서류상 소재지가 잘못 기입되었더라도, 실제 연구소로 사용한 부동산에 대해서는 취득세 면제 대상인 기업부설연구소로 인정해야 한다는 청구주장의 당부

[참조결정] 조심2011지0925 / 조심2009지0498 / 조심2016지0148

[주 문] OOO시장이 2019.8.6. 청구법인에게 한 취득세 OOO부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2013.3.15. OOO를 본점으로 하여 설립된 법인으로, 2016.11.9. OOO(토지 42.5㎡, 건물 169.97㎡, 이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 취득(매매)하고, 같은 날 지방세특례제한법(2016.12.27. 법률 제14477호로 일부 개정되기 전의 것) 제46조 제3항에 따라 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 감면(100분의 75)을 신청하고 취득세 등을 납부하였다.
• 나. 처분청은 기업부설연구소 기획세무조사에 따라 2019.5.17. 이 건 부동산에 현지 출장하여, 청구법인이 이 건 부동산을 취득한 후 1년 이내에 기업부설연구소로 인정받지 않았다고 보아, 2019.8.6. 청구법인에게 기 감면한 취득세 OOO(가산세 포함)을 부과·고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2019.10.8. 이의신청을 거쳐 2020.4.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 2016.8.24. 본점에 설치한 청구법인의 연구개발전담부서를 확대하여 기업부설연구소로 운영하기 위한 목적으로 2016.11.9. 이 건 부동산을 취득하였고, 현재까지 같은 목적으로 직접 사용하고 있다. 청구법인은 이 건 부동산을 취득목적에 적합하게 사용하기 위해 2017.4.10. 기업부설연구소로 신청하면서 그 소재지를 본사로 하여 인정받았고, 2019.6.4. 주소 정정신고를 통해 이 건 부동산을 기업부설연구소로 하여 인정서를 새로 발급받았다. 이와 관련하여 처분청은 청구법인에게 부동산 취득일부터 1년 내에 기업부설연구소 인정서를 받아야 기 감면받은 취득세 등을 추징당하지 않는다는 안내를 한 사실이 없고, 심지어 2017.11.9. 이전에 2회에 걸쳐 청구법인의 사무실을 방문하여 이 건 부동산을 기업부설연구소로 사용하고 있는지를 확인하는 과정에서도 이 건 부동산의 기업부설연구소 주소지 변경에 관한 어떠한 지도나 지시를 한 사실이 없다. 만약 당시 처분청 담당자의 세심한 관리 감독이 있었다면 청구법인에게 주소지 이전 미비와 같은 일이 발생하지 않았을 것이다. 즉, 기업부설연구소 연구개발전담부서 신고요령 제4조 제1항은 “영 제27조 제1항에 따른 OOO신고인이 제출하는 각종 신고서 및 구비서류 등이 미비한 때에는 그 기한을 명시하여 신고인에게 이를 시정 또는 보완하도록 요구할 수 있다”고 규정하고 있으나, 처분청과 인증서 발급기관은 청구법인에게 인증서 서류 수정을 요청한 적이 없어 청구법인의 보완 기회를 상실케 한 것이다. 나아가 처분청이 청구법인에 방문(2회)하여 기업부설연구소 목적 사용 여부를 확인한 사실은 그 자체가 처분청이 이 건 부동산이 기업부설연구소에 적합하게 사용되고 있음을 인정했다고 본 것이다. 한편, 처분청이 실시한 기업부설연구소 기획세무조사는 과세위반 조사를 위한 사후 관리보다는 과세위반 방지 목적이 우선되어야 한다는 관점에서 보았을 때, 처분청의 이 건 취득세 과세는 과세위반 방지의 목적보다는 과세위반 적발을 목적으로 하였다고 밖에 볼 수 없으므로, 이는 청구법인으로 하여금 법적 대응이 불가하도록 하자는 목적이 있는 것으로 의심된다.
• 나. 처분청 의견 조세법률주의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평원칙에도 부합한다(대법원 2004.5.28. 선고 2003두7392 판결, 같은 뜻임). 그러므로 청구법인이 이 건 취득세 감면을 받으려면 법령상 기업부설연구소로 인정받은 연구소와 실제 부동산 소재지가 일치해야 할 것인바, 청구법인이 기업부설연구소를 인정받기 위해 신청한 서류상 주소가 다른 소재지로 되어 있고, 취득 후 일정기간 기업부설연구소로 제공되었다고 하더라도 이러한 사실만으로는 관할 협회의 인정을 받아야 하는 법령상 감면요건을 충족시키고 있다고 볼 수 없으며, 이 건 부동산의 소재지 변경 등 재인정절차를 인지하지 못하여 기업부설연구소로 인정받지 못한 것은 청구법인의 내부적 사정에 불과할 뿐 이것으로 감면 요건을 갖추지 못한 것을 정당화 할 수도 없다(행심 2004-0296, 2004.11.30., 같은 뜻임). 지방세특례제한법 시행령 제23조는 취득세 감면 기업부설연구소는 1년 이내에 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 제14조의2 제1항에 따라 인정받아야 한다고 명시하고 있고, 청구법인은 취득일로부터 2년 6개월이 경과한 시점(2019.6.4.)에서야 비로소 이 건 부동산을 소재지로 하여 기업부설연구소 인정서를 교부받았으며, 청구법인이 실제 이 건 부동산을 기업부설연구소로 직접 사용하였다 하더라도 달리 볼 것은 아니다. 또한 취득세는 신고납부방식의 지방세로서 과세대상이 되는 경우에는 납세자가 스스로 이를 신고·납부하여야 하는 것(조심 2016지148, 2016.4.12., 같은 뜻임)인바, 처분청이 안내를 하지 아니하여 추징 규정을 몰랐다 하더라도 그에 대한 책임은 납세의무자인 청구법인에게 있다. 기업부설연구소 연구개발전담부서 신고요령 규정상 각종 신고서 및 구비서류의 시정 또는 보완을 요구할 수 있는 주체는 처분청이 아닌 OOO으로서, 처분청은 지방세특례제한법제46조 제3항에서 규정하는 감면에 해당되는지 여부를 판단하는 것이므로, 시정 또는 보완요구를 하지 않았다는 이유로 처분청에게 책임이 있다는 청구법인의 주장은 무리가 있다. 그 외에도, 지방세기본법 제80조 제1항은 지방자치단체의 장은 적절하고 공평한 과세의 실현을 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하여야 한다고 규정하고 있는 점, 매년 실시하는 실태조사에서 한 번도 지적된 적이 없다하더라도 지방세기본법 제38조에서 규정하고 있는 부과제척기간이 만료되기 전까지는 언제든지 오류를 시정하고 면제된 취득세 등을 부과할 수 있는 점(조심 2011지0925, 2012.2.10., 조심 2009지0498, 2009.9.30., 같은 뜻임), 조세법은 강행규정이므로 세법이 정한 과세요건을 충족하면 과세관청은 세법이 정하는 바에 의하여 징수하여야 하고, 조세의 탈루사실이 확인되는데도 이를 과세하지 않는다면 세법에 규정된 과세소득에 대하여 임의로 과세하지 아니하는 결과가 초래되어 이는 합법성의 원칙을 저해하고 공평과세의 원칙을 위반하는 결과가 되는 것인 점 등을 종합하여 볼 때, 처분청에서 청구법인이 이 건 부동산을 취득일부터 1년 이내에 기업부설연구소로 인정받지 않은 것으로 보아 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 서류상 소재지가 잘못 기입되었더라도, 실제 연구소로 사용한 부동산에 대해서는 취득세 감면 대상인 기업부설연구소로 인정해야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령: ＜별지＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 2013.3.15. OOO를 본점으로 하고, 핸드백, 잡화 제조업, 핸드백, 잡화 도소매업 등을 목적사업으로 하여 설립되었다. (나) 청구법인은 2016.8.24. OOO본점 소재지를 주소로 하여 연구개발전담부서를 신고하여 2016.8.26. 이를 인정받았는바, 인정서 신청(2016.8.24.) 당시 사무실 배치도 및 연구개발전담부서 배치도(41.6㎡)를 제출한 것으로 주장한다. (다) 청구법인은 2017.4.4. 본점을 소재지로 기업부설연구소 신고를 하여 2017.4.10. 인정서를 교부받았고, 2018.11.26.에도 같은 주소지를 소재지로 기업부설연구소 신고를 하여 인정서를 교부받았는바, 동 교부서에는 최초인정일이 2017.4.10.로 기재되었다. (라) 청구법인은 위와 같이 매년 기업부설연구소 인정서를 신청할 당시 기업부설연구소 전경 사진, 연구소 배치도(전체 면적 169.97㎡), 연구개발 인력현황(총 연구개발인력: 2017년 3명, 2018년 5명), 연구개발활동조사표OOO등을 OOO홈페이지에 입력한 것으로 주장한다. (마) 처분청은 2018.8.17. 이 건 부동산에 현지 출장하였는바 관련 보고서의 주요 내용은 다음과 같다. (바) 처분청은 2019.5.17. 이 건 부동산에 재차 현지 출장하였는바 관련 보고서의 주요 내용은 다음과 같다. (사) 청구법인은 2019.6.4. 이 건 부동산 주소를 소재지로 기업부설연구소 신고를 하고 2019.6.12. 동 인정서를 교부받았는바, 교부서상 연구소의 최초인정일은 2017.4.10., 변경내역은 “소재지 변경”으로 기재되어 있다. (아) 그 외 청구법인은 이 건 부동산을 취득 이후 연구소로 사용하였음을 입증하기 위해 다음과 같은 자료를 제출하였다.

1. 청구법인의 이 건 부동산 입주관리비 세금계산서 내역에 따르면, 청구법인은 2017.5.15.∼2019.5.15. 기간 동안 매월 OOO(공급가액 기준)의 관리비를 납부하였다.

2. 청구법인이 2020.9.22. 제출한 거래업체 확인서에 따르면, OOO(2017.4.13. 이 건 부동산의 사무실 인테리어 공사를 진행), OOO[2017.5.6. 사무기(복합기) 임대거래를 통해 이 건 부동산의 사무실에 설치 및 운영, 유지보수] 등의 업체가 청구법인과 거래한 것으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인이 2019.6.4. 이후 교부받은 기업부설연구소 인정서에는 그 소재지가 이 건 부동산의 주소로 되어 있고, 최초인정일이 일관되게 2017.4.10.로 나타나는바, 청구법인이 기존에 본점 주소로 기업부설연구소 인정을 받은 것은 단순히 이 건 부동산의 주소가 잘못 기입된 결과로 보이는 점, 청구법인이 2017년 이후 OOO에 기업부설연구소를 신고하기 위해 제출한 자료는 면적과 현황 등 그 내용이 이 건 부동산의 것으로 나타나는 점, 청구법인이 보유한 부동산은 본점 외에는 이 건 부동산 밖에 없는바, 현실적으로 이 건 부동산만이 청구법인이 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산이 될 수 있고, 2019.6.12.자 인정서는 실질적 내용과는 무관하게 단지 부설연구소의 소재지 변경을 이유로 발급된 것으로 보이는 점, 처분청의 2018년 8월 현장출장 기록에 따르면 처분청 역시 이 건 부동산이 연구시설로 적정하게 활용되고 있다고 판단한 것으로 나타나고, 동 보고서상으로도 기업부설 연구소 인정일을 2017.4.10.로 명기하고 있는바, 이는 처분청이 이 건 부동산의 연구소 사용 시작시점을 2017.4.10.로 인정하였다고 해석하는 것이 합리적인 점 등에 비추어, 청구법인은 이 건 부동산을 취득일부터 1년 이내에 실제 기업부설연구소로 사용한 것으로 보이는바, 처분청이 관련 취득세 등을 추징한 이 건 처분은 위법하다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법 제96조 제6항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령 등

(1) 지방세특례제한법(2016.12.27. 법률 제14477호로 개정되기 전의 것) 제46조(연구개발 지원을 위한 감면) ① 대통령령으로 정하는 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내인 것으로 한정한다. 이하 이 조에서 같다)에 대해서는 취득세의 100분의 50을, 과세기준일 현재 기업부설연구소에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 50을 각각 2016년 12월 31일까지 경감한다.

② 제1항에도 불구하고 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제14조 제1항에 따른 상호출자제한기업집단등이 수도권정비계획법 제6조 제1항 제1호에 따른 과밀억제권역 내에 설치하는 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 25를, 과세기준일 현재 기업부설연구소에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 25를 각각 2016년 12월 31일까지 경감한다.

③ 제1항에도 불구하고 중소기업기본법 제2조 제1항에 따른 중소기업(이하 이 장에서 "중소기업"이라 한다)이 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 l00분의 75를, 과세기준일 현재 기업부설연구소에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 75를 각각 2016년 12월 31일까지 경감한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 연구소 설치 후 4년 이내에 정당한 사유 없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세 및 재산세를 추징한다.

(2) 지방세특례제한법 시행령(2016.12.30. 법률 제27711호로 개정되기 전의 것) 제23조(기업부설연구소) ① 법 제46조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 기업부설연구소"란 토지 또는 건축물을 취득한 후 1년(건축법에 따른 신축ㆍ증축 또는 대수선을 하는 경우에는 2년) 이내에 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 제14조의2 제1항에 따라 인정받은 기업부설연구소를 말한다. 다만, 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제14조 제1항에 따른 상호출자제한기업집단등이 수도권정비계획법 제6조 제1항 제1호에 따른 과밀억제권역 내에 설치하는 기업부설연구소는 제외한다.

(3) 지방세기본법(2016.12.27. 법률 제14573호로 개정되기 전의 것) 제80조(조사권의 남용 금지) ① 지방자치단체의 장은 적절하고 공평한 과세의 실현을 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다.

② 지방자치단체의 장은 다음 각 호의 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세연도에 대하여 재조사를 할 수 없다.

1. 지방세 탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우

3. 둘 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우

4. 제96조 제1항 제3호(제100조에 따라 국세기본법 제81조에서 준용하는 경우를 포함한다)에 따른 필요한 처분의 결정에 따라 조사를 하는 경우

5. 그 밖에 제1호부터 제4호까지의 경우와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

(4) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률(2017.3.14. 법률 제14573호로 개정되기 전의 것) 제14조의2(기업부설연구소 또는 연구개발전담부서의 인정 등) ① 미래창조과학부장관은 기업의 연구개발활동을 효율적으로 지원하고 관리하기 위하여 연구 인력 및 시설 등 대통령령으로 정하는 기준을 충족하는 기업부설 연구기관 또는 기업의 연구개발부서를 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서로 인정할 수 있다.

② 소속 기업부설 연구기관 또는 기업의 연구개발부서에 대하여 제1항에 따른 인정을 받으려는 기업은 미래창조과학부령으로 정하는 바에 따라 미래창조과학부장관에게 인정을 신청하여야 한다.

③ 제1항에 따라 인정받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서(이하 "기업부설연구소등"이라 한다)가 소속된 기업은 미래창조과학부령으로 정하는 사항을 변경하는 경우에는 미래창조과학부장관에게 신고하여야 한다.

(5) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령 제16조의2(기업부설연구소 또는 연구개발전담부서의 인정기준) ① 법 제14조의2 제1항에서 "연구인력 및 시설 등 대통령령으로 정하는 기준을 충족하는 기업부설 연구기관"이란 다음 각 호의 구분에 따라 해당 연구기관에서 근무하는 연구전담요원을 상시 확보하고, 과학기술정보통신부령으로 정하는 기준에 적합한 연구시설을 갖춘 기관을 말한다. 이 경우 과학기술정보통신부장관은 연구과제의 특수성 또는 기업의 규모를 고려하여 필요하다고 인정하는 경우에는 연구전담요원의 수를 조정할 수 있다.

(6) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행규칙 제3조(기업부설연구소의 신청 등) ① 법 제14조의2 제1항에 따라 기업부설연구소로 인정을 받으려는 기업은 별지 제1호 서식의 기업부설연구소 신청서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 영 제27조 제1항에 따른 한국산업기술진흥협회(이하 "협회"라 한다)에 제출(정보통신망에 의한 제출을 포함한다)하여야 한다.

1. 연구개발활동 개요서(별지 제2호 서식)

2. 연구기자재 현황(별지 제3호 서식)

3. 연구개발인력 현황(별지 제4호 서식)

4. 사업자등록증 사본

5. 회사 및 기업부설 연구기관 조직도

6. 기업부설 연구기관이 위치한 층의 전체 도면 및 기업부설 연구기관 내부 도면(전용 출입구 현판 및 내부 사진 포함)

7. 연구실 안전환경 조성에 관한 법률 제13조 제2항에 따른 안전 및 유지관리비 명세서(연구전담요원 및 연구보조원 총수가 10명 이상인 기업부설 연구기관만 해당한다)

8. 연구실 안전환경 조성에 관한 법률 제14조 제1항에 따라 가입한 보험의 가입증명서(연구전담요원 및 연구보조원 총수가 10명 이상인 기업부설 연구기관만 해당한다)

9. 법인세법 시행규칙 별지 제51호 서식의 중소기업 등 기준검토표 또는 부가가치세법 시행규칙 별지 제21호 서식의 일반과세자 부가가치세 예정신고서 또는 확정신고서(중소기업자가 설립한 기업부설 연구기관 또는 영 별표 1의 지식기반서비스 분야 기업의 기업부설 연구기관만 해당한다)

10. 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제25조 제2항에 따른 벤처기업확인서(벤처기업자가 설립한 기업부설 연구기관만 해당한다)

11. 제2조 제7항에 따른 연구원·교원이 창업한 중소기업의 기업부설 연구기관임을 증명하는 서류(해당 기업만 첨부한다)

12. 영 제16조의2 제1항 제4호에 해당하는 중견기업임을 증명하는 서류(해당하는 기업만 첨부한다)

② 협회는 제1항에 따른 신청을 받고 기업부설연구소로 인정하였으면 별지 제5호 서식의 기업부설연구소 인정서를 발급하여야 한다.

③ 제1항과 제2항에서 규정한 사항 외에 기업부설연구소의 신청에 필요한 사항은 과학기술정보통신부장관이 따로 정하여 고시한다.

(7) 기업부설연구소와 연구개발전담부서 신고요령 제4조(자료 등의 보완요구) ① 영 제27조 제1항에 따른 한국산업기술진흥협회장(이하 "협회장"이라 한다)은 신고인이 제출하는 각종 신고서 및 구비서류 등이 미비한 때에는 그 기한을 명시하여 신고인에게 이를 시정 또는 보완하도록 요구할 수 있다.

② 제1항의 시정 또는 보완이 완료 될 때까지 신고서 등의 접수를 유예할 수 있으며, 명시된 기한 내에 요구사항을 보완하지 않을 경우 제출된 서류를 반려할 수 있다.