산업단지 조성사업에 의한 지목변경에 대하여 일반적 경과조치를 적용하여 종전 규정에 따라 취득세를 감면하여야 한다는 청구주장의 당부

[주 문] OOO시장이 2019.12.5. 청구법인에게 한 취득세 등 합계 OOO원의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 주식회사 OOO건설(이하 “OOO건설”이라 한다)과 처분청이 공동으로 출자하여 2013.2.28. 설립한 법인으로 2013.3.31. OOO건설로부터 OOO648,712.6㎡의 OOO 일반산업단지(이하 “쟁점산업단지”라 한다) 조성사업 시행자로서 가지는 일체의 지위를 이전받아 2017.3.31. 사업을 완료한 후, 2017.5.30. 쟁점산업단지의 지목이 산업시설용지 및 지원시설용지 등으로 변경됨(이하 “이 건 지목변경”이라 한다)에 따라 지방세특례제한법(2016.12.27. 법률 제14477호로 개정된 것, 이하 “지특법”이라 한다) 제78조 제1항(이하 “개정후 규정”이라 한다)에 따라 감면율 35%를 적용하여 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO을 신고‧납부하였다.
• 나. 처분청은 OOO 도세감면 조례 제7조의2 및 부칙 제3조에 따라 이 건 지목변경에 대하여 25%의 감면율을 추가로 적용하여 2017.7.13. 취득세 등 합계 OOO원을 청구법인에게 환급하였다.
• 다. 이후 청구법인은 이 건 지목변경에 대하여 지특법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것) 제78조 제1항(이하 “종전 규정”이라 한다) 및 지특법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것) 부칙 제14조(이하 “일반적 경과조치”이라 한다)를 적용하여 종전 규정에 따라 취득세 등이 면제되어야 하므로 기납부한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 감면하여야 한다는 취지로 2019.12.2. 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2019.12.5. 이를 거부하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2020.3.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 산업단지 조성을 위한 취득세 면제규정은 약 20년간 유지되어 왔고, 취득세는 다른 세목에 비하여 신뢰의 강도가 강한 세목으로 취득세가 예상보다 증가하는 경우 산업단지 사업시행자는 재무적 어려움을 겪을 가능성이 매우 높아 사업시행자의 기득권 내지 신뢰를 두텁게 보호할 필요가 있다 할 것인바, 청구법인은 종전 규정 시행 당시 쟁점산업단지 분양 및 조성계획승인을 받고 종전 규정에 의한 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 직접적인 원인행위인 분양공고와 착공을 하였으므로 종전 규정 및 일반적 경과조치에 따라 쟁점산업단지의 지목변경에 대한 취득세 등이 면제되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 세금의 부과는 납세의무의 성립시 유효한 법령의 규정에 의하여야 하고, 세법의 개정이 있을 경우에도 특별한 사정이 없는 한 개정 전후의 법령 중에서 납세의무가 성립될 당시의 법령을 적용하여야 할 것이며, 조세법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 있어서 일반적 경과규정을 근거로 하여 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 종전 규정을 적용할 경우가 있다고 하더라도, 납세의무가 성립하기 전의 원인행위 시에 유효하였던 종전 규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인 행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에 특별히 면제한다거나 과세를 유예한다는 내용을 명시적으로 규정하고 있지 않는 한, 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세 감면 등을 신뢰하였다 하더라도 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호되어야 할 정도의 것으로 볼 수는 없다 할 것인바, 청구법인이 이 건 지목변경 공사에 착공한 2013.4.11. 당시 종전 규정에서는 2014.12.31.까지 취득세를 면제한다고 규정하고 있어, 2015.1.1.부터는 감면이 종료되거나 감면율이 축소될 수 있다는 사실을 충분히 인지할 수 있는 상황으로, 청구법인이 그 후에 쟁점산업단지 조성을 완료한다 하더라도 취득세 등이 면제될 것이라고 신뢰함을 정당한 것으로 보기는 곤란하여 처분청의 처분이 신뢰보호원칙에 위배된다고 하기는 어렵다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 산업단지 조성사업에 의한 지목변경에 대하여 일반적 경과조치를 적용하여 종전 규정에 따라 취득세를 면제하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령: ＜별지＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 자료에 따르면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) OOO도지사는 2011.6.29. OOO건설을 사업시행자로 하여 쟁점산업단지계획 승인고시를 하였다. (나) 청구법인은 OOO건설로부터 쟁점산업단지 사업시행자의 지위를 승계하기로 합의한 후, 2013.3.11. OOO도지사에 의하여 쟁점산업단지 사업시행자로 변경지정되었고, 2013.3.31. OOO건설과 쟁점산업단지 조성사업 토지 및 조성부대비용 양수도계약을 체결하여 OOO건설로부터 쟁점산업단지 사업시행자로서 가지는 일체의 지위(권리와 의무)를 이전받았다. (다) 청구법인은 2013년 3월경 쟁점산업단지 조성공사를 시작하였고, 2013.3.28.부터 분양공고를 시행하였으며, 2017.3.31. 쟁점산업단지 조성공사를 완료하여 OOO도지사로부터 사용승인을 받았다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 일반적 경과조치는 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 종전 규정을 적용하도록 한 특별규정에 해당하므로, 종전 규정이 장래의 한정된 기간 동안 과세요건의 충족이 있는 경우에도 취득세를 면제하겠다고 명시적으로 규정하는 등 신뢰보호와 관련된 내용을 담고 있고, 청구법인이 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하여 종전 규정의 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 원인행위로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 그 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우에는 예외적으로 종전 규정이 적용된다고 할 것이다. (나) 청구법인은 종전 규정에 따라 지목변경에 따른 취득세가 면제될 것임을 신뢰하고 쟁점산업단지의 사업시행자로 변경지정된 후 지목변경 공사를 계속 이행하였으며, 산업단지에 대한 취득세 면제조항은 1995년에 신설되어 2015년 감면율이 인하될 때까지 약 20년간 계속되었으므로 청구법인이 쟁점토지의 지목변경공사를 완료할 때까지 동 면제조항이 유지될 것이라고 기대하는 것이 무리가 아닌 것으로 보이는 점, 일반적 경과조치는 종전 규정이 시행될 당시에는 납세의무가 성립되지는 아니하였으나 납세자가 종전 규정을 신뢰하고 원인행위를 한 경우 이를 보호하고자 하는데 그 취지가 있다고 보이는 점, 이 건 사업의 지목변경 행위와 같이 개정된 법령 시행 후에 과세요건이 완성된 경우에도 종전 규정을 적용하여 납세의무자의 정당한 신뢰를 보호하는 것이 타당하다 할 것인 점 등에 비추어 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법 제96조 제6항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령 등

(1) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것) 제78조(산업단지 등에 대한 감면) ① 산업입지 및 개발에 관한 법률 제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자 또는 산업기술단지 지원에 관한 특례법 제4조에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제하고, 조성공사가 시행되고 있는 토지에 대하여는 2014년 12월 31일까지 재산세의 100분의 50을 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 면제)한다. 다만, 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득한 부동산의 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하지 아니하는 경우에 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.

(2) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것) 제78조(산업단지 등에 대한 감면) ① 산업입지 및 개발에 관한 법률 제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자 또는 산업기술단지 지원에 관한 특례법 제4조에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를, 조성공사가 시행되고 있는 토지에 대해서는 재산세의 100분의 35(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 60)를 각각 2016년 12월 31일까지 경감한다. 다만, 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득한 부동산의 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하지 아니하는 경우에 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세 및 재산세를 추징한다.

⑧ 제1항부터 제4항에 따라 취득세를 경감하는 경우 지방자치단체의 장은 해당 지역의 재정여건 등을 고려하여 100분의 25(제4항 제2호 나목에 따라 취득세를 경감하는 경우에는 100분의 15)의 범위에서 조례로 정하는 율을 추가로 경감할 수 있다. 이 경우 제4조제1항 각 호 외의 부분, 같은 조 제6항 및 제7항을 적용하지 아니한다. 부칙(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것) 제14조(일반적 경과조치) 이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다.

(3) 지방세특례제한법(2016.12.27. 법률 제14477호로 개정된 것) 제78조(산업단지 등에 대한 감면) ① 산업입지 및 개발에 관한 법률 제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자 또는 산업기술단지 지원에 관한 특례법 제4조에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를, 조성공사가 시행되고 있는 토지에 대해서는 재산세의 100분의 35(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 60)를 각각 2019년 12월 31일까지 경감한다. 다만, 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득한 부동산의 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하지 아니하는 경우에 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세 및 재산세를 추징한다.

⑧ 제4항에 따라 취득세를 경감하는 경우 지방자치단체의 장은 해당 지역의 재정여건 등을 고려하여 100분의 25(같은 항 제2호 나목에 따라 취득세를 경감하는 경우에는 100분의 15)의 범위에서 조례로 정하는 율을 추가로 경감할 수 있다. 이 경우 제4조 제1항 각 호 외의 부분, 같은 조 제6항 및 제7항을 적용하지 아니한다. 부칙(2016.12.27. 법률 제14477호로 개정된 것) 제13조(산업단지 사업시행자 등에 대한 경감세율 특례) 제78조 제1항부터 제3항에 따른 사업시행자와 같은 조 제6항에 따른 한국산업단지공단이 해당 사업을 영위하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 이 법 개정규정에도 불구하고 2017년 12월 31일까지 종전의 감면율을 적용한다.

(4) 충청남도 도세조례 감면(2017.6.30. 충청남도조례 제4260호로 개정된 것) 제7조의2(산업단지 등에 대한 추가 감면) 법 제78조 제8항에 따라 2019년 12월 31일까지 다음의 경감률을 추가로 경감한다. 1.법 제78조 제4항 제2호 가목의 경감률에 추가하는 경감률: 100분의 25 2.법 제78조 제4항 제2호 나목의 경감률에 추가하는 경감률: 100분의 15 부칙(2017.6.30. 충청남도조례 제4260호로 개정된 것) 제3조(산업단지 사업시행자에 대한 경감세율 특례) 법률 제14477호 지방세특례제한법 일부개정법률 부칙 제13조에 따라 법 제78조 제1항부터 제3항까지의 사업시행자가 해당 사업을 영위하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 제7조의2 제1호의 개정 규정에도 불구하고 2017년 12월 31일까지는 종전 규정의 감면율을 적용한다.