「지방세법」개정과 함께 규정한 일반적 경과조치를 근거로 개정 전 「지방세법」의 적용을 전제로 하여 「조세특례제한법」상 세액공제 규정을 적용할 수 있는지 여부

[주 문] 심판청구를 각하한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구인은 1998.2.12. 증여로 취득한 OOO 도로 288㎡(이하 “쟁점토지①”이라 한다) 및 OOO 620㎡(이하 “쟁점토지②”이라 하고, 쟁점토지①과 합하여 “쟁점토지”라 한다)에 관하여 각 증여를 원인으로 취득한 후, 2015.9.15. OOO에게 쟁점토지① 지분 288분의61에 관하여, OOO에게 쟁점토지① 지분 288분의44에 관하여 각 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳐 주었고, 같은 날 OOO에게 쟁점토지②에 관하여 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤다.
• 나. 청구인은 2015.9.21. OOO세무서장에게 쟁점토지 양도에 관한 양도소득세 예정신고를 하면서, 구 조세특례제한법(2015.12.15. 법률 제13560호로 개정되기 전의 것, 이하 “조세특례제한법”이라 한다) 제69조 제1항에 따라 8년 이상 자경한 농지로서 양도소득세 감면대상에 해당한다는 이유로 양도소득 산출세액 전액에 대하여 감면신청을 하였다.
• 다. OOO세무서장은 구 조세특례제한법 시행령(2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정되기 전의 것, 이하 “조세특례제한법 시행령”이라 한다) 제66조 제14항에 따라 청구인의 총급여액이 OOO원 이상인 과세기간 11년을 경작기간에서 제외하면 자경농지에 대한 양도소득세 감면요건을 충족하지 못하는 것으로 보아, 2017.12.21. 청구인에게 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였고, 처분청은 이에 대한 지방소득세 OOO을 경정․고지하였다.
• 라. 청구인은 2018.3.2. 양도소득세 및 지방소득세 부과처분에 불복하여 감사원에 심사청구하였으나 감사원은 2019.6.18. 기각결정하였다.
• 마. 청구인은 감사원의 기각결정에 불복하여 2019.9.17. OOO세무서장을 상대로 OOO지방법원에 양도소득세 및 지방소득세 부과처분의 취소를 구하는 소를 제기OOO하였으나, 2020.2.11. 취하간주(2회 쌍불)되었다.

• 바. 청구인은 지방소득세 부과처분에 불복하여 2021.2.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 청구인은 8년 이상 농지를 자경하여 조세특례제한법 제69조 제1항의 양도소득세 감면요건을 충족함에도 불구하고 OOO세무서장 및 처분청이 2014.2.21. 신설된 조세특례제한법 시행령 제66조 제14항을 근거로 청구인에게 양도소득세를 과세하는 것은 소급과세금지의 원칙에 위배되고, 실제로 농지를 경작하였음에도 불구하고 총급여액의 합계액이 OOO원 이상인 과세기간이 있는 경우 그 기간을 경작기간에서 제외하는 것은 실질과세의 원칙에 위배된다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 2018.3.2. 이미 이 건 지방소득세 부과처분에 대하여 감사원에 심사청구를 하였다가 2019.6.18. 기각결정을 받은 바 있음에도 다시 조세심판원에 심판청구를 제기한 것으로 위법하고, 설령 이와 같은 위법이 없다 하더라도 지방소득세 부과처분일(2017.12.21.)로부터 90일이 도과하여 제기된 심판청구로 부적법하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 적법한 심판청구인지 여부
• 나. 관련 법률

(1) 지방세기본법 제89조[청구대상] ① 이 법 또는 지방세관계법에 따른 처분으로서 위법·부당한 처분을 받았거나 필요한 처분을 받지 못하여 권리 또는 이익을 침해당한 자는 이 장에 따른 이의신청 또는 심판청구를 할 수 있다.

② 다음 각 호의 처분은 제1항의 처분에 포함되지 아니한다.

1. 이 장에 따른 이의신청 또는 심판청구에 대한 처분. 다만, 이의신청에 대한 처분에 대하여 심판청구를 하는 경우는 제외한다.

2. 제121조 제1항에 따른 통고처분

3. 감사원법에 따라 심사청구를 한 처분이나 그 심사청구에 대한 처분

4. 과세전적부심사의 청구에 대한 처분

5. 이 법에 따른 과태료의 부과 제91조[심판청구] ① 이의신청을 거친 후에 심판청구를 할 때에는 이의신청에 대한 결정 통지를 받은 날부터 90일 이내에 조세심판원장에게 심판청구를 하여야 한다.

② 제96조에 따른 결정기간에 이의신청에 대한 결정 통지를 받지 못한 경우에는 제1항에도 불구하고 결정 통지를 받기 전이라도 그 결정기간이 지난 날부터 심판청구를 할 수 있다.

③ 이의신청을 거치지 아니하고 바로 심판청구를 할 때에는 그 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받았을 때에는 통지받은 날)부터 90일 이내에 조세심판원장에게 심판청구를 하여야 한다. 제94조[청구기한의 연장 등] ③ 제90조 및 제91조의 기간은 불변기간으로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) OOO세무서장은 2017.12.21. 청구인에게 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였고, 처분청은 이에 대한 지방소득세 OOO원을 경정․고지하였다.

(2) 청구인은 2018.3.2. 양도소득세 및 지방소득세 부과처분에 불복하여 감사원에 심사청구하였으나 감사원은 2019.6.18. 기각결정한 것으로 확인된다.

(3) 청구인은 감사원의 기각결정에 불복하여 2019.9.17. OOO세무서장을 상대로 OOO지방법원에 양도소득세 및 지방소득세 부과처분의 취소를 구하는 소를 제기OOO하였으나, 2020.2.11. 취하간주(2회 쌍불)되었다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 2017.12.21. 청구인에게 쟁점토지 양도에 따른 지방소득세 OOO원을 부과․고지하였으므로 청구인은 이 날을 기준으로 90일 이내에 심판청구를 제기하였어야 할 것이나 그로부터 37개월여 경과한 2021.2.5.에서야 이 건 심판청구를 제기한 사실이 심리자료에 의하여 확인되므로, 이 건 심판청구는 불복기간이 도과하여 제기된 부적법한 청구에 해당한다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 부적법한 청구에 해당하므로 지방세기본법 제96조 제6항, 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제1호에 의하여 주문과 같이 결정한다.