재건축조합인 청구법인이 신탁토지와 제3자 매입토지상에 아파트를 신축하여 그 중 일부를 일반분양하는 경우 당해 일반분양분의 부속토지 중 취득세 과세대상 토지 면적의 산정이 정당한지 여부

[주 문] OOO청장이 2020.7.2. 청구법인에게 한 취득세 등의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2013.5.8.부터 2015.12.28.까지 조합원 외의 제3자로부터 OOO 외 70필지 토지 OOO㎡(이하 “이 건 매입토지”라 한다)를 취득한 후 2013.5.8. 등에 처분청에 취득세 등 OOO원을 신고·납부하였다.
• 나. 청구법인은 이 건 매입토지와 조합원으로부터 신탁받은 OOO 등 토지 OOO㎡(이하 “이 건 신탁토지”라 한다) 합계 OOO㎡에서 OOO주택재건축정비사업(이하 “이 건 재건축사업”이라 한다)을 시행한 후, 소유권이전고시일의 다음날인 2019.5.30. 이 건 신탁토지 중 조합원에게 귀속되는 토지 OOO㎡를 제외한 나머지 토지 OOO㎡를 비조합원용으로 취득하여 취득세 등의 납세의무가 성립한 것으로 보아, 2019.7.22. 처분청에 그 토지에 대한 시가표준액 OOO원을 과세표준으로 하고, 지방세법 제11조 제1항 제2호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 신고·납부하였다.
• 다. 청구법인은 이 건 재건축사업의 부지 OOO㎡ 중 조합원에게 귀속되는 토지 OOO㎡ 및 정비기반시설용 토지 OOO㎡를 제외한 일반분양분 토지 OOO㎡(이하 “이 건 일반분양분 토지”라 한다)에서 이 건 매입토지 OOO㎡를 차감한 면적에 대하여만 취득세 등의 납세의무가 있음에도 이 건 취득세 등을 신고․납부하면서 이 건 매입토지 면적을 차감하지 아니하여 취득세 등을 과다 신고․납부하였다는 이유로 2020.5.12. 처분청에 경정청구를 하였으나, 처분청은 2020.7.2. 이를 거부하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2020.7.24. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인이 이 건 매입토지를 취득하여 이 건 재건축사업 부지에 포함하고 이 건 재건축사업을 완료한 후 조합이 일반분양분 토지를 조합원으로부터 취득하면서 이 건 매입토지에 대하여 다시 취득세를 과세할 경우 동일한 토지에 대하여 이중으로 취득세 등을 부담하게 된다. 조합원으로부터 신탁받은 토지와 제3자로부터 매입한 토지가 전체적으로 하나의 단일한 사업부지로 사용하여 그 중 어느 것이 조합원에게 귀속되고 어느 것이 비조합원에게 귀속되는지의 실지귀속을 구분할 수 없다면, 특별한 사정이 없는 한 납세자에게 세무상 불이익이 없도록 제3자로부터 매입한 토지는 비조합원용 토지로 우선하여 산정하여야 할 것으로 이 건 일반분양분 토지 OOO㎡에서 이 건 매입토지 면적 OOO㎡를 차감한 OOO㎡에 대하여만 취득세를 과세하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 지방세법령의 해석에 합당한 취득행위가 있으면 그에 따른 취득세가 부과된다고 할 것이고, 조합원에게 귀속되지 아니하는 일반분양분 토지는 재건축조합이 주체가 되어 수행한 재건축사업의 결과에 따라 청구법인 명의로 대지권 등기를 하는 것으로 조합원분을 제외한 비조합원에게 귀속되는 토지에 대하여는 새로운 취득세 납세의무가 성립된다. 만약, 새로운 취득세 납세의무가 성립되지 않는다면, 비조합원용 토지에는 일반분양분, 정비기반시설용 토지가 있고, 재건축조합이 제3자 매입토지가 비조합원용 토지 중에서 어디로 귀속되는지가 불분명하고, 개별적으로 대응관계를 이루어 승계되는 것이 아니라, 도시개발법에 따른 환지가 있었던 것으로 간주되므로, 청구법인의 이 건 매입토지는 비조합원용 전체 토지에서 일반분양분, 정비기반시설용 토지가 차지하는 면적비율대로 안분하여 산정하여야 하고, 비조합원용 토지 중 일반분양분 등 각 귀속구분별로 안분하여 산정한 후 남은 토지면적을 조합원으로부터 취득하는 토지로 산정하여야 한다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 재건축조합인 청구법인이 신탁토지와 제3자 매입토지상에 아파트를 신축하여 그 중 일부를 일반분양하는 경우 당해 일반분양분의 부속토지 중 취득세 과세대상 토지 면적의 산정이 정당한지 여부
• 나. 관련 법령: ＜별지＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다. (가) 청구법인은 OOO필지 OOO㎡를 사업부지로 하여 이 건 재건축사업을 시행하여, 아파트 1,168세대 및 상가를 신축하여 공급하는 OOO주택재건축정비사업의 시행자로서 아래와 같이 사업을 추진하였다.

1. ○ 주요사업 추진 경과

2. - 2012.12.19. 조합설립인가

3. - 2014.6.16. 주택재건축정비사업시행 인가

4. - 2015.6.12. 관리처분계획인가

5. - 2018.10.12. 준공인가

6. - 2019.5.29. 소유권이전고시 (나) 청구법인은 이 건 재건축사업 부지 중 OOO필지 OOO㎡를 2013.5.8.부터 2015.12.28.까지 조합원 외의 자로부터 취득한 후, 2013.5.8. 등에 취득세 등 OOO원(이하 “기 신고·납부 취득세 등”이라 한다)을 처분청에 신고·납부한 것으로 확인된다. (다) 청구법인은 2018.10.12. 처분청으로부터 이 건 재건축사업의 준공인가를 받은 후, 2019.5.29. 아래 소유권이전고시에 따라 이 건 재건축사업 부지의 소유권을 조합원, 조합, 처분청으로 각각 이전하였다. OOO (라) 청구법인은 2019.7.22. 처분청에 이 건 취득세 등을 신고하면서 이 건 매입토지에 대하여 기 신고·납부한 취득세 등 및 청구법인이 처분청에 기부채납 할 토지에 대한 별도의 고려없이 이 건 신탁토지 OOO㎡ 중 조합원에게 귀속되는 토지 OOO㎡를 제외한 OOO㎡를 조합원에 귀속되지 않는 토지로 보아 그 토지에 대한 시가표준액 OOO원을 과세표준으로 하고, 지방세법제11조 제1항 제2호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 신고·납부하였다. (마) 청구법인은 2020.4.22. 이 건 취득세 등에서 청구법인이 제3자로부터 매입한 토지 OOO㎡에 대하여는 기 취득세 등을 신고·납부하였으므로 그 부분에 대한 취득세 등의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2020.7.2. 이를 거부하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 지방세법 제7조 제8항에서 도시 및 주거환경정비법 제35조 제3항에 따른 재건축조합이 해당 조합원용으로 취득하는 조합주택용 부동산은 그 조합원이 취득한 것으로 보되 다만, 조합원에게 귀속되지 아니하는 부동산(이하 이 장에서 "비조합원용 부동산"이라 한다)은 제외한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제20조 제7항에서 도시 및 주거환경정비법 제35조 제3항에 따른 재건축조합이 재건축사업을 하면서 조합원으로부터 취득하는 토지 중 조합원에게 귀속되지 아니하는 토지를 취득하는 경우에는 도시 및 주거환경정비법 제86조 제2항에 따른 소유권이전 고시일의 다음 날에 그 토지를 취득한 것으로 본다고 규정하고 있다. 위 규정에서 정한 주택조합등이 조합원으로부터 신탁받은 토지와 제3자로부터 매입한 토지를 기반으로 아파트 등을 신축하는 사업을 시행한 다음 이를 조합원과 조합원 외의 자에게 분양함으로써 그 토지 중 일부가 조합원에게 귀속되고 나머지가 조합원 외의 자에게 귀속된 경우, 비조합원용 토지 중 제3자로부터 매입한 토지가 차지하는 면적은 그 실지귀속에 따라 가리는 것이 원칙이나, 조합원으로부터 신탁받은 토지와 제3자로부터 매입한 토지가 전체적으로 하나의 단일한 사업부지로 사용됨으로써 그 중 어느 것이 조합원에게 귀속되고 어느 것이 조합원 외의 자에게 귀속되는지의 실지귀속을 구분할 수 없다면, 특별한 사정이 없는 한 납세자에게 세무상 불이익이 없도록 제3자로부터 매입한 토지는 비조합원용 토지로 우선하여 산정하여야 할 것(대법원 2015.10.29. 선고 2010두1804 판결, 같은 뜻임)이다. 처분청은 이 건 취득세 등의 경정청구 거부처분이 정당하다는 의견이나, 청구법인은 2013년에 이 건 재건축사업을 추진하기 위하여 조합원 외의 제3자로부터 토지 OOO㎡를 취득한 후 취득세 등을 신고ㆍ납부한 점, 청구법인은 이 건 재건축사업을 시행하여 아파트 등을 신축하고 소유권이전고시일의 다음날인 2019.5.30. 비조합원용 토지를 취득한 것으로 보아 위 토지 중 OOO㎡에 대한 취득세 등을 신고ㆍ납부한 점, 청구법인은 이 건 재건축사업의 시행을 위하여 토지의 일부는 조합원으로부터 신탁받고 일부는 제3자로부터 유상으로 취득한 후 그 지상에 공동주택을 신축하여 일부는 조합원에게 일부는 비조합원에게 이전하였으나, 제3자로부터 취득한 토지가 조합원 또는 비조합원에게 개별적으로 그대로 귀속되었는지 여부가 불분명하고 위와 같이 제3자로부터 취득한 토지의 실지 귀속이 불분명한 경우 동 토지는 비조합원용 토지로 우선하여 산정하는 것이 타당한 점, 청구법인이 취득한 토지 중 조합원용 토지는 조합원이 취득한 것으로 의제되어 청구법인은 취득세 등의 납세의무가 없고, 처분청 등에 기부채납 할 정비기반시설토지에 대하여는 취득세 등이 비과세대상이므로 비조합원용으로 취득한 토지 중 일반분양분 토지에 대하여만 취득세 등의 납세의무 있는바, 일반분양분으로 취득한 토지 OOO㎡에 대하여만 취득세 등의 납세의무가 있으나 이 중 비조합원용으로 간주되는 제3자로부터 취득한 토지 OOO㎡에 대하여는 이미 취득세 등을 신고ㆍ납부한 점 등에 비추어, 청구법인은 전체 비조합원용 토지 OOO㎡에서 제3자로부터 취득하여 취득세 등을 이미 신고ㆍ납부한 토지 OOO㎡를 제외한 나머지 면적에 대하여만 취득세 등을 신고ㆍ납부하는 것이 타당하므로 처분청이 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법제96조 제6항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세법(2019.12.3. 법률 제16663호로 개정되기 전의 것) 제7조(납세의무자 등) ⑧ 주택법 제11조에 따른 주택조합과 도시 및 주거환경정비법 제35조 제3항 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제23조에 따른 재건축조합 및 소규모재건축조합(이하 이 장에서 "주택조합등"이라 한다)이 해당 조합원용으로 취득하는 조합주택용 부동산(공동주택과 부대시설·복리시설 및 그 부속토지를 말한다)은 그 조합원이 취득한 것으로 본다. 다만, 조합원에게 귀속되지 아니하는 부동산(이하 이 장에서 "비조합원용 부동산"이라 한다)은 제외한다. 제9조(비과세) ② 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합(이하 이 항에서 "국가등"이라 한다)에 귀속 또는 기부채납(사회기반시설에 대한 민간투자법 제4조 제3호에 따른 방식으로 귀속되는 경우를 포함한다. 이하 이 항에서 "귀속등"이라 한다)을 조건으로 취득하는 부동산 및 사회기반시설에 대한 민간투자법 제2조 제1호 각 목에 해당하는 사회기반시설에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 취득세를 부과한다.

1. 국가등에 귀속등의 조건을 이행하지 아니하고 타인에게 매각ㆍ증여하거나 귀속등을 이행하지 아니하는 것으로 조건이 변경된 경우

2. 국가등에 귀속등의 반대급부로 국가등이 소유하고 있는 부동산 및 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 경우

③ 신탁(신탁법에 따른 신탁으로서 신탁등기가 병행되는 것만 해당한다)으로 인한 신탁재산의 취득으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 신탁재산의 취득 중 주택조합등과 조합원 간의 부동산 취득 및 주택조합등의 비조합원용 부동산 취득은 제외한다.

1. 위탁자로부터 수탁자에게 신탁재산을 이전하는 경우

2. 신탁의 종료로 인하여 수탁자로부터 위탁자에게 신탁재산을 이전하는 경우

3. 수탁자가 변경되어 신수탁자에게 신탁재산을 이전하는 경우

(2) 지방세법 시행령 제20조(취득의 시기 등) ⑦ 주택법 제11조에 따른 주택조합이 주택건설사업을 하면서 조합원으로부터 취득하는 토지 중 조합원에게 귀속되지 아니하는 토지를 취득하는 경우에는 주택법 제49조에 따른 사용검사를 받은 날에 그 토지를 취득한 것으로 보고, 도시 및 주거환경정비법 제35조 제3항에 따른 재건축조합이 재건축사업을 하거나 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제23조 제2항에 따른 소규모재건축조합이 소규모재건축사업을 하면서 조합원으로부터 취득하는 토지 중 조합원에게 귀속되지 아니하는 토지를 취득하는 경우에는 도시 및 주거환경정비법 제86조 제2항 또는 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제40조 제2항에 따른 소유권이전 고시일의 다음 날에 그 토지를 취득한 것으로 본다.