[요지] 이 건 토지의 취득일부터 1년이 경과할 때까지 이 건 도축장의 설계를 끝내지 못한 것은 설계용역을 맡은 건축사사무소의 경험부족 등으로 보이는 점, 이 건 도축장을 운영하는데 상수도 공급관로가 반드시 필요한 이상 설치비용을 누가 부담할 것인지가 결정되지 않아 이 건 도축장의 설계를 중단할 수밖에 없었다는 주장은 받아들이기 어려운 점 등에 비추어 정당한 사유 없이 이 건 토지를 그 유예기간 내에 직접 사용하지 않았다고 보는 것이 타당하므로 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 이 건 토지에 OOO(도축장 등, 이하 “이 건 도축장”이라 한다)를 신축하기 위하여 2018.6.7. 이 건 토지를 취득한 후, 2018.8.30. 설계용역 사업자를 선정하고, 2018.9.6. 설계용역계약을 체결하였으며, 2019년 2월 경 기본설계를 마친 후, 건축허가 등 각종 인․허가를 거쳐 2019년 5월 하순 경 실시설계를 착수하였으나 OOO가 설계(안)을 검토하는 과정에서 도축설비 배치 등에 문제가 있어 설계를 다시 할 것을 권고하여 2019.9.20. 설계 작업을 중단하고 그 후 관련 전문가의 자문을 받아 현재 실시 설계를 진행하고 있는바, 이 건 도축장의 설계용역이 당초 계획보다 늦어진 것은 OOO의 설계 검토 및 승인에 상당한 시간이 소요되었기 때문이고, 또한 이 건 도축장을 운영하려면 일일 800톤 정도의 용수가 필요하여 대규모 상수도관을 설치하여야 하나 처분청이 관련 법령의 근거 없이 이에 대한 비용을 청구법인이 부담하도록 요구하여 이를 해결하는데 상당한 시일이 소요되었으며, 처분청과 청구법인은 도축장에서 나오는 폐수를 청구법인이 정화하여 낙동강에 방류하고자 하였으나, OOO지방환경청장이 OOO(처분청) 하수처리장에서 폐수를 정화한 후 낙동강에 방류할 것을 요구하였고 현재 OOO의 하수처리장의 용량으로는 도축장에서 발생하는 폐수를 처리할 수 없어 이를 해결하지 않고는 이 건 도축장의 설계 작업을 정상적으로 진행할 수 없었는바, 청구법인이 현재까지 이 건 도축장의 설계 작업을 마치지 못하였다 하더라도 이와 같은 사유는 청구법인으로서는 어쩔 수 없는 외부적 사유로서 정당한 사유에 해당된다.
(2) 이 건 토지를 처분청으로부터 임대하여 농사를 짓던 농민(이하 “임차농민”이라 한다)들이 청구법인의 지장물 등에 보상(안)을 거부하고 이 건 토지의 인도를 거부함에 따라 청구법인은 2018.12.24. 임차농민들을 상대로 토지 인도 소송을 제기한 상태로서 해당 소송이 종료되지 않고서는 사실상 이 건 토지에 건축물을 신축할 수 없는바, 이 또한 정당한 사유에 해당된다 할 것이다.
(3) 따라서, 청구법인이 이 건 토지의 유예기간이 경과할 때까지 이 건 건축물을 신축하지 못한 데에는 정당한 사유가 있다고 할 것임에도 처분청이 이러한 사정을 전혀 고려하지 아니하고 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다.
(1) 청구법인의 이 건 도축장의 신축과 같이 대규모 예산이 투입되는 사업의 경우에는 그 시행에 앞서 OOO의 승인 및 관계 부처로부터 환경영향평가 등을 받아야 할 뿐만 아니라 정상적인 사업진행을 위해서는 임차농민들과 협상을 통해 이 건 토지를 인도받아야 한다는 사실을 알고 있었다고 할 것인바, 청구법인이 이와 같은 사유로 유예기간을 경과한 것이라면 이는 정당한 사유에 해당되지 않는다.
(2) 청구법인은 이 건 토지를 취득한 후 유예기간 내에 설계 용역계약만을 체결하였을 뿐이고, 그 후 청구법인이 설계중단을 요청한 것으로 보아 청구법인이 유예기간 내 이 건 도축장을 신축하기 위하여 정상적인 노력을 다하였으나, 시간이 부족하여 유예기간을 경과한 것이라고 볼 수도 없으므로 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 1959.8.27. 설립된 OOO으로 본점소재지는 OOO이다. (나) 청구인은 2018.6.7. OOO(처분청)이 임차농민들에게 2018.12.31까지 임대하고 있는 이 건 토지를 OOO에 취득한 후, 고유 업무에 직접 사용하고자 취득하는 부동산으로 하여 취득세 등을 면제받았다. (다) 청구법인이 제출한 OOO의 내부자료를 보면, OOO이 국ㆍ도비 보조금을 받아 이 건 도축장과 같은 사업용 건축물을 신축하는 경우 설계 사업자 선정부터 건축허가까지 최대 338일이, 건축허가부터 착공까지 최대 85일이 소요되어 그 기간은 최대 423일(1년 2개월)이 걸리는 것으로 나타난다. (라) 청구법인은 2018.6.7 이 건 토지를 취득한 후, 2018.9.6. OOO와 이 건 도축장의 설계용역계약을 체결하였으며, 그 후 유예기간 내 기본설계를 마치고 실시설계를 진행하던 중 도축설비의 배치 등에 구조적인 문제가 있으므로 이에 대한 재검토가 필요하다는 OOO의 자문을 받고, 2019.9.20. 이 건 도축장의 설계 작업을 중단하였으며, 이 때는 이미 이 건 토지의 유예기간(2019.6.7.)이 경과한 것으로 나타난다. (마) 이 건 도축장을 운영하는데 필요한 일일 800톤 정도의 용수를 확보하려면 대규모 상수도 관로를 새로 설치하여야 하는데 이에 대한 비용을 누가 부담하여야 하는지와 관련하여 처분청과 청구법인 간에 이견이 발생하였고, 결국 2020년 2월 처분청이 상수도 관로공사 비용을 부담하는 것으로 합의하였다. (바) 2017년 5월 경 처분청과 청구법인은 이 건 도축장에서 발생하는 폐수를 청구법인이 자체 정화하여 낙동강에 방류하는 방법으로 이 건 도축장 신축에 따른 환경영향평가를 받고자 하였으나 OOO지방환경청장이 도축장의 폐수를 처분청의 하수처리장에서 정화한 후 낙동강에 방류하도록 요구함에 따라 환경영향평가가 사실상 중단되었고, 그 후 2019년 12월에서야 안동시 하수처리장의 하수처리용량을 증설하기 전까지는 이 건 도축장에서 발생하는 폐수를 청구법인이 자체 정화하여 낙동강에 방류하는 것으로 결정되었다. (사) 청구법인은 이 건 토지를 취득하기 전에 임차농민들에게 영농손실 및 지장물에 대한 보상금을 지급하고 이 건 토지를 인도받기로 대략적인 합의를 하였으나, 임차농민들이 청구법인이 지급하기로 한 금액보다 더 많은 보상금을 요구하여 2019.1.13. 보상금 지급과 관련한 협의가 최종 결렬되었고, 청구법인은 2019.4.2. 임차농민들을 상대로 이 건 토지의 인도 관련 소송을 제기하여 현재 OOO에서 심리 중에 있다. (2)지방세특례제한법제14조 제3항에서 농업협동조합이 고유 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제한다고 규정하고 있고, 같은 법 제178조 제1호에서 부동산에 대한 감면을 적용할 때 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다. (3)지방세특례제한법제178조 제1호에서 “정당한 사유”란 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유 업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령·사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유 업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것이다(대법원 1993. 2.26. 선고 92누8750 판결, 같은 뜻임).
(4) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구법인이 입찰을 거쳐 이 건 도축장의 설계용역계약을 체결하였고, 도축장의 경우 도축설비에 대한 배치 등에 대한 설계를 건축물과 구분하여 하여야 한다고 하더라도 청구법인은 이 건 토지의 유예기간이 3개월 이상 경과한 2019.9.20.까지 실시 설계를 마치지 못하고 그 작업을 중단한 점, 이 건 토지의 취득일부터 1년이 경과할 때까지 이 건 도축장의 설계를 끝내지 못한 것은 설계용역을 맡은 OOO의 경험 부족 등으로 보이는 점, 이 건 도축장의 운영하는데 상수도 공급관로가 반드시 필요한 이상 설치비용을 누가 부담할 것인지가 결정되지 않아 이 건 도축장의 설계를 중단할 수밖에 없었다는 주장은 받아들이기 어려운 점, OOO지방환경청장이 이 건 도축장에서 발생하는 폐수를 낙동강에 직접 방류하는 방안에 반대한 것으로 나타나고 청구법인은 그 해결 방안을 찾지 못한 상태에서 이 건 토지를 취득하였는바, 이와 같은 사유는 이 건 토지를 고유 업무에 직접 사용하지 못한 데에 대한 정당한 사유에는 해당되지 않는 점, 임차농민들이 이 건 토지의 인도를 거부하여 이 건 도축장을 신축하지 못하고 있다 하더라도 이는 보상금에 대한 이견으로 발생한 것으로 이를 행정관청의 사용금지 또는 제한과 동일하다고 볼 수는 없는 점 등에 비추어 청구법인은 정당한 사유 없이 이 건 토지를 그 유예기간 내에 고유 업무에 직접 사용하지 않았다고 보는 것이 타당하다 할 것이므로 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로지방세기본법제96조 제6항,국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법률 지방세특례제한법(2017.12.26. 법률 제15295호로 개정된 것) 제14조[농업협동조합 등의 농어업 관련 사업 등에 대한 감면] ③농업협동조합법에 따라 설립된 조합(조합공동사업법인을 포함한다),수산업협동조합법에 따라 설립된 조합(어촌계 및 조합공동사업법인을 포함한다),산림조합법에 따라 설립된 산림조합(산림계 및 조합공동사업법인을 포함한다) 및 엽연초생산협동조합이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(임대용 부동산은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)에 대해서는 취득세를, 과세기준일 현재 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세를 각각 2020년 12월 31일까지 면제한다. 제178조[감면된 취득세의 추징] 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.
1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우