쟁점부동산을 정당한 사유 없이 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 않은 것으로 보아 취득세 등을 과세한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 1988.9.29. 신용협동조합법 제39조 제1항 각 호의 신용사업 등을 목적으로 설립되었고, 2018.7.30. OOO토지 476㎡ 및 그 지상의 지하1층 지상4층 건물 1,229.12㎡(이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 매매대금 OOO원에 취득한 후, 지방세특례제한법 제87조 제1항 제1호 및 제2호에 따라 신용협동조합이 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 신고하여 취득세의 100분의 85의 감면받고 나머지 100분의 15에 해당하는 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원을 신고․납부하였다.
• 나. 처분청은 2019.10.16. 및 2019.10.28. 이 건 부동산에 대한 현지출장조사를 실시한 결과, 이 건 부동산 중 지하 1층 286.76㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)는 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 신용협동조합업무에 직접 사용하지 아니하여 추징요건에 해당하는 것으로 보아, 2020.3.13. 청구법인에게 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 부과․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2020.5.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 지방세특례제한법 제87조에 해당하는 신용협동조합으로, OOO구에 본점을, OOO구에 OOO지점을 두고 있으며, 지점 및 조합원 이용시설, 일자리창출센터 등으로 활용하려는 목적으로 2018.7.30. 이 건 부동산을 취득하였다. 청구법인은 당초 계획한 바와 같이 이 건 부동산을 청구법인의 업무에 직접 사용하기 위하여 2018.7.31. 이 건 부동산에 있던 기존 임차인 모두에게 임대차계약 갱신거절의사가 담긴 내용증명우편을 발송하였다. 이 건 부동산에 입점하여 있던 임차인 중 2층, 3층, 4층의 임차인은 임대차계약을 준수하여 자진퇴거하였으나, 이 건 부동산 지하1층에서 마트를 운영하는 OOO는 최초의 내용증명을 받은 이후 2019.5.17., 2019.9.11., 2019.11.8. 3회에 거쳐 추가로 임대차계약이 해지되었음을 통지받았음에도 청구법인이 권리금을 지급하여야 퇴거하겠다고 주장하며 퇴거를 거부하였다. 청구법인은 이 건 부동산 1층에서 영업을 하는 법인이라 지하1층에 입점하여 있는 OOO가 각종 민원을 제기하고 큰 소란을 만들 것을 두려워하여 가급적 큰 문제없이 OOO를 퇴거시키기 위해 1년 넘게 노력하였으나 실패하였고, 청구법인은 결국 2019.12.30. OOO를 상대로 건물명도소송을 제기하였다. 청구법인은 자의로 쟁점부동산을 직접 사용하지 아니한 것이 아니라 퇴거하지 않는 임차인 OOO로 인해 어쩔 수 없이 사용하지 못한 것인 점, 이 건 처분으로 인하여 추징당하는 취득세액에 비해 청구법인이 OOO로부터 지급받은 임대료는 현저히 적은 금액이라는 점, 청구법인은 지역사회에서 영업을 하는 입장에서 기존 임차인과 원만히 합의하기 위하여 노력하다가 민사소송을 제기하여 쟁점부동산의 점유를 이전받아 업무에 직접사용하기 위하여 노력하고 있는 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점부동산을 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 못한데 감면된 취득세 등의 추징을 면제할 “정당한 사유”가 있는 것으로 보아야 한다.
• 나. 처분청 의견 지방세특례제한법 제87조 제1항 제1호 및 제2호와 같은 법 제178조 본문 및 제1호 규정을 종합하면 신용협동조합법에 따라 설립된 신용협동조합이 신용협동조합법 제39조 제1항 제1호 내지 제2호 및 제4호의 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제하되, 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 않는 경우에는 그 해당부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징하도록 규정하고 있다. 위 규정에서 정당한 사유라 함은 해당 사업에 직접 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 직접 사용할 수 없는 법령상․사실상의 장애사유 및 장애정도, 목적사업에 사용하기 위하여 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적 사안에 따라 개별적으로 판단할 것이고, 법령에 의한 금지․제한 등 부동산을 취득할 당시 유예기간 이내에 목적사업에 직접 사용할 수 없는 법령상의 장애사유가 있음을 알았거나, 설사 몰랐다 하더라도 조금만 주의를 기울였다면 그러한 장애사유의 존재를 쉽게 알 수 있었던 상황에서 부동산을 취득하였고 취득 후 유예기간 이내에 당해 부동산을 목적사업에 직접 사용하지 못한 것이 동일한 사유 때문이라면 취득 전에 존재한 법령상의 장애사유가 충분히 해소될 가능성이 있었고 실제 그 해소를 위하여 노력하여 이를 해소하였는데도 예측하지 못한 전혀 다른 사유로 목적사업에 사용하지 못하였다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 법령상의 장애사유는 당해 부동산을 목적사업에 직접 사용하지 못한 것에 대한 정당한 사유가 될 수 없다고 할 것이다. 청구법인이 쟁점부동산을 목적사업에 직접 사용하지 못한 것은 임대차기간이 종료된 임차인이 불법적으로 쟁점부동산을 점거하고 퇴거하지 아니하였기 때문이므로 이는 감면된 취득세를 추징하지 아니할 정당한 사유에 해당한다고 주장하나, 이 건 부동산 매매계약서에 의하면 청구법인은 이 건 부동산을 취득할 당시 이 건 부동산 중 1층은 임차인 전부를 명도하는 조건으로 취득한 데 비해 쟁점부동산의 임대차계약은 승계한 것으로 나타나고, 그 이후 쟁점부동산을 점거하고 있는 임차인에게 내용증명을 수회 발송하였을 뿐 별다른 조치를 취하지 아니하였으며, 처분청이 과세예고통지를 한 이후인 2019.12.30.에서야 임차인을 상대로 쟁점부동산의 인도를 구하는 소를 제기하였을 뿐이므로, 청구법인은 쟁점부동산을 취득할 당시 유예기간 이내에 쟁점부동산의 임차인이 퇴거하지 아니하면 이를 목적사업에 직접 사용할 수 없다는 점을 알았음에도 이를 해결하기 위한 진지한 노력을 다하지 아니하였으므로 청구법인이 정당한 사유 없이 쟁점부동산을 유예기간이 경과할 때까지 신용협동조합 업무에 직접사용하지 아니한 것으로 보아 감면된 취득세를 추징한 처분은 달리 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 쟁점부동산을 정당한 사유 없이 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 않은 것으로 보아 취득세 등을 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 지방세특례제한법(2020.1.15. 법률 제16865호로 개정된 것) 제2조[정의]

8. “직접 사용”이란 부동산·차량·건설기계·선박·항공기 등의 소유자가 해당 부동산·차량·건설기계·선박·항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다. 제87조[새마을금고 등에 대한 감면] ①신용협동조합법에 따라 설립된 신용협동조합(중앙회는 제외하며, 이하 제1호 및 제2호에서 “신용협동조합”이라 한다)에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 각각 감면한다.

1. 신용협동조합이 신용협동조합법 제39조 제1항 제1호의 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를, 과세기준일 현재 그 업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세를 각각 2020년 12월 31일까지 면제한다.

2. 신용협동조합이 신용협동조합법 제39조 제1항 제2호 및 제4호의 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를, 과세기준일 현재 그 업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세를 각각 2020년 12월 31일까지 면제한다. 제177조의2[지방세 감면 특례의 제한] ① 이 법에 따라 취득세 또는 재산세가 면제(지방세특례 중에서 세액감면율이 100분의 100인 경우와 세율경감률이 지방세법에 따른 해당 과세대상에 대한 세율 전부를 감면하는 것을 말한다. 이하 이 조에서 같다)되는 경우에는 이 법에 따른 취득세 또는 재산세의 면제규정에도 불구하고 100분의 85에 해당하는 감면율(지방세법 제13조 제1항부터 제4항까지의 세율은 적용하지 아니한 감면율을 말한다)을 적용한다. 제178조[감면된 취득세의 추징] ① 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

(2) 신용협동조합법 제39조[사업의 종류 등] ① 조합은 그 목적을 달성하기 위하여 다음 각 호의 사업을 한다.

1. 신용사업

• 가. 조합원으로부터의 예탁금․적금의 수납
• 나. 조합원에 대한 대출
• 다. 내국환
• 라. 국가․공공단체․중앙회 및 금융기관의 업무 대리
• 마. 조합원을 위한 유가증권․귀금속 및 중요 물품의 보관 등 보호예수 업무
• 바. 어음할인
• 사. 전자금융거래법에서 정하는 직불전자지급수단의 발행․관리 및 대금의 결제(제78조 제1항 제5호 사목에 따른 중앙회의 업무를 공동으로 수행하는 경우로 한정한다)
• 아. 전자금융거래법에서 정하는 선불전자지급수단의 발행․관리․판매 및 대금의 결제(제78조 제1항 제5호 아목에 따른 중앙회의 업무를 공동으로 수행하는 경우로 한정한다)

2. 복지사업

3. 조합원을 위한 공제사업

4. 조합원의 경제적․사회적 지위 향상을 위한 교육

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2018.7.30. 이 건 부동산을 매매대금 OOO원에 취득한 후, 지방세특례제한법 제87조 제1항 제1호 및 제2호에 따라 신용협동조합이 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 신고하여 취득세 등의 100분의 85를 감면받고 나머지 100분의 15에 해당하는 취득세 등 합계 OOO원을 신고․납부하였다. ＜표1＞ 취득당시 신고․납부내역 (단위: 원)

○○○ ＜표2＞ 취득당시 신고․납부내역 (단위: 원)

○○○ ＜표3＞ 취득당시 신고․납부내역 (단위: 원)

○○○ (가) 이 건 부동산에 대한 매매계약서 특약사항에 의하면 다음과 같은 사항이 확인된다.

○○○ (나) 청구법인이 이 건 부동산을 취득하고 처분청에 관련 취득세 신고 및 감면신청을 하면서 제출한 ‘건물 세부사용 계획서’에 의하면 청구법인은 쟁점부동산은 조합원창업지원센터, 지상 1층부터 지상 4층까지는 OOO등으로 사용하고자 하였던 것으로 확인된다.

(2) 처분청은 2019.10.16. 및 2019.10.28. 이 건 부동산에 대한 현지출장조사를 실시한 결과, 쟁점부동산이 취득일부터 1년이 경과할 때까지 신용협동조합 업무에 직접 사용하지 아니하여 추징요건에 해당하는 것으로 보아 감면된 취득세 등을 추징하였다. ＜표4＞ 쟁점부동산 관련 추징세액 (단위: 원)

○○○ (가) 청구법인의 이 건 부동산 취득일(2018.7.30.)부터 1년이 경과한 2019.10.16. 및 2019.10.28. 처분청은 이 건 부동산이 청구법인의 목적사업에 직접 사용되고 있는지 여부를 확인하기 위하여 이 건 부동산에 대한 현지출장을 실시하였다. 처분청에서 현지출장 이후 작성한 ‘부동산 현황보고서’에 의하면 이 건 부동산 중 지상 1층부터 지상 4층까지는 신용협동조합법 제39조에 따른 업무에 사용되고 있는 반면 쟁점부동산은 임차인 OOO가 ‘OOO’라는 상호로 임차하여 현재까지 영업 중인 것으로 나타난다. (나) 청구법인이 제출한 내용증명에 의하여 확인되는 청구법인과 쟁점부동산 임차인간 체결된 임대차계약의 내용은 다음과 같다.

1. 청구법인이 2018.7.31. 쟁점부동산 임차인 OOO에게 발송한 내용증명상 기재된 임대차 계약내용은 다음 ＜표5＞ 기재와 같다. ＜표5＞ 2018.7.31. 발송한 내용증명상 쟁점부동산 임대차계약 내용

○○○

2. 청구법인이 2019.5.17. 쟁점부동산 임차인 OOO에게 발송한 내용증명상 기재된 임대차 계약내용은 다음 ＜표6＞ 기재와 같다. ＜표6＞ 2019.5.17. 발송한 내용증명상 쟁점부동산 임대차계약 내용

○○○

3. 청구법인은 이 건 부동산 취득 후 임차인 OOO와 쟁점부동산에 대한 임대차계약을 갱신한 사실이 없다고 주장하나, 2018.11.30. 이후 쟁점부동산 임대차계약 내용이 변경된 이유에 대하여 소명하지 못하고 있다. (다) 청구법인은 2018.7.31. 이 건 부동산 임차인 모두에게 계약갱신거절의사를 담은 내용증명을 발송하였고, 쟁점부동산 임차인 OOO에게는 추가로 3회에 걸쳐 내용증명을 우편으로 통지한 것으로 확인된다. 처분청은 이에 대해 유예기간 중 발송된 내용증명은 2018.7.31. 전체 임차인에게 발송한 내용증명과 2019.5.17. 발송된 것의 2회에 불과하다는 의견이다. (라) 청구법인은 쟁점부동산 임차인 OOO를 상대로 2019.12.30. OOO법원 OOO호로 건물인도 등을 구하는 민사소송을 제기하였고, 해당 사건은 2020.10.22. 임차인 OOO는 청구법인으로부터 쟁점부동산 임차보증금 OOO원을 지급받음과 동시에 청구법인에게 쟁점부동산을 인도하라는 내용의 조정이 성립되어 확정된 것으로 나타난다. 이에 대하여 처분청은 청구법인이 민사소송을 제기한 것은 처분청이 2019.11.26. 이 건 취득세 등 추징에 대한 과세예고통지를 한 이후에 해당한다는 의견이다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 지방세특례제한법 제87조 제1항 제1호 및 제2호와 같은 법 제178조 본문 및 제1호 규정을 종합하면 신용협동조합법에 따라 설립된 신용협동조합이 신용협동조합법 제39조 제1항 제1호 내지 제2호 및 제4호의 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제하되, 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 않는 경우에는 그 해당부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징하도록 규정하고 있다. 위 규정에서의 ‘정당한 사유’에 해당하는지 여부는 해당 사업에 직접 사용하는 데에 걸리는 준비기간의 장단, 직접 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 장애정도, 목적사업에 사용하기 위하여 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단할 것이고, 법령에 의한 금지·제한 등 부동산을 취득할 당시 유예기간 이내에 목적사업에 직접 사용할 수 없는 법령상의 장애사유가 있음을 알았거나, 설사 몰랐다고 하더라도 조금만 주의를 기울였다면 그러한 장애사유의 존재를 쉽게 알 수 있었던 상황에서 부동산을 취득하였고, 취득 후 유예기간 이내에 당해 부동산을 목적사업에 직접 사용하지 못한 것이 동일한 사유 때문이라면, 취득 전에 존재한 법령상의 장애사유가 충분히 해소될 가능성이 있었고 실제 그 해소를 위하여 노력하여 이를 해소하였는데도 예측하지 못한 전혀 다른 사유로 목적사업에 사용하지 못하였다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 그 법령상의 장애사유는 당해 부동산을 목적사업에 직접 사용하지 못한 것에 대한 정당한 사유가 될 수 없다고 할 것이다. 청구법인은 쟁점부동산을 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 못한데 정당한 사유가 있으므로 이 건 취득세 등을 과세한 처분은 부당하다고 주장한다. 그러나 매매계약서에 의하면 청구법인은 이 건 부동산을 취득할 당시 이 건 부동산 중 1층은 임차인 전부를 명도하는 조건으로 취득한 데 비해 쟁점부동산의 임대차계약은 승계한 것으로 나타나는 점, 청구법인이 2018.7.31. 쟁점부동산의 임차인 OOO에게 발송한 내용증명상 기재된 임대차 계약내용이 임대보증금 OOO원, 월 임차료 OOO원, 임대차기간 종료일 2018.11.30.로 기재되어 있는데 비해 2019.5.17. 발송한 내용증명에 의하면 임대차보증금 OOO원, 월 임차료 OOO원, 임대차기간 종료일 2019.11.30.로 기재되어 있어 청구법인이 이 건 부동산을 취득한 2018.7.30. 이후 쟁점부동산에 대한 임대차계약을 갱신한 것으로 보이는 점, 청구법인은 쟁점부동산의 임차인에게 내용증명을 4회 발송하였을 뿐 쟁점부동산 명도를 위한 별다른 조치를 취하지 아니하였으며 처분청이 과세예고통지를 한 이후인 2019.12.30.에서야 임차인을 상대로 쟁점부동산의 인도를 구하는 소를 제기한 것으로 확인되는 점, 청구법인은 쟁점부동산을 취득할 당시 유예기간 이내에 쟁점부동산의 임차인이 퇴거하지 아니하면 이를 목적사업에 직접 사용할 수 없다는 점을 알았음에도 이를 해결하기 위한 진지한 노력을 다하지 아니한 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점부동산을 취득일부터 1년 이내에 목적사업에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 보기는 어려우므로 처분청이 이 건 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제96조 제6항, 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.