[주 문] OOO시 OOO구청장이 2020.2.24. 청구법인에게 한 경정청구 거부처분은 청구법인이 2018.8.27. 신고한 취득세 등 합계 OOO원에 대한 청구를 기각하고, 나머지 청구는 각하한다.
[이 유]
1. 처분개요
- 가. 청구법인은 2018.8.21. OOO에 지식산업센터(이하 “쟁점지식산업센터”라 한다)를 취득(신축)한 후, 2018.8.27. 지방세특례제한법(2016.12.27. 법률 제14477호로 개정된 것, 이하 “개정후지특법”이라 한다) 제58조의2 제1항 제1호(이하 “개정후규정”이라 한다)에 따른 100분의 35의 감면율을 적용하여 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 신고‧납부하였고, 처분청은 과세표준 누락분에 대하여 2019.1.10. 및 2019.9.16. 2차례에 걸쳐 취득세 등 합계 OOO원(가산세 포함)을 부과‧고지(이하 “이 건 증액처분”이라 한다)하였으며, 청구법인은 이를 납부하였다.
- 나. 청구법인은 개정후규정이 시행되기 전에 쟁점지식산업센터를 착공하였기 때문에 지방세특례제한법(2016.12.27. 법률 제14477호로 개정되기 전의 것, 이하 “개정전지특법”이라 한다) 제58조의2 제1항 제1호(이하 “종전규정”이라 한다) 및 같은 법 부칙 제15조(이하 “일반적 경과조치”라 한다)에 따라 100의 50의 감면율을 적용하여야 한다는 취지로 2020.1.21. 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2020.2.24. 이를 거부하였다.
- 다. 청구법인은 이에 불복하여 2020.5.21. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
- 가. 청구법인 주장 납세자에게 불리하게 세법이 개정된 경우 종전규정 시행 당시 과세요건이 성립하지 아니하였더라도 납세자가 종전규정을 신뢰하여 착공행위 등 과세요건 성립을 위한 원인행위를 한 경우는 법 개정 후 과세요건이 성립되더라도 일반적 경과조치에 따라 종전규정을 적용하여야 한다고 일관되게 판단하였는바, 청구법인이 쟁점지식산업센터 취득을 위한 원인행위인 사업승인, 건축허가, 신축공사 착공 등을 한 이후 감면규정이 불리하게 개정된 이 건의 경우는 개정 후 취득행위가 완성되어 과세요건이 성립되었더라도 종전규정 및 일반적 경과조치에 따라 종전규정의 감면율을 적용함이 타당하다.
- 나. 처분청 의견 청구인의 종전규정의 계속 적용에 대한 신뢰는 2016.12.31.까지만 보호되는 신축적·잠정적·일시적인 것에 불과하므로, 일몰 이후에 대한 신뢰까지 보호할 근거는 없다. 종전규정은 2016.10.21.부터 같은 달 31일까지 지방세특례제한법 일부개정법률(안) 입법예고를 통해 감면율 축소가 공고된 바, 청구인은 위와 같은 입법예고를 통해 감면율 축소를 예상하였으므로, 청구인의 신뢰가 마땅히 보호할 정도에 이르렀다고 보기 어렵고, 개정후지특법에서는 부칙 제10조를 두어 종전규정의 적용을 2017.12.31.까지로 1년 유예하였으므로 납세자의 신뢰는 충분히 보호된 바, 구체적인 근거 법률 없이 일반적 경과조치만으로 위 유예기간이 경과한 후 납세의무가 성립된 이 건에서 적용이 종료된 종전규정을 적용할 수는 없다 할 것이다.
3. 심리 및 판단
① 과소신고에 따라 추가로 부과한 처분에 대하여 90일을 경과하여 경정청구를 한 경우 본안심리 대상에 해당하는지 여부
② 일반적 경과조치 또는 신뢰보호원칙에 따라 종전규정(지식산업센터의 취득에 대한 취득세 50% 감면)을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부
- 나. 관련 법령: ＜별지＞ 기재
- 다. 사실관계 및 판단
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 자료에 따르면 아래와 같은 사실이 확인된다. (가) 이 건 경정청구서에 의하면, 청구법인은 이 건 취득세 신고‧납부분 뿐만 아니라 이 건 증액처분의 과세표준 및 세액을 경정청구 대상에 포함하여 이 건 경정청구를 제기하였다. (나) 청구법인은 2015.12.17. 처분청으로부터 쟁점지식산업센터 설립에 대한 승인을 받고, 2016.1.13. 건축허가를 받아 2016.3.31. 착공신고를 하였다. (다) 청구법인은 실제 착공에 대한 증빙으로 설계용역계산서, 공사감리계약서, 감리보고서, 도급공사에 대한 세금계산서 등을 제출하였는바, 해당 증빙에 의하면 청구법인은 2016년 3월경부터 공사준비를 시작하여 같은 해 OOO월 경에 본격적인 공사에 착수한 것으로 보인다. (라) 청구법인은 2016.4.14. 입주자 모집공고를 하였고, 2018.8.21. 쟁점지식산업센터에 대한 사용승인을 받은 후, 2018.10.19. 설립완료 신고를 하였다.
(2) 지식산업센터 등에 대한 감면 규정은 2010.12.31. OOO시 시세감면조례에 신설되면서 일몰기한 없이 취득세를 면제하는 것으로 규정하였고, 2011.12.31. 해당 규정이 지방세특례제한법 제58조의2 제1항으로 옮겨 오면서 감면율은 75%로 축소되었으며, 일몰기한은 2013.12.31.로 개정되었고, 이후 2014.1.1. 및 2016.12.27. 두 차례 개정을 통해 감면율은 50%, 35%, 일몰기한은 2016.12.31., 2019.12.31.로 각각 개정되었다.
(3) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가) 지방세기본법 제36조 제1항에서 지방세관계법에 따라 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 지방세관계법에서 규정하는 권리ㆍ의무 관계에 영향을 미치지 아니한다고 규정하고 있고, 같은 법 제50조 제1항에서 지방세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정이 있음을 안 날(결정 또는 경정의 통지를 받았을 때에는 통지받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 그 결정 또는 경정을 지방자치단체의 장에게 청구할 수 있다고 규정하고 있다. (나) 증액경정처분이 있는 경우에 당초의 신고 등은 증액경정처분에 흡수되는 것이지만 경정청구나 부과처분에 대한 항고소송은 모두 정당한 과세표준과 세액의 존부를 정하고자 하는 동일한 목적을 가진 불복수단이므로 납세의무자는 증액경정처분에 대하여 소정의 불복기간 내에 항고소송으로 다툴 수 있을 뿐만 아니라 경정청구기간 내에서는 경정청구로도 다툴 수 있다. 그런데 과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 납세의무자에게 결정이나 경정으로 인한 처분을 불복대상으로 삼아 하나의 불복절차에서 다툴 수 있도록 한 것은 소송경제나 납세자의 권익보호를 위한 것이지 납세자의 경정청구권을 제한하려는 것은 아니고, 당초의 신고 등에 관한 경정청구기간이 남아 있는 도중에 과세관청의 결정이나 경정이 있다고 하여 납세자가 당초의 신고 등에 관하여 가지는 별개의 불복수단인 경정청구권 행사가 제한된다고 보는 것도 불합리한바, 과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 납세자가 그 후 이루어진 과세관청의 결정이나 경정으로 인한 처분에 대하여 소정의 불복기간 내에 다투지 아니하였더라도 5년의 경정청구기간 내에서는 당초 신고한 과세표준과 세액에 대한 경정청구권을 행사하는 데에는 아무런 영향이 없다고 보아야 하며, 경정청구기간이 그 결정 또는 경정이 있음을 안 날부터 90일 이내로 제한되는 ‘세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우’란 과세관청의 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액 부분만을 뜻한다고 할 것이다. (다) 따라서 청구법인이 이 건 증액처분에 대하여 당초 신고납부한 세액을 포함하여 불복청구 등을 하고자 하였다면 당해 증액처분에 대한 납세고지서를 수령한 날부터 90일 이내에 하였어야 할 것이고, 이러한 기간이 경과한 이후에는 이 건 증액처분에 대하여는 별도의 경정청구권이 청구법인에게 있다고 할 수 없는 이상, 청구법인이 2019.1.10. 등 당초 신고납부한 취득세 등과 이 건 증액처분에 대하여 경정청구를 하고, 처분청이 2020.2.24. 이를 거부하였다 하더라도, 이 건 증액처분에 대하여는 심판청구의 대상이 되는 경정청구 거부처분이 있다고 할 수 없다 하겠으므로, 이에 대한 청구법인의 심판청구는 부적법한 심판청구에 해당된다 하겠다.
(4) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인이 지식산업센터를 신축하여 취득함에 있어 그 취득세 납세의무가 성립하기 전의 원인행위인 건축공사에 착공할 당시 시행 중이던 종전규정의 경우, ‘지식산업센터의 설립승인을 받은 자가 지식산업센터를 신축하여 취득하는 경우’ 취득세의 50%를 감면한다고 규정하면서 그 적용 기간을 2016.12.31.까지 신축하여 취득하는 경우로 한정하여 규정하고 있었던 점, 실제로 이러한 지식산업센터에 대한 취득세 등의 감면규정은 청구법인이 지식산업센터를 신축할 목적으로 그 부지를 취득할 당시에는 2013.12.31.까지 취득세 등의 75%를 감면한다는 내용이었으나, 청구법인이 지식산업센터 건축공사를 착공할 당시에는 2016.12.31.까지 취득세 등을 50% 감면하는 것으로 축소되었다가, 청구법인이 지식산업센터 건축공사를 완료하고 사용승인을 받은 당시에는 2019.12.31.까지 취득세 등을 35% 감면하는 것으로 계속하여 그 감면범위를 축소하는 것으로 개정되어 온 점 등에 비추어 청구법인이 종전규정에 따라 감면받을 수 있을 것으로 신뢰하였다고 보기 어려우므로 이러한 경우에까지 일반적 경과조치에 따라 종전규정의 감면을 적용하기는 어렵다 할 것이다. 따라서, 처분청이 이 건 취득세 등의 신고‧납부분에 대하여 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제96조 제6항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령
(1) 지방세기본법 제36조(경정 등의 효력) ① 지방세관계법에 따라 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 지방세관계법에서 규정하는 권리ㆍ의무 관계에 영향을 미치지 아니한다. 제50조(경정 등의 청구) ① 이 법 또는 지방세관계법에 따른 과세표준 신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제51조 제1항에 따른 납기 후의 과세표준 신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 법정신고기한이 지난 후 5년 이내[지방세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정이 있음을 안 날(결정 또는 경정의 통지를 받았을 때에는 통지받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)를 말한다]에 최초신고와 수정신고를 한 지방세의 과세표준 및 세액(지방세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액 등을 말한다)의 결정 또는 경정을 지방자치단체의 장에게 청구할 수 있다. 1.과세표준 신고서 또는 납기 후의 과세표준 신고서에 기재된 과세표준 및 세액(지방세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 지방세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때 2.과세표준 신고서 또는 납기 후의 과세표준 신고서에 기재된 환급세액(지방세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 환급세액을 말한다)이 지방세법에 따라 신고하여야 할 환급세액보다 적을 때
(2) 지방세특례제한법(2016.12.27. 법률 제14477호로 개정된 것) 제58조의2(지식산업센터 등에 대한 감면) ① 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제28조의2에 따라 지식산업센터를 설립하는 자에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2019년 12월 31일까지 지방세를 경감한다. 1.산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제28조의5 제1항 제1호 및 제2호에 따른 시설용(이하 이 조에서 “사업시설용”이라 한다)으로 직접 사용하기 위하여 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산(신축 또는 증축한 부분에 해당하는 부속토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 사업시설용으로 분양 또는 임대(중소기업기본법 제2조에 따른 중소기업을 대상으로 분양 또는 임대하는 경우로 한정한다. 이하 이 조에서 같다)하기 위하여 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를 경감한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다. 가.정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 착공하지 아니한 경우 나.그 취득일부터 5년 이내에 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 분양ㆍ임대하는 경우 부 칙 제1조(시행일) 이 법은 2017년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 법률 제12955호 지방세특례제한법 일부개정법률 부칙 제2조의 개정규정은 공포한 날부터 시행한다. 제2조(일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행 후 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다. 제10조(지식산업센터에 대한 경감세율 특례) 제58조의2 제1항에 따라 지식산업센터를 설립하는 자가 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제28조의5 제1항 제1호 및 제2호에 따른 사업시설용으로 취득하는 부동산에 대해서는 이 법 개정규정에도 불구하고 2017년 12월 31일까지 종전의 감면율을 적용한다. 제15조(일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 지방세를 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다.
(3) 지방세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12175호로 개정된 것) 제58조의2(지식산업센터 등에 대한 감면) ① 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제28조의2에 따라 지식산업센터의 설립승인을 받은 자에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2016년 12월 31일까지 지방세를 경감한다. 1.지식산업센터를 신축하거나 증축하여 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제28조의5 제1항 제1호 및 제2호에 따른 시설용(이하 이 조에서 “사업시설용”이라 한다)으로 직접 사용하거나 분양 또는 임대하기 위하여 취득하는 부동산과 신축 또는 증축한 지식산업센터에 대해서는 취득세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다. 가.정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 착공하지 아니한 경우 나.그 취득일부터 5년 이내에 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 분양ㆍ임대하는 경우 부 칙 제1조(시행일) 이 법은 2014년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제34조 제7항의 개정규정은 공포한 날부터 시행한다. 제3조(일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행 후 최초로 과세기간이 시작되어 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다. 제6조(일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.
(4) 지방세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12175호로 개정되기 전의 것) 제58조의2(지식산업센터 등에 대한 감면) ① 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제28조의2에 따라 지식산업센터의 설립승인을 받은 자에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2013년 12월 31일까지 지방세를 경감한다. 1.지식산업센터를 신축하거나 증축하여 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제28조의5 제1항 제1호 및 제2호에 따른 시설용(이하 이 조에서 "사업시설용"이라 한다)으로 직접 사용하거나 분양 또는 임대하기 위하여 취득하는 부동산과 신축 또는 증축한 지식산업센터에 대해서는 취득세의 100분의 75를 경감한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다. 가.정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 착공하지 아니한 경우 나.그 취득일부터 5년 이내에 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 분양ㆍ임대하는 경우
(5) 서울특별시 시세감면조례(2012.1.1. 서울특별시조례 제5277호로 개정되기 전의 것) 제12조(지식산업센터 등에 대한 감면) ① 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제2조 제13호에 따른 지식산업센터의 설립자가 그 목적에 사용하기 위하여 취득하는 부동산(이미 지식산업센터용으로 사용하던 부동산을 승계취득하는 경우에는 제외한다)에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 그 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 건축공사에 착공하지 아니한 경우 또는 건축물의 사용승인서 교부일부터 5년 이내에 같은 법 제28조의5 제1항 제1호 및 같은 항 제2호에 따른 사업 이외의 용도로 분양·임대하거나 매각하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세를 추징한다.