청구인이 「조세특례제한법」 제32조 제1항에 따른 사업양수도 방식으로 신설 법인에게 이 건 부동산의 소유권을 이전한 것을 「지방세특례제한법」 제58조의2 제2항 제1호 나목에 따른 매각으로 보아 취득세를 추징한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2008.1.31. OOO도지사부터 OOO산업단지의 개발사업 시행자로 지정되었고, 2010.11.17. OOO토지 996,593.5㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 산업단지로 조성하는 공사에 착공하였으며, 2014.11.20. 동 산업단지의 지목이 산업시설용지 및 지원시설용지 등으로 변경(이하 “이 건 지목변경”이라 한다)됨에 따라 2014.12.19. 처분청에 그 토지의 증가한 가액을 과세표준으로 하고, 지방세법제15조 제2항 제2호의 세율 및 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것, 이하 같다) 제78조 제1항, OOO도 도세 감면조례 제12조의2 규정에 따른 감면율(75%)을 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 신고‧납부하였다.
• 나. 청구법인은 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것) 제78조 제1항(이하 “종전규정”이라 한다) 및 지방세특례제한법 부칙 제14조(이하 “쟁점부칙규정”이라 한다)를 적용하여 기 납부한 이 건 취득세 등이 면제되어야 한다는 취지로 2019.11.18. 처분청에 경정청구를 하였으나, 처분청은 2020.1.16. 이를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2020.2.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위하여는 첫째, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해 표명을 하여야 하고, 둘째, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째, 납세자가 그 견해 표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야하며, 넷째, 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다. 청구법인은 착공 당시 법령인 지방세특례제한법(2010.6. 10. 법률 제10369호로 개정된 것) 제78조에 따라 취득세가 면제될 것을 기대하고 사업을 시작하였다. 산업단지에 대한 지방세 감면조항은 1994년지방세법에 “지방공업단지 등 입주공장에 대한 감면”규정으로 신설된 이후, 1997년 “산업단지에 대한 감면”규정으로 전문 개정되었으며 그 이후 수차례의 개정이 존재하기는 하였으나, 산업단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여 취득세를 면제한다는 내용은 동일하게 유지되었다. 또한 당시 법령과 OOO산업단지 소재지 OOO도의 도세 감면조례에는 산업단지에 대한 감면율이 축소될 것이라는 아무런 공적이 표명이 없었고, 이러한 연혁 등을 고려할 때 납세자가 과세관청의 견해표명을 신뢰하는 데에 귀책사유가 있다고 보기 어려우며, 청구법인은 이러한 신뢰를 바탕으로 이 건 지목변경 공사를 수행하였다. 이후 처분청은 OOO도 도세 감면조례를 개정하여 지방세특례제한법제78조에 의한 취득세 감면을 받는 경우 취득세 감면율을 75%로 제한하였고, 처분청은 준공시점에 취득세를 산정함에 있어 개정된 지방세특례제한법을 적용함으로써 청구법인은 산업단지에 대한 지방세 지원을 충분히 받지 못하여 이익이 침해되는 결과가 초래되었다. 따라서 납세자의 신뢰를 보호하기 위하여 이 건 지목변경에 대한 간주 취득세를 산정함에 있어 착공시점의 법령을 적용하여 취득세를 면제하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인이 이 건 지목변경 공사에 착공한 2013.4.11. 당시 종전규정에서는 2014.12.31.까지 취득세를 면제한다고 규정하고 있어, 2015. 1.1.부터는 감면이 종료되거나 감면율이 축소될 수 있다는 사실을 충분히 인지할 수 있는 상황으로, 청구법인이 그 후에 이 건 지목변경 공사를 완료하였다고 하더라도 취득세 등이 면제될 것이라고 신뢰함을 정당한 것으로 보기는 곤란하여 처분청의 처분이 신뢰보호원칙에 위배된다고 하기는 어렵다. 또한, 쟁점조례는 지방세특례제한법(2010.12.27. 법률 제10417호로 개정된 것) 제182조에 따라 감면율을 조정한 것이고, 쟁점조례를 개정할 당시 그 부칙에는 별도의 일반적 경과조치 규정이 없이, 이 조례의 시행일(2013.2.7.)부터 적용한다고 규정하고 있으므로 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분에는 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 지방세특례제한법의 일반적 경과조치 규정을 적용하여 산업단지 조성사업에 따른 지목변경 취득세를 면제하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령 등: ＜별지＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) OOO도지사는 2008.1.31. OOO군수를 사업시행자로, 이 건 토지 등을 사업부지로 하는 OOO산업단지 지정·개발계획을 고시하였다. (나) OOO도지사는 2008.10.23. OOO산업단지 지정·개발계획의 사업시행자를 OOO군수에서 청구법인으로 변경하여 고시하였다. (다) OOO도지사는 2009.6.18. 청구법인을 대표사업시행자로 OOO건설 주식회사(이하 “OOO건설”이라 한다)를 공동사업시행자로 하여 OOO산업단지 지정(개발계획)변경 및 실시계획(변경)승인·고시를 하였고, 2010.1.29. 사업시행자에 OOO군수를 추가하여 OOO산업단지 지정(개발계획)변경 및 실시계획(변경)승인·고시를 하였다 (라) 청구법인과 OOO건설은 2010.11.17. OOO대표사업자에게 아래 착공신고서를 공사감독자를 경유하여 제출하였다.

○○○ (마) 청구법인은 2011.6.29. 쟁점산업단지 조성사업 공사감리자 주식회사 OOO개발공사가 OOO 대표사업자 주식회사 OOO건설에 송부한 제2회 공사기성부분검사결과를 아래와 같이 제출하였다.

○○○ (바) OOO도지사는 2014.11.20. OOO산업단지 준공인가를 공고하였다. (사) 2010.12.27. 개정된지방세특례제한법(법률 제10417호로 개정된 것) 제97조의2 제1항을 보면 지방자치단체는 이 법에 따른 감면기간이 연장되는 경우 재정여건 등을 고려하여 조례로 50%이내 축소가능하다고 규정하고 있고, 그 법 부칙 제7조 적용례를 보면 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 이 법에 따른 지방세 감면기한이 연장되는 경우부터 적용한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제78조 제1항의 산업단지 등에 대한 감면규정이 2013.1.1. 연장되자 OOO도지사는 2013. 2.7. OOO도 도세 감면조례를 개정하면서 제12조의2 제5호를 신설하여 산업단지 등에 대한 감면율을 75%로 축소하였으며, 그 개정당시 조례의 부칙에는 아래와 같이 별도의 일반적 경과조치 규정은 없는 것으로 확인된다.

○○○ (아) 산업단지 등에 대한 감면 규정의 주요 연혁은 아래와 같다.

○○○

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 쟁점사항에 대하여 살펴본다. 지방세특례제한법(2010.12.27. 법률 제10417호로 개정된 것) 제97조의2 제1항에서 지방자치단체는 이 법에 따른 지방세 감면 중 지방세 감면 기한이 연장되는 경우에는 지방자치단체의 재정여건, 감면대상자의 조세부담능력 등을 고려하여 해당 조에 따른 지방세 감면율을 100분의 50의 범위에서 조례로 인하하여 조정할 수 있다고 규정하고 있고, 그 부칙 제7조에서 제97조의2의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 이 법에 따른 지방세 감면 기한이 연장되는 경우부터 적용한다고 규정하고 있으며, OOO도 도세 감면조례(2013.2.7. OOO도조례 제3808호로 개정된 것) 제12조의2 제5호에서 지방세특례제한법 제78조제1항·제2항·제3항 제1호 및 제4항 제2호 가목의 경우에는 각각 취득세의 100분의 75를 2014년 12월 31일까지 경감한다고 규정하고 있고, 동 조례 부칙에 일반적 경과조치는 규정되어 있지 아니하다. 청구법인은 종전규정을 적용하여 이 건 취득세 등이 면제되어야 한다고 주장하나, 조세법령의 개정이 있는 경우 개정 전·후의 법령 중에서 납세의무가 성립될 당시의 법령을 적용하는 것이 원칙이라 할 것이고, 개정 조례 부칙에서 “종전의 규정을 개정 조례 시행 후에도 계속 적용한다”는 일반적 경과규정이 없는 이상, 다른 특별한 사정이 없는 한 법률불소급의 원칙상 개정 전후의 조례 중에서 납세의무가 성립한 당시에 시행되는 조례를 적용하여야 하며, 이는 구 조례가 실효되고 이를 대체한 새로운 조례가 제정된 경우에도 마찬가지라 할 것인바, 청구법인이 이 건 지목변경 공사를 완료하였을 당시 이미 쟁점조례가 시행되고 있었던 점, 쟁점조례 개정당시 그 부칙에 별도의 일반적 경과조치 규정 등이 없었던 점 등에 비추어 종전규정을 적용하여 이 건 취득세 등을 면제할 수는 없으므로 처분청이 이 건 거부처분을 한 것은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제96조 제6항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령 등

(1) 지방세특례제한법(2010.6.10. 법률 제10369호로 개정된 것) 제78조(산업단지 등에 대한 감면) ① 산업입지 및 개발에 관한 법률 제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자 또는 산업기술단지 지원에 관한 특례법 제4조에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 2012년 12월 31일까지 취득세를 면제하고, 조성공사가 시행되고 있는 토지에 대하여는 2012년 12월 31일까지 재산세의 100분의 50을 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 면제)한다. 다만, 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득한 부동산의 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하지 아니하는 경우에 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.

(2) 지방세특례제한법(2010.12.27. 법률 제10417호로 개정된 것) 제78조(산업단지 등에 대한 감면) ① 산업입지 및 개발에 관한 법률 제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자 또는 산업기술단지 지원에 관한 특례법 제4조에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 2012년 12월 31일까지 취득세를 면제하고, 조성공사가 시행되고 있는 토지에 대하여는 2012년 12월 31일까지 재산세의 100분의 50을 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 면제)한다. 다만, 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득한 부동산의 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하지 아니하는 경우에 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다. 제97조의2(지방자치단체의 감면율 자율 조정) ① 지방자치단체는 이 법에 따른 지방세 감면 중 지방세 감면 기한이 연장되는 경우에는 지방자치단체의 재정여건, 감면대상자의 조세부담능력 등을 고려하여 해당 조에 따른 지방세 감면율을 100분의 50의 범위에서 조례로 인하하여 조정할 수 있다. 이 경우 면제는 감면율 100분의 100에 해당하는 것으로 본다.

② 지방자치단체는 제1항에도 불구하고 사회적 취약계층 보호, 공익 목적, 그 밖에 전국적으로 동일한 지방세 감면이 필요한 경우 등으로서 대통령령으로 정하는 사항에 대하여는 지방세 감면율을 인하하여 조정할 수 없다. 부칙 제1조(시행일) 이 법은 2011년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제92조의2 및 제96조의 개정규정은 2011년 3월 1일부터 시행한다. 제2조(일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행 후 최초로 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다. 제7조(지방자치단체의 감면율 자율 조정 조례에 관한 적용례) 제97조의2의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 이 법에 따른 지방세 감면 기한이 연장되는 경우부터 적용한다.

(3) 지방세특례제한법(2013.1.1. 법률 제11618호로 개정된 것) 제78조(산업단지 등에 대한 감면) ①산업입지 및 개발에 관한 법률 제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자 또는 산업기술단지 지원에 관한 특례법제4조에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제하고, 조성공사가 시행되고 있는 토지에 대하여는 2014년 12월 31일까지 재산세의 100분의 50을 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 면제)한다. 다만, 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득한 부동산의 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하지 아니하는 경우에 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다. 부칙 제6조(일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다.

(4) 지방세특례제한법(2014.11.19. 법률 제12844호로 개정된 것) 제78조(산업단지 등에 대한 감면) ① 산업입지 및 개발에 관한 법률 제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자 또는 산업기술단지 지원에 관한 특례법 제4조에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제하고, 조성공사가 시행되고 있는 토지에 대하여는 2014년 12월 31일까지 재산세의 100분의 50을 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 면제)한다. 다만, 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득한 부동산의 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하지 아니하는 경우에 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.

(5) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것) 제78조(산업단지 등에 대한 감면) ① 산업입지 및 개발에 관한 법률 제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자 또는 산업기술단지 지원에 관한 특례법 제4조에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를, 조성공사가 시행되고 있는 토지에 대해서는 재산세의 100분의 35(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 60)를 2016년 12월 31일까지 각각 경감한다. 다만, 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득한 부동산의 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하지 아니하는 경우에 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세 및 재산세를 추징한다. 부칙 제14조(일반적 경과조치) 이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다.

(6) 경상남도 도세 감면조례(2013.2.7. 경상남도조례 제3808호로 개정된 것) 제12조의2(지방세특례제한법의 감면기한 연장에 따른 지방세 감면율 인하) 지방세특례제한법제97조의2 제1항에 따라 지방세 감면율을 인하하는 대상과 그에 따른 감면율의 적용은 다음 각 호의 구분에 따른다.

5. 지방세특례제한법 제78조제1항·제2항·제3항 제1호 및 제4항 제2호가목의 경우에는 각각 취득세의 100분의 75를 2014년 12월 31일까지 경감한다. 부칙 제1조(시행일) 이 조례는 공포한 날부터 시행한다. 제2조(감면기한의 연장에 관한 적용례) 제3조 제1항의 개정규정은 2013년 1월 1일 이후 납세의무가 성립하는 경우부터 적용한다. 제3조(지방세 감면율 인하에 관한 적용례) 12조의2 의 개정규정은 이 조례 시행 후 납세의무가 성립하는 경우부터 적용한다.