이 건 법인이 자기주식을 취득함에 따라 청구인 및 특수관계인의 지분비율이 증가된 것을 이유로 과점주주 간주취득세를 부과한 처분의 당부

[주 문] OOO이 2020.1.10. 청구인에게 한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구인은 주식회사 OOO(이하 “이 건 법인”이라 한다)의 대표이사이고, 청구인과 그 특수관계인 등은 이 건 법인의 전체 발행주식 159,720주 가운데 82,905주(지분율 51.91%)를 소유한 과점주주였다.
• 나. 처분청은 이 건 법인이 2017.12.20. 자기주식 25,627주를 취득함에 따라 청구인과 특수관계인이 해당 법인의 발행주식 가운데 61.83%를 보유하게 되어 청구인과 특수관계인의 지분비율이 9.92% 증가되었음에도 과점주주 등 취득세를 신고ㆍ납부를 하지 않은 것을 확인하여, 2017.12.20. 현재 이 건 법인의 취득세 과세대상물건의 장부가액(OOO원)에 지분증가율(9.92%)을 적용한 OOO원을 과세표준으로 하고 지방세법 제15조 제2항 제3호(1천분의 20)의 세율을 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(가산세 포함, 이하 “취득세 등”이라 한다)을 2020.1.10. 청구인에게 부과·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2020.3.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 지방세법 제7조 제5항에서 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산을 취득한 것으로 보도록 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제11조 제2항에서 이미 과점주주가 된 주주가 해당 법인의 주식 등을 취득하여 해당 법인의 주식 등의 총액에 대한 과점주주가 가진 주식 등의 비율이 증가된 경우에는 그 증가분을 취득으로 보아 법 제7조 제5항에 따라 취득세를 부과하도록 규정하고 있다. 이러한 관계 법령을 살펴보면, 취득세 과세되는 간주취득이 되기 위해서는 우선 지방세법 제7조 제5항에 따라 주주가 해당 법인의 주식 등을 취득하여 과점주주가 되어야 하고, 다음으로 같은 법 시행령 제11조 제2항에 따라 과점주주가 추가로 취득한 주식 등의 합계액이 해당 법인의 주식 등의 총액에 대한 과점주주가 가진 주식 등의 비율이 증가되어야 한다. 회사의 주주 및 지분율 변동상황을 살펴보면, 회사의 주식 등 자본금이 변동된 사실이 없고, 청구인 등 과점주주의 지분비율 또한 변동되지 않았다. 청구인은 당초부터 과점주주였고 이후 주식을 취득한 바 없으므로 이 건 취득세 등 부과처분은 법령에 따른 과점주주 간주취득 등에 대한 취득세 과세요건에 부합하지 않는바, 청구인에게 취득세 등을 부과한 이 건 처분은 부당하므로 취소되어야 한다. 나.OOO지사 의견 청구인과 특수관계인이 이 건 법인의 발행주식 가운데 51.91%의 지분을 보유하던 중 2017.12.20. 이 건 법인이 자기주식 25,627주를 취득함에 따라 간접적으로 과점주주의 주식 등 지분비율이 증가되었다고 하더라도, 청구인과 특수관계인 등이 이 건 법인의 주식을 취득한행위가 없었으므로 과점주주 등 취득세 납세의무는 성립하지 않는 것(지방세운영과-3593, 2010.8.16., 같은 뜻임)인바, 취득세 등을 부과한 이 건 처분은 부당하므로 취소되어야 한다는 청구주장은 이유 있다.
• 다. 처분청 의견 과점주주 취득세는 법인의 과점주주가 되면 해당 법인의 자산에 대하여 사실상 지배력을 취득하게 되므로 과점주주가 되거나, 과점비율이 증가할 때 과점주주가 과점비율만큼 법인의 자산을 취득한 것으로 보아 취득세를 과세하는 것으로서 지방세기본법 제47조 제2호에 따른 의결원이 없는 자기주식을 주식발행총수 등에서 제외하여 과점주주에 대한 취득세 등의 과세표준을 산정하는 것이 타당하므로 과점주주비율을 산정함에 있어 회사의 자기주식을 제외하고 산정하여야 한다. 따라서, 이 건 법인의 자기주식 취득에 따라 그 과점주주비율이 변동되어 청구인의 지분비율이 51.91%에서 61.83%로 변동되었으므로 회사에 대한 지배력 행사비율이 증가하였기에 과점주주비율 증가에 따른 과점주주 취득세 납세의무는 성립되었다고 보는 것이 타당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 이 건 법인이 자기주식을 취득함에 따라 청구인 및 특수관계인의 지분비율이 증가된 것을 이유로 과점주주 간주취득세를 부과한 처분의 당부
• 나. 관련 법령: ＜별지＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 법인이 2017.12.20. 자기주식 25,627주를 취득할 당시 청구인과 특수관계자 등은 해당 법인의 주식을 취득하지 않은 것에 대하여는 다툼이 없다.

(2) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음의 사실이 나타난다. (가) 취득세(과점주주) 조사서에서 청구인과 특수관계자는 2016년 이 건 법인의 지분비율이 51.91%에서 2017년 61.83%로 변경된 것으로 나타난다. (나) 과점주주 서면조사 결과통지(2019.12.11.)에서 처분청은 2019.12.11. 이 건 법인에게 (가)와 같은 과점주주 지분비율변동을 이유로 청구인을 납세의무자로 하여 이 건 취득세 등을 고지할 예정임을 통지한 것으로 나타난다. (다) 납세고지서(2020.1.15.)에서 처분청은 2020.1.15. 이 건 법인에 대한 주식지분율 증가를 이유로 청구인에게 취득세 등을 부과․고지한 것으로 되어 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 지방세법 제7조 제5항에서 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 지방세기본법 제46조 제2호에 따른 과점주주가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산 등을 취득(법인설립 시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 취득으로 보지 아니한다)한 것으로 보도록 규정하고 있다. 그리고, 지방세법 시행령 제11조 제2항에서 이미 과점주주가 된 주주 또는 유한책임사원이 해당 법인의 주식 등을 취득하여 해당 법인의 주식 등의 총액에 대한 과점주주가 가진 주식 등의 비율이 증가된 경우에는 그 증가분을 취득으로 보아 지방세법 제7조 제5항에 따른 취득세를 부과하도록 규정하고 있다. (나) 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에 과점주주가 해당 법인의 재산을 취득한 것으로 보아 취득세 납세의무를 부담하도록 규정하고 있고, 법인이 자기주식을 취득함으로써 주주가 과점주주가 된 경우에는 그 주주는 주식을 취득한 어떤 행위가 있었다고 보기 어렵다고 할 것이다(대법원 2010.9.30. 선고 2010두8669 판결, 같은 뜻임). (다) 처분청은 이 건 법인이 자기주식을 취득함에 따라 청구인과 특수관계인의 지분비율이 증가한 것을 이유로 청구인에게 이 건 취득세 등을 부과하였으나, 지방세법령에서 과점주주가 된 주주 등이 해당 법인의 주식 등을 취득하여 해당 법인의 주식 등의 총액에 대한 과점주주가 가진 주식 등의 비율이 증가된 경우에는 해당 증가분을 취득으로 보아 과점주주 간주취득세를 부과하도록 규정하고 있는바, 이 건 법인이 자기주식을 취득할 당시에 청구인과 그 특수관계인은 해당 법인의 주식을 별도로 취득하지 않았으므로 과세대상이 되는 취득행위는 없었던 점, 이 건 법인의 자기주식 취득으로 인하여 청구인과 특수관계인은 단지 명목상 보유지분율만 증가한 것에 불과한 점 등에 비추어 이 건 법인의 자기주식 취득으로 인하여 청구인과 그 특수관계인의 지분비율이 증가된 것을 이유로 취득세 등을 부과한 이 건 처분은 부당하다는 청구주장은 타당하다고 할 것이다. 따라서, 청구인과 특수관계인의 이 건 법인에 대한 지분비율증가를 지방세법 제7조 제5항에 따른 과점주주 간주취득세 과세대상으로 보아 취득세 등을 부과한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법제96조 제6항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세기본법 제17조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래가 서류상 귀속되는 자는 명의(名義)만 있을 뿐 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 이 법 또는 지방세관계법을 적용한다.

② 이 법 또는 지방세관계법 중 과세표준 또는 세액의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질내용에 따라 적용한다. 제46조(출자자의 제2차 납세의무) 법인(주식을 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 증권시장으로서 대통령령으로 정하는 증권시장에 상장한 법인은 제외한다)의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 지방자치단체의 징수금에 충당하여도 부족한 경우에는 그 지방자치단체의 징수금의 과세기준일 또는 납세의무성립일(이에 관한 규정이 없는 세목의 경우에는 납기개시일) 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호에 따른 과점주주의 경우에는 그 부족액을 그 법인의 발행주식총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 소유주식수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다.

1. 무한책임사원

2. 주주 또는 유한책임사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 해당 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들(이하 "과점주주"라 한다)

(2) 지방세법 제7조(납세의무자 등) ⑤ 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 지방세기본법 제46조 제2호에 따른 과점주주(이하 "과점주주"라 한다)가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산 등(법인이 신탁법에 따라 신탁한 재산으로서 수탁자 명의로 등기ㆍ등록이 되어 있는 부동산 등을 포함한다)을 취득(법인설립 시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 취득으로 보지 아니한다)한 것으로 본다. 이 경우 과점주주의 연대납세의무에 관하여는 지방세기본법 제44조를 준용한다. 제10조(과세표준) ④ 제7조 제5항 본문에 따라 과점주주가 취득한 것으로 보는 해당 법인의 부동산등에 대한 과세표준은 그 부동산등의 총가액을 그 법인의 주식 또는 출자의 총수로 나눈 가액에 과점주주가 취득한 주식 또는 출자의 수를 곱한 금액으로 한다. 이 경우 과점주주는 조례로 정하는 바에 따라 과세표준 및 그 밖에 필요한 사항을 신고하여야 하되, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 신고가액이 과세표준보다 적을 때에는 지방자치단체의 장이 해당 법인의 결산서 및 그 밖의 장부 등에 따른 취득세 과세대상 자산총액을 기초로 전단의 계산방법으로 산출한 금액을 과세표준으로 한다. 제15조(세율의 특례) ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 취득에 대한 취득세는 중과기준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다. 다만, 취득물건이 제13조 제1항에 해당하는 경우에는 중과기준세율의 100분의 300을, 같은 조 제5항에 해당하는 경우에는 중과기준세율의 100분의 500을 각각 적용한다.

3. 제7조 제5항에 따른 과점주주의 취득. 이 경우 과세표준은 제10조제4항에 따른다.

(3) 지방세법 시행령 제11조(과점주주의 취득 등) ② 이미 과점주주가 된 주주 또는 유한책임사원이 해당 법인의 주식 등을 취득하여 해당 법인의 주식 등의 총액에 대한 과점주주가 가진 주식 등의 비율(이하 이 조에서 "주식 등의 비율"이라 한다)이 증가된 경우에는 그 증가분을 취득으로 보아 법 제7조 제5항에 따라 취득세를 부과한다. 다만, 증가된 후의 주식 등의 비율이 해당 과점주주가 이전에 가지고 있던 주식 등의 최고비율보다 증가되지 아니한 경우에는 취득세를 부과하지 아니한다.