이 건 토지를 취득하기 위하여 지급한 분양대금 중 반환받은 쟁점금액이 취득세 과세표준에 포함되는지 여부

[참조결정] 조심2017지0882

[주 문] OOO구청장이 2020.3.5. 청구법인에게 한 취득세 등의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2015.7.21. OOO로부터 OOO토지 14,688㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 분양받아 취득한 후, 2015.9.18. 처분청에 취득가액인 OOO원을 과세표준으로 하고 지방세법 제11조 제1항 제7호의 세율(4%)을 적용하여 산출한 세액에서 조세특례제한법(2014.12.23. 법률 제12853호로 개정된 것) 제120조 제4항 제3호 및 조세특례제한법(2014.12.23. 법률 제12853호로 개정된 것) 부칙 제72조에 따른 프로젝트금융투자회사가 2015.12.31.까지 취득하는 부동산으로 신고하여 취득세 등을 감면(50%)받고, 나머지 취득세 OOO원을 신고·납부하였다.
• 나. 서울고등법원은 OOO가 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 청구법인에게 지급하라고 판결(서울고등법원 2019.6.27. 선고, 2018나2009805 판결, 2019.7.13. 확정, 이하 “이 건 판결”이라 한다)을 하자, 청구법인은 2020.1.6. 쟁점금액을 차감한 금액을 이 건 토지의 과세표준으로 하여 이 건 취득세 등을 경정해야 한다는 이유로 경정청구를 하였으나, 처분청은 2020.3.5. 이를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여, 2020.4.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 등 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 OOO에게 이 건 토지 매매대금(OOO억원) 중 계약금(10%)은 계약체결시, 나머지 잔금(90%)은 계약체결 후 365일이 되는 날에 지급하기로 하고, 납부기한을 초과할 경우 지연손해금을 부담하기로 하는 용지매매(변경)계약을 체결하였고, 이후 일부 잔금을 위 납부기한까지 지급하지 못하여 그에 대한 지연손해금을 부담하였다. 이후 청구법인은 이 건 토지의 면적․형상 등이 확정되지 않은 상태에서 용지매매(변경)계약을 체결하는 등 분양절차에 문제가 있었고, 이에 따라 대출금 확보 등 정상적인 자금마련에 어려움이 있어 위 지연손해금을 부담한 것으로 이는 부당하다는 취지로 OOO를 상대로 부당이득금반환소송을 제기하였다. 이에 서울고등법원은 위 지연손해금이 발생한 것에 청구법인은 귀책사유가 크지 않다는 이유로 청구법인이 위 지연손해금 전부를 부담하는 것은 과다하므로 OOO는 쟁점금액에 해당하는 금액을 청구법인에게 반환하라는 이 건 판결을 하였고, 조세심판원도 반환받은 부당이득금은 취득세 과세표준이 되는 실제 취득가격에서 제외된다는 결정(조심 2017지882, 2017.10.30., 같은 뜻임)을 하였다. 따라서 청구법인이 이 건 판결을 받아 반환받은 쟁점금액은 이 건 토지의 과세표준에서 제외되는 것이 타당함에도 처분청은 이 건 토지의 취득세 납세의무 성립일 이후에 쟁점금액을 반환받았다는 이유만으로 이 건 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
• 나. OOO 처분청이 인용한 판결(대법원 2004.10.15. 선고 2003두9008)은 과점주주에 대하여 부과되는 취득세는 주식의 취득에 따른 과점주주의 성립이라는 과세요건이 구비됨으로써 당연히 발생하고, 일단 적법하게 주식을 취득하면 이후에 주식양도계약이 합의해제 되거나, 해제조건의 성취 또는 해제권의 행사 등으로 소급적으로 실효되었다고 하더라도 이미 성립한 조세채권의 행사에 아무런 영향을 줄 수 없다는 것으로 이 건과는 그 사실관계가 다르다 할 것이고, 조세심판원에서도 부당이득금반환 소송을 제기하여 판결을 받아 기 납부한 금액을 반환받은 경우에는 취득세 과세표준에서 제외되는 것이 타당(조심 2017지882, 2017.10.30., 같은 뜻임)하다는 점 등에 비추어 보면, 이 건 토지의 취득세 과세표준이 되는 사실상 취득가격은 청구법인이 당초 신고․납부한 금액에서 쟁점금액을 제외한 금액으로 하는 것이 타당하다.
• 다. 처분청 의견 지방세법 제10조 제1항 및 제5항에서 법인장부 등에 따라 사실상 취득가격이 증명되는 취득의 경우에는 사실상의 취득가격을 취득세 과세표준으로 하도록 규정하고, 같은 법 시행령 제18조 제1항에서 취득가격은 취득시기를 기준으로 그 이전에 해당물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직간접비용의 합계액으로 하도록 규정하고 있으며, 법원은 위 규정의 과세표준은 취득당시의 가액을 기준으로 하는 것으로 납세의무가 적법하게 성립하였다면 이후에 합의해제 등의 사정으로 계약이 소급적으로 실효되더라도 당초 납세의무에는 영향이 없다고 판결(대법원 2004.10.15. 선고 2003두9008, 같은 뜻임)하고 있다 따라서, 청구법인이 쟁점금액을 이 건 판결에 따라 쟁점금액을 반환받았다 하더라도 이는 이 건 토지의 납세의무일 이후에 소급하여 실효된 것으로 위 법원판례에 따라 이미 적법하게 성립한 취득세에는 영향이 없는 것이므로 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 사실관계 및 판단

• 가. 쟁 점 이 건 토지를 취득하기 위하여 지급한 분양대금 중 반환받은 쟁점금액이 취득세 과세표준에 포함되는지 여부
• 나. 관련 법령: ＜별지＞ 기재
• 다. 사실관계

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다. (가) 등기사항전부증명서에 의하면, 청구법인은 본점 소재지를 OOO로 하고, 목적사업을 이 건 토지 소재지 일대에서 지식산업센터의 신축과 분양하는 사업 등을 영위하기 위하여 2014.12.24. 설립된 것으로 나타난다. (나) 용지매매계약서에 의하면, OOO주식회사(매수자)와 OOO(매도자)는 2013.7.25. OOO일대 토지 14,688㎡를 다음과 같이 매매하는 계약을 체결(주요내용만 발췌)하였다. (다) 권리의무승계계약서에 의하면, 이 건 토지의 용지매매계약에 따른 권리의무(이 건 토지의 부당이득금 소송[서울중앙지방법원 2014가합570023] 당사자 지위승계까지 포함)는 OOO(매도자) 입회하에 2013.7.25. OOO주식회사(매수자)에게, 2015.3.20. OOO주식회사(매수자)로, 다시 2015.7.21. 청구법인(매수자) 순으로 승계된 것으로 나타난다. (라) 변경계약서에 의하면, OOO는 2014.6.5. OOO개발계획 및 실시계획변경인가를 고시하였고, 같은 날 청구법인과 OOO는 위 고시를 반영(건축물의 용도․건폐율․용적율 등의 변경사항)한 변경계약(주요내용만 발췌)을 다음과 같이 체결한 것으로 나타난다. (마) 용지분양금 납부내역서에 의하면, OOO는 2015.7.22. 청구법인으로부터 이 건 토지의 매매대금으로 원금 OOO을 다음과 같이 지급받았다는 내용의 납부내역서를 발급하였다. (바) 청구법인은 2015.7.21. 이 건 토지를 취득한 후, 2015.9.18. 취득가액인 매매대금 OOO원을 과세표준으로 하고 지방세법 제11조 제1항 제7호의 세율(4%)을 적용하여 산출한 세액에서 감면(50%)을 적용하고, 나머지 과세분에 대한 취득세 OOO원을 신고·납부하였다. (사) 청구법인(원고)은 OOO(피고)를 상대로 부당이득금 반환 소송을 제기하였고, 서울고등법원으로부터 2019.6.27. 다음과 같이 원고 승소판결(주요내용만 발췌)을 받았다. (아) 청구법인은 2019.3.7., 2019.7.5., 2회에 걸쳐 OOO로부터 이 건 판결에 따른 쟁점금액과 그 이자 OOO원을 지급받았다.

(2) 이상의 사실관계와 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 지방세법 제10조 제5항에서 다음 각 호의 취득에 대하여는 제2항 단서 및 제3항 후단에도 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액을 과세표준으로 한다고 규정하면서 그 제3호에서 판결문·법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득을 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제18조 제3항에서 법 제10조 제5항 제3호에서 대통령령으로 정하는 것이란 다음 각 호에서 정하는 것을 말한다고 규정하면서 그 제1호에서 판결문: 민사소송 및 행정소송에 의하여 확정된 판결문을 규정하고 있다. 지방세기본법 제50조 제1항에서 과세표준 신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 과세표준 신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 지방세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때에는 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 최초 신고한 지방세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 처분청에 청구할 수 있다고 규정하고 있다. (나) 처분청은 청구법인이 이 건 토지의 취득세 납세의무성립일 이후에 쟁점금액을 반환받은 이상 이미 적법하게 성립한 취득세 납세의무와는 관련이 없다는 의견이나, 청구법인은 이 건 토지를 OOO로부터 2015.7.21. 취득하고 법정신고기한(2015.9.19.)내에 이 건 취득세 등을 신고․납부하였고 그로부터 5년 이내인 2020.1.6. 받환 받은 쟁점금액을 과세표준에서 제외하여 달라고 적법하게 경정청구를 한 점, 이후 법원의 이 건 판결(2019.6.27.)에 따라 취득가격과 관련된 쟁점금액을 반환받은 사실이 확인되므로 이 건 토지의 취득세 과세표준이 되는 사실상 취득가격은 청구법인이 당초 납부한 금액에서 쟁점금액을 제외한 금액이 되는 것이 타당해 보이는 점, 처분청이 제시한 판결은 취득세 등의 납세의무성립 여부에 관한 것이고 사실상 취득가격(대법원 2004.10.15. 선고 2003두9008 판결)의 범위에 관련된 것이 아니므로 이 건과는 그 사실관계가 다른 점 등에 비추어, 쟁점금액은 이 건 토지의 취득세 과세표준에서 제외하는 것이 타당하므로 처분청이 청구법인의 이 건 경정청구를 거부한 처분에는 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법 제96조 제6항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세기본법 제34조(납세의무의 성립시기) ① 지방세를 납부할 의무는 다음 각 호의 구분에 따른 시기에 성립한다.

1. 취득세: 과세물건을 취득하는 때 제50조(경정 등의 청구) ① 이 법 또는 지방세관계법에 따른 과세표준 신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 법정신고기한이 지난 후 5년 이내[지방세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정이 있음을 안 날(결정 또는 경정의 통지를 받았을 때에는 통지받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)를 말한다]에 최초신고와 수정신고를 한 지방세의 과세표준 및 세액(지방세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액 등을 말한다)의 결정 또는 경정을 지방자치단체의 장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준 신고서에 기재된 과세표준 및 세액(지방세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 지방세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준 신고서에 기재된 환급세액(지방세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 환급세액을 말한다)이 지방세법에 따라 신고하여야 할 환급세액보다 적을 때

② 과세표준 신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 지방세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고·결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송의 판결(판결과 동일한 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때

2. 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고·결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때

3. 제1호 및 제2호의 사유와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 지방세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때

(2) 지방세법 제10조(과세표준) ① 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다. 다만, 연부(年賦)로 취득하는 경우에는 연부금액(매회 사실상 지급되는 금액을 말하며, 취득금액에 포함되는 계약보증금을 포함한다. 이하 이 절에서 같다)으로 한다.

⑤ 다음 각 호의 취득(증여·기부, 그 밖의 무상취득 및 소득세법 제101조 제1항 또는 법인세법 제52조 제1항에 따른 거래로 인한 취득은 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항 후단에도 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액을 과세표준으로 한다.

3. 판결문·법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득

⑦ 제1항부터 제6항까지의 규정에 따른 취득세의 과세표준이 되는 가액, 가격 또는 연부금액의 범위 및 그 적용과 취득시기에 관하여는 대통령령으로 정한다.

(3) 지방세법 시행령 제18조(취득가격의 범위 등) ① 법 제10조 제5항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 취득가격 또는 연부금액은 취득시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 간접비용의 합계액으로 한다. 다만, 취득대금을 일시급 등으로 지급하여 일정액을 할인받은 경우에는 그 할인된 금액으로 한다.

1. 건설자금에 충당한 차입금의 이자 또는 이와 유사한 금융비용

2. 할부 또는 연부(年賦) 계약에 따른 이자 상당액 및 연체료. 다만, 법인이 아닌 자가 취득하는 경우는 취득가격에서 제외한다.

4. 취득에 필요한 용역을 제공받은 대가로 지급하는 용역비·수수료

5. 취득대금 외에 당사자의 약정에 따른 취득자 조건 부담액과 채무인수액

6. 부동산을 취득하는 경우 주택도시기금법제8조에 따라 매입한 국민주택채권을 해당 부동산의 취득 이전에 양도함으로써 발생하는 매각차손. 이 경우 행정자치부령으로 정하는 금융회사 등(이하 이 조에서 "금융회사등"이라 한다) 외의 자에게 양도한 경우에는 동일한 날에 금융회사등에 양도하였을 경우 발생하는 매각차손을 한도로 한다.

7. 제1호부터 제6호까지의 비용에 준하는 비용

③ 법 제10조 제5항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호에서 정하는 것을 말한다.

1. 판결문: 민사소송 및 행정소송에 의하여 확정된 판결문(화해·포기·인낙 또는 자백간주에 의한 것은 제외한다)

2. 법인장부: 금융회사의 금융거래 내역 또는 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률 제6조에 따른 감정평가서 등 객관적 증거서류에 의하여 법인이 작성한 원장·보조장·출납전표·결산서.

(4) 조세특례제한법(2014.12.23. 법률 제12853호로 개정되기 이전의 것) 제120조(취득세의 면제 등) ④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산(지방세법 제13조 제5항 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산은 제외한다)을 2014년 12월 31일까지 취득하는 경우에는 취득세의 100분의 30(제3호의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 세액을 감면한다. 이 경우 지방세법 제13조 제2항 본문 및 제3항의 세율을 적용하지 아니한다.

3. 프로젝트금융투자회사가 취득하는 부동산

(5) 조세특례제한법(2014.12.23. 법률 제12853호로 개정된 것) 제120조 (삭 제) 부 칙 제72조(프로젝트금융투자회사에 대한 취득세의 면제 등에 관한 경과조치) 2014년 12월 31일 이전에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융투자회사가 2015년 12월 31일까지 취득하는 부동산에 대하여는 제120조 제4항 제3호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.