쟁점부동산을 사업시설용으로 직접사용하지 아니한 것으로 보아 감면한 취득세 등을 추징한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2018.5.18. OOO, OOO호 및 OOO호(각 토지 OOO㎡, 건물 전용면적 OOO㎡이고, 이하 OOO호 및 OOO호를 합하여 “이 건 부동산”이라 한다)를 주식회사 AAA로부터 최초로 분양받아 취득한 후, 같은 날 지방세특례제한법(2017.12.26. 법률 제15295호로 일부 개정된 것, 이하 같다) 제58조의2 제2항의 규정에 따라 ‘지식산업센터를 분양받은 입주자가 사업시설용으로 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산’으로 신고하여 각 취득가액을 과세표준으로 하고 지방세법 제11조 제1항 제7호의 세율을 적용하여 산출한 취득세액 중에서 50%를 감면받고, 나머지 세액을 처분청에 신고․납부하였다.
• 나. 처분청은 2019.11.26. 이 건 부동산의 사용현황을 조사한 후, 청구법인이 이 건 부동산 중 OOO호 내 OOO㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 BBB 주식회사(이하 “BBB”라 한다)에 임대한 것으로 보아, 2020.3.12. 청구법인에게 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 부과․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2020.3.20. 이의신청을 거쳐 2020.7.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 2019.5.1. BBB로부터 임대차보증금 OOO원을 지급받고 쟁점부동산을 임대하는 내용의 임대차계약(이하 “쟁점임대차계약”이라 한다)을 체결하였으나, 이후 쟁점부동산을 임대할 경우 감면받은 취득세가 추징된다는 사실을 알게 되어 BBB가 쟁점부동산에 입주하기 전 쟁점임대차계약을 해지하였다. 쟁점임대차계약이 해지됨에 따라 BBB는 청구법인에게 임대차보증금을 지급하지 아니하였고, 쟁점부동산에 입주하여 사용한 사실도 없다. 이러한 사실은 쟁점부동산 관리사무소의 입주사실부존재 확인서, 금융거래내역 등을 통해서도 확인할 수 있다. 한편, BBB는 쟁점부동산을 대신하여 주식회사 CCC(이하 “CCC”이라 한다)의 사무실을 무상으로 임차하여 사용하고 있으며, 이러한 사실은 BBB 대표이사 aaa 사실확인서, CCC 사실확인서를 통해 확인할 수 있다. 이와 같이 청구법인은 쟁점부동산을 정당한 사유 없이 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하거나 5년 이내에 다른 용도로 사용한 사실이 없음에도 처분청이 이 건 취득세를 추징한 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 처분청은 2019.11.26. 이 건 부동산에 대한 취득세 감면조사를 위하여 현지출장하였고, 그 과정에서 청구법인이 이 건 부동산 중 OOO호를 두 칸으로 분리하여 사무실과 창고로 사용하고 있었으며 쟁점부동산은 BBB에 임대한 사실을 확인한 점, BBB는 2019.6.3. 쟁점부동산을 본점소재지로 하여 OOO세무서장에게 사업자등록을 하면서 쟁점부동산에 대한 임대차계약서를 첨부하여 제출한 점, BBB는 2019.6.3. 쟁점부동산을 본점소재지로 하여 법인등록면허세를 신고․납부한 점, BBB는 2020.4.9. 처분청에 쟁점부동산을 소재지로 하여 법인지방소득세를 신고한 점, 처분청은 2020.1.3. CCC 본점 소재지에 BBB의 사무실이 존재하는지 여부를 확인하기 위하여 현지출장 하였는데, 해당사무실에는 CCC의 간판만 존재하고 BBB의 간판이나 명판은 없었고, 사무실 내부는 분리되지 아니한 채 BBB 입사지원신청서와 CCC 입사지원서 파일이 함께 놓여있었으며, BBB 대표이사가 사무실 전체를 본인이 사용하고 있다고 주장하였으나 BBB 대표이사 aaa은 CCC 대표이사 bbb과 남매로 이러한 주장을 인정하기 어려운 것으로 확인한 점 등에 비추어 청구법인은 쟁점부동산을 직접 사용하지 아니하고 BBB에 임대한 것으로 나타나는 바, 감면받은 취득세 등을 추징한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 쟁점부동산을 사업시설용으로 직접사용하지 아니한 것으로 보아 감면한 취득세 등을 추징한 처분의 당부
• 나. 관련 법률

(1) 지방세특례제한법(2017.12.26. 법률 제15295호로 일부 개정된 것) 제2조[정의] ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

8. "직접 사용"이란 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등의 소유자가 해당 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다. 제58조의2[지식산업센터 등에 대한 감면] ② 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제28조의4에 따라 지식산업센터를 신축하거나 증축하여 설립한 자로부터 최초로 해당 지식산업센터를 분양받은 입주자(중소기업기본법 제2조에 따른 중소기업을 영위하는 자로 한정한다)에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.

1. 2019년 12월 31일까지 사업시설용으로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다.

• 가. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우
• 나. 그 취득일부터 5년 이내에 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2018.5.18. 이 건 부동산을 주식회사 AAA로부터 최초로 분양받은 후, 같은 날 지방세특례제한법제58조의2 제2항의 규정에 따라 ‘지식산업센터를 분양받은 입주자가 사업시설용으로 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산’으로 신고하여 산출된 취득세 등 중에서 50%를 감면 받았고, 나머지 세액을 처분청에 신고․납부하였다.

(2) 처분청은 2019.11.26. 이 건 부동산의 사용현황을 조사한 후, 청구법인이 쟁점부동산을 BBB에 임대한 것으로 보아, 청구법인에게 취득세 등을 부과․고지하였는바, 처분청이 제출한 자료는 다음과 같다. (가) 처분청은 2019.11.26. 및 2020.1.3. 각 현지출장을 한 것으로 확인되는바, 구체적 내용은 다음과 같다.

1. 처분청은 2019.11.26. 이 건 부동산에 대한 취득세 감면조사를 위하여 현지출장 하였는데 당시 처분청 공무원이 작성한 취득세 비과세․감면 조사표의 조사내용 및 특이사항란에는 ‘(이 건 부동산 중) OOO호를 두 칸으로 분리하여 사무실과 창고로 사용 중’, ‘사무실은 BBB에 임대 중: 면적 OOO㎡’로 기재되어 있는 것으로 나타난다.

2. 처분청은 2020.1.3. CCC 본점소재지에 BBB의 사무실이 존재하는지 여부를 확인하기 위하여 현지출장 하였는바, 당시 처분청 공무원이 작성한 출장보고서에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

• 가) 면담사항란에 의하면 ‘출장지에는 CCC 간판만 있는 상태임. 사무실 안에 여성 1명, 남성 1명이 있었는데 남성분이 BBB 대표자로 보였음. 사무실 중 BBB가 사용하는 공간이 어디냐고 묻자 여기가 다 쓰는 공간이라고 대답함. 책상 위에는 CCC의 입사지원서 파일이 묶음으로 놓여있고, 출입구 쪽 테이블에는 BBB의 입사지원서와 CCC 명함이 놓여있었음. 대표자말이 OOO 건 때문에 변호사 상담을 받을 정도로 골치가 아팠다고 함.’이라고 기재되어 있다.
• 나) 출장보고서의 조사자 의견란에는 ‘출장지는 BBB의 사무실임을 객관적으로 알 수 있는 간판이나 명함은 없었고 테이블에 놓인 입사지원신청서와 현장에서 만난 대표자만이 BBB와의 관련성을 설명해주고 있었음. 그런데 테이블 위에 같이 놓여있던 CCC의 명함에 BBB의 대표자인 aaa의 이름이 쓰여 있고 BBB의 대표자와 CCC의 대표자는 남매로, 출장지가 BBB의 실제 본점 사무실이라는 주장은 객관적 사실이라고 보기 어렵다고 판단됨’이라고 기재되어 있는 것으로 확인된다. (나) BBB는 사업자등록, 법인등록 및 법인지방소득세 신고․납부시 쟁점부동산을 본점소재지로 하여 등록 및 신고한 것으로 확인된다.

1. BBB는 2019.6.3. 쟁점부동산을 본점소재지로 하여 OOO세무서장에게 사업자등록을 하면서 쟁점부동산에 대한 임대차계약서를 첨부하여 제출한 것으로 나타난다.

2. BBB는 2019.6.3. 쟁점부동산을 본점소재지로 하여 법인등록면허세를 신고․납부한 것으로 나타난다.

3. BBB는 2020.4.9. 처분청에 쟁점부동산을 소재지로 하여 법인지방소득세를 신고한 것으로 나타난다. (다) 처분청은 청구법인에게 BBB와의 쟁점임대차계약 해지 후 임대차보증금을 반환받은 내역이나, BBB와 CCC간에 새로운 임대차계약이 체결되었음을 입증할 수 있는 서류(임대차계약서) 등의 제출을 요청하였으나, 관련 증빙자료는 현재까지 제출되지 아니하였다.

(3) 청구법인은 2019.5.1. BBB와 쟁점임대차계약을 체결하였으나, 이후 쟁점부동산을 임대할 경우 감면받은 취득세를 추징당한다는 사실을 알게 되어 BBB가 쟁점부동산에 입주하기 전 쟁점임대차계약을 해지하였다고 주장하며 다음과 같은 자료를 제출하였다. (가) 청구법인은 쟁점임대차계약이 해지됨에 따라 BBB는 청구법인에게 임대차보증금을 지급하지 아니하였고, 쟁점부동산에 입주하여 사용한 사실도 없다고 주장하며 쟁점부동산 관리사무소의 입주사실부존재 확인서, 금융거래내역 등을 제출하였는바 구체적 내용은 다음과 같다.

1. 이 건 부동산 관리사무소는 2019.12.19. BBB가 2019.5.9.부터 2019.12.19. 현재까지 이 건 부동산에 입주한 사실이 없다는 내용의 입주사실확인서를 작성하여 제출하였다.

2. 청구법인은 BBB로부터 임대차보증금을 지급받은 사실이 없다고 주장하며 청구법인 사업용계좌의 금융거래내역을 제출하였는바, 해당 금융거래내역에 의하면 2019.5.2.～2019.5.31., 및 2019.6.26.～2019.8.9. 기간 동안 청구법인 계좌에 BBB가 임대보증금을 입금한 내역은 확인되지 아니한다. (나) 청구법인은 BBB가 쟁점부동산을 대신하여 CCC의 사무실을 무상으로 임차하여 사용하고 있다고 주장하며, BBB 대표이사 aaa 사실확인서, CCC 사실확인서를 제출하였는바 구체적 내용은 다음과 같다.

1. BBB 대표이사 aaa은 다음과 같은 내용의 확인서(2019.11.27.)를 작성하여 제출하였다.

○○○

2. CCC 대표이사 bbb은 다음과 같은 내용의 사실확인서(2019.12.20.)를 작성하여 제출하였다.

○○○

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 지방세특례제한법 제58조의2 제2항은 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제28조의4에 따라 지식산업센터를 신축하거나 증축하여 설립한 자로부터 최초로 해당 지식산업센터를 분양받은 입주자에 대해서는 2019년 12월 31일까지 사업시설용으로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 경감하되, 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 및 그 취득일부터 5년 이내에 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 경감된 취득세 등을 추징하는 것으로 규정하고 있다. 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, ① 처분청은 2019.11.26. 이 건 부동산에 대한 취득세 감면조사를 위하여 현지출장하였고, 그 과정에서 청구법인이 이 건 부동산 중 OOO호를 두 칸으로 분리하여 사무실과 창고로 사용하고 있었으며 사무실(쟁점부동산)은 BBB에 임대한 사실을 확인한 점, ② BBB는 2019.6.3. 쟁점부동산을 본점소재지로 하여 OOO세무서장에게 사업자등록을 하면서 쟁점부동산에 대한 임대차계약서를 첨부하여 제출한 것으로 확인되는 점, ③ BBB는 2019.6.3. 쟁점부동산을 본점소재지로 하여 법인등록면허세를 신고․납부한 점, ④ BBB는 2020.4.9. 처분청에 쟁점부동산을 소재지로 하여 법인지방소득세를 신고한 점, ⑤ 처분청은 2020.1.3. CCC 본점소재지에 BBB의 사무실이 존재하는지 여부를 확인하기 위하여 현지출장 하였는데, 해당사무실에는 CCC의 간판만 존재하고 BBB의 간판이나 명판은 없었고, 사무실 내부는 분리되지 아니한 채 BBB 입사지원신청서와 CCC 입사지원서 파일이 함께 놓여있었으며, BBB 대표이사가 사무실 전체를 본인이 사용하고 있다고 주장하였으나 BBB 대표이사 aaa은 CCC 대표이사 bbb과 남매로 이러한 주장을 인정하기 어려운 것으로 확인한 점 등에 비추어 청구법인은 쟁점부동산을 직접 사용하지 아니하고 BBB에 임대한 것으로 보이므로, 처분청이 이 건 취득세 등을 부과․고지한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제96조 제6항, 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.