청구법인이 주택을 취득하여 이를 철거하고 건축물을 신축한 후 일부를 본점으로 사용하면서 당해 본점 부속토지 부분에 대하여 중과세율에 의한 취득세를 신고납부하지 아니함에 따라 가산세를 가산하여 취득세를 부과한 처분이 적법한지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2012.4.18. 피혁제품 제조, 도소매업 및 부동산 임대업 등을 목적사업으로 하여 설립된 법인으로서, 2015.7.8. OOO소재 주택(이하 “이 건 주택”이라 한다)을 취득한 후, 취득신고를 하면서 당해 주택을 본점 사옥으로 사용할 예정이므로, 그 취득가액 OOO원에 지방세법제13조 제2항의 중과세율(7%)을 적용하여 산정한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원을 신고·납부하였다.
• 나. 청구법인은 이 건 주택을 철거한 후 2016.8.24. 지하 1층, 지상 4층의 건축물 572.86㎡(이하 “본점건축물”이라 한다)를 신축하고, 취득신고를 하면서 지상 1, 2, 4층 446.92㎡는 본점 사업용으로, 지상 3층 125.94㎡는 다가구주택으로 사용할 예정이므로, 본점용 건축물에 대하여는 지방세법제13조 제6항의 중과세율(8.4%)의 중과세율을 적용하여 산정한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원을 신고·납부하고, 주택부분에 대하여는 지방세법제13조 제2항의 중과세율(4.4%)을 적용하여 산정한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원을 신고·납부하였다.
• 다. 이후 OOO시장은 시세의 부과·징수 사무를 위임받아 처리하고 있는 처분청에 대한 취득세 등에 대한 지도점검을 하면서 본점건축물의 부속토지인 OOO토지 218.3㎡ 중 본점용 건축물의 부속토지 부분 170.3㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)에 대해서 지방세법제13조 제1항의 중과세율(4%)이 적용이 되지 않았음을 지적하자 처분청은 2019.9.10. 쟁점토지의 안분계산한 취득가액 OOO원에 추가 중과세율을 적용하여 산정한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(가산세 포함)을 청구법인에게 부과고지하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2019.11.18. 이의신청을 거쳐 2020.2.25. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 본점건축물을 신축할 당시 설립 후 5년이 경과되지 않은 법인이므로, 본점용으로 사용하는 부분에 대하여는 지방세법 제11조 제6항의 중과세율을 적용하여 산정한 취득세를 신고납부하였는데, 그로부터 3년이 경과할 무렵 처분청은 쟁점토지에 대하여 중과세율을 적용한 취득세를 신고납부하지 않았다는 이유로 무신고가산세 및 납부불성실 가산세 포함하여 이 건 취득세 등 부과처분을 하였는바, 청구법인은 대한민국에서 사업을 하는 법인으로서 쟁점토지에 대하여 취득세를 납부하여야 한다는 것에는 이의가 없지만, 일반적으로 세금신고방식이 너무 복잡하여 납세자가 이를 알기 어렵고, 납세자가 백지의 취득신고서를 제출하면 처분청에서 자료의 부족 여부 및 추가 서류를 요구하고 취득세를 계산하여 안내하면 납세자가 취득세 신고서에 이러한 취득세의 구체적 내용을 기재한다는 점, 취득세 납부 규정이 복잡하여 과세명확성의 원칙에도 반하는 점, 청구법인이 취득세 신고 당시 백지의 취득세 신고서를 제출하여 처분청 세무과 담당공무원으로부터 신고금액을 확인한 후 취득세 금액을 기재하였을 뿐 아니라 백지의 신고서를 한 부 더 제출한 바가 있으므로 이에 토지 부분에 대한 취득세를 기재하는 것도 가능하였다는 점, 처분청 세무과 담당공무원도 취득세 신고의무를 제대로 고지해 주지 않은 점, 취득세는 신고·납부방식의 지방세로서 납세자가 스스로 그 과세표준 및 세액을 법정기한 내에 신고·납부하여야 하는 것이므로 과세관청이 납세의무자에게 취득세 신고납부에 대한 안내를 하지 아니하였다 하여 그것이 해당 과세처분에 영향을 미친다거나 과세관청의 귀책으로 볼 수 없다고 하나 법인의 건물보존등기처럼 처분청 세무과 담당자가 취득세의 신고금액 산정에 대하여 주도적으로 처리하고 있음에도 불구하고 모든 책임을 납세자인 청구법인에게 전가시키는 것은 지나칠 정도로 행정편의주의적이라고 할 수 있다는 점, 청구법인이 취득세 납부를 회피할 의도가 전혀 없는 바 행정상 제재로 부과된 가산세가 너무 크다는 점 등을 고려할 때, 처분청이 가산세를 가산하여 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 의거 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의와 과실은 고려되지 아니하는 것이며 법령의 부지는 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없다 하겠으며, 취득세는 이른바 신고․납부방식의 지방세로서 납세자가 스스로 그 과세표준 및 세액을 법정기한 내에 신고․납부하여야 하는 것이므로 과세관청이 납세의무자에게 취득세 신고․납부에 대한 안내를 하지 아니하였다 하여 그것이 해당 과세처분에 영향을 미친다거나 과세관청의 귀책으로 볼 수는 없다 할 것이다. 처분청에서 청구법인이 당초 본점건축물에 대한 취득신고 당시 쟁점토지에 대하여 지방세법제13조 제1항에 규정에 따른 중과세율 부분에 대한 안내를 하지 아니하였고, 그 결과 청구법인이 법인의 본점용 건축물의 부속토지인 쟁점토지에 대하여 취득세 중과세 납부의무를 다하였다고 오해를 한 점, 처분청에서도 중과세 납부의무를 모두 이행하였다고 인지한 결과 이 건 부과처분을 하기 전까지 3년 가까이 행정 부작위를 한 점 등 법령의 무지․착오 등의 사유는 납세자에게 신고납부의무 위반을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에 해당하지 아니한다 할 것이므로, 처분청이 청구법인에게 가산세를 포함하여 이 건 취득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다 할 것이다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 청구법인이 주택을 취득하여 이를 철거하고 건축물을 신축한 후 일부를 본점으로 사용하면서 당해 본점 부속토지 부분에 대하여 중과세율에 의한 취득세를 신고납부하지 아니함에 따라 가산세를 가산하여 취득세를 부과한 처분이 적법한지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 지방세기본법 제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다

23. “가산세”란 이 법 또는 지방세관계법에서 규정하는 의무를 성실하게 이행하도록 하기 위하여 의무를 이행하지 아니할 경우에 이 법 또는 지방세관계법에 따라 산출한 세액에 가산하여 징수하는 금액을 말한다. 다만, 가산금은 포함하지 아니한다. 제52조(가산세의 부과) ① 지방자치단체의 장은 이 법 또는 지방세관계법에 따른 의무를 위반한 자에게 이 법 또는 지방세관계법에서 정하는 바에 따라 가산세를 부과할 수 있다.

② 가산세는 해당 의무가 규정된 지방세관계법의 해당 지방세의 세목으로 한다. 제53조(무신고가산세) ① 납세의무자가 법정신고기한까지 과세표준 신고를 하지 아니한 경우에는 그 신고로 납부하여야 할 세액(이 법과 지방세관계법에 따른 가산세와 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 "무신고납부세액"이라 한다)의 100분의 20에 상당하는 금액을 가산세로 부과한다.

② 제1항에도 불구하고 사기나 그 밖의 부정한 행위로 법정신고기한까지 과세표준 신고를 하지 아니한 경우에는 무신고납부세액의 100분의 40에 상당하는 금액을 가산세로 부과한다.

③ 제1항 및 제2항에 따른 가산세의 계산 및 그 밖에 가산세 부과 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제55조(납부불성실ㆍ환급불성실가산세) ① 납세의무자가 지방세관계법에 따른 납부기한까지 지방세를 납부하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 “과소납부”라 한다)한 경우 또는 환급받아야 할 세액보다 많이 환급(이하 "초과환급"이라 한다)받은 경우에는 다음 각 호의 계산식에 따라 산출한 금액을 합한 금액을 가산세로 부과한다. 이 경우 가산세는 납부하지 아니한 세액, 과소납부분(납부하여야 할 금액에 미달하는 금액을 말한다. 이하 같다) 세액 또는 초과환급분(환급받아야 할 세액을 초과하는 금액을 말한다. 이하 같다) 세액의 100분의 75에 해당하는 금액을 한도로 한다.

1. 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액(지방세관계법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액을 더한다) × 납부기한의 다음 날부터 자진납부일 또는 부과결정일까지의 기간 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율 제57조(가산세의 감면 등) ① 지방자치단체의 장은 이 법 또는 지방세관계법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제26조제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 해당 의무를 이행하지 아니한 정당한 사유가 있을 때에는 가산세를 부과하지 아니한다.

(2) 지방세기본법 시행령 제34조(납부불성실가산세ㆍ환급불성실가산세 등에 대한 이자율) 법 제55조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제56조 제2호의 계산식에서 “대통령령으로 정하는 이자율”이란 각각 1일 1십만분의 25를 말한다.

(3) 지방세법(2016.12.27. 법률 제14475호로 개정되기 전의 것) 제11조(부동산 취득의 세율) ① 부동산에 대한 취득세는 제10조의 과세표준에 다음 각 호에 해당하는 표준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

3. 원시취득: 1천분의 28

7. 그 밖의 원인으로 인한 취득

• 가. 농지: 1천분의 30
• 나. 농지 외의 것: 1천분의 40

8. 제7호 나목에도 불구하고 유상거래를 원인으로 제10조에 따른 취득 당시의 가액이 6억원 이하인 주택[주택법제2조 제1호에 따른 주택으로서 건축법제38조에 따른 건축물대장에 주택으로 기재되고, 건축물의 용도가 주거용{영유아보육법 제10조 제5호에 따른 가정어린이집, 아동복지법 제52조제1항제4호 및 제8호에 따른 공동생활가정·지역아동센터(같은 조 제2항에 따라 통합하여 설치한 경우를 포함한다) 및 노인복지법 제31조에 따른 노인복지시설로서 주거용으로 사용되는 시설은 제외한다}으로 사용하는 건축물과 그 부속토지를 말한다. 이하 이 조에서 같다]을 취득하는 경우에는 1천분의 10의 세율을, 6억원 초과 9억원 이하의 주택을 취득하는 경우에는 1천분의 20의 세율을, 9억원 초과 주택을 취득하는 경우에는 1천분의 30의 세율을 각각 적용한다. 이 경우 지분으로 취득한 주택의 취득 당시의 가액(이하 이호에서 “취득당시가액”이라 한다)은 다음의 계산식에 따라 산출한 전체 주택의 취득 당시의 가액으로 한다. 제13조(과밀억제권역 안 취득 등 중과) ① 수도권정비계획법제6조에 따른 과밀억제권역에서 대통령령으로 정하는 본점이나 주사무소의 사업용 부동산(본점이나 주사무소용으로 신축하거나 증축하는 건축물과 그 부속토지만 해당하며, 신탁법에 따른 수탁자가 취득한 신탁재산 중 위탁자가 신탁기간 중 또는 신탁종료 후 위탁자의 본점이나 주사무소의 사업용으로 사용하는 부동산을 포함한다)을 취득하는 경우와 같은 조에 따른 과밀억제권역(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률을 적용받는 산업단지ㆍ유치지역 및 국토의 계획 및 이용에 관한 법률을 적용받는 공업지역은 제외한다)에서 공장을 신설하거나 증설하기 위하여 사업용 과세물건을 취득하는 경우의 취득세율은 제11조 및 제12조의 세율에 중과기준세율의 100분의 200을 합한 세율을 적용한다.

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산을 취득하는 경우의 취득세는 제11조 제1항의 표준세율의 100분의 300에서 중과기준세율의 100분의 200을 뺀 세율을 적용한다. 다만, 제11조 제1항 제8호에 해당하는 주택을 취득하는 경우의 취득세는 같은 조 제1항의 표준세율과 중과기준세율의 100분의 200을 합한 세율을 적용하고, 수도권정비계획법 제6조에 따른 과밀억제권역(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률을 적용받는 산업단지는 제외한다. 이하 이 조 및 제28조에서 “대도시”라 한다)에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령으로 정하는 업종(이하 이 조에서 “대도시 중과 제외 업종”이라 한다)에 직접 사용할 목적으로 부동산을 취득하거나, 법인이 사원에 대한 분양 또는 임대용으로 직접 사용할 목적으로 대통령령으로 정하는 주거용 부동산(이하 이 조에서 “사원주거용 목적 부동산”이라 한다)을 취득하는 경우의 취득세는 제11조에 따른 해당 세율을 적용한다.

1. 대도시에서 법인을 설립[대통령령으로 정하는 휴면(休眠)법인(이하 “휴면법인”이라 한다)을 인수하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다]하거나 지점 또는 분사무소를 설치하는 경우 및 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소를 대도시 밖에서 대도시로 전입(수도권정비계획법제2조에 따른 수도권의 경우에는 서울특별시 외의 지역에서 서울특별시로의 전입도 대도시로의 전입으로 본다. 이하 이 항 및 제28조 제2항에서 같다)함에 따라 대도시의 부동산을 취득(그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산 취득을 포함한다)하는 경우

⑥ 제1항과 제2항이 동시에 적용되는 과세물건에 대한 취득세율은 제16조 제5항에도 불구하고 제11조 제1항에 따른 표준세율의 100분의 300으로 한다. 제16조(세율 적용) ① 토지나 건축물을 취득한 후 5년 이내에 해당 토지나 건축물이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 된 경우에는 해당 각 호에서 인용한 조항에 규정된 세율을 적용하여 취득세를 추징한다.

1. 제13조 제1항에 따른 본점이나 주사무소의 사업용 부동산(본점 또는 주사무소용 건축물을 신축하거나 증축하는 경우와 그 부속토지만 해당한다)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구법인이 제출한 심리자료는 다음과 같다. (가) 청구법인은 2012.4.18. 본점소재지를 OOO으로, 목적사업을 피혁제품 제조업 및 도소매업 등으로 하여 법인설립등기를 한 사실이 법인등기사항전부증명서에서 확인된다. (나) 청구법인은 2015.7.8. 이 건 주택을 취득한 후 지방세법제13조 제2항의 중과세율을 적용하여 취득세를 신고납부하였던 것으로 나타난다. (다) 청구법인은 2015.10.14. 이 건 주택의 지상건물을 멸실하고 본점건축물을 신축하기 위한 건축허가를 받고, 2016.2.17. 착공신고를 한 후 건축공사에 착공하여 2016.8.27. 본점건축물에 대한 사용승인을 받았고, 취득신고를 하면서 본점용으로 사용하는 부분에 대하여는 지방세법제13조 제6항의 중과세율을, 다가구주택 부분에 대하여는 같은 법 제13조 제2항의 중과세율을 적용하여 산정한 취득세 등을 신고납부하였다. (라) 청구법인은 본점건축물에 대한 취득신고 당시 처분청에서 청구법인이 제출한 취득가액과 관련된 자료를 근거로 처분청의 안내에 따라 계산한 취득가액 및 취득세액을 신고하였다는 취득신고서 등을 증빙으로 수기로 기재된 취득신고서를 제출하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살펴본다. (가) 지방세기본법제53조 제1항과 제55조 제1항 본문 및 제1호에서 납세의무자가 법정신고기한까지 과세표준 신고를 하지 아니한 경우에 무신고가산세를, 납세의무자가 지방세관계법에 따른 납부기한까지 지방세를 납부하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부한 경우에 납부불성실가산세를 각각 부과하도록 규정하고 있다. (나) 청구법인의 경우를 보면, 청구법인은 2012.4.18. 수도권 과밀억제권역인 OOO시에서 법인설립등기를 하였으므로, 당해 법인설립과 관련된 부동산 및 설립 이후 5년 이내에 취득하는 부동산은 지방세법제13조 제2항의 중과대상에 해당되며, 본점을 신축하는 경우에는 지방세법제13조 제1항의 중과세대상에 해당된다 할 것인바, 청구법인이 2015.7.8. 이 건 주택을 취득하였으므로, 이 건 주택은 대도시내 법인설립 후 5년 이내에 취득하는 부동산에 해당되어 지방세법제13조 제2항의 중과대상에 해당되며, 청구법인이 2016.8.24. 본점건축물을 신축하였으므로 그 중 본점용으로 사용하는 건축물과 그 부속토지는 지방세법제13조 제1항과 제2항의 중과세대상에도 중복 해당된다 할 것이므로 이 경우 본점용 건축물 부분은 지방세법제13조 제6항의 취득세율을 적용하여 취득세를 납부할 의무가 있고, 그 부속토지인 쟁점토지의 경우에는 취득 당시 지방세법제13조 제2항의 중과세율에 따른 취득세를 신고납부하였으므로 같은 법 제1항의 중과세율을 적용한 취득세를 추가적으로 납부할 의무가 발생되었다 할 것인데, 이와 같이 본점건축물을 신축하여 일부를 본점으로 사용함에 따라 쟁점토지에 대하여 추가적으로 취득세 신고납부의무가 발생하였음에도 청구법인이 이에 대한 취득신고를 하지 아니하였고, 이러한 신고납부의무를 해태한 것이 처분청에서 납세안내를 하지 아니한 것에 기인한다고 하여 이를 정당한 사유가 있는 경우에 해당된다고 인정하기는 어렵다 하겠으므로 처분청이 가산세를 가산하여 이 건 취득세 등을 부과한 처분이 부당하다는 청구주장은 받아들이기 어렵다 하겠다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제96조 제6항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호 에 의하여 주문과 같이 결정한다.