청구법인이 산업단지 내에 공장용 건축물을 신축하여 그 중 일부를 직접 사용하지 아니하고 공실로 방치한 것으로 보아 감면한 취득세 등을 추징한 처분이 적법한지 여부

[주 문] OOO이 2019.3.26. 청구법인에게 한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원의 부과처분과 2014년～2018년 재산세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2013.9.30. OOO 내의 토지 2,380.8㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 취득한 후 2013.10.17. 취득신고를 하면서 이 건 토지가 산업단지 내에서 산업용 건축물 등을 신축하려는 자가 취득한 토지로서 지방세특례제한법(이하 “지특법”이라 한다) 제78조 제4항의 규정에 따라 취득세 감면대상에 해당된다는 사유로 감면신청을 하여 취득세를 면제받고 감면분 취득세에 해당하는 농어촌특별세 OOO원을 신고납부하였다.
• 나. 청구법인은 2014.10.14. 이 건 토지상에 건축물 4,700.22㎡(옥탑면적 포함, 이하 “이 건 건축물”이라 한다)를 신축한 후 2014.11.21. 취득신고하면서 이 건 토지와 같은 사유로 감면신청을 하여 취득세를 면제받고 감면한 취득세에 대한 농어촌특별세 OOO원을 신고납부하였으며, 처분청은 이 건 토지 및 건축물에 대하여 2014년부터 2018년까지 재산세를 감면하였다.
• 다. 처분청은 2018년 청구법인에 대한 세무조사 결과 청구법인이 이 건 건축물 중 3층 면적 1,566.74㎡(옥탑면적 포함, 이하 “쟁점건축물”이라 한다)를 취득일부터 3년이 경과할 때까지 산업용 건축물로 직접 사용하지 아니하고 공실로 방치하였으므로 쟁점건축물과 그 부속토지에 대하여 감면한 취득세 및 재산세의 추징대상에 해당되는 것으로 보아 아래 ＜표1＞과 같이 취득세 등 OOO원을 2019.3.26. 청구법인에게 부과고지하였다. ＜표1＞ 취득세 등 부과내역
• 라. 처분청은 청구법인이 이 건 건축물의 취득신고하면서 천정형 냉난방기 설치비용, 이자비용, 감리비용을 과세표준에서 누락한 것으로 보아 누락한 과세표준액 OOO원 중 쟁점건축물의 면적에 따라 안분한 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하여 산정한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원(감면분 취득세에 대한 농어촌특별세 OOO원 포함)을 2019.3.26. 부과고지하였다.
• 마. 처분청은 쟁점건축물 및 그 부속토지에 대하여 2014년～2018년 감면한 재산세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원을 2019.3.26. 청구법인에게 부과·고지하였다.
• 바. 청구법인은 쟁점건축물 및 그 부속토지에 대하여 감면한 취득세 및 재산세 등을 추징한 처분에 불복하여 2019.6.12. 심판청구를 제기하였고, 우리 심판원은 2020.1.29. 직접 사용여부를 재조사하여 과세표준과 세액을 경정하도록 결정하였으며, 이러한 재조사결정에 따라 처분청은 재조사를 실시한 후 당초 부과처분이 적법하므로 재조사 후 감액할 세액이 없다는 내용의 재조사 사항을 2020.3.23. 청구법인에게 통지하였다.
• 사. 청구법인은 이에 불복하여 2020.6.19. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 쟁점건축물이 보기에 공실에 가깝지만 실제로는 제작 지원 현장으로 사용되고 있었고, 이 건 건축물의 사용승인일로부터 부과처분이 있는 날까지 주사무소로 사용하지는 아니하였지만 청구법인의 재고자산, 설비, 집기비품과 OOO 등 거래처의 OOO 등의 물품보관 창고용도로 사용하였으며, 쟁점건축물 전체를 꽉 채워 사용하지는 않았지만, 저중량 장기보관 자재 일부를 집하․보관하였고, 출고 전 제품들을 집하해 임시 보관하면서 한때 늘어나는 물량을 소화하기 위한 제작현장으로도 사용하였으며, 회사 현장의 기능을 충분히 수행하는 꽤나 유용한 장소로 부분적이나마 사용하고 있었다. 그러나 경기 침체에 따른 계속되는 매출 저하OOO로 그 쓰임이 다소 감소하게 되었고, 원가절감을 통해 경비를 절감하고자 2014년도 주민세 재산분을 신고하면서 사무소로 사용하지 않은 쟁점건축물은 비과세대상에 해당된다는 처분청의 답변을 듣고 일시 공실이었던 쟁점건축물 면적을 제외하여 주민세 재산분을 신고납부하였던 것이다. 이 후 2018년도까지 매출 하락이 더욱 지속되어 작업 동선 등 효율성 제고를 위해 쟁점부동산에 있던 재고자산, 설비, 집기비품 등을 타처로 이동해 오히려 처분청의 오해를 증폭시킨 것은 사실이나, 청구법인은 이 건 건축물을 신축한 후 쟁점건축물을 계속적인 공실로 방치하지는 아니하였음에도 처분청이 이를 계속하여 공실로 방치한 것으로 보아 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 지특법 제78조 제4항에서 산업입지 및 개발에 관한 법률에 따라 지정된 산업단지에서 산업용 건축물등을 신축하거나 증축하려는 자가 취득하는 부동산에 대해서는 2014.12.31.까지 취득세를 면제한다고 규정하고 있으며, 같은 조 제5항 제1호에서 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다고 규정하고 있다. 처분청 주민세 담당자가 2016.9.12. 현장 확인한 결과 쟁점건축물이 공실인 것으로 확인하여 2015년 주민세 재산분을 환급하였던 점, 2016년～2018년 주민세 신고시에도 공실면적으로 신고한 점, 처분청 담당공무원이 2018.11.22. 현지 조사를 할 당시에도 공실인 상태이었던 점에 비추어, 처분청이 쟁점건축물과 그 부속토지에 대하여 지특법 제78조 제5항 제1호의 추징대상에 해당되는 것으로 보아 이 건 취득세 등을 추징한 처분은 적법하다 할 것이다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 청구법인이 산업단지 내에 공장용 건축물을 신축하여 그 중 일부를 직접 사용하지 아니하고 공실로 방치한 것으로 보아 감면한 취득세 등을 추징한 처분이 적법한지 여부
• 나. 관련 법률 지방세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12175호로 일부개정되기 전의 것) 제78조(산업단지 등에 대한 감면) ④ 제1호 각 목의 지역(이하 "산업단지등"이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 감면한다.

1. 대상 지역

• 가. 산업입지 및 개발에 관한 법률에 따라 지정된 산업단지
• 나. 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률에 따른 유치지역
• 다. 산업기술단지 지원에 관한 특례법에 따라 조성된 산업기술단지

2. 감면 내용

• 가. 산업용 건축물등을 건축하려는 자(공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다)가 취득하는 부동산에 대해서는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제한다.
• 나. 산업단지등에서 산업용 건축물등을 대수선하여 취득하는 부동산에 대해서는 2014년 12월 31일까지 취득세의 100분의 50을 경감한다.
• 다. 가목의 부동산에 대한 해당 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 50을 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 면제)한다.

⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각(해당 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우는 제외한다)ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구법인이 제출한 심리자료는 다음과 같다. (가) 청구법인은 2008.10.20. 계기용 변압기 제조업 등을 목적사업으로 하고, OOO을 본점소재지로 하여 설립하였다가, 2014.9.11. OOO로 본점을 이전한 사실이 등기사항일부증명서에서 확인된다. (나) 청구법인은 2016.7.20. 2016년도 주민세 재산분를 신고하면서 쟁점건축물 1,566.74㎡를 공실면적으로 신고한 것으로 나타난다. (다) 처분청 동부출장소 세무과 주민세 재산분팀 담당공무원이 2016.9.12. 이 건 건축물에 대하여 현장확인을 하고 작성한 조사내용 및 관련 사진은 다음과 같다. ＜조사내용＞ ＜현장 사진＞ (라) 청구법인이 처분청에 제출한 청구법인의 2016년, 2017년, 2018년 주민세 재산분 신고서에는 쟁점건축물을 공실로 신고한 것으로 나타난다. (마) 처분청 세무담당공무원은 2018.11.22. 감면 사후관리를 위하여 이 건 건축물에 현장조사를 실시하고 촬영한 사진에 의하면 쟁점건축물의 안쪽 구석에 소량의 물품들이 적재되어 있으나 전체적으로 공실상태였던 것으로 나타난다. (바) 청구법인이 쟁점건축물을 직접 사용하였다는 증빙으로 제시한 자료는 다음과 같다.

1. 주식회사 OOO 주식회사 OOO, 주식회사 OOO 등이 작성한 확인서는 청구법인에 자재 등 납품을 위해 지속적으로 방문하였는바, 쟁점건축물이 청구법인의 사업에 사용되고 있었음을 확인한다는 내용이 기재되어 있다.

2. 위 거래처 관련 거래처원장에 의하면 2014년～2018년 기간 동안 상기 거래처들과 지속적으로 매입거래가 있었던 것으로 확인된다.

3. 청구법인이 내부 기안서류(시행일자 2014.11.1.), 사진 등에 의하면, 쟁점건축물을 중식시간과 일과 후에 직원등의 체력단련을 위하여 탁구장, 배드민턴장, 헬스장 등으로 이용할 수 있도록 체력단련실을 운영할 계획이며, 탁구대 등이 설치된 사진 3매를 제시하고 있다.

4. 청구법인은 2015.8.17.～2015.9.25. 6회에 걸쳐 쟁점건축물을 신입 및 파견인원의 변성기 CT/VT 검사교육 등을 위한 장소로 활용하였다는 증빙으로 주간교육일지 6매를 제시하였다.

5. 청구법인이 연도별 매출액 내역은 아래 ＜표2＞와 같다. ＜표2＞ 청구법인의 연도별 매출액 내역

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살펴본다. 지특법 제78조 제5항에서 추징사유로 제1호에서 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우를, 제2호에서 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우를 각각 추징대상에 해당되는 것으로 규정하고 있다. 청구법인이 제출한 2014.11.1. 기안한 내부기안서류, 교육일지, 사진 등에 비추어 쟁점건축물을 물품보관창고, 교육장소, 창고, 체력단련실 등 공장의 부대시설용도로 사용한 사실이 있다고 나타나므로, 청구법인이 유예기간 이내에 쟁점건축물을 전혀 공장 등의 용도로 사용하지 아니하고 방치한 것으로 볼 수는 없다 할 것이고, 이와 같이 공장의 부속용도로 사용을 개시한 이상 지특법 제78조 제5항 제1호의 추징사유에 해당된다고 보기는 어렵다 하겠다. 또한, 쟁점건축물이 지특법 제78조 제5항 제2호의 추징대상에 해당되는지 여부를 살펴보면, 처분청이 2015년도분 주민세 경정청구와 관련하여 2016.9.12. 현장을 조사할 당시 공실이었고, 그 이후의 주민세 신고서 및 현장 조사내용에서도 사실상 공실상태이었던 것으로 확인되지만, 쟁점건축물을 신축한 후 일정기간 해당 용도로 사용하다가 공실로 두었다 하더라도 쟁점건축물을 매각․증여하거나 다른 용도로 사용하지 아니하는 이상 지특법 제78조 제5항 제2호의 추징대상에 해당된다고 볼 수도 없다 할 것이므로, 처분청이 쟁점건축물과 그 부속토지에 대하여 추징사유가 발생한 것으로 보아 감면한 취득세 및 재산세 등을 부과한 처분은 잘못이라고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법제96조 제6항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.