청구인이 「조세특례제한법」 제32조 제1항에 따른 사업양수도 방식으로 신설 법인에게 이 건 부동산의 소유권을 이전한 것을 「지방세특례제한법」 제58조의2 제2항 제1호 나목에 따른 매각으로 보아 취득세를 추징한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구인은 2018.5.28. OOO(토지 87.5789㎡, 건물 383.6789㎡, 이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 취득하고, 지방세특례제한법 제58조의2 제2항에 따라 OOO를 신축하거나 증축하여 설립한 자로부터 최초로 해당 OOO를 분양받은 입주자가 사업시설용으로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 신고하여 취득세를 감면받았다.
• 나. 이후, 청구인은 2019.9.16. 조세특례제한법제32조 제1항에 따른 사업양수도 방식으로 ㈜OOO(이하 “신설 법인”이라 한다)을 설립하였고, 이 건 부동산의 소유권도 신설 법인에게 이전되었으며, 처분청은 2020.1.6. 청구인이 유예기간(취득일로부터 5년) 내에 이 건 부동산을 매각한 것으로 보아 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 부과고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2020.4.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 청구인은 2008.11.1. 자동제어기기를 제조·생산하는 OOO이라는 상호를 사용하는 개인 사업을 운영해오다 2018.5.28. 이 건 부동산을 취득하였으나, 개인사업장의 사업 규모가 커짐에 따라 조세특례제한법제32조 및 같은 법 시행령 제29조 제2항의 규정, 부가가치세법제10조 및 같은 법 시행령 23조의 규정에 따라 개인사업의 자산·부채 일체를 포괄 양도·양수하는 승계방식으로 사업 형태를 법인으로 전환하였고, 자연히 개인사업자가 신설 법인으로 전환하면서 이 건 부동산의 소유권도 신설 법인에게 이전하게 된 것이며, 중소기업의 구조조정과 재무조정을 위한 국가정책적 차원에서 지원하고 있는 사업양수도는 수평적 소유권을 이전한 것이라서 지방세특례제한법제58조의2 제2항 제1호 나목에서 규정한 매각에 해당한다고 볼 수 없다.
• 나. 처분청 의견 지방세특례제한법 제58조의2 제2항 제1호 나목에서 매각·증여를 추징사유로 규정하고 있는데, 이는 직접 사용을 불가능하게 하는 사유로서 소유자 지위의 변경을 가져오는 모든 이전행위를 의미하는바, 여기에는 상대방에게 재산을 이전하고 그 대가로 대금을 받는 매매뿐만 아니라 “사업양수도와 같은 포괄승계” 등도 모두 포함하는 것이고, 개인사업자의 법인전환으로 새롭게 설립된 법인이 해당 부동산을 양수받게 되는 경우 동 법인은 개인사업자와는 별개의 법인격을 갖는 권리주체로서 해당 부동산을 소유하게 되는 것이고 더 이상 개인사업자가 해당 부동산을 “직접 사용”한다고 볼 수 없으므로 추징대상에 해당한다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 청구인이 조세특례제한법 제32조 제1항에 따른 사업양수도 방식으로 신설 법인에게 이 건 부동산의 소유권을 이전한 것을 지방세특례제한법 제58조의2 제2항 제1호 나목에 따른 매각으로 보아 취득세를 추징한 처분의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 지방세특례제한법 제58조의2(OOO 등에 대한 감면) ② 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제28조의4에 따라 OOO를 신축하거나 증축하여 설립한 자로부터 최초로 해당 OOO를 분양받은 입주자(중소기업기본법 제2조에 따른 중소기업을 영위하는 자로 한정한다)에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.

1. 2019년 12월 31일까지 사업시설용으로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다.

• 가. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우
• 나. 그 취득일부터 5년 이내에 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

(2) 조세특례제한법 제32조(법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세) ① 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령으로 정하는 사업 양도ㆍ양수의 방법에 따라 법인(대통령령으로 정하는 소비성서비스업을 경영하는 법인은 제외한다)으로 전환하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다.

② 제1항은 새로 설립되는 법인의 자본금이 대통령령으로 정하는 금액 이상인 경우에만 적용한다.

③ 제1항을 적용받으려는 거주자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 이월과세 적용신청을 하여야 한다.

④ 제1항에 따라 설립되는 법인에 대해서는 제31조 제4항부터 제6항까지의 규정을 준용한다.

⑤ 제1항에 따라 설립된 법인의 설립등기일부터 5년 이내에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 제1항을 적용받은 거주자가 사유발생일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 제1항에 따른 이월과세액(해당 법인이 이미 납부한 세액을 제외한 금액을 말한다)을 양도소득세로 납부하여야 한다. 이 경우 사업 폐지의 판단기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

1. 제1항에 따라 설립된 법인이 제1항을 적용받은 거주자로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우

2. 제1항을 적용받은 거주자가 법인전환으로 취득한 주식 또는 출자지분의 100분의 50 이상을 처분하는 경우

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제시한 자료에 따르면 아래와 같은 사실이 확인된다. (가) 청구인은 2008.11.1. 상호를 “OOO”으로, 업태를 “제조업”으로, 종목을 “자동제어”로 하여 사업자등록을 한 것으로 나타난다. (나) 신설 법인은 2019.8.21. 청구인을 대표이사로, 이 건 부동산을 본점소재지로 하고, 목적사업을 “전기 및 전자 자동제어장치 제조” 및 “도소매업”으로 하여 설립되었다. (다) 청구인과 신설 법인은 2019.9.16. “사업 양도 및 양수계약”을 체결하였고, 해당 계약서에는 “청구인은 조세특례제한법 제32조 제1항 및 같은 법 시행령 제29조 제2항의 규정에 의한 포괄적 사업의 양도·양수에 의한 법인전환으로서 이에 따른 2019.9.16. 현재의 장부상 사업용 자산 총액에서 부채 총액을 차감한 잔액을 대가로 하여 신설 법인에게 사업 일체를 포괄적으로 양도한다”고 기재되어 있다. (라) 신설 법인은 2019.11.14. 등기원인을 “2019.9.16. 조세특례제한법 제32조 제1항에 의한 사업양수도”로 하여 이 건 부동산에 대한 소유권이전등기를 경료하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴보면, 청구인은 조세특례제한법 제32조에 따른 개인사업자의 법인 전환을 지방세특례제한법 제58조의2 제1항 제1호 나목에서 추징사유로 규정한 매각으로 보는 것은 부당하다고 주장하나, 추징사유로 규정한 “매각·증여”는 취득자가 “직접 사용”하지 못하게 되는 상황을 상정한 것이라서 원칙적으로 부동산의 소유권을 제3자에게 이전한 경우에는 추징대상에 해당하는 점, 합병의 경우 상법에 따라 피합병법인의 공법상 모든 권리의무도 합병법인에게 승계되고, 여기에는 지방세특례제한법상의 “직접 사용”의무도 포함되는 것이므로 사인 간의 “사업 양수도 계약”에 대하여 합병의 경우를 적용하기는 어려운 점 등에 비추어 청구인이 이 건 부동산을 신설 법인에 양도한 것에 대하여 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각한 것으로 보아 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제96조 제6항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.