쟁점용도폐지정비기반시설의 취득세 과세표준 산정시 2016년 개별공시지가를 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2013.1.10. 제조업 등을 목적사업으로 하여 설립된 법인으로, 2015.3.16. OOO(이하 “쟁점토지”라 한다)를 OOO원에 취득한 후, 지방세특례제한법제58조의3 제1항에 따른 창업중소기업이 해당 사업을 영위하기 위하여 취득한 사업용 부동산으로 신고하여 취득세 등을 감면 받았다.
• 나. 처분청은 2018.3.27. 쟁점토지의 현장을 확인한 후, 청구법인이 쟁점토지를 정당한 사유없이 취득일부터 2년 이내에 해당 사업에 직접 사용하지 아니하여 취득세 등의 추징사유가 발생한 것으로 보아 2018.4.16. 청구법인에게 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 지방교육세 OOO원 및 토지분 재산세 2015년도분 OOO원, 2016년도분 OOO원, 2017년도분 OOO원, 지방교육세 2015년도분 OOO원, 2016년도분 OOO원, 2017년도분 OOO원 합계 OOO원을 각 부과ㆍ고지하였다.
• 다. 청구법인은 2018.7.26. OOO법원 2018.7.4.자 OOO재판상화해를 근거로 이 건 토지의 취득세 등의 납세의무가 없다는 이유로 처분청에 후발적 사유로 인한 경정청구를 하였으나 처분청은 2018.8.1. 이를 거부하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2018.10.1. 이의신청을 거쳐 2019.2.12. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 20년간 개발한 OOO 제조 기술로 국내ㆍ외에서 OOO 주문을 받아 놓은 상태로, 공장설립을 위해 쟁점토지를 매수한 후 2015.5.29. 공장설립허가를 신청하였으나 제출서류 보완 등을 이유로 2016.1.29. 공장설립허가를 받게 되었다. 그 후 2016.6.2. 창업계획승인신청을 하였으나 이를 위해 부담하여야 할 대체산림자원조성비, 산림훼손에 따른 복구비 등 약 OOO원을 마련하는 동안 2017년 1월경 처분청의 담당공무원이 “업무처리가 늦어져서 곤란하니 형식적으로 일단 신청을 철회하였다가 부담금이 해결된 뒤 다시 하면 기존의 서류를 토대로 20일 내에 승인해주겠다”고 하여 신청을 철회하였다. 이후 투자자가 나타나 2017.10.18. 다시 창업계획승인신청을 하였으나 후임자가 신청 관련 서류 일체를 새로이 제출하라고 하여 이를 다시 준비하느라 수개월이 걸려 결국 투자자들을 놓치고 공장신축에 문제가 생기게 된 것이다. 이와 같이 공장을 신축하지 못함으로 인해 사업자금이 고갈되고 매출을 일으키지 못하고 있다가, 최근에 대기업, 에너지공기업, OOO 국영기업, OOO 국영기업 컨소시엄의 투자를 유치하여 OOO에 공장신설을 추진하고 있으나, 이 건 지방세 체납은 사업진행에 치명적인 문제가 될 것이다. 청구인의 창업계획승인신청 철회는 담당공무원과 상호합의 아래 행정편의상 한 것으로 진정한 철회의 의사로 한 것이 아니다. 또한, 담당공무원은 창업계획승인을 공장설립변경 허가로 오인하여 OOO의 자금지원을 무산시켰고, 결국 재승인신청을 거부하여 공장설립을 하지 못하도록 한 귀책사유가 있으므로 청구법인이 사업용 토지를 2년간 사업에 사용하지 못한 데에 정당한 이유가 있는 경우에 해당한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인의 경우 각종 부담금 문제를 해결하지 못하여 창업사업계획승인 등 각종 인허가가 늦어지고 그에 따라 창업중소기업 정책자금 지원을 받지 못하고 공장설립도 하지 못하게 된 것이며, 이러한 사정은 청구법인의 내부적 사정에 불과하므로 이와 같은 경우는 청구법인이 쟁점토지를 해당 사업에 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있는 것으로 인정하기는 어렵다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 쟁점토지를 정당한 사유 없이 취득일부터 2년 이내 해당 사업에 직접 사용하지 아니하였다고 보아 창업중소기업 사업용 부동산에 대한 취득세 등 감면액을 추징한 처분의 당부
• 나. 관련 법령 지방세특례제한법 제58조의3[창업중소기업 등에 대한 감면] ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업이 해당 사업을 하기 위하여 창업일부터 4년 이내에 취득하는 사업용 재산(지방세법 제127조제1항제1호에 따른 비영업용 승용자동차는 제외한다)에 대해서는 취득세의 100분의 75에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 취득일부터 2년 이내에 그 재산을 정당한 사유 없이 해당 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용·처분(임대를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)하는 경우 또는 정당한 사유 없이 최초 사용일부터 2년간 해당 사업에 직접 사용하지 아니하거나 처분하는 경우에는 감면받은 세액을 추징한다.

1. 2016년 12월 31일까지 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 중소기업(이하 이 조에서 "창업중소기업"이라 한다)

② 2016년 12월 31일까지 창업하는 창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 해당 사업에 직접 사용(임대는 제외한다)하는 사업용 재산(건축물 부속토지인 경우에는 대통령령으로 정하는 공장입지기준면적 이내 또는 대통령령으로 정하는 용도지역별적용배율 이내의 부분만 해당한다)에 대해서는 창업일부터 5년간 재산세(지방세법 제111조에 따라 부과된 세액을 말한다. 이하 같다)의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 제출한 증빙서류와 처분청이 제시한 심리자료에서 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2013.1.10. OOO에서 OOO 제조ㆍ판매업을 목적으로 설립되었다. (나) 청구법인은 OOO제조 공장을 짓기 위해 2014.11.14. 공장 건축물 설계계약을, 2014.12.8. 공장 건축허가를 신청한 후, 2015.3.16. 그 부지로 쟁점토지를 OOO원에 매수하였다. (다) 청구법인이 2015.2.20. 작성한 사업계획에 따르면, 청구법인은 쟁점토지에 공장을 건설하여 OOO 연간 OOO톤 생산할 계획이며, 이에 필요한 OOO원은 재생에너지 상생특별보증, 증자 OOO원, OOO펀드 등을 통해 조달할 계획이었던 것으로 나타난다. (라) 청구법인은 위 계획에 따라 쟁점토지를 취득한 이후 2015.5.11. OOO공단에 창업기업지원자금을 신청, 2015.5.22. 측량설계용역계약을 체결, 2015.5. 공장신설승인신청 용역을 발주, 2015.9.8. 공장 신축 공사도급계약을 체결, 2015.12.21. 공장 전기공사 도급계약을 체결하는 등의 사업활동을 하였고, 그로 인해 청구법인은 각종 계약금 등으로 OOO원을 지출하였다고 소명하였다. (마) 청구법인은 쟁점토지에 공장을 신축하는 것으로 처분청에 2016.1.29. 창업사업계획 공장신설승인신청을 접수하였고, 처분청은 같은 해 4월경 청구법인에게 2016.5.24.까지 토지형질변경 부담금을 납부하라고 안내하였다. (바) 청구법인은 2016년 5월경 OOO회사에 보증신청을 하는 등 부담금 납부를 위한 자금 조달을 위해 투자자를 물색하였으나 그 기한내에 부담금을 납부하지는 못하였고, 그 과정에서 청구법인은 사업계획승인 신청이 중소기업창업지원법에 따른 사업계획승인이 아닌 일반사업계획승인으로 잘못 처리됨에 따라 대체산림자원조성비 감면 등 혜택을 적용받지 못하였으니 중소기업창업지원법에 따른 사업계획승인신청으로 변경하여 대체산림자원조성비 감면을 적용받기 원한다는 민원을 제기하는 한편 2016.5.26.에는 창업사업계획승인변경 신청을 접수하였으나, 2016.6.2. 처분청으로부터 토지형질변경 관련 부담금은 변경할 수 없다는 통보를 받았다. (사) 청구법인은 다시 2016.7.4. 및 2016.11.29. 처분청에 부담금 납부기한 연장을 신청하였으나 결국 이를 납부하지 못한 채 2017.1.24. 창업사업계획 공장신설승인신청을 취하하였다가 2017.10.18. 다시 신청을 하였다. 청구법인은 위 공장신설승인신청을 취하한 경위에 대해 처분청 담당자가 형식상 창업사업계획승인신청을 철회한 다음 보증보험회사로부터 보증을 받을 수 있을 때 다시 신청하면 기존 신청서류를 토대로 20일 내 승인해주겠다고 하여 이를 믿고 철회한 것이라고 주장하고 있다. (아) 처분청이 쟁점토지에 대하여 현지조사한 바에 의하면 2018.3.28.에는 쟁점토지가 일부 토목(절토 및 성토)공사를 한 상태로 유휴지로 방치되어 있었고, 2019.2.21.에는 산지전용허가 기간이 만료되어 원상복구 대집행이 되어 있는 상태였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 지방세특례제한법제58조의3 제1항에서는 창업중소기업이 해당 사업을 하기 위하여 창업일부터 4년 이내에 취득하는 사업용 재산에 대해서는 취득세의 100분의 75에 상당하는 세액을 감면하되, 취득일부터 2년 이내에 그 재산을 정당한 사유 없이 해당 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용·처분하는 경우에는 감면받은 세액을 추징한다고 규정하고 있는바, 위 규정에서의 ‘정당한 사유’라 함은 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유는 물론 해당 사업에 사용하고자 정상적인 노력을 다 했음에도 시간적 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 고유목적에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 고유목적에 사용하기 위한 진지한 노력 여부, 행정관청의 귀책사유 여부 등을 참작하여 사안별로 구체적, 개별적으로 판단하여야 하는 것이다. 청구법인의 경우, 공장을 신축하기 위하여 쟁점토지를 취득한 사정은 인정되나, 이를 취득한 날로부터 2년 이내에 공장을 신축하지 못한 데에는 청구법인이 공장 신축허가(부담금 납부) 및 공장신축에 소요되는 자금을 제때 조달하지 못한 것이 주된 이유인 것으로 보이고, 담당 공무원이 청구법인으로 하여금 창업사업계획승인신청을 철회하였다가 신청조건을 갖추어 다시 신청하도록 하였다고 하더라도, 청구법인은 그로부터 수개월이 지나고 쟁점토지 사용 유예기간인 2년을 경과한 후에야 다시 신청을 하였으므로 행정상 장애로 토지 사용시기가 늦어진 것이라고 인정하기 어렵고, 그와 같은 신청철회를 통정허위표시로 무효라고 보기도 어렵다. 따라서 청구법인이 쟁점토지를 취득일부터 2년 이내에 해당 사업에 직접 사용하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 것으로 보기 어려우므로 처분청이 이 건 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제96조 제6항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.