쟁점토지의 지목변경으로 인한 간주취득세 과세표준에 기반시설공사비 및 기반시설부담금이 포함ㅁ되는지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 OOO혁신도시 개발사업을 시행하면서 2014년 8월부터 2017년 2월까지 OOO토지 OOO㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 지목변경에 따라 간주취득한 후, 소요된 공사비용 등 합계 OOO원을 과세표준으로 하고 지방세특례제한법 제76조 제1항에 따른 취득세 경감규정을 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 신고․납부하였다.
• 나. 청구법인은 2019.8.28. 쟁점토지의 지목변경으로 인한 취득세 과세표준에서 ＜표1＞ 기재와 같이 기반시설공사비 OOO원 및 기반시설 부담금 OOO원, 건설자금이자 등 간접비 OOO원 합계 OOO원(이하 “쟁점기반시설공사비 등”이라 한다)은 제외하여야 한다고 주장하며 ＜표2＞ 기재와 같이 취득세 등 합계 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2019.12.5. 이를 거부하였다. ＜표1＞ 쟁점기반시설공사비 등 내역 (단위: 원)

○○○ ＜표2＞ 경정청구 내역 (단위: 원)

○○○

• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2020.3.3. 이의신청을 거쳐 2020.7.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 지방세법 제10조 제3항은 지목변경으로 인한 취득세 과세표준에 대하여 ‘토지의 지목을 사실상 변경한 경우는 그로 인하여 증가한 가액을 과세표준으로 한다’고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제17조에서 토지의 지목변경에 대한 과세표준의 구체적 산정방법과 관련하여 지목변경 전․후의 시가표준액의 차액을 기준으로 하되, 법인장부 등으로 토지의 ‘지목변경에 든 비용’이 입증되는 경우 그 비용으로 한다고 규정하고 있다. 즉 토지의 지목변경으로 인한 간주취득세의 과세표준에 해당하는 비용은 지목변경과 관련이 있거나, 토지 자체의 가치증가와 관련된 비용만을 의미하는 것이다. 따라서 설령 지목을 변경하는 절차에서 소요된 비용이라 할지라도 이와 관련이 없는 비용은 과세표준에 해당한다고 할 수 없다. 쟁점기반시설공사비등은 공공시설의 설치와 관련된 비용으로서 쟁점토지의 지목변경이나 토지의 가치증가와는 무관하게 발생하는 비용으로서 지방세법령이 과세표준으로 정한 ‘지목변경에 든 비용’에 해당하지 않는다. 따라서 쟁점기반시설공사비 등을 과세표준에서 제외하여 달라는 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 위법하다.
• 나. 처분청 의견 측량․수로조사 및 지적에 관한 법률 제2조에 의하면 지목이란 토지의 주된 용도에 따라 토지의 종류를 구분하여 지적공부에 등록한 것이므로 지방세법 제7조 제4항에서 토지의 지목을 사실상 변경한다는 것은 토지의 주된 용도를 사실상 변경하는 것을 의미하고, 이때의 변경이 있는지 여부는 토지의 현황이 물리적으로 변경되었는지 여부뿐 아니라 상하수도공사, 전기통신공사 유무를 비롯하여 여러 사정을 종합하여 객관적으로 판단하여야 한다. OOO혁신도시 개발사업과 같이 대규모 택지개발사업의 경우 형질변경 공사 등으로 사업부지 자체의 현황이 물리적으로 변경되었다고 하더라도, 기반시설이 설치되지 않은 상태에서는 해당 부지가 건축물 대지로서의 효용을 갖추었다거나 그 주된 용도가 사실상 변경되었다고 볼 수 없다. 따라서 청구법인이 과세표준에서 제외하여야 한다고 주장하는 기반시설공사비 등은 택지개발촉진법에 따른 택지개발사업 시행에 따라 기반시설 공사를 포함한 택지조성공사가 완료됨으로써 지목이 사실상 대지로 변경된 쟁점토지가 대지로서 가지는 가치 증가에 직, 간접적으로 기여한 비용이라고 보아야 하고, 그와 같은 가치증가의 효용은 향후 쟁점토지가 대지로서 존재하는 한 지속된다. 한편, 택지개발촉진법 제18조의2 제1항, 같은 법 시행규칙 제11조 제1항에 의하면 택지조성원가는 용지비, 조성비, 직접인건비, 이주대책비, 판매비, 일반관리비, 용지부담금, 기반시설설치비, 자본비용, 택지개발사업과 관련하여 발생하는 그 밖의 비용으로 구성되는데, 청구법인은 기반시설공사비 등을 모두 택지조성원가에 포함시키고 택지조성원가를 기초로 하여 쟁점토지의 공급가격을 결정한 것으로 보인다. 따라서 기반시설공사비 등으로 인하여 쟁점토지 가치가 증가하였고 청구법인이 이를 택지조성원가에 반영함으로써 지목변경으로 인한 쟁점토지의 가치증가 이익은 모두 청구법인에게 귀속되었다고 볼 수 있다. 결국 기반시설공사비 등을 과세표준에 포함시키는 것은 지목변경으로 인한 취득세 과세표준을 지목변경으로 증가한 가액으로 규정하고 있는 지방세법 제10조 제3항의 규정 내용에도 부합한다. 따라서 쟁점기반시설공사비등을 관련법령에서 지목변경에 따른 취득세 과세표준으로 정한 ‘지목변경에 든 비용’에 해당하는 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 쟁점토지의 지목변경으로 인한 간주취득세 과세표준에 기반시설공사비 및 기반시설부담금이 포함되는지 여부
• 나. 관련 법령: ＜별지＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 OOO혁신도시 개발사업을 시행하면서 2014년 8월부터 2017년 2월 사이에 쟁점토지를 지목변경에 따라 간주취득한 후, 소요된 공사비용 등 합계 OOO원을 과세표준으로 하고 지방세특례제한법 제76조 제1항에 따른 취득세 경감규정을 적용하여 취득세 등 합계 OOO원을 신고․납부하였다. (가) 청구법인은 OOO및 OOO토지 OOO㎡에 OOO혁신도시 개발사업을 시행하여 2007.10.31. 공사에 착공하여 2014.5.26. 실시계획인가를 받은 것으로 확인된다. 사업지구 전체 면적 대비 처분청별 과세비율은 다음 ＜표4＞ 기재와 같다. ＜표3＞ 면적 현황

○○○ ＜표4＞ 과세비율

○○○

(2) 청구법인은 2019.8.28. 쟁점토지의 지목변경으로 인한 취득세 과세표준에서 쟁점기반시설공사비 등 합계 OOO원은 제외하여야 한다고 주장하며 취득세 등 합계 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2019.12.5. 이를 거부하였다. (가) OOO혁신도시 개발사업에 대한 실시계획인가고시에 따르면 당초 고시된 지구단위계획에 따라 도로, 상하수도, 전력 등 주요기반시설이 설치된 것으로 확인된다. (나) 청구법인이 취득세 과세표준에서 제외되어야 한다고 주장하는 쟁점기반시설공사비 등은 기반시설공사비 OOO원, 기반시설 부담금 OOO원 및 기타 간접비 합계 OOO원으로, ① 기반시설공사비는 기반시설의 건축, 기계, 도시가스, 전기, 통신, 조경, 토목공사 비용이고, ② 기반시설 부담금은 폐기물처리시설부담금 OOO원 및 도로입체화시설부담금 OOO원 중 해당 과세표준대상 안분금액의 합인 것으로 확인된다.

1. 폐기물처리시설부담금은 폐기물 처리시설 설치촉진 및 주변지역 지원 등에 관한 법률 제6조에 따라 부과되는 것으로 구체적 규정은 다음과 같다.

○○○

2. 혁신도시 조성 및 발전에 관한 특별법 제11조 제1항은 사업시행자가 혁신도시개발사업을 시행하려는 경우에는 혁신도시 개발계획을 작성하여 국토교통부장관의 승인을 얻어야 한다고 규정하고 있고, 같은 조 제3항은 개발계획에 포함되어야 하는 사항으로 ‘교통처리계획’을 들고 있는바, 청구법인이 혁신도시개발사업을 하기 위해서는 교통처리계획이 포함된 혁신도시 개발계획을 작성하여 국토교통부장관의 승인을 받아야 하는 것으로 확인된다.

3. 청구법인이 제출한 협약서에 의하면 청구법인은 2009.10.1. OOO지방국토관리청과 ‘OOO혁신도시 진입도로 연결교차로 건설관련 협약’을 체결하고 OOO호선의 대체도로 중 OOO부분에 대하여 원활한 교통소통을 위하여 입체교차로를 설치하고 도로입체화시설부담금을 부담하기로 약정한 사실이 확인된다. 청구법인은 해당 입체교차로가 설치된 이유에 대하여 청구법인이 혁신도시개발사업을 하기 위해서는 도시교통정비촉진법 제15조 제1항 제1호에 따라 교통영향평가를 통과해야 하는데, 교통영향평가를 통과하기 위하여 위 입체교차로 설치가 필수적이었다고 소명하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 지방세법제10조 제3항은 지목변경으로 인한 간주취득세의 과세표준을 토지의 지목을 사실상 변경한 경우에는 그로 인하여 증가한 가액으로 한다고 규정하고 있고, 지방세법 시행령 제18조 제1항은 ‘취득의 시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 간접비용의 합계액으로 한다.’고 규정하고 있으며, 제3호는 ‘농지법에 따른 농지보전부담금, 산지관리법에 따른 대체산림자원조성비 등 관계 법령에 따라 의무적으로 부담하는 비용’을 간접비용의 하나로 열거하고 있는바, 취득세 과세표준이 되는 ‘취득가격’에는 과세대상물건의 취득시기 이전에 거래상대방 또는 제3자에게 지급원인이 발생 또는 확정된 것으로서 직접비용인 해당 물건 자체의 가격은 물론 그 이외에 실제로 해당 물건 자체의 가격으로 지급되었다고 볼 수 있거나 그에 준하는 취득절차비용도 간접비용으로서 이에 포함된다. 청구법인이 취득세 과세표준에서 제외하여야 한다고 주장하는 쟁점기반시설공사비 등은 기반시설설치를 위한 공사비용(직접비용)과 폐기물처리시설부담금 및 도로입체화시설부담금으로, 폐기물처리시설부담금의 근거 법률인 폐기물 처리시설 설치촉진 및 주변지역 지원 등에 관한 법률 제6조에 의하면, ‘일정 규모 이상의 공동주택단지나 택지(宅地)를 개발하려는 자는 그 공동주택단지나 택지에서 발생하는 폐기물을 처리하기 위하여 대통령령으로 정하는 폐기물처리시설을 설치하거나 그 설치비용에 해당하는 금액을 해당 지역을 관할하는 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수ㆍ구청장(자치구의 구청장을 말한다. 이하 같다)에게 내야 한다.’고 규정하고 있어 택지개발사업자인 청구법인으로서는 관계 법령에 따라 의무적으로 부담해야 하는 비용에 해당하고, 같은 법 시행령 제4조 제1항, 제5항에 의하면 폐기물처리시설부담금은 택지개발사업 착공 전 제출한 납부계획서에 기초하여 정해진 납부금액과 납부기한을 준수하여 의무적으로 납부하는 비용으로 확인되는바, 이는 지방세법 시행령 제18조 제1항 제3호에서 규정하고 있는 쟁점토지의 지목을 변경하기 위해 의무적으로 부담해야 하는 간접비용으로 볼 수 있는 점, 청구법인이 제출한 협약서에 의하면 청구법인은 2009.10.1. OOO지방국토관리청과 ‘OOO혁신도시 진입도로 연결교차로 건설관련 협약’을 체결하고 OOO호선의 대체도로 중 OOO부분에 대하여 원활한 교통소통을 위하여 입체교차로를 설치하고 도로입체화시설부담금을 부담하기로 약정한 사실이 확인되며, 청구법인이 혁신도시개발사업을 하기 위해서는 도시교통정비촉진법 제15조 제1항 제1호에 따라 교통영향평가를 통과해야 하는데, 교통영향평가를 통과하기 위하여 위 입체교차로 설치가 필수적이었다고 소명하고 있는 점 등에 비추어 쟁점기반시설공사비 등은 기반시설설치를 위한 공사비용(직접비용)이거나 관계 법령에 따라 의무적으로 부담하는 비용(간접비용)으로 취득가격에 포함되는 것으로 판단된다. 더욱이 청구법인은 기반시설설치에 관한 사항이 포함된 실시계획을 작성하여 승인받았는데, 택지개발촉진법 제16조 제1항, 같은 법 시행령 제11조의2 제2항에 의하면 해당 택지개발사업이 승인받은 실시계획대로 완료되었다고 인정될 때에만 준공검사를 받을 수 있고, 공간정보관리법 제81조, 같은 법 시행령 제67조 제1항 제1호에 의하면 관계법령에 따른 토지의 형질변경 등의 공사가 준공되어야 지목변경을 신청할 수 있는바, 청구법인으로서는 위와 같이 승인받은 실시계획에 따라 기반시설을 설치하고 관계법령 및 조례에 따른 기반시설 부담금을 납부하지 않고서는 준공검사를 받을 수 없고 지목변경신청도 할 수 없으며 조성된 택지를 택지개발촉진법에 따라 적법하게 공급할 수도 없는 점, 쟁점기반시설공사비 등은 택지개발촉진법에 따른 택지개발사업 시행에 따라 기반시설 공사를 포함한 택지조성공사가 완료됨으로써 지목이 사실상 대지로 변경된 쟁점토지가 대지로서 가지는 가치 증가에 직, 간접적으로 기여한 비용이라고 보아야 하고, 그와 같은 가치증가의 효용은 향후 쟁점토지가 대지로서 존재하는 한 지속되는 점, 청구법인은 쟁점기반시설공사비 등을 모두 택지조성원가에 포함시키고 택지조성원가를 기초로 하여 쟁점토지의 공급가격을 결정하였으므로 쟁점기반시설공사비 등으로 인하여 쟁점토지 가치가 증가하였고 청구법인이 이를 택지조성원가에 반영함으로써 지목변경으로 인한 쟁점토지의 가치증가 이익은 모두 청구법인에게 귀속되었다고 볼 수 있는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점기반시설공사비 등을 쟁점토지 취득세 과세표준에 포함되는 것으로 보아, 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제96조, 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세법 제7조[납세의무자 등] ④ 선박, 차량과 기계장비의 종류를 변경하거나 토지의 지목을 사실상 변경함으로써 그 가액이 증가한 경우에는 취득으로 본다. 제10조[과세표준] ③ 건축물을 건축(신축과 재축은 제외한다)하거나 개수한 경우와 대통령령으로 정하는 선박, 차량 및 기계 장비의 종류를 변경하거나 토지의 지목을 사실상 변경한 경우에는 그로 인하여 증가한 가액을 각각 과세 표준으로 한다. 이 경우 제2항의 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 신고가액이 대통령령으로 정하는 시가표준액보다 적을 때에는 그 시가표준액으로 한다.

⑤ 다음 각 호의 취득(증여ㆍ기부, 그 밖의 무상취득 및 소득세법 제101조 제1항 또는 법인세법 제52조 제1항에 따른 거래로 인한 취득은 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항 후단에도 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액을 과세표준으로 한다.

1. 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합으로부터의 취득

2. 외국으로부터의 수입에 의한 취득

3. 판결문ㆍ법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득

4. 공매방법에 의한 취득

5. 부동산 거래신고 등에 관한 법률 제3조에 따른 신고서를 제출하여 같은 법 제5조에 따라 검증이 이루어진 취득

(2) 지방세법 시행령 제17조[토지의 지목변경에 대한 과세표준] 법 제10조 제3항 전단에 따른 과세표준 중 토지의 지목변경에 대한 과세표준은 토지의 지목이 사실상 변경된 때를 기준으로 제1호의 가액에서 제2호의 가액을 뺀 가액으로 한다. 다만, 제18조 제3항에 따른 판결문 또는 법인장부로 토지의 지목변경에 든 비용이 입증되는 경우에는 그 비용으로 한다.

1. 지목변경 이후의 토지에 대한 시가표준액(해당 토지에 대한 개별공시지가의 공시기준일이 지목변경으로 인한 취득일 전인 경우에는 인근 유사토지의 가액을 기준으로 부동산 가격공시에 관한 법률에 따라 국토교통부장관이 제공한 토지가격비준표를 사용하여 시장ㆍ군수ㆍ구청장이 산정한 가액을 말한다)

2. 지목변경 전의 시가표준액(지목변경 공사착공일 현재 공시된 법 제4조 제1항에 따른 시가표준액을 말한다) 제18조[취득가격의 범위 등] ① 법 제10조 제5항 각 호에 따른 취득가격 또는 연부금액은 취득시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 간접비용의 합계액으로 한다. 다만, 취득대금을 일시급 등으로 지급하여 일정액을 할인받은 경우에는 그 할인된 금액으로 한다.

1. 건설자금에 충당한 차입금의 이자 또는 이와 유사한 금융비용

2. 할부 또는 연부(年賦) 계약에 따른 이자 상당액 및 연체료. 다만, 법인이 아닌 자가 취득하는 경우는 취득가격에서 제외한다.

3. 농지법에 따른 농지보전부담금, 산지관리법에 따른 대체산림자원조성비 등 관계 법령에 따라 의무적으로 부담하는 비용

4. 취득에 필요한 용역을 제공받은 대가로 지급하는 용역비·수수료

5. 취득대금 외에 당사자의 약정에 따른 취득자 조건 부담액과 채무인수액

6. 부동산을 취득하는 경우 주택도시기금법 제8조에 따라 매입한 국민주택채권을 해당 부동산의 취득 이전에 양도함으로써 발생하는 매각차손. 이 경우 행정안전부령으로 정하는 금융회사 등(이하 이 조에서 "금융회사등"이라 한다) 외의 자에게 양도한 경우에는 동일한 날에 금융회사등에 양도하였을 경우 발생하는 매각차손을 한도로 한다.

7. 제1호부터 제6호까지의 비용에 준하는 비용

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 비용은 취득가격에 포함하지 아니한다.

1. 취득하는 물건의 판매를 위한 광고선전비 등의 판매비용과 그와 관련한 부대비용

2. 전기사업법, 도시가스사업법, 집단에너지사업법, 그 밖의 법률에 따라 전기·가스·열 등을 이용하는 자가 분담하는 비용

3. 이주비, 지장물 보상금 등 취득물건과는 별개의 권리에 관한 보상 성격으로 지급되는 비용

4. 부가가치세

5. 제1호부터 제4호까지의 비용에 준하는 비용

(3) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것) 제76조[택지개발용 토지 등에 대한 감면] ① 한국토지주택공사가 국가 또는 지방자치단체의 계획에 따라 제3자에게 공급할 목적으로 대통령령으로 정하는 사업에 사용하기 위하여 일시 취득하는 부동산에 대하여는 2014년 12월 31일까지 취득세의 100분의 75를 경감한다.

(4) 택지개발촉진법 제2조[용어의 정의] 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "택지"란 이 법에서 정하는 바에 따라 개발·공급되는 주택건설용지 및 공공시설용지를 말한다. 제9조[택지개발사업 실시계획의 작성 및 승인 등] ① 시행자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 택지개발사업 실시계획(이하 "실시계획"이라 한다)을 작성하고, 지정권자가 아닌 시행자는 실시계획에 대하여 지정권자의 승인을 받아야 한다. 승인된 실시계획을 변경 (대통령령으로 정하는 경미한 사항의 변경은 제외한다)하려는 경우에도 같다. 제16조[준공검사] ① 시행자는 택지개발사업을 완료하였을 때에는 지체 없이 대통령령으로 정하는 바에 따라 지정권자로부터 준공검사를 받아야 한다. 제18조의2[택지조성원가의 공개] ① 제18조에 따라 택지를 공급하려는 자는 국토교통부령으로 정하는 기 준에 따라 택지조성원가를 공시하여야 한다. 이 경우 택지조성원가는 다음 각 호의 항목으로 구성된다.

1. 용지비

2. 조성비

3. 직접인건비

4. 이주대책비

5. 판매비

6. 일반관리비

7. 그 밖에 국토교통부령으로 정하는 비용

② 제1항에 따른 택지조성원가의 산정방법과 그 밖에 필요한 사항은 국토교통부령으로 정한다.

(5) 택지개발촉진법 시행령 제11조의2[준공검사] ② 지정권자는 해당 택지개발사업이 법 제9조에 따라 승인한 실시계획대로 완료되었다고 인정할 때에는 준공검사서를 시행자에게 발급하고, 이를 관보에 공고하여야 한다.

(6) 택지개발촉진법 시행규칙 제11조[택지조성원가의 산정방법 등] ①법 제18조의2 제1항 제7호에서 "그 밖에 국토교통부령으로 정하는비용"이란 다음 각 호의 비용을 말한다.

1. 용지부담금

2. 기반시설 설치비

3. 자본비용

4. 택지개발사업과 관련하여 발생하는 그 밖의 비용

(7) 공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률 제81조[지목변경 신청] 토지 소유자는 지목변경을 할 토지가 있으면 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사유가 발생한 날부터 60일 이내에 지적소관청에 지목변경을 신청하여야 한다.

(8) 공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률 시행령 제67조[지목변경 신청] ① 법 제81조에 따라 지목변경을 신청할 수 있는 경우는 다음 각 호와 같다.

1. 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 등 관계 법령에 따른 토지의 형질변경 등의 공사가 준공된 경우

(9) 혁신도시조성 및 발전에 관한 특별법 제11조[개발계획의 승인 등] ① 사업시행자가 혁신도시개발사업을 시행하려는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 혁신도시 개발계획을 작성하여 국토교통부장관의 승인을 얻어야 한다.

③ 개발계획에는 다음 각 호의 사항이 포함되어야 한다.

4. 인구수용․토지이용․교통처리 및 환경보전에 관한 계획

(10) 도시교통정비 촉진법 제15조[교통영향평가의 실시대상지역 및 사업] ① 도시교통정비지역 또는 도시교통정비지역의 교통권역에서 다음 각 호의 사업을 하려는 자는 교통영향평가를 실시하여야 한다.

1. 도시의 개발