쟁점토지를 취득한 후 법원판결로 소유권이전등기가 말소된 경우 기 납부한 취득세를 환급하여야 한다는 청구주장의 당부

[주 문] OOO시장이 2019.12.27. 청구법인에게 한 취득세 등 합계 OOO경정청구에 대한 거부처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2016.6.30. OOO외 12필지 토지 58,758㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 취득(매매)한 후, 같은 날 그 취득가액 OOO을 과세표준으로 하고,지방세법(2016.12.27., 법률 제14475호로 일부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제11조 제1항 제7호 나목의 세율(1천분의 40)을 적용하여 산출한 취득세 OOO을 신고․납부한 후, 같은 날 이 건 토지에 대한 소유권이전등기를 하였다.
• 나. 청구법인은 이 건 토지 중 OOO외 8필지 토지 39,766㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)에 대한 소유권이전등기가 2019.5.27. 법원의 확정판결에 따라 말소되었으므로 기 납부한 취득세 중 일부가 환급되어야 한다는 취지로 2019.11.12. 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2019.12.27. 이를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2020.3.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 2015.8.18. 토지 소유자인 OOO과 주식회사 OOO과 이 건 토지에 대하여 매매계약을 체결하면서, 쟁점토지를 제외한 토지는 청구법인에게 매매하고, 쟁점토지에 대한 소유권이전청구권 가등기 권리를 주식회사 OOO또는 OOO이 지정한 자에게 양도하기로 3자간에 합의하였다. 그러나, 청구법인은 2016.6.30. 쟁점토지의 소유자 또는 권리자의 의사에 반하여 쟁점토지에 대한 소유권이전등기를 경료하였으나, 이는 위 매매계약에 반하여 권한없는 자에 의한 소유권이전등기를 경료한 것으로 이는 원인무효에 해당한다. 이에 OOO청구법인을 상대로 쟁점토지에 대한 소유권이전말소 청구소송을 제기하여, 2019.3.14. 대법원으로부터 소유권이전말소 확정판결을 받아 소유권이전등기가 말소되었으므로 기 납부한 취득세 중 일부인 OOO을 환급하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 2016.6.30. 매매계약을 체결하여 이 건 토지를 취득한 후, 같은 날 취득세를 신고․납부하여 소유권이전등기를 마쳤으나, 쟁점토지가 제3자의 소유권이전청구권가등기 이전등기절차 이행 소송확정으로 소유권이전등기가 말소되었으므로 기 납부한 취득세 중 일부인 OOO을 환급하여야 한다고 주장하나, 청구법인이 쟁점토지에 대한 소유권이전등기를 마침으로써 이를 취득한 후 그 소유권이전등기가 말소되었다 하더라도 이미 성립한 취득세 납세의무에는 영향을 주지 않으므로 처분청에서지방세법 시행령제15조에 따라 쟁점토지에 대한 소유권이전등기를 경료한 날인 2016.6.30. 취득세 납세의무가 적법하게 성립한 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 청구법인이 쟁점토지를 취득한 후 법원판결로 소유권이전등기가 원인무효로 말소되었으므로 기 납부한 취득세를 환급하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 지방세법(2016.12.27., 법률 제14475호로 개정되기 전의 것) 제6조(정의) 취득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음 각 호와 같다.

1. "취득"이란 매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자, 건축, 개수(改修), 공유수면의 매립, 간척에 의한 토지의 조성 등과 그 밖에 이와 유사한 취득으로서 원시취득(수용재결로 취득한 경우 등 과세대상이 이미 존재하는 상태에서 취득하는 경우는 제외한다), 승계취득 또는 유상ㆍ무상의 모든 취득을 말한다. 제7조(납세의무자 등) ① 취득세는 부동산, 차량, 기계장비, 항공기, 선박, 입목, 광업권, 어업권, 골프회원권, 승마회원권, 콘도미니엄 회원권, 종합체육시설 이용회원권 또는 요트회원권(이하 이 장에서 "부동산등"이라 한다)을 취득한 자에게 부과한다.

② 부동산등의 취득은민법,자동차관리법,건설기계관리법,항공법,선박법,입목에 관한 법률,광업법또는수산업법등 관계 법령에 따른 등기·등록 등을 하지 아니한 경우라도 사실상 취득하면 각각 취득한 것으로 보고 해당 취득물건의 소유자 또는 양수인을 각각 취득자로 한다. 다만, 차량, 기계장비, 항공기 및 주문을 받아 건조하는 선박은 승계취득인 경우에만 해당한다.

(2) 지방세법 시행령(2016.12.30., 대통령령 제27710호로 개정되기 전의 것) 제20조(취득의 시기 등) ⑬ 제1항, 제2항 및 제5항에 따른 취득일 전에 등기 또는 등록을 한 경우에는 그 등기일 또는 등록일에 취득한 것으로 본다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2015.8.18. OOO으로부터 A 토지 및 B 토지를 OOO에 매수(1차 토지매매)하기로 하는 계약을 체결하였고, A 토지에 대하여는 1차 토지매매 계약을 원인으로 소유권이전등기를 경료하였으나, 거래 당시 B 토지는 C 토지(쟁점토지)와 분필되지 않아, B와 C 토지 전부에 대하여 매매예약을 원인으로 한 소유권이전등기의 가등기를 경료하였다. ＜매매계약 주요내용＞ (나) 청구법인은 2016.6.30. OOO으로부터 쟁점토지를 OOO에 매수하기로 계약(2차 토지매매)하고, 같은 날 취득가액 OOO을 과세표준으로 하여 취득세 등을 신고ㆍ납부한 후, 위 1차 토지매매 당시 설정한 가등기에 근거하여 B와 쟁점토지 전부에 대한 소유권이전등기의 본등기를 마쳤다. (다) 청구법인은 2차 토지매매 대금 중 계약금 OOO억원을 종전 OOO에게 가지고 있던 대여금 채권으로 지급을 갈음하였고, 2017.12.29. 나머지 잔금 OOO을 지급하기로 합의하였으나, 쟁점토지에 대한 소송이 진행되는 등 소유권이전에 문제가 발생하여 잔금을 지급하지 않았다. (라) OOO의 채권자였던 OOO은 2016.12.20. 청구법인을 상대로, 쟁점토지에 대한 청구법인의 소유권이전등기는 제3자인 OOO의 권리를 임의로 변경․소멸시키는 행위이고, 위 등기는 OOO에 대하여 효력이 없는 원인무료의 등기이므로 말소되어야 한다는 취지로, 쟁점토지에 대한 소유권말소등기 청구소송을 제기하였고, 의정부지방법원 고양지원은 2018.2.14. 쟁점토지에 대한 소유권이전등기의 말소등기절차를 이행하라는 판결(2016가합75916, 2018.2.14.)을 아래와 같이 하였으며, 최종적으로 대법원에서도 1심과 같은 취지로 판결(2018다293343, 2019.3.14.)하였고, 쟁점토지에 대한 소유권이전등기는 2019.5.27. 말소되었다. ＜판결 주요내용＞

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점토지에 대한 소유권이전등기가 말소되었다 하더라도 이미 성립한 취득세 납세의무에는 영향을 주지 않는다는 의견이나, 청구법인은 쟁점토지의 소유자인 OOO이 건 토지에 대한 매매계약을 체결하면서, 쟁점토지에 대한 소유권이전청구권 가등기 권리를 OOO지정한 자에게 양도하기로 3자간에 합의하였으나, 청구법인이 쟁점토지의 소유자인 OOO또는 권리자인 OOO의사에 반하여 쟁점토지에 대한 소유권이전등기를 경료하였으므로 이는 위 매매계약에 반하는 권한없는 자에 의한 소유권이전등기에 해당하여 원인무효로 보이는 점, OOO청구법인을 상대로 쟁점토지에 대한 소유권이전말소 청구소송을 제기하여 대법원으로부터 확정판결을 받아 소유권이전등기가 말소되었으므로 기 납부된 취득세는 환급되어야 하는 점 등에 비추어 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분에는 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로지방세기본법제96조 제6항과국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.