일반적 경과조치에 따라 개정전 법률(60㎡이하 공동주택)을 적용하여 취득세 등을 면제하여야 한다는 청구주장의 당부

[주 문] OOO구청장이 2020.2.24. 청구법인에게 한 경정청구 거부처분 중 2019.9.10. 청구법인에게 부과․고지된 취득세 등 합계 OOO에 대한 청구는 이를 각하하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2018.12.21. OOO토지상에 지식산업센터용(명칭: OOO이하 “쟁점지식산업센터”라 한다) 및 근린생활시설용 건축물 45,551.69㎡를 신축하여 취득한 후, 2018.12.28. 그 취득가액인 OOO을 과세표준으로 하고 지방세법 제11조 제1항 제3호(2.8%)의 세율을 적용하여 산출한 세액에서 지방세특례제한법(2016.12.27. 법률 제14477호로 개정된 것) 제58조의2 제1항에 따른 지식산업센터의 설립승인을 받은 자가 해당 시설용으로 직접사용 또는 임대하기 위하여 취득하는 부동산으로 신고하여 취득세 등을 감면(35%)받아, 취득세 OOO(이하 “제①취득세”라 한다)을 신고․납부하였다.
• 나. 처분청은 2019.9.10. 청구법인이 쟁점지식산업센터의 취득세를 과소 신고․납부한 것으로 보아, OOO을 과세표준으로 하고 위 규정의 감면(35%)을 적용하여 산출한 취득세 OOO(이하 “제②취득세”라 한다)을 부과․고지하였다.
• 다. 청구법인은 지방세특례제한법(2016.12.27. 법률 제14477호로 개정된 것, 이하 “개정 후 지방세특례제한법”이라 한다) 부칙 제15조의 일반적 경과조치에 따라 2014.1.1. 법률 제12175호로 개정된 지방세특례제한법 제58조의2(이하 “종전규정”이라 한다)의 감면율(50%)을 적용하여야 한다며 2020.1.21. 처분청에 제①․②취득세 등 차액 OOO의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2020.2.24. 이를 거부하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2020.4.23. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 대법원과 조세심판원은 일관되게 납세자에게 불리하게 세법이 개정된 경우 종전규정 시행당시 과세요건이 성립하지 아니하였더라도 납세자가 종전규정을 신뢰하여 착공행위 등 과세요건 성립을 위한 원인행위를 한 경우는 법개정 후 과세요건이 성립되더라도 일반적 경과조치에 따라 종전규정을 적용하여야 한다고 일관되게 판단하였는바, 청구법인은 쟁점지식산업센터 취득을 위한 원인행위로서 처분청으로부터 2015.9.18. 사업승인과 2015.10.2. 건축허가를 받고, 2016.7.8.부터 신축공사 착공 등을 하였다. 종전규정에서는 취득세 감면율이 50% 이었으나 개정 후 지방세특례제한법에서 35%로 불리하게 개정된 이 건의 경우는 위 규정이 개정된 후 취득행위가 완성되어 과세요건이 성립되었더라도 개정 후 지방세특례제한법 부칙 제6조의 규정에 따라 종전규정대로 취득세 등 감면율이 50%로 적용되어야 하는 것이 타당함에도, 처분청은 일반적 경과조치 규정을 장래 일정한 기간 내에 과세요건을 충족하는 경우에 감면한다는 규정 또는 장래 일정한 기간 동안의 비과세를 정한 규정에 대한 신뢰에만 적용하여야 한다는 이유로 이 건 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 대법원이 일반적 경과조치를 납세자 신뢰보호를 위한 특별규정으로 보아 납세자에게 유리한 구법을 적용한 경우는 적어도 ① 구법 시행시 원인행위가 이루어졌고, ② 그 신뢰가 ‘장래 일정한 기간 내에 과세요건을 충족하는 경우에 감면한다는 규정’ 또는 ‘장래 일정한 기간 동안의 비과세를 정한 규정’에 대한 신뢰인 경우이다. 이 건의 경우 쟁점지식산업센터에 관한 건축허가 및 착공행위가 개정규정 시행전에 이루어져 구법 시행시 원인행위가 이루어진 것으로 볼 수 있지만, 종전규정은 2016.12.31.까지 지방세를 경감한다고 하여 일몰시한을 두고 있었으므로 2016.12.31.까지 감면하는 것에 대한 신뢰만이 존재하는 것으로 납세자에게 명시적으로 일정기간 동안 지방세 감면을 입법적으로 보장하였다고 볼 수 없어 그 신뢰를 보호하기 어려우므로 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점

(1) 이 건 경정청구 거부처분 중 제②취득세 부과에 대한 심판청구가 적법한지 여부

(2) 일반적 경과조치 또는 신뢰보호원칙에 따라 이 건 제①취득세에 대하여 종전규정의 감면율을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

• 나. 관련 법령: ＜별지＞
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 부동산 신탁 및 건설․분양사업을 등을 목적사업으로 하는 법인으로서, 쟁점지식산업센터를 신축하여 분양하는 사업을 영위하기 위해, 2015.9.18. 처분청으로부터 쟁점지식산업센터 소재지 토지상에 지식산업센터 설립승인과 2015.10.2. 건축허가를 받고 2016.7.8.부터 공사착공과 2016.7.19. 입주자 분양공고를 하였으며, 같은 건에 대하여 2018.12.21. 처분청으로부터 사용승인을 받았다. (나) 처분청은 2019.9.10. 청구법인에게 제②취득세 등OOO을 부과․고지하였고, 청구법인은 이로부터 133일이 경과한 2020.1.21. 경정청구를 하였다. (다) 지식산업센터에 대한 취득세 등의 지방세 감면규정의 입법연혁을 살펴보면 다음과 같다.

1. 서울특별시 시세감면조례(2010.3.2. 서울특별시 조례 제4945호로 개정된 것) 제10조 제1항에서 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률제2조 제13호에 따른 아파트형공장(지식산업센터의 전신)을 설립할 목적으로 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다고 규정되어 있으며 위 조례는 2012년에 지방세특례제한법 제58조의2 규정으로 이관되었다.

2. 지방세특례제한법(2012.1.1. 법률 제11138호로 개정된 것) 제58조의2 규정이 개정되면서 지식산업센터 감면율은 면제에서 75%로 최초로 축소되었으며, 일몰기한이 2013.12.31.까지로 설정되었다.

3. 지방세특례제한법(2014.11.11. 법률 제12175호로 개정된 것) 제58조의 2 제1항의 규정이 개정되면서, 지식산업센터의 설립승인을 받은 자가 해당 사업시설용으로 신축하기 위하여 2014.1.1.부터 2016.12.31.까지 취득하는 부동산에 대한 취득세 감면율은 종전 75%에서 50%로 2차 축소되었다.

4. 지방세특례제한법(2016.12.27. 법률 제14477호로 개정된 것) 제58조의 2 제1항의 규정이 개정되면서, 지식산업센터의 설립승인을 받은 자가 해당 사업시설용으로 신축하기 위하여 2017.1.1.부터 2019.12.31.까지 취득하는 부동산에 대한 취득세 감면율은 종전 50%에서 다시 35%로 3차 축소되었다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저, 쟁점(1)에 대하여 살펴본다. 지방세기본법 제50조 제1항에서 지방세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정이 있음을 안 날[결정 또는 경정의 통지를 받았을 때에는 통지받은 날부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)를 말한다]에 그 결정 또는 경정을 지방자치단체의 장에게 청구할 수 있다고 규정하고 있다. 청구법인은 2020.9.10. 처분청으로부터 이 건 제②취득세 등의 부과처분을 받고 이로부터 90일을 경과한 2020.1.21.(133일 도과) 경정청구를 제기하였으므로 경정청구 기간이 도과된 후에 제기된 경정청구에 대하여 처분청이 거부통지를 하였다 하더라도 이는 심판청구의 대상이 되는 처분으로 볼 수 없으므로 이에 관한 심판청구는 처분이 없는 상태에서 제기되어 부적법하다 할 것이다.

(3) 다음으로 쟁점(2)에 대하여 살펴본다. (가) 지방세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12175호로 개정된 것) 제58조의2 제1항에서 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제28조의2에 따라 지식산업센터를 설립하는 자에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2019년 12월 31일까지 지방세를 경감한다고 규정하면서 그 제1호에서 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제28조의5 제1항 제1호 및 제2호에 따른 시설용으로 직접 사용하기 위하여 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산과 사업시설용으로 분양 또는 임대하기 위하여 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를 경감한다고 규정하고 있다. 한편, 지식산업센터에 대한 취득세의 감면율은 지방세특례제한법(2012.1.1. 법률 제11138호로 개정된 것) 제58조의2 규정에 따라 2011.12.31.까지는 면제에서 75%로, 같은 법(2014.11.11. 법률 제12175호로 개정된 것) 제58조의2 규정에 따라 2012.1.1.부터 2013.12.31.까지는 75%에서 50%로, 같은 법(2016.12.27. 법률 제14477호로 개정된 것) 제58조의2 규정에 따라 50%에서 35%로 계속 축소되면서 현재에 이르고 있다. (나) 조세법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 있어서 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 종전 규정을 적용할 경우가 있다고 하더라도, 납세의무가 성립하기 전의 원인행위시에 유효하였던 종전 규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 면제한다거나 과세를 유예한다는 내용을 명시적으로 규정하고 있지 않는 한 설사 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하였다 하더라도 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호되어야 할 정도의 것으로 볼 수는 없다 할 것(대법원 2001.5.29. 선고 98두13713 판결, 같은 뜻임)이다. (다) 청구법인은 개정 후 지방세특례제한법(2016.12.27. 법률 제14477호로 개정된 것) 시행일 이전에 건축허가 및 착공행위가 이루어져 종전규정에 따라 쟁점지식산업센터 제①취득세의 감면율을 50%로 적용하여야 한다고 주장하나, 청구법인이 주장하는 종전규정인 지방세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12175호로 개정된 것) 제58조의2 제1항에 따른 지식산업센터의 취득세 감면율(50%)은 그 적용시기는 2016.12.31.까지로 한정되는 것이며 쟁점지식산업센터는 그 이후인 2018.12.21. 신축되어 위 규정을 적용할 수 없는 점, 지식산업센터에 대한 취득세 감면규정의 입법연혁을 살펴보면, 2011년까지는 취득세를 면제한다는 내용이었으나, 그 이후 2013년까지는 취득세를 75%만 감면하는 것으로, 청구법인이 쟁점지식산업센터의 건축허가(2015.10.2.)를 받고 공사착공(2016.7.8.)을 할 당시에는 2016년까지 취득세를 50%만 감면하는 것으로, 청구법인이 쟁점지식산업센터 건축공사를 완료하고 사용승인(2018.12.21.)을 받은 당시에는 2019년까지 취득세를 35%만 감면하는 것으로 규정하는 등 그 감면범위가 계속하여 축소되어 온 점 등에 비추어, 청구법인이 쟁점지식산업센터의 취득세 등을 종전규정에 따라 계속하여 감면받을 수 있을 것으로 신뢰하였다고 보기 어려우므로 이러한 경우에까지 일반적 경과조치에 따라 종전규정의 감면을 적용하기는 어렵다 할 것이다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 부적법한 청구에 해당하거나 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제96조 제6항, 국세기본법 제81조, 제65조 제1항 제1호 및 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세기본법 제50조(경정 등의 청구) ① 이 법 또는 지방세관계법에 따른 과세표준 신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제51조 제1항에 따른 납기 후의 과세표준 신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 법정신고기한이 지난 후 5년 이내[지방세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정이 있음을 안 날(결정 또는 경정의 통지를 받았을 때에는 통지받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)를 말한다]에 최초신고와 수정신고를 한 지방세의 과세표준 및 세액(지방세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액 등을 말한다)의 결정 또는 경정을 지방자치단체의 장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준 신고서 또는 납기 후의 과세표준 신고서에 기재된 과세표준 및 세액(지방세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 지방세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준 신고서 또는 납기 후의 과세표준 신고서에 기재된 환급세액(지방세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 환급세액을 말한다)이 지방세법에 따라 신고하여야 할 환급세액보다 적을 때

(2) 지방세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12175호로 개정된 것) 제58조의2(지식산업센터 등에 대한 감면) ① 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제28조의2에 따라 지식산업센터의 설립승인을 받은 자에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2016년 12월 31일까지 지방세를 경감한다.

1. 지식산업센터를 신축하거나 증축하여 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제28조의5 제1항 제1호 및 제2호에 따른 시설용(이하 이 조에서 "사업시설용"이라 한다)으로 직접 사용하거나 분양 또는 임대하기 위하여 취득하는 부동산과 신축 또는 증축한 지식산업센터에 대해서는 취득세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다.

• 가. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 착공하지 아니한 경우
• 나. 그 취득일부터 5년 이내에 매각·증여하거나 다른 용도로 분양·임대하는 경우

2. 과세기준일 현재 사업시설용으로 직접 사용하거나 분양 또는 임대 업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 1,000분의 375를 경감한다. 부 칙 제1조(시행일) 이 법은 2014년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제34조 제7항의 개정규정은 공포한 날부터 시행한다. 제3조(일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행 후 최초로 과세기간이 시작되어 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다. 제6조(일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.

(3) 지방세특례제한법(2016.12.27. 법률 제14477호로 개정된 것) 제58조의2(지식산업센터 등에 대한 감면) ① 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제28조의2에 따라 지식산업센터를 설립하는 자에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2019년 12월 31일까지 지방세를 경감한다. 1.산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제28조의5 제1항 제1호 및 제2호에 따른 시설용(이하 이 조에서 “사업시설용”이라 한다)으로 직접 사용하기 위하여 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산(신축 또는 증축한 부분에 해당하는 부속토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 사업시설용으로 분양 또는 임대(중소기업기본법 제2조에 따른 중소기업을 대상으로 분양 또는 임대하는 경우로 한정한다. 이하 이 조에서 같다)하기 위하여 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를 경감한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다.

• 가. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 착공하지 아니한 경우
• 나. 그 취득일부터 5년 이내에 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 분양ㆍ임대하는 경우 부 칙 제1조(시행일) 이 법은 2017년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 법률 제12955호 지방세특례제한법 일부개정법률 부칙 제2조의 개정규정은 공포한 날부터 시행한다. 제2조(일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행 후 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다. 제10조(지식산업센터에 대한 경감세율 특례) 제58조의2 제1항에 따라 지식산업센터를 설립하는 자가 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제28조의5 제1항 제1호 및 제2호에 따른 사업시설용으로 취득하는 부동산에 대해서는 이 법 개정규정에도 불구하고 2017년 12월 31일까지 종전의 감면율을 적용한다. 제15조(일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 지방세를 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다.

(4) 서울특별시 시세감면조례(2010.3.2. 서울특별시조례 제4945호로 개정된 것) 제21조(아파트형공장 및 협동화공장에 대한 감면) ①산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률제2조제13호에 따른 아파트형공장을 설립할 목적으로 취득하는 부동산(이미 아파트형공장용으로 사용하던 부동산을 승계취득하는 경우는 제외한다)에 대하여는 취득세를 면제하며, 그 부동산을 취득한 날부터 2년 이내에 등기하는 경우에는 등록세를 면제한다. 다만, 그 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유없이 건축공사에 착공하지 아니하거나 건축물의 사용승인서 교부일부터 5년 이내에 정당한 사유없이 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률제28조의5 제1항 제1호 또는 제2호에 따른 사업 이외의 용도로 분양·임대하거나 매각하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세 및 등록세를 추징한다.