청구법인의 소속 교회가 쟁점토지를 종교용으로 직접 사용하고 있으므로 기 납부한 취득세 등을 환급하여야 한다는 청구주장의 당부

[참조결정] 조심2018지0963

[주 문] OOO시장이 2020.1.3. 청구법인에게 한 취득세 등 합계 OOO원의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2015.1.6. OOO 토지(대지) OOO㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하고, 2015.1.7. 그 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 합계 OOO원을 신고․납부하였다.
• 나. 청구법인은 쟁점토지는지방세특례제한법(2015.12.29. 법률 제13637호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제50조 제1항에 따라 종교단체가 종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 해당하므로 기 납부한 취득세를 환급하여야 한다고 주장하면서, 2019.12.6. 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2020.1.3. 이를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2020.3.31. 이의신청을 거쳐 2020.7.7. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 쟁점토지를 취득한 후 지금까지 교회 주차장으로 사용하고 있고, 쟁점토지에 대한 취득세를 면제받아야 했음에도 불구하고 세법을 잘 알지 못하여 세금을 납부하였는바, 위 사항에 대해 청구법인은 처분청에 경정청구를 제기하였으나, 쟁점토지를 취득한 자인 청구법인이 아닌 OOO가 사용하고 있다는 이유로 거부처분을 당하였다. 청구법인의 정관 제3조(목적)는 ‘각 노회 산하 각 교회의 예배, 전도, 교육 및 구호 기타 자선사업에 필요한 토지·건물을 소유, 유지 보존함’이며, 제4조(목적사업)는 매 일요일에 산하 각 교회에서 정시 예배를 행하는 것을 포함하여 모두 6가지를 열거하고 있고, 각 노회에 소속된 교회가 교인들의 헌금을 통해 예배당(교회) 건물(토지 포함)을 취득할 때, 그 교회의 이름(총유의 형태)으로 등기하는 경우가 없는 것은 아니지만, 대한예수교장로회 통합측 교단만큼은 소속 교회가 취득한 부동산을 대부분 청구법인의 명의로 등기하고 있는바, OOO도 지금의 교회를 신축하고, 등기할 때 청구법인의 이름으로 등기했으며, OOO가 쟁점토지를 취득하기 직전인 2014.12.7. 교회 제직회를 열어 쟁점토지 취득에 관해 심의한 후, 매수대금 전부를 OOO의 계좌(2014.12.17. 계약금 OOO원, 2015.1.6. 잔금 OOO원)에서 지급하였다. 쟁점토지를 취득할 때도 청구법인의 실무 담당자나 관계자가 직접 와서 계약한 것이 아니고, 계약서상 청구법인이 매수인으로 기재되어 있기는 하지만, OOO에 소속되어 있고, OOO 또한 청구법인에 소속되어 있는 이상 OOO가 사용하고 있다고 해서 청구법인이 직접 사용하지 않았다고 할 수는 없다. 따라서, 청구법인에 소속된 OOO가 직접 사용하는 것은 청구법인이 직접 사용하는 것으로 보아야 할 것이므로 처분청에서 청구법인에게 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 청구법인의 산하 교회인 OOO가 직접 사용하는 것은 청구법인이 직접 사용하는 것으로 보아야 한다고 주장하나, 직접 사용이란 부동산의 소유자가 그 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다고 규정하고 있으므로 제3자가 해당 용도에 사용하는 경우에는 ‘직접 사용’에 포함되지 않는다고 보는 것이 조세법규의 엄격해석에 부합(조심 2018지0963, 2018.9.28. 결정 참조)하고, 종교단체가 어느 부동산을 ‘그 용도에 직접 사용’한다고 함은 종교단체가 그 부동산의 소유자 또는 사실상 취득자의 지위에서 현실적으로 이를 종교단체의 업무 자체에 직접 사용하는 것을 의미(대법원 2016.6.10., 선고 2016두34707 판결 참조)한다. 청구법인은 쟁점토지를 소속 교회의 주차장으로 사용하고 있으므로 종교용 부동산으로 직접 사용하는 것이라고 주장하나, 교회와 재단을 동일인으로 볼 수는 없고, 청구법인의 경우 예금거래내역서에서 OOO가 쟁점토지에 대한 계약금 및 매매대금을 지급하였다고 하더라도, 쟁점토지의 취득자와 등기부상 소유자는 청구법인이고, OOO와 청구법인은 동일인으로 볼 수 없는 점 등을 종합적으로 판단하여 볼 때 처분청에서 청구법인의 경정청구를 거부한 것은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 청구법인의 소속 교회가 쟁점토지를 종교용으로 직접 사용하고 있으므로 기 납부한 취득세 등을 환급하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법률 지방세특례제한법(2015.12.29. 법률 제13637호로 개정되기 전의 것) 제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다

8. "직접 사용"이란 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다. 50조(종교 및 제사 단체에 대한 면제) ① 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체가 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다.

1. 수익사업에 사용하는 경우

2. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 대한예수교장로회 산하 OOO를 비롯한 17개의 노회 및 그 산하교회로 구성되어 있고, 쟁점토지를 사용하고 있는 OOO는 OOO소속 교회이며, 청구법인의 정관 제3조(목적)에서 본 법인은 OOO등 산하 각 교회의 토지 및 건물 등을 소유, 유지, 보존함을 목적으로 한다고 정하고 있다. (나) 청구법인과 AAA(이하 “매도인”이라 한다)는 2014.12.17. 아래와 같이 쟁점토지에 대한 매매계약을 체결하였고, 계약대리인은 OOO로 기재되어있다. ＜쟁점토지에 대한 매매계약서＞ (다) OOO는 2014.12.17. 및 2015.1.5. 쟁점토지에 대한 매매대금을 매도인에게 송금한 것으로 예금거래내역서에 나타난다. (라) 청구법인은 2015.1.6. 쟁점토지를 취득하고, 2015.1.7. 그 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 신고ㆍ납부하였다. (마) 쟁점토지의 등기사항전부증명서에 의하면, 청구법인은 2015.1.7. 쟁점토지에 대한 소유권이전등기를 경료하였다. (바) 청구법인은 심판청구를 제기하면서, 정관, 재직회의록, 소속증명서, 2014.12월 장부(수기작성)를 제출하였고, 장부에는 2014.12.17. 토지계약금 OOO원과 2015.1.6. 토지 매입 잔금 OOO원을 지출금액으로 작성한 내역이 확인된다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 아닌 OOO가 쟁점토지를 사용하고 있으므로 직접 사용으로 볼 수 없다는 의견이나, 청구법인은 정관 제3조에 따라 청구법인에 소속된 교회의 토지 및 건물 등을 소유, 유지, 관리할 목적으로 설립되었고, 청구법인의 소속 교회인 OOO가 쟁점토지에 대한 매매계약 및 매매대금을 지급하여 취득하였고 이를 종교시설로서 효율적으로 운영하기 위해 청구법인에게 쟁점토지에 대한 명의를 신탁한 것으로 보이고,부동산 실권리자명의 등기에 관한 법률제8조에서 종교단체의 명의로 그 산하 조직이 보유한 부동산에 관한 물권을 등기한 경우 명의신탁을 인정하고 있는 점, OOO가 쟁점토지를 취득하고 종교용(교회 주차장)이 아닌 다른 용도로 사용한 사실이 나타나지 아니한 점 등에 비추어 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로지방세기본법제96조 제6항과국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.