쟁점토지 전체가 분리과세대상인지 임대차계약한 일부 면적만 분리과세대상에 해당하는지 여부

[주 문] OOO구청장이 2019.9.17. 청구법인에게 한 재산세 OOO부과처분은 청구법인이 소유한 OOO토지 24,699㎡를 지방세법제106조 제1항 제3호 가목에 따라 과세대상을 구분하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 처분청은 청구법인이 2019년도 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 소유하고 있는 OOO토지 24,699㎡(이하 “이 건 토지”라 한다) 중 14,799㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)에 대하여는 지방세법제106조 제1항 제1호에 따라 종합합산과세대상으로 구분하고, 나머지 9,900㎡에 대하여는 같은 항 제3호에 따라 분리과세대상으로 구분한 후 이 건 토지의 공시지가의 합에 공정시장가액비율(70%)를 적용한 OOO과세표준으로 하고, 지방세법제111조 제1항 제1호 가목 및 다목에 따른 각각의 세율을 적용하여 산출한 2019년도분 재산세 OOO(이하 “이 건 재산세 등”이라 한다)을 2019.9.17. 청구법인에게 부과ㆍ고지하였다.
• 나. 청구법인은 쟁점토지가 2019년도 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 선박을 건조·수선 할 수 있는 공장용 건축물의 부속토지였으므로 쟁점토지에 대하여 지방세법제106조 제1항 제3호의 분리과세대상으로 구분하고 지방세법제111조 제1항 제1호 다목에 따른 세율을 적용하여 산출한 세액으로 이 건 재산세 등을 경정하여 달라는 취지로 하여 2019.12.16. 처분청에 이의신청을 제기하였으나, 처분청은 2020.3.3. 이를 기각하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2020.5.19. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가.청구법인 주장 이 건 토지의 전체가 2019년도 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 공부상 지목이 공장용지인 점, 청구법인과 이 건 토지를 임차한 주식회사 OOO(이하 “임차법인”이라 한다)간 작성한 임대차계약서에서 임대면적을 한시적으로 제한한 것으로 물량이 수주되면 그 면적을 언제든지 변경하겠다고 명시한 점, 이 건 토지의 전체면적에 걸쳐 각종 시설물과 기계장비가 설치되어 있고 물량이 수주되면 언제든지 조업이 가능할 수 있게끔 기존에 설치되어 있던 장비를 유지·보수해온 점 등에 비추어 볼 때 이 건 토지 전체를 공장으로 사용하고 있었다고 볼 수 있어 쟁점토지를 분리과세대상으로 보는 것이 타당하므로 이 건 재산세 등은 경정되어야 한다. 나.처분청 의견 청구법인이 임차법인보다 먼저 이 건 토지를 임차하였던 주식회사 OOO(이하 “전 임차법인”이라 한다)과 체결한 임대차계약서에는 이 건 토지 전체와 그 지상 건축물을 목적물로, 그 임대차보증금을 OOO월 임대료는 약 OOO으로 그 임대차계약을 체결하였었고, 현재 임차법인과 체결한 임대차계약서(이하 “이 건 임대차계약서”라 한다)에는 이 건 토지 중 쟁점토지 이외의 면적과 그 지상 건축물만을 목적물로, 그 임대차보증금을 OOO월 임대료 OOO으로 그 임대차계약을 체결하였었던 점, 이 건 임대차계약서에서 그 임대차면적은 2019.4.30.까지는 3,000평으로 하되 그 이전이라도 작업물량이 수주되면 임대차면적 및 임대료 등 인상 등에 대하여 2019.5.1. 재협의 하기로 하였으나 재협의를 하지 않은 점, 임차법인은 법인설립 이후부터 임직원 수는 4명 이내로 계속 유지하고 있으며, 이 건 토지 전체 중에서 쟁점토지 이외의 면적의 일부만 외부업체에 임대하는 것이 주요 사업실적인 점, 임차법인이 제출한 월별 부지 사용현황자료에 따르면 외부업체들의 2019년 월간 최대 토지 사용면적은 2,907㎡로서 이는 임차법인이 임차한 면적으로도 외부업체에게 임대가 가능한 점 등 청구법인이 이 건 토지 전체를 공장으로 사용하고 있었다고 볼 수 없어 쟁점토지를 분리과세대상으로 볼 수 없으므로 이 건 재산세 등은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 쟁점토지 전체가 분리과세대상인지 임대차계약한 일부 면적만 분리과세대상에 해당하는지 여부
• 나. 관련 법령: ＜별지＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 1966.9.8. 설립되어 OOO에 본점을 두고 각종 봉제가공 및 판매업, 수출입에 관한사업, 부동산 판매 및 임대, 보세창고업 등을 목적으로 하고 있다. (나) 전 임차법인은 1996.1.30. 설립되어 OOO본점을 두고 선박구성 부분품 제조업, 사업기계 및 장비제조업, 무역업 및 각호에 부대되는 사업일체 등을 목적으로 하고 있으며, 2015.7.21. 부산지방법원 2015회합100005로 회생절차가 개시되었다가 2016.7.15. 회생절차폐지결정이 확정되었다. (다) 임차법인은 2017.6.1. 설립되어 OOO본점을 두고 선박제조업, 강선건조 및 수리업, 부동산업 및 임대업 및 그 사업에 부대하는 사업을 목적으로 하고 있다. (라) 청구법인과 전 임차법인은 2013.4.1. 아래 임대차부동산을 목적물로, 그 임대기간은 2013.4.1.부터 2015.3.31.까지로(계약기간 경과 후 쌍방이 별도의 의사표시가 없으면 본 계약은 1년씩 자동 연장되는 것으로 한다), 임대차 보증금은 OOO으로 하여 임대차계약을 체결하였다. (마) 청구법인은 위(라)의 임대차계약과 관련하여 실질은 전임대차법인의 경영악화 등에 따라 2017년 1월부터 임대를 종료한 2018년 1월까지 월 임대료로 OOO지급받았고, 그 마저도 OOO미수되었다고 주장하며 아래 청구법인이 발행한 전자세금계산서와 전 임차법인의 관련장부를 제출하였다. (바) 청구법인과 임차법인은 2018.11.1. 아래 임대차부동산을 목적물로, 그 임대기간은 2018.11.1.부터 2020.10.31.까지로(계약기간 경과 후 쌍방이 별도의 의사표시가 없으면 본 계약은 1년씩 자동 연장되는 것으로 한다), 임대차 보증금은 OOO임대차면적은 2019.4.30.까지 3,000평으로 하되 그 이전이라도 작업물량이 수주되면 재임대차면적을 재협의 하기로 하고 2019.4.30.까지 수주물량이 없다면 공동임차를 적극적으로 추진하기로 하여 이 건 임대차계약을 체결하였다. (사) 처분청은 2019.9.3. 이 건 토지에 출장한 후 아래와 같이 결과보고서를 작성하였다. (아) 청구법인과 임차법인은 2020.5.18. 아래 임대차부동산을 목적물로, 그 임대기간은 2020.6.1.부터 2022.5.31.까지로(계약기간 경과 후 쌍방이 별도의 의사표시가 없으면 본 계약은 1년씩 자동 연장되는 것으로 한다), 임대차 보증금은 OOO월 임대료는 OOO임대보증금 및 임대료의 인상은 2021.3.2. 재협의하기로 하여 임대차계약을 체결하였다. (자) 임차법인의 2019년 매출전자세금계산서상 주요 매출내역을 보면 아래와 같이 선박건조용 자재가공납품 및 선박수리비가 주이고, 나머지는 부두사용료 등이다. (차) 처분청은 임차법인이 선박건조 및 수선을 할 고용인력이 없다고 주장하며 그 근거로 법인설립이후 청구법인이 처분청에 신고·납부한 지방소득세(특별징수) 현황을 아래와 같이 제출하였다. (카) 처분청은 외부업체들의 2019년 월간 최대 토지 사용면적은 2,907㎡로서 이 건 토지 중 쟁점토지를 사용하지 않고 쟁점토지 이외의 토지인 임차토지를 활용하여도 충분하다고 주장하며 임차법인이 처분청에 제출한 아래 월별 최대 부지 사용현황자료를 제출하였다. (타) 조세심판원, 청구법인 및 처분청은 2020.10.15. 이 건 토지에 출장한 후 아래와 같이 결과보고 하였다. (파) 이 건 토지(24,699㎡) 지상의 공장 등 건축물의 연면적은 2,520.42㎡가 있고, 강선건조 및 수리업의은 산업통상자원부 공장입지기준고시에 따라 기준 면적률은 7%로 이 건 토지에 대하여 지방세법 시행령제102조 제1항 제1호에서 공장용지로 보아 분리과세대상으로 구분되는 공장입지기준면적은 36,006㎡[2,520.42㎡ × (100/7)]이내이다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴 본다. 지방세법제106조 제1항 제3호 가목에서 재산세 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 공장용지로서 대통령령으로 정하는 토지에 대하여는 분리과세대상으로 구분한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제102조 제1항 제1호에서 공장용지란 제101조 제1항 제1호 각 목에서 정하는 지역에 있는 공장용 건축물의 부속토지(건축 중인 경우를 포함하되, 과세기준일 현재 정당한 사유 없이 6개월 이상 공사가 중단된 경우는 제외한다)로서 행정안전부령으로 정하는 공장입지기준면적 범위의 토지라고 규정하고 있으며, 같은 법 시행규칙 제52조 제1항 제3호에서 영업을 목적으로 물품의 제조ㆍ가공ㆍ수선이나 인쇄 등의 목적에 사용할 수 있도록 생산설비를 갖춘 제조시설용 건축물, 그 제조시설을 지원하기 위하여 공장 경계구역 안에 설치된 송유관, 옥외 주유시설, 급수ㆍ배수시설 및 변전실 등 부대시설용 건축물에 대하여는 공장용 건축물이라고 규정하고 있다. 처분청은 청구법인과 임차법인간 임대차계약한 면적만 공장용건축물의 부속토지로서 분리과세대상으로 구분되어야 한다고 주장하나, 재산세의 과세대상구분은 과세기준일(6.1.) 현재 사용·수익이 아닌 그 현황에 따라 과세대상이 구분되는 것(대법원 2001.4.24. 선고 99두110 판결, 같은 뜻임)인 바, 2019년 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 쟁점토지를 포함한 이 건 토지의 지상 및 표면전체에는 각각 선박건조 및 수선을 위한 GAS(CO2, O2, LPG), Air Compressor, 물, 전기의 공급을 위한 시설물과 기계장비(이하 “공급시설”이라 한다)가 설치되어 있고, 전기용접 작업을 위한 바둑판모양의 (–)접지시설이 설치되어 있고, 1,000톤 이상 선박의 하중을 견딜 수 있도록 40cm이상의 두꺼운 콘크리트 포장이 시공되어 있으며, 공급시설에서 생산한 GAS, Air, 물, 전기 등을 선박을 건조·수선하는 위치까지 공급하기 위한 관로가 설치되어 있는 등 이 건 토지는 그 전체가 선박건조 및 수선을 위한 일단의 토지형태를 갖추고 있어 쟁점토지만을 다른 용도로 사용하려면 별도의 공사가 필요하다고 보여지나, 별도의 공사흔적을 확인할 수 없는 점, 이 건 토지 전체의 면적이 분리과세대상으로 구분되는 공장입지기준면적이내에 해당되는 점 등에 비추어 볼 때 2019년 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 쟁점토지는 지방세법제106조 제1항 제3호 가목의 공장용지라고 볼 수 있으므로 처분청이 쟁점토지를 종합합산과세대상으로 구분하여 청구법인에게 이 건 재산세 등을 부과한 처분에는 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법 제96조 제6항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세법(2018.12.31. 법률 제16194호로 개정된 것) 제6조(정의) 취득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음 각 호와 같다.

4. "건축물"이란 건축법제2조 제1항 제2호에 따른 건축물(이와 유사한 형태의 건축물을 포함한다)과 토지에 정착하거나 지하 또는 다른 구조물에 설치하는 레저시설, 저장시설, 도크(dock)시설, 접안시설, 도관시설, 급수ㆍ배수시설, 에너지 공급시설 및 그 밖에 이와 유사한 시설(이에 딸린 시설을 포함한다)로서 대통령령으로 정하는 것을 말한다. 제106조(과세대상의 구분 등) ① 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.

3. 분리과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 국가의 보호ㆍ지원 또는 중과가 필요한 토지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지

• 가. 공장용지ㆍ전ㆍ답ㆍ과수원 및 목장용지로서 대통령령으로 정하는 토지
• 나. 산림의 보호육성을 위하여 필요한 임야 및 종중 소유 임야로서 대통령령으로 정하는 임야
• 다. 제13조 제5항에 따른 골프장용 토지와 같은 항에 따른 고급오락장용 토지로서 대통령령으로 정하는 토지
• 라. 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제2조 제1호에 따른 공장의 부속토지로서 개발제한구역의 지정이 있기 이전에 그 부지취득이 완료된 곳으로서 대통령령으로 정하는 토지
• 마. 국가 및 지방자치단체 지원을 위한 특정목적 사업용 토지로서 대통령령으로 정하는 토지
• 바. 에너지ㆍ자원의 공급 및 방송ㆍ통신ㆍ교통 등의 기반시설용 토지로서 대통령령으로 정하는 토지
• 사. 국토의 효율적 이용을 위한 개발사업용 토지로서 대통령령으로 정하는 토지
• 아. 그 밖에 지역경제의 발전, 공익성의 정도 등을 고려하여 분리과세하여야 할 타당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 토지

(2) 지방세법 시행령(2018.12.31. 대통령령 제29437호로 개정된 것) 제102조(분리과세대상 토지의 범위) ① 법 제106조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 다음 각 호에서 정하는 것을 말한다.

1. 공장용지: 제101조 제1항 제1호 각 목에서 정하는 지역에 있는 공장용 건축물의 부속토지(건축 중인 경우를 포함하되, 과세기준일 현재 정당한 사유 없이 6개월 이상 공사가 중단된 경우는 제외한다)로서 행정안전부령으로 정하는 공장입지기준면적 범위의 토지

(3) 지방세법 시행규칙 제50조(공장입지기준면적) 영 제102조 제1항 제1호에서 “행정안전부령으로 정하는 공장입지기준면적”이란 별표 6에 따른 공장입지기준면적을 말한다. [별표 6]

1. 공장입지기준면적 = 공장건축물 연면적 × 100 업종별 기준공장 면적률

2. 공장입지기준면적의 산출기준

• 가. 공장건축물 연면적: 해당 공장의 경계구역 안에 있는 모든 공장용 건축물 연면적(종업원의 후생복지시설 등 각종 부대시설의 연면적을 포함하되, 무허가 건축물 및 위법시공 건축물 연면적은 제외한다)과 옥외에 있는 기계장치 또는 저장시설의 수평투영면적을 합한 면적을 말한다.
• 나. 업종별 기준공장면적률: 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제8조에 따라 산업통상자원부장관이 고시하는 "업종별 기준공장면적률"에 따른다.
• 다. 1개의 단위 공장에 2개 이상의 업종을 영위하는 경우에는 각 업종별 공장입지기준면적을 산출하여 합한 면적을 공장입지기준면적으로 보며, 명확한 업종구분이 불가능한 경우에는 매출액이 가장 많은 업종의 기준공장면적률을 적용하여 산출한다. 제52조(공장용 건축물의 범위) ① 영 제103조 제2항에 따른 공장용 건축물은 영업을 목적으로 물품의 제조ㆍ가공ㆍ수선이나 인쇄 등의 목적에 사용할 수 있도록 생산설비를 갖춘 제조시설용 건축물, 그 제조시설을 지원하기 위하여 공장 경계구역 안에 설치되는 다음 각 호의 부대시설용 건축물 및 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제33조에 따른 산업단지관리기본계획에 따라 공장경계구역 밖에 설치된 종업원의 주거용 건축물을 말한다.

1. 사무실, 창고, 경비실, 전망대, 주차장, 화장실 및 자전거 보관시설

2. 수조, 저유조, 저장창고, 저장조 등 저장용 옥외구축물

3. 송유관, 옥외 주유시설, 급수ㆍ배수시설 및 변전실

4. 폐기물 처리시설 및 환경오염 방지시설

5. 시험연구시설 및 에너지이용 효율 증대를 위한 시설

6. 공동산업안전시설 및 보건관리시설

7. 식당, 휴게실, 목욕실, 세탁장, 의료실, 옥외 체육시설 및 기숙사 등 종업원의 복지후생 증진에 필요한 시설

(4) 공장입지 기준고시(2018.9.17. 산업통상자원부고시 제2018-162호로 개정된 것) [별표 1] 업종변경의 대상이 되는 업종분류 및 기준공장면적률 업종분류 기준공장면적률 분류 번호 업종명(세분류) 분류 번호 업종명(세세분류) 면적률 (%) 3111 선박 및 수상 부유 구조물 건조업 31111 강선 건조업 7 31112 합성수지선 건조업 7 31113 기타 선박 건조업 7 31114 선박 구성 부분품 제조업 7