산업단지 조성사업에 의한 지목변경에 대하여 일반적 경과조치를 적용하여 종전규정에 따라 취득세를 면제하여야 한다는 청구주장의 당부

[주 문] OOO이 2020.6.15., OOO이 2020.6.26., OOO군수가 2020.5.11., OOO시장이 2020.6.23. 청구법인에게 한 취득세 등의 각 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2013.6.20. 등에 OOO등 일원에 OOO(이하 “이 건 산업단지들”이라 한다)의 사업시행자로 지정되었고, 사업을 시행하면서 2015～2019년에 걸쳐 이 건 산업단지들의 지목이 변경(이하 “이 건 지목변경”이라 한다)됨에 따라 지방세특례제한법 제78조 제1항에 따른 감면율 50%를 적용한 취득세 등을 처분청에 신고‧납부하였다.
• 나. 청구법인은 이 건 지목변경분 취득에 대하여 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것) 제78조 제1항(이하 “종전규정”이라 한다) 및 같은 법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것) 부칙 제14조를 적용하여 종전규정에 따라 취득세 등이 면제되어야 하므로 기 납부한 취득세 등을 환급하여야 한다는 이유로 경정청구를 제기하였으나, OOO(이하 “처분청들”이라 한다)은 이를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 심판청구(이 건 취득세 신고․납부, 경정청구, 심판청구 현황 등은 아래의 ＜표1＞의 기재와 같다)를 제기하였다. ＜표1＞ 이 건 취득세 등 신고․납부 및 경정청구 현황 (단위: 원)

2. 청구법인 주장 및 처분청들 의견 가.청구법인 주장 일반적 경과조치는 조세법령 불소급주의에 대한 예외로서 납세자에게 유리한 종전 규정에 대한 납세자의 신뢰 및 기득권을 보호하기 위한 것인바, 종전 규정 시행시 납세의무 성립 요건인 취득행위가 이루어지지 않았다 하더라도 취득과 밀접하게 관련된 직접적인 행위에 나아갔다면, 납세자의 신뢰를 보호하기 위하여 종전 규정을 적용하는 것이 타당하다 할 것이다. 청구법인은 종전규정 시행시 이 건 산업단지들의 부지를 매입하고 착공을 하여 이 건 지목변경과 밀접하게 관련된 직접적인 원인행위를 하였고, 종전규정은 약 20년간 그 골자가 바뀌지 않고 유지되면서 그 감면율 및 일몰기한의 축소 등에 대한 입법예고도 없어 종전 규정이 유지되리라는 것에 대한 청구법인의 정당한 신뢰가 존재하였다. 따라서, 이 건 지목변경 당시 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것) 제78조 제1항(이하 “개정후 규정”이라 한다)의 감면율이 축소되었다 하더라도 종전규정을 적용하여 이 건 지목변경에 대한 취득세 등을 면제하는 것이 타당하다 할 것이므로 이 건 경정청구 거부처분은 취소되어야 한다.

• 나. 처분청들 의견 조세의 부과는 납세의무의 성립시 유효한 법령의 규정에 의하여야 하고, 세법의 개정이 있을 경우에도 특별한 사정이 없는 한 개정 전후의 법령 중에서 납세의무가 성립될 당시의 법령을 적용하여야 할 것이며(대법원 2015.9.24. 선고 2015두45694 판결, 같은 뜻임), 조세법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 있어서 일반적 경과규정을 근거로 하여 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 종전 규정을 적용할 경우가 있다고 하더라도, 납세의무가 성립하기 전의 원인행위 시에 유효하였던 종전 규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인 행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에 특별히 면제한다거나 과세를 유예한다는 내용을 명시적으로 규정하고 있지 않는 한, 납세의무자가 종전규정에 의한 조세 감면 등을 신뢰하였다 하더라도 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호되어야 할 정도의 것으로 볼 수는 없다(대법원 2001.5.29. 선고 98두13713 판결, 같은 뜻임) 할 것인바, 청구법인이 이 건 지목변경 공사에 착공할 당시 종전규정에서는 2014.12.31.까지 취득세를 면제한다고 규정하고 있어, 2015.1.1.부터는 감면이 종료되거나 감면율이 축소될 수 있다는 사실을 충분히 인지할 수 있는 상황으로, 청구법인이 그 후에 이 건 산업단지들의 조성을 완료한다 하더라도 취득세 등이 면제될 것이라고 신뢰함을 정당한 것으로 보기는 곤란하여 처분청들의 처분이 신뢰보호원칙에 위배된다고 하기는 어렵다. 따라서 이 건 경정청구 거부처분은 달리 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 산업단지 조성사업에 의한 지목변경에 대하여 일반적 경과조치를 적용하여 종전규정에 따라 취득세를 면제하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령: ＜별지＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청들이 제출한 서류를 보면, 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인을 사업시행자로 하여 OOO은 2013.6.20., OOO는 2012.11.30., OOO는 2012.4.13., OOO는 2010.12.28. 일반 산업단지 지구지정 고시를 하였다. (나) 착공신고필증 등에 의하면, 청구법인은 2014.9.15.OOO, 2012년 11월OOO, 2007년~2013년OOO, 2009년~2014년OOO에 이 건 산업단지 부지조성공사를 착공하여, OOO으로부터 2018.9.20., OOO로부터 2019.4.5., OOO로부터 2015.11.23., OOO로부터 2015년 11월 동 개발사업 준공인가를 받았다. (다) 산업단지 등에 대한 취득세 감면 규정은 2014.12.31.까지는 감면율이 면제되었다가 2015.1.부터는 35%로 축소되었다. 세부 연혁은 다음의 ＜표2＞와 같다. ＜표2＞ 산업단지 등에 대한 취득세 감면 연혁 (라) 안전행정부는 2014.9.15. 다음과 같이 지방세특례제한법 일부개정법률(안)에 개정에 대해 다음과 같이 입법예고 하였다. (마) 이 건 산업단지들은 2010.10.15.부터 2013.6.30.까지 사업계획승인을 받고, 2012.4.16.부터 2014.9.15.까지 공사착공을 다음의 ＜표3＞과 같이 하였으며, 청구법인과 처분청들은 2014.12.31. 이전에 이 건 산업단지들의 공사착공을 한 사실에 대하여는 다툼사항이 없다. ＜표3＞ 이 건 산업단지들의 공사착공 등 현황

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 쟁점사항에 대하여 살펴본다. 처분청들은 청구법인이 이 건 지목변경 공사에 착공할 당시 종전규정에서는 2014.12.31.까지 취득세를 면제한다고 규정하고 있어, 2015.1.1.부터는 감면이 종료되거나 감면율이 축소될 수 있다는 사실을 충분히 인지할 수 있어 향후 취득세 등이 계속하여 면제될 것이라고 신뢰는 단순 기대이익에 불과하다고 주장하나, 청구법인은 종전규정에 따라 지목변경에 따른 취득세가 면제될 것임을 신뢰하고 이 건 산업단지의 사업시행자로 변경지정된 후 지목변경 공사를 계속 이행하였으며, 산업단지에 대한 취득세 면제조항은 1995년에 신설되어 2015년 감면율이 인하될 때까지 약 20년간 계속되었으므로 청구법인이 이 건 산업단지들의 지목변경공사를 완료할 때까지 동 면제조항이 유지될 것이라고 기대하는 것이 무리가 아닌 것으로 보이는 점, 일반적 경과조치는 종전규정이 시행될 당시에는 납세의무가 성립되지는 아니하였으나 납세자가 종전규정을 신뢰하고 원인행위를 한 경우 이를 보호하고자 하는데 그 취지가 있다고 보이는 점, 이 건 산업단지의 지목변경과 같이 개정된 법령 시행 후에 과세요건이 완성된 경우에도 종전 규정을 적용하여 납세의무자의 정당한 신뢰를 보호하는 것이 타당하다 할 것인 점 등에 비추어, 종전규정은 일반적 경과조치의 적용 대상에 해당된다 할 것이므로 종전규정의 시행기간 내에 지목변경 공사에 착공한 이 건 산업단지들에 대하여 종전 규정을 적용하여 취득세를 면제하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법 제96조 제6항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것) 제78조(산업단지 등에 대한 감면) ① 산업입지 및 개발에 관한 법률 제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자 또는 산업기술단지 지원에 관한 특례법 제4조에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제하고, 조성공사가 시행되고 있는 토지에 대하여는 2014년 12월 31일까지 재산세의 100분의 50을 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 면제)한다. 다만, 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득한 부동산의 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하지 아니하는 경우에 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.

(2) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것) 제78조(산업단지 등에 대한 감면) ① 산업입지 및 개발에 관한 법률 제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자 또는 산업기술단지 지원에 관한 특례법 제4조에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를, 조성공사가 시행되고 있는 토지에 대해서는 재산세의 100분의 35(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 60)를 각각 2016년 12월 31일까지 경감한다. 다만, 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득한 부동산의 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하지 아니하는 경우에 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세 및 재산세를 추징한다. 부칙(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것) 제14조(일반적 경과조치) 이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다.