과 ② 기부채납한 이 건 초등학교증축비 등 OOO원 누락한 것으로 보아 2019.8.9. 청구법인에게 취득세 등을 부과·고지하였다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 지방세법제10조 제5항 제3호에서 법인장부 등에 따라 취득가격이 증명되는 취득에 대하여는 사실상의 취득가격을 과세표준으로 한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제18조 제1항 제3호에서 농지법에 따른 농지보전부담금, 산지관리법에 따른 대체산림자원조성비 등 관계 법령에 따라 의무적으로 부담하는 비용은 취득가격에 포함된다고 규정하고 있는바, 학교용지부담금은 개발사업에 대하여 사업을 시행하는 자에게 학교용지 확보 등에 관한 특례법에 따라 의무적으로 징수(세대별 공동주택 분양가격의 1천분의 8)하는 경비로서 그 부담금은 취득세 과세표준에 포함되는 것이지만, 취득가격의 일부가 되었던 부담금의 일부가 환급(반환)되는 경우에는 이에 해당하는 부분은 취득세 등의 과세표준에서 제외하는 것이 타당하다 할 것이다. (나) 청구법인의 경우, 청구법인과 OOO교육지원청이 체결한 AAA 학교시설 기부채납협약에 근거하여 청구법인이 초등학교를 직접 증축하여 기부채납을 완료함에 따라 이 건 부동산 취득가액의 일부를 구성하였던 쟁점학교용지분담금이 처분청으로부터 환급되어 청구법인이 이를 반환받은 사실이 확인되고 있고, AAA 증축과 관련하여 직접 투입된 비용인 이 건 초등학교증축비용에 대하여는 2019.8.9. 처분청이 취득세 등을 부과하여 청구법인이 이를 납부한 사실이 확인되는 이상 쟁점학교용지분담금은 이 건 부동산의 취득세 등의 과세표준에 포함될 수 없다고 보는 것이 타당하므로 처분청이 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법 제96조 제6항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령 등
(1) 지방세법 제10조(과세표준) ⑤ 다음 각 호의 취득(증여·기부, 그 밖의 무상취득 및소득세법 제101조 제1항 또는법인세법제52조 제1항에 따른 거래로 인한 취득은 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항 후단에도 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액을 과세표준으로 한다.
3. 판결문·법인장부 중 대통령령이 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득
(2) 지방세법 시행령 제18조(취득가격의 범위 등) ① 법 제10조 제5항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 취득가격 또는 연부금액은 취득시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 간접비용의 합계액으로 한다. 다만, 취득대금을 일시급 등으로 지급하여 일정액을 할인받은 경우에는 그 할인된 금액으로 한다.
3. 농지법에 따른 농지보전부담금,산지관리법에 따른 대체산림자원조성비 등 관계 법령에 따라 의무적으로 부담하는 비용
(3) 지방세기본법 제50조(경정 등의 청구) ② 과세표준 신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 지방세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 90일 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.
1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송의 판결(판결과 동일한 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때
2. 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때
3. 제1호 및 제2호의 사유와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 지방세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때
(4) 지방세기본법 시행령 제30조(후발적 사유) 법 제50조 제2항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정(更正)을 할 때 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분이 취소된 경우
2. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 계약이 해당 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 해제되거나 취소된 경우
3. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 장부 및 증명서류의 압수, 그 밖의 부득이한 사유로 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그 후 해당 사유가 소멸한 경우
4. 제1호부터 제3호까지의 규정에 준하는 사유가 있는 경우
(5) 학교용지 확보 등에 관한 특례법 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
3. “학교용지부담금”이란 개발사업에 대하여 특별시장·광역시장·도지사 또는 특별자치도지사(이하 “시·도지사”라 한다)가 학교용지를 확보하거나, 학교용지를 확보할 수 없는 경우 가까운 곳에 있는 학교를 증축하기 위하여 개발사업을 시행하는 자에게 징수하는 경비(이하 “부담금”이라 한다)를 말한다. 제4조(학교용지의 확보 및 경비의 부담) ① 특별시·광역시·도 또는 특별자치도(이하 “시·도”라 한다)인 개발사업시행자는 제3조에 따른 학교용지를 확보하여 시·도 교육비특별회계 소관 공유재산(公有財産)으로 하여야 한다. 제5조(부담금의 부과ㆍ징수) ① 시ㆍ도지사는 개발사업지역에서 단독주택을 건축하기 위한 토지를 개발하여 분양하거나 공동주택을 분양하는 자에게 부담금을 부과ㆍ징수할 수 있다. 제5조의2(부담금의 산정기준) ① 제5조 제1항에 따른 부담금은 공동주택인 경우에는 분양가격을 기준으로 부과하고, 단독주택을 건축하기 위한 토지인 경우에는 단독주택 용지의 분양가격을 기준으로 부과한다.
② 제1항에 따른 부담금은 다음 각 호의 기준에 따라 산정한다.
1. 공동주택: 세대별 공동주택 분양가격×1천분의 8