「지방세법」개정과 함께 규정한 일반적 경과조치를 근거로 개정 전 「지방세법」의 적용을 전제로 하여 「조세특례제한법」상 조세감면 규정을 적용할 수 있는지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2014사업연도 법인세를 신고하면서, 구조세특례제한법(2015.12.15. 법률 제13560호로 개정되기 전의 것) 제6조 제2항의 창업벤처중소기업 세액감면(이하 “쟁점세액감면”이라 한다)을 적용하였으나, 법인지방소득세는 쟁점세액감면을 과세표준에서 차감하지 아니하고 산출한 세액 OOO을 신고ㆍ납부하였다.
• 나. 청구법인은 2020.4.29. 처분청에게 법인지방소득세 과세표준에서 쟁점세액감면을 적용하여야 한다는 취지로 법인지방소득세 OOO의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2020.6.23. 이를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2020.7.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 서울행정법원은(2019.11.19. 선고2018구합87279 판결) 개정 지방세법 부칙(법률 제12153호, 2014.1.1.) 제15조에서 “이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다”고 규정하고 있는데 이는 납세의무자의 기득권이나 신뢰를 보호하기 위한 것으로 종전의 지방세 중 지방소득세 법인세분에 있어서는 그 구조상 법인세법과 조세특례제한법에 따른 규정에 의하여 산출된 법인 세액에 대한 신뢰가 있었다고 보는 것이 타당하다. 따라서, 법인지방소득세에 있어 경과규정 상의 “종전의 규정”에는 지방세법만이 아닌 법인세법 내지 조세특례제한법의 제반 규정이 포함된다고 해석하는 것이 타당하다고 판시하고 있다. 위 법원의 판단에 따를 때 “종전의 규정에 따라 감면하여야 할 지방세”의 범위에 조세특례제한법상의 쟁점 세액감면 규정에 따른 지방세 감면이 포함되어야 하므로 2014 사업연도 법인지방소득세 신고 시 쟁점세액감면의 1/10 상당액을 산출세액에서 차감 적용하지 않아 과다하게 신고납부된 법인지방소득세에 대한 경정청구 거부처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 지방세법이 2014.1.1. 개정됨에 따라 소득세 및 법인세의 부가세 형태로 징수하고 있던 지방소득세가 독립세 방식으로 전환되어 2014 사업연도 이후의 소득에 대한 법인지방소득세는 2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된지방세법에서 규정한 과세체계를 적용하여야 하고, 지방세법제103조의22에서 법인지방소득세의 세액공제 및 감면에 관한 사항은지방세특례제한법에서 정하도록 하였으나, 현행지방세특례제한법에서는 법인지방소득세에 대한 세액공제 및 감면에 대한 규정이 없다. 2013년 이전의 법인지방소득세는 공제감면을 적용받은 후의 법인세액 10%를 과세표준으로 하여 공제감면을 받은 효과가 있었을 따름이며 법인지방소득세 자체에 별도의 공제감면 규정이 없으므로지방세법 부칙(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된 것) 제15조를 적용하는 것은 타당하지 않다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 지방세법개정과 함께 규정한 일반적 경과조치를 근거로 개정 전지방세법의 적용을 전제로 하여조세특례제한법상 조세감면 규정을 적용할 수 있는지 여부
• 나. 관련 법률

(1) 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정되기 전의 것) 제91조(신고납부) ① 법인세분의 납세의무자(연결집단의 경우에는 연결모법인을 말한다. 이하 같다)는 제89조에 따라 산출한 세액(이하 이 조에서 “산출세액”이라 한다)을 제87조 제2항 및 대통령령으로 정하는 바에 따라 각 연결법인 또는 법인의 각 사업장 소재지 관할 지방자치단체별로 안분계산하여 해당 사업연도 종료일부터 4개월(연결법인의 경우에는 해당 연결사업연도 종료일부터 5개월,법인세법 또는국세기본법에 따라 세액이 결정되거나 경정되는 경우에는 그 고지서의 납부기한, 신고기한을 연장하는 경우에는 그 연장된 신고기간의 만료일, 수정신고를 하는 경우에는 그 신고일부터 각각 1개월) 내에 관할 지방자치단체의 장에게 신고하고 납부하여야 한다. 다만, 경정 또는 수정신고로 인하여 사업연도별로 추가납부 또는 환급되는 총세액이 당초에 결정 또는 신고한 세액의 100분의 10에 미달할 때에는 귀속사업연도에도 불구하고 경정고지일 또는 수정신고일이 속하는 사업연도분 법인세분에 가감하여 신고하고 납부할 수 있으며, 이 경우에는지방세기본법제77조를 적용하지 아니한다. 제94조(소득분의 계산방법) ① 소득분은소득세법과법인세법에 따라 신고하거나 결정·경정된 소득세 및 법인세(원천징수된 소득세 및 법인세를 포함한다)로서 납세의무자가 납부하여야 할 세액의 총액에 제89조 제1항의 세율을 적용하여 계산한다. 다만, 제87조 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 부과된 세액은 공제한다.

(2) 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된 것) 제103조의19(과세표준) 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은법인세법제13조에 따라 계산한 금액(조세특례제한법및 다른 법률에 따라 과세표준 산정에 관련한 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 법인세의 과세표준)과 동일한 금액으로 한다. 제103조의22(세액공제 및 세액감면) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 세액공제 및 세액감면에 관한 사항은지방세특례제한법에서 정한다. 이 경우 공제 및 감면되는 세액은 법인지방소득세 산출세액(제103조의31에 따른 토지 등 양도소득에 대한 법인지방소득세 세액을 제외한 법인지방소득세 산출세액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에서 공제한다.

② 제1항에 따른 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 공제세액 또는 감면세액이 법인지방소득세 산출세액을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 없는 것으로 한다.

(3) 지방세법 부칙(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된 것) 제15조(일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.

(4) 조세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12173호로 개정되기 전의 것) 제6조(창업중소기업 등에 대한 세액감면) ②벤처기업육성에 관한 특별조치법제2조 제1항에 따른 벤처기업(이하 "벤처기업"이라 한다) 중 대통령령으로 정하는 기업으로서 창업 후 3년 이내에 같은 법 제25조에 따라 2015년 12월 31일까지 벤처기업으로 확인받은 기업(이하 "창업벤처중소기업"이라 한다)의 경우에는 그 확인받은 날 이후 최초로 소득이 발생한 과세연도(벤처기업으로 확인받은 날부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 제1항을 적용받는 경우는 제외하며, 감면기간 중 벤처기업의 확인이 취소된 경우에는 취소일이 속하는 과세연도부터 감면을 적용하지 아니한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2014사업연도 법인세를 신고하면서, 구조세특례제한법제6조 제2항의 창업벤처중소기업 세액감면을 적용하였으나, 법인지방소득세는 쟁점세액감면을 과세표준에서 차감하지 아니하고 신고ㆍ납부하였다. (나) 청구법인은 처분청에 개정지방세법부칙 제15조에 따라 법인지방소득세 과세표준에서 쟁점세액감면을 차감하여야 한다는 취지로 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 이를 거부하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 2014.1.1. 지방세법이 개정되기 전에는 법인세분 지방소득세를 산정함에 있어 법인세 납부세액을 지방소득세의 과세표준으로 함에 따라 법인세 감면에 따른 세액감소 효과를 보았다 하더라도 이는 간접적인 효과에 불과한 점, 이 건 부칙 제15조의 일반적 경과조치는 지방세법령의 규정에서 정한 내용에 한하여 그 효력이 미치는 것인데 2014.1.1. 개정 전 지방세법령에서 창업벤처중소기업 감면에 관하여 규정한 바가 없으므로조세특례제한법제6조 제2항의 창업벤처중소기업에 대한 법인세 감면에 따라 법인세분 지방소득세가 경감되었다 하더라도 이를 일반적 경과조치의 적용대상이라고 볼 수는 없는 점 등에 비추어 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로지방세 기본법제96조 제6항,국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.