일반적 경과조치 또는 신뢰보호원칙에 따라 종전규정(지식산업센터의 취득에 대한 취득세 50% 감면)을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2018.4.4. OOO에 연면적 54,250.34㎡의 집합건축물을 취득(신축)한 후, 이 중 지식산업센터로 설립승인된 부분(이하 “쟁점지식산업센터”라 한다)에 대하여 2018.4.16. 지방세특례제한법(2016.12.27. 법률 제14477호로 개정된 것, 이하 “개정후지특법”이라 한다) 제58조의2 제1항 제1호(이하 “개정후규정”이라 한다)에 따른 100분의 35의 감면율을 적용하여 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 신고‧납부하였다.
• 나. 이후 청구법인은 쟁점지식산업센터 취득의 원인행위인 착공이 개정후규정이 시행되기 전에 이루어졌으므로 개정후지특법 부칙 제15조(이하 “이 건 일반적 경과조치”라 한다) 및 지방세특례제한법(2016.12.27. 법률 제14477호로 개정되기 전의 것, 이하 “개정전지특법”이라 한다) 제58조의2 제1항 제1호(이하 “종전규정”이라 한다)에 따라 100의 50의 감면율을 적용하여 취득세 등 합계 OOO원을 환급하여야 한다는 취지로 2019.12.27. 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2020.2.25. 이를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2020.5.25. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 이 건 일반적 경과조치에는 ‘이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 지방세를 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다’고 규정하고 있고, 세법이 개정된 경우에 개정된 세법의 부칙이 경과규정을 두고 있다면 이는 세법이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 납세의무자의 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 구법을 적용하도록 하는 특별규정이라 할 것인바, 쟁점지식산업센터의 취득과 같이 종전규정 시행 당시 과세요건이 성립하지 아니하였더라도 납세자가 종전규정을 신뢰하여 착공행위 등 과세요건 성립을 위한 원인행위를 한 경우에는 개정후규정(감면율 35%) 시행 후에 과세요건이 완성되었다 하더라도 종전규정(감면율 50%)을 적용하여 청구법인의 정당한 신뢰를 보호하는 것이 타당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인의 종전규정의 계속 적용에 대한 신뢰는 2016.12.31.까지만 보호되는 신축적·잠정적·일시적인 것에 불과하므로, 일몰 이후에 대한 신뢰까지 보호할 근거는 없다. 종전규정은 2016.10.21.부터 같은 달 31일까지 지방세특례제한법 일부개정법률(안) 입법예고를 통해 감면율 축소가 공고된 바, 청구인은 위와 같은 입법예고를 통해 감면율 축소를 예상하였으므로, 청구인의 신뢰가 마땅히 보호할 정도에 이르렀다고 보기 어렵고, 개정후지특법에서는 부칙 제10조를 두어 종전규정의 적용을 2017.12.31.까지로 1년 유예하였으므로 납세자의 신뢰는 충분히 보호된 바, 구체적인 근거 법률 없이 이 건 일반적 경과조치만으로 위 유예기간이 경과한 후 납세의무가 성립된 이 건에서 적용이 종료된 종전규정을 적용할 수는 없다 할 것이다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 일반적 경과조치 또는 신뢰보호원칙에 따라 종전규정(지식산업센터의 취득에 대한 취득세 50% 감면)을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령: ＜별지＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 자료에 따르면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 2015.7.13. 쟁점지식산업센터 부지를 취득하여 2015.12.10. 쟁점지식산업센터에 대한 건축허가를 받았고, 2015.12.18. 착공신고를 한 후, 2016.1.12. 분양을 시작하였으며, 2018.4.4. 사용승인을 받았다. (나) 지식산업센터 등에 대한 감면 규정은 2010.12.31. OOO시 시세감면조례 제12조 제1항에 신설되면서 일몰기한 없이 취득세를 면제하는 것으로 규정하였고, 2011.12.31. 해당 규정이 지방세특례제한법 제58조의2 제1항으로 옮겨 오면서 감면율은 75%로 축소되었으며, 일몰기한은 2013.12.31.로 개정되었고, 이후 2014.1.1. 및 2016.12.27. 두 차례 개정을 통해 감면율은 50%, 35%, 일몰기한은 2016.12.31., 2019.12.31.로 각각 개정되었다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인이 지식산업센터를 신축하여 취득함에 있어 그 취득세 납세의무가 성립하기 전의 원인행위인 건축공사에 착공할 당시 시행 중이던 종전규정의 경우, ‘지식산업센터의 설립승인을 받은 자가 지식산업센터를 신축하여 취득하는 경우’ 취득세의 50%를 감면한다고 규정하면서 그 적용 기간을 2016.12.31.까지 신축하여 취득하는 경우로 한정하여 규정하고 있었던 점, 실제로 이러한 지식산업센터에 대한 취득세 등의 감면규정은 2013.12.31.까지 취득세 등의 75%를 감면한다는 내용이었으나, 청구법인이 쟁점지식산업센터 건축공사를 착공할 당시에는 2016.12.31.까지 취득세 등을 50% 감면하는 것으로 축소되었다가, 청구법인이 쟁점지식산업센터 건축공사를 완료하고 사용승인을 받은 당시에는 2019.12.31.까지 취득세 등을 35% 감면하는 것으로 계속하여 그 감면범위를 축소하는 것으로 개정되어 온 점 등에 비추어 청구법인의 종전규정에 대한 신뢰가 보호할 정도에 이르렀다고 보기 어려우므로 이러한 경우에까지 이 건 일반적 경과조치에 따라 종전규정의 감면을 적용하기는 어렵다 할 것이다. 따라서, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제96조 제6항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세특례제한법(2016.12.27. 법률 제14477호로 개정된 것) 제58조의2(지식산업센터 등에 대한 감면) ① 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제28조의2에 따라 지식산업센터를 설립하는 자에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2019년 12월 31일까지 지방세를 경감한다. 1.산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제28조의5 제1항 제1호 및 제2호에 따른 시설용(이하 이 조에서 “사업시설용”이라 한다)으로 직접 사용하기 위하여 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산(신축 또는 증축한 부분에 해당하는 부속토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 사업시설용으로 분양 또는 임대(중소기업기본법 제2조에 따른 중소기업을 대상으로 분양 또는 임대하는 경우로 한정한다. 이하 이 조에서 같다)하기 위하여 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를 경감한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다. 가.정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 착공하지 아니한 경우 나.그 취득일부터 5년 이내에 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 분양ㆍ임대하는 경우 부 칙 제1조(시행일) 이 법은 2017년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 법률 제12955호 지방세특례제한법 일부개정법률 부칙 제2조의 개정규정은 공포한 날부터 시행한다. 제2조(일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행 후 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다. 제10조(지식산업센터에 대한 경감세율 특례) 제58조의2 제1항에 따라 지식산업센터를 설립하는 자가 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제28조의5 제1항 제1호 및 제2호에 따른 사업시설용으로 취득하는 부동산에 대해서는 이 법 개정규정에도 불구하고 2017년 12월 31일까지 종전의 감면율을 적용한다. 제15조(일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 지방세를 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다.

(1) 지방세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12175호로 개정된 것) 제58조의2(지식산업센터 등에 대한 감면) ① 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제28조의2에 따라 지식산업센터의 설립승인을 받은 자에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2016년 12월 31일까지 지방세를 경감한다. 1.지식산업센터를 신축하거나 증축하여 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제28조의5 제1항 제1호 및 제2호에 따른 시설용(이하 이 조에서 “사업시설용”이라 한다)으로 직접 사용하거나 분양 또는 임대하기 위하여 취득하는 부동산과 신축 또는 증축한 지식산업센터에 대해서는 취득세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다. 가.정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 착공하지 아니한 경우 나.그 취득일부터 5년 이내에 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 분양ㆍ임대하는 경우 부 칙 제1조(시행일) 이 법은 2014년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제34조 제7항의 개정규정은 공포한 날부터 시행한다. 제3조(일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행 후 최초로 과세기간이 시작되어 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다. 제6조(일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.

(2) 지방세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12175호로 개정되기 전의 것) 제58조의2(지식산업센터 등에 대한 감면) ① 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제28조의2에 따라 지식산업센터의 설립승인을 받은 자에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2013년 12월 31일까지 지방세를 경감한다. 1.지식산업센터를 신축하거나 증축하여 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제28조의5 제1항 제1호 및 제2호에 따른 시설용(이하 이 조에서 "사업시설용"이라 한다)으로 직접 사용하거나 분양 또는 임대하기 위하여 취득하는 부동산과 신축 또는 증축한 지식산업센터에 대해서는 취득세의 100분의 75를 경감한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다. 가.정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 착공하지 아니한 경우 나.그 취득일부터 5년 이내에 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 분양ㆍ임대하는 경우

(3) 서울특별시 시세감면조례(2012.1.1. 서울특별시조례 제5277호로 개정되기 전의 것) 제12조(지식산업센터 등에 대한 감면) ① 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제2조 제13호에 따른 지식산업센터의 설립자가 그 목적에 사용하기 위하여 취득하는 부동산(이미 지식산업센터용으로 사용하던 부동산을 승계취득하는 경우에는 제외한다)에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 그 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 건축공사에 착공하지 아니한 경우 또는 건축물의 사용승인서 교부일부터 5년 이내에 같은 법 제28조의5 제1항 제1호 및 같은 항 제2호에 따른 사업 이외의 용도로 분양·임대하거나 매각하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세를 추징한다.