[요지] ∘처분청은 청구법인이 쟁점건축물 중 2년 이상 공장으로 사용한 면적을 재조사하여 그 면적이 200㎡ 미만인 경우에는 거부처분을 유지하고, 200㎡ 이상인 경우에는 그 건축물 및 부속토지 가액에 해당하는 취득세 등을 취소하는 것으로 하여 이 건 거부처분을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단됨∘청구법인이 쟁점건축물 중 2년 이상 본점으로 사용한 면적을 재조사하여 그 건축물 및 부속토지 가액에 해당하는 취득세 등을 취소하는 것으로 하여 이 건 거부처분을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단됨
[주 문] OOO시장이 2019.12.31. 청구법인에게 한 경정청구 거부처분은 청구법인이 OOO건축물 1․2․3층(이하 “쟁점건축물”이라 한다) 중 공장으로 2년 이상 사용한 면적을 재조사하여 그 면적이 200㎡이상인 경우에는 그 건축물 및 부속토지 가액에 해당하는 취득세를, 쟁점건축물 중 법인 본점으로 2년 이상 사용한 면적을 재조사하여 그 건축물 및 부속토지 가액에 해당하는 취득세를 면제하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 2016.7.14. OOO시장에게 임차한 OOO건축물 1․2․3층(쟁점건축물) 중 2층 일부(176.41㎡, 이하 “쟁점2층”이라 한다)만을 공장으로 등록하였으나, 그 등록 당시 사실상은 쟁점건축물 중 1층 일부(84.72㎡, 이하 “쟁점1층”이라 한다)와 3층 일부(289.42㎡, 이하 “쟁점3층”이라 한다)를 공장으로 쟁점2층을 본점사무실로 사용하고 있었던바, 지방세기본법 제17조 제2항 및 지방세법 시행령제13조의 실질과세 및 현황과세 원칙 등에 따라 이 건 부동산을 취득할 당시 지방세특례제한법 제80조 제1항 및 같은 법 시행규칙 제8조 제1항에 따른 공장의 지방이전에 따른 감면요건인 이전전 공장의 연면적(200㎡ 이상) 및 대도시 내에서 공장을 임차하여 2년 이상 조업한 실적 등을 충족한 것으로 보아야 하므로 쟁점1․3층 건축물 및 그 부속토지의 가액 만큼에 대한 취득세 등을 감면하여야 한다.
(2) 청구법인은 2016.8.10.부터 대도시에 위치한 쟁점건축물 중 2층에 본점을 두고 사실상 사업을 계속하고 있었던바, 청구법인이 이 건 부동산을 취득한 당시 지방세특례제한법 제79조 제1항 및 같은 법 시행규칙 제7조 제1항에 따른 본점의 지방이전에 대한 감면요건인 대도시에서 2년 이상 사업한 실적 등을 충족하고 있으므로 쟁점2층 건축물 및 그 부속토지의 가액 만큼에 대한 취득세 등을 감면하여야 한다.
3. 심리 및 판단
① 청구법인이 취득한 이 건 부동산이 공장의 지방이전에 따른 감면요건을 충족하는지 여부
② 청구법인이 취득한 이 건 부동산이 법인의 지방이전에 따른 감면사유에 해당되는지 여부
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2010.3.3. 모터 및 관련기기의 개발 제작 및 판매업, 무역업 등을 목적사업으로 하고 OOO을 본점소재지로 하여 설립되었고, 2016.8.10. 쟁점건축물의 OOO로 본점소재지를 이전하였다가, 2018.12.12. 이 건 건축물 소재지로 본점을 이전한 것으로 확인된다. (나) 청구법인은 2016.7.1. 주식회사 OOO(이하 “OOO”라 한다)와 쟁점건축물 중 3층 OOO호를 임대물건으로 하여 아래와 같이 임대차 계약을 체결하였다.
○○○ (다) 청구법인은 2018.7.1. OOO와 쟁점건축물을 임대물건으로 하여 아래와 같이 임대차 계약을 체결하였다.
○○○ (라) 청구법인은 2016.8.31.부터 2018.12.4.까지 주식회사 OOO가 청구법인으로부터 수령한 임대료 등에 대하여 발행한 전자세금계산서를 아래와 같이 제출하였다.
1. 2016.7.26. 발행(단위:원)
○○○
2. 2016.8.31. 발행(단위:원)
○○○
3. 2017.5.26. 발행(단위: 원)
○○○
4. 2017.7.26. 발행(단위:원)
○○○
5. 2018.8.28. 발행(단위:원)
○○○ (마) OOO시장이 2017.11.1. 청구법인에게 발급한 공장등록증명서를 보면 청구법인은 아래와 같이 2016.7.14.부터 쟁점건축물의 2층을 공장으로 등록한 것으로 확인된다.
○○○ (바) 청구법인의 종전 본점 등의 소재지인 쟁점건축물의 건축물대장을 보면 그 건축물의 층별 용도 등 현황은 아래와 같다.
○○○ (사) 청구법인에게 쟁점건축물을 임대한 주식회사 OOO의 관리부장 OOO은 2020년 4월 청구법인이 2016년 7월부터 2018년 12월초까지 쟁점건축물 중 1층과 3층은 공장으로, 2층은 본점사무실로 계속하여 사용하였다는 아래 확인서를, 쟁점건축물 중 일부에서 구내식당을 운영하는 OOO 대표 OOO은 2020년 3월 청구법인이 2016년 7월부터 2018년 12월까지 쟁점건축물에 입주하였었다는 사실확인서를 작성하여 우리 원에 제출하였다.
○○○ (아) 청구법인의 2016년 7월부터 2018년말까지 매입장, 매출장 등을 보면 청구법인은 대도시에 위치한 쟁점건축물 소재 사업장에서 2년 이상 사업 및 조업실적이 있는 것으로 확인되고, 청구법인은 이 건 부동산으로 본점 및 공장을 이전(2018.12.12.)하기 전에 이 건 부동산을 취득한 것으로 확인된다. (자) 청구법인은 2018.10.1. 이 건 부동산을 매매로 취득한 후, 같은 날 그 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하고 지방세법제11조 제1항 제7호 나목의 세율을 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 처분청에 신고·납부하였다. (차) 청구법인은 2019.11.7. 이 건 부동산의 취득이 지방세특례제한법제79조 및 제80조에 따라 법인의 지방이전 및 공장의 지방이전에 따른 감면대상에 해당한다는 사유로 하여 이 건 취득세 등에서 그 감면대상 부분에 대한 환급을 구하는 경정을 청구하였으나, 처분청은 이에 대하여 2019.12.31. 거부하였다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다. 지방세특례제한법 제80조 제1항에서 대도시에서 공장시설을 갖추고 사업을 직접 하는 자가 그 공장을 폐쇄하고 대도시 외의 지역으로서 공장 설치가 금지되거나 제한되지 아니한 지역으로 이전한 후 해당 사업을 계속하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 2018년 12월 31일까지 면제한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행규칙 제8조 제1항에서 법 제80조 제1항에 따른 공장의 범위는 지방세법 시행규칙 별표 2에서 규정하는 업종의 공장으로서 생산설비를 갖춘 건축물의 연면적이 200제곱미터 이상인 것을 말하되 이 경우 건축물의 연면적에는 그 제조시설을 지원하기 위하여 공장 경계구역 안에 설치되는 종업원의 후생복지시설 등 각종 부대시설을 포함한다고 규정하고 있으며, 같은 조 제2항에서 법 제80조 제1항에 따라 감면 대상이 되는 공장용 부동산은 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것이어야 한다고 규정하면서 그 제1호에서 이전한 공장의 사업을 시작하기 이전에 취득한 부동산일 것, 그 제2호에서 공장시설(제조장 단위별로 독립된 시설을 말한다. 이하 같다)을 이전하기 위하여 대도시 내에 있는 공장의 조업을 중단한 날까지 6개월(임차한 공장의 경우에는 2년을 말한다) 이상 계속하여 조업한 실적이 있을 것, 그 제3호에서 대도시 외에서 그 사업을 시작한 날부터 6개월(시운전 기간은 제외한다) 이내에 대도시 내에 있는 해당 공장시설을 완전히 철거하거나 폐쇄할 것을 규정하고 있다. 처분청은 청구법인이 공장의 지방이전에 따른 취득세 감면요건을 충족하지 못했다는 의견이나, 청구법인은 대도시내에서 소재한 쟁점건축물에서 2년 이상 공장을 영위한 사실이 확인되고 쟁점건축물 내에 소재한 대도시내의 공장을 이전하기 위하여 대도시 외의 이 건 부동산을 취득한 후 공장을 이전한 사실이 확인되는 점, 처분청도 청구법인이 쟁점건축물을 임차하여 2년 이상 공장으로 사용한 사실은 인정하고 있으나 공장으로 사용한 면적이 200㎡ 이하라는 의견이고, 청구법인은 실제 공장으로 사용한 면적이 200㎡ 이상이라고 주장하고 있는 점, 청구법인이 쟁점건축물에서 공장으로 사용한 면적이 200㎡ 이상인지 여부는 확인되지 아니하나 다른 공장의 지방 이전에 따른 취득세 등의 감면요건을 충족하는 것으로 보이는 점 등에 비추어, 처분청은 청구법인이 쟁점건축물 중 2년 이상 공장으로 사용한 면적을 재조사하여 그 면적이 200㎡ 미만인 경우에는 거부처분을 유지하고, 200㎡ 이상인 경우에는 그 건축물 및 부속토지 가액에 해당하는 취득세 등을 취소하는 것으로 하여 이 건 거부처분을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.
(3) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다. 지방세특례제한법 제79조 제1항에서 과밀억제권역에 본점 또는 주사무소를 설치하여 사업을 직접 하는 법인이 해당 본점 또는 주사무소를 매각하거나 임차를 종료하고 대통령령으로 정하는 대도시 외의 지역으로 본점 또는 주사무소를 이전하는 경우에 해당 사업을 직접 하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 2018년 12월 31일까지 면제한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행규칙 제7조 제1항에서 법 제79조 제1항 본문에 따라 대도시(영 제39조에 따른 대도시를 말한다. 이하 같다) 외의 지역으로 본점 또는 주사무소를 이전(移轉)하여 해당 사업을 직접 하기 위하여 취득하는 부동산의 범위는 법인의 본점 또는 주사무소로 사용하는 부동산과 그 부대시설용 부동산으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것으로 한다고 규정하면서 그 제1호에서 대도시 외의 지역으로 이전하기 위하여 취득한 본점 또는 주사무소용 부동산으로서 사업을 시작하기 이전에 취득한 것일 것, 그 제2호에서 과밀억제권역 내의 본점 또는 주사무소를 대도시 외의 지역으로 이전하기 위하여 사업을 중단한 날까지 6개월(임차한 경우에는 2년을 말한다) 이상 사업을 한 실적이 있을 것, 그 제3호에서 대도시 외의 지역에서 그 사업을 시작한 날부터 6개월 이내에 과밀억제권역 내에 있는 종전의 본점 또는 주사무소를 폐쇄할 것을 규정하고 있다. 청구법인은 대도시내에 소재한 쟁점건축물의 일부를 2년 이상 본점으로 사용한 사실이 확인되고 쟁점건축물 내에 소재한 대도시내의 본점을 이전하기 위하여 대도시 외의 이 건 부동산을 취득한 후 본점을 이전한 사실이 확인되는 점, 청구법인은 본점의 지방 이전에 따른 취득세 등의 감면요건을 충족하는 것으로 보이나 쟁점건축물 중 본점으로 2년 이상 사용한 구체적인 면적은 확인되지 아니하는 점 등에 비추어, 처분청은 청구법인이 쟁점건축물 중 2년 이상 본점으로 사용한 면적을 재조사하여 그 건축물 및 부속토지 가액에 해당하는 취득세 등을 취소하는 것으로 하여 이 건 거부처분을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법 제96조 제6항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령
(1) 지방세특례제한법(2018.12.24. 법률 제16041호로 개정되기 전의 것) 제79조(법인의 지방 이전에 대한 감면) ① 과밀억제권역에 본점 또는 주사무소를 설치하여 사업을 직접 하는 법인이 해당 본점 또는 주사무소를 매각하거나 임차를 종료하고 대통령령으로 정하는 대도시(이하 이 절에서 "대도시"라 한다) 외의 지역으로 본점 또는 주사무소를 이전하는 경우에 해당 사업을 직접 하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 2018년 12월 31일까지 면제하고, 재산세의 경우 그 부동산에 대한 재산세의 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 면제하며 그 다음 3년간 재산세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 감면한 취득세 및 재산세를 추징한다.
1. 법인을 이전하여 5년 이내에 법인이 해산된 경우(합병ㆍ분할 또는 분할합병으로 인한 경우는 제외한다)와 법인을 이전하여 과세감면을 받고 있는 기간에 과밀억제권역에서 이전 전에 생산하던 제품을 생산하는 법인을 다시 설치한 경우
2. 해당 사업에 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우
③ 제1항 및 제2항에 따른 대도시 외의 지역으로 이전하는 본점 또는 주사무소의 범위와 감면 등의 적용기준은 행정안전부령으로 정한다. 제80조(공장의 지방 이전에 따른 감면) ① 대도시에서 공장시설을 갖추고 사업을 직접 하는 자가 그 공장을 폐쇄하고 대도시 외의 지역으로서 공장 설치가 금지되거나 제한되지 아니한 지역으로 이전한 후 해당 사업을 계속하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 2018년 12월 31일까지 면제하고, 재산세의 경우 그 부동산에 대한 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 면제하고 그 다음 3년간 재산세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 감면한 취득세 및 재산세를 추징한다.
1. 공장을 이전하여 지방세를 감면받고 있는 기간에 대도시에서 이전 전에 생산하던 제품을 생산하는 공장을 다시 설치한 경우
2. 해당 사업에 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우
② 제1항에 따른 공장의 업종 및 그 규모, 감면 등의 적용기준은 행정안전부령으로 정한다.
(2) 지방세특례제한법 시행규칙 제7조(대도시 외의 지역으로 이전하는 본점 또는 주사무소에 대한 감면 등의 적용기준) ① 법 제79조 제1항 본문에 따라 대도시(영 제39조에 따른 대도시를 말한다. 이하 같다) 외의 지역으로 본점 또는 주사무소를 이전(移轉)하여 해당 사업을 직접 하기 위하여 취득하는 부동산의 범위는 법인의 본점 또는 주사무소로 사용하는 부동산과 그 부대시설용 부동산으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것으로 한다.
1. 대도시 외의 지역으로 이전하기 위하여 취득한 본점 또는 주사무소용 부동산으로서 사업을 시작하기 이전에 취득한 것일 것
2. 과밀억제권역 내의 본점 또는 주사무소를 대도시 외의 지역으로 이전하기 위하여 사업을 중단한 날까지 6개월(임차한 경우에는 2년을 말한다) 이상 사업을 한 실적이 있을 것
3. 대도시 외의 지역에서 그 사업을 시작한 날부터 6개월 이내에 과밀억제권역 내에 있는 종전의 본점 또는 주사무소를 폐쇄할 것
4. 대도시 외의 지역에서 본점 또는 주사무소용 부동산을 취득한 날부터 6개월 이내에 건축공사를 시작하거나 직접 그 용도에 사용할 것. 다만, 정당한 사유가 있는 경우에는 6개월 이내에 건축공사를 시작하지 아니하거나 직접 그 용도에 사용하지 아니할 수 있다.
② 제1항에 따른 감면대상이 되는 본점 또는 주사무소용 부동산 가액의 합계액이 이전하기 전의 본점 또는 주사무소용 부동산 가액의 합계액을 초과하는 경우 그 초과액에 대해서는 취득세를 과세한다. 이 경우 그 초과액의 산정방법과 적용기준은 다음 각 호와 같다.
1. 이전한 본점 또는 주사무소용 부동산의 가액과 이전하기 전의 본점 또는 주사무소용 부동산의 가액이 각각 지방세법 제10조제5항에 따른 사실상의 취득가격 및 연부금액으로 증명되는 경우에는 그 차액
2. 제1호 외의 경우에는 이전한 본점 또는 주사무소용 부동산의 시가표준액(지방세법 제4조에 따른 시가표준액을 말한다. 이하 같다)과 이전하기 전의 본점 또는 주사무소용 부동산의 시가표준액의 차액 제8조(대도시 외의 지역으로 이전하는 공장의 범위와 적용기준) ① 법 제80조 제1항에 따른 공장의 범위는 지방세법 시행규칙 별표 2에서 규정하는 업종의 공장으로서 생산설비를 갖춘 건축물의 연면적(옥외에 기계장치 또는 저장시설이 있는 경우에는 그 시설물의 수평투영면적을 포함한다)이 200제곱미터 이상인 것을 말한다. 이 경우 건축물의 연면적에는 그 제조시설을 지원하기 위하여 공장 경계구역 안에 설치되는 종업원의 후생복지시설 등 각종 부대시설을 포함한다.
② 법 제80조 제1항에 따라 감면 대상이 되는 공장용 부동산은 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것이어야 한다.
1. 이전한 공장의 사업을 시작하기 이전에 취득한 부동산일 것
2. 공장시설(제조장 단위별로 독립된 시설을 말한다. 이하 같다)을 이전하기 위하여 대도시 내에 있는 공장의 조업을 중단한 날까지 6개월(임차한 공장의 경우에는 2년을 말한다) 이상 계속하여 조업한 실적이 있을 것. 이 경우 수질 및 수생태계 보전에 관한 법률 또는 대기환경보전법에 따라 폐수배출시설 또는 대기오염물질배출시설 등의 개선명령·이전명령·조업정지나 그 밖의 처분을 받아 조업을 중단하였을 때의 그 조업 중지기간은 조업한 기간으로 본다.
3. 대도시 외에서 그 사업을 시작한 날부터 6개월(시운전 기간은 제외한다) 이내에 대도시 내에 있는 해당 공장시설을 완전히 철거하거나 폐쇄할 것
4. 토지를 취득하였을 때에는 그 취득일부터 6개월 이내에 공장용 건축물 공사를 시작하여야 하며, 건축물을 취득하거나 토지와 건축물을 동시에 취득하였을 때에는 그 취득일부터 6개월 이내에 사업을 시작할 것. 다만, 정당한 사유가 있을 때에는 6개월 이내에 공장용 건축물 공사를 시작하지 아니하거나 사업을 시작하지 아니할 수 있다.
③ 제2항에 따른 감면대상이 되는 공장용 부동산 가액의 합계액이 이전하기 전의 공장용 부동산 가액의 합계액을 초과하는 경우 그 초과액에 대해서는 취득세를 과세한다. 이 경우 초과액의 산정기준은 다음 각 호와 같다.
1. 이전한 공장용 부동산의 가액과 이전하기 전의 공장용 부동산의 가액이 각각 지방세법 제10조 제5항에 따른 사실상의 취득가격 및 연부금액으로 증명되는 경우에는 그 차액
2. 제1호 외의 경우에는 이전한 공장용 부동산의 시가표준액과 이전하기 전의 공장용 부동산의 시가표준액의 차액
④ 제3항에 따른 부동산의 초과액에 대하여 과세하는 경우에는 이전한 공장용 토지와 건축물 가액의 비율로 나누어 계산한 후 각각 과세한다.
(3) 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행규칙 제12조의4(공장건축물의 등록) ① 법 제16조의2에 따라 공장건축물의 등록을 하려는 자는 별지 제9호서식의 공장등록신청서를 시장ㆍ군수ㆍ구청장 또는 관리기관에 제출하여야 한다. 이 경우 담당 공무원은 전자정부법제36조 제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통하여 건축법 제38조에 따른 해당 공장건축물의 건축물대장을 확인하여야 한다.
② 시장ㆍ군수ㆍ구청장 또는 관리기관은 제1항에 따른 신청이 관계 기준에 적합한 경우에는 공장등록대장에 이를 적고 신청서를 받은 날부터 7일 이내에 등록사실을 신청인에게 알려주어야 한다.