이 건 토지의 취득일부터 유예기간(3년) 내 해당용도로 직접 사용하지 않은 정당한 사유가 있는지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인 2016.5.31. OOO 토지 4,128.4㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 취득(분양)하고, 같은 일자에 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제78조 제4항에 따른 산업단지에 산업용 건축물 등을 건축하려는 자가 취득하는 부동산으로 하여 취득세 등을 면제받았다.
• 나. 처분청이 2019.6.24. 이 건 토지에 대하여 현지확인을 실시한 결과 나대지인 것을 확인하여 청구법인에게 자진신고를 안내하자, 청구법인은 2019.7.12. 기감면된 취득세 등 합계 OOO원을 신고․납부하고, 2019.10.16. 해당 토지를 유예기간 내에 해당 용도로 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있음을 이유로 기납부한 취득세 등의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2019.10.29. 이를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2020.1.22. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 2018.12.28. 건축사사무소와 이 건 토지에 공장신축공사에 따른 건축설계계약을 체결하고, 2019.1.28. 처분청에 공장신축을 위한 건축허가를 신청한 후 2개월 경과한 2019.3.27. 건축허가를 득하였다. 청구법인은 건축허가를 득한 이후에 설계도 등을 재검토한 결과 용도에 대비하여 과도하게 건축설계가 이루어져서 예상보다 많은 공사비를 지출하여야 하는 것을 인지하게 되어 건축허가를 득한 이후 곧바로 착공할 수 없었고, 설계업자 등과 조정ㆍ협의를 거치는데 많은 시일이 소요되었으며, 2019.7.10.에 이르러서야 설계변경허가를 신청하여 2019.7.24. 그 허가를 득하였다. 그러나, 이후에 청구법인은 이처럼 지연된 시간을 만회하기 위하여 최선의 노력을 기울인 결과 2019.11.14. 사용승인을 얻어 현재에는 공장등록을 진행 중에 있다. 이처럼 청구법인이 비록 착공을 지연하게 되었으나, 이러한 지연시간을 만회하기 위하여 많은 노력을 기울인 결과 2019년 내에 해당 건축물을 완공한 점 등을 감안한다면 정당한 사유없이 이 건 토지의 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 않은 경우에 해당된다고 할 수 없다. 그러므로, 기납부한 취득세 등의 환급을 구하는 경정청구를 거부한 이 건 처분은 부당하므로 취소되어야 한다. 나.처분청 의견 지방세특례제한법제78조 제4항의 단서규정에서 정당한 사유란 취득한 토지를 공장용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 못한 사유가 행정관청의 사용 금지․제한 등 외부적인 사유로 인한 것이거나 또는 내부적으로 토지를 공장용 건축물 등의 용도에 사용하기 위하여 정상적인 노력을 하였음에도 시간적인 여유가 없거나 기타 객관적인 사유로 인하여 부득이하게 해당 용도에 사용할 수 없는 경우를 말하는 것이고, 토지의 취득자가 그 자체의 자금사정이나 수익상의 문제 등으로 공장용 건축물 등의 용도에 직접 사용하기를 포기한 경우는 이에 포함되지 아니한다고 할 것이다(대법원 2003.12.12. 선고 2003두9978 판결, 같은 뜻임). 또한, 정당한 사유의 유무를 판단할 때는 그 감면의 입법취지를 충분히 고려하면서 부동산의 취득 목적에 비추어 그 용도에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 법령․사실상의 장애사유 및 그 장애정도, 토지를 그 용도에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것이다(대법원 2015.2.12. 선고 2014두43752 판결, 같은 뜻임). 이 건 산업단지 입주계약서에 이 건 토지 내의 제조시설을 구비한 공장을 신축하기 위한 착공예정시기는 2016년 3월, 준공예정시기는 2016년 9월로 확인되나, 청구법인 2016.5.31. 해당 토지를 취득하고 2년 7개월이 지난 2018.12.28. 산업용 건축물(공장) 설계계약을 체결하고, 유예기간 만료일(2019.5.31.) 이후 2019.6.27.에서야 착공신고를 하였다. 처분청이 현지확인을 실시한 결과 이 건 토지는 신축 공사가 진행되지 않은 것을 확인되고 청구법인이 주장하는 경영악화 및 자금사정 등은 내부적인 사정에 불과하고, 착공부터 사용승인까지의 소요기간에 비추어 볼 때 이 건 토지를 취득한 후 바로 착공하였더라면 유예기간 내에 충분히 해당 용도에 맞게 직접 사용이 가능하였을 것이라 판단된다. 또한 착공은 토지를 건축물 등의 용도로 직접 사용하는 행위라기보다는 준비행위에 가깝고 공장을 신축할 목적으로 토지를 취득한 경우에는 공장에 대한 사용승인을 받은 시점부터 그 토지를 직접 사용하는 것으로 보는 것(대법원 2015.2.12. 선고 2014두43752 판결, 같은 뜻임)이 타당한바, 청구법인이 유예기간 내 이 건 토지를 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 이 건 토지의 취득일부터 유예기간(3년) 내 해당 용도로 직접 사용하지 않은 정당한 사유가 있는지 여부
• 나. 관련 법률: ＜별지＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 이 건 토지의 취득일부터 유예기간(3년) 내에 착공하지 않은 것에 대하여는 다툼이 없다.

(2) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음의 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2015.12.30. 사업시행자(OOO)와 이 건 토지에 대한 산업단지 입주(분양)계약(착공예정일: 2016년 3월, 준공예정일: 2016년 9월)을 체결한 후, 2016.5.31. 이 건 토지를 취득(분양)하고, 같은 날 지방세특례제한법제78조 제4항 및 같은 법 부칙 제25조에 따른 산업입지 및 개발에 관한 법률에 따라 지정된 산업단지에서 산업용 건축물을 건축하려는 자가 취득하는 부동산으로 신고하여 취득세 등을 감면받았다. (나) 건축․대수선․용도변경 허가서(2019.3.27., 2019.7.24.)에 의하면 이 건 토지상 건축물 허가내용은 다음의 ＜표1＞ 및 ＜표2＞와 같다. OOO OOO (다) 청구법인은 2018.12.28. 이 건 건축물에 대한 공장신축계약 체결하고 2019.3.27. 건축허가를 받았으나 내부사정에 따른 설계변경 등의 사유로 2019.6.27. 착공하였고, 처분청은 2019.11.14. 해당 건축물을 사용승인하였다. (라) 처분청은 2019.6.24. 이 건 토지에 대한 사용실태를 조사한 결과는 해당 토지에는 건축자재가 적치되어 있고 나대지 상태로 확인되어 청구법인이 정당한 사유 없이 그 취득일로부터 3년이 경과할 때까지 이 건 토지를 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우로 보아 청구법인에게 자진신고를 안내하였고, 청구법인은 2019.7.12. 기감면받은 취득세 등 합계 OOO원을 신고․납부하였다. OOO

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것) 제78조 제4항 제2호 가목에서 산업용 건축물 등을 건축하려는 자가 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 경감하도록 규정하면서, 해당 법률의 부칙 제25조에서 같은 법 제78조 제1항에 따른 사업시행자와 2015년 12월 31일까지 분양계약을 체결하고 같은 법 제78조 제4항 제1호의 대상지역에서 산업용 건축물 등을 건축 또는 대수선 하려는 자가 같은 법 제78조 제4항에 따라 취득하는 부동산에 대해서는 이 법 개정 법률에도 불구하고 2017년 12월 31일까지 종전의 법률을 적용하도록 규정하고 있다. 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것) 제78조 제4항 제2호 가목에서 산업용 건축물 등을 건축하려는 자가 취득하는 부동산에 대해서는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제하도록 규정하면서, 같은 조 제5항 제1호에서 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우에는 감면세 취득세 및 재산세를 추징하도록 규정하고 있다. (나) “정당한 사유”라 함은 법령에 의한 금지․제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 입법취지를 충분히 고려하면서 당해 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령·사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지의 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것이다(대법원 2002.9.4. 선고 2001두229 판결, 같은 뜻임). (다) 청구법인은 건축 설계도의 재작성으로 인하여 불가피하게 많은 시일이 소요된 것이고, 이후 지연된 시간을 만회하기 위하여 최선의 노력을 기울인 결과 착공일이 속한 연도에 건축물 사용승인을 얻었음에도 정당한 사유없이 유예기간 내 해당 용도로 직접 사용하지 않은 경우로 보아 취득세 등의 환급을 구하는 경정청구를 거부한 이 건 처분은 부당하다고 주장하나, 이 건 착공일자(2019.6.27.)는 지방세법령에 따른 유예기간(3년) 이후이고, 청구법인은 이 건 토지의 취득일(2016.5.31.)부터 약 2년 7개월이 경과한 2018.12.28.에서야 건축설계계약을 체결하였는바, 이는 청구법인이 정상적인 노력을 다하였음에도 불구하고 시간적 여유가 없었다는 내부적 사유로 보기 어려운 점, 이 건 건축공사가 지연된 이유는 설계미비나 공사예산 부족 등에 따른 것이므로 이는 공사준비의 부족 또는 경영상의 이유로서 위에서 설시한 대법원 판례에서 언급하고 있는 정당한 사유로 보기 어려운 점 등에 비추어 청구법인이 이 건 토지의 취득일부터 3년 내에 해당 용도로 직접 사용하지 않은 정당한 사유가 있다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 할 것이다. 따라서, 지방세특례제한법 제78조 제5항 제1호에 따른 정당한 사유 없이 이 건 토지의 취득일부터 유예기간 내에 해당 용도로 직접 사용하지 않는 것으로 보아 기납부한 취득세 등의 환급을 구하는 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제96조 제6항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법률

(1) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것) 제78조(산업단지 등에 대한 감면) ④ 제1호 각 목의 지역(이하 “산업단지 등”이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.

1. 대상 지역

• 가. 산업입지 및 개발에 관한 법률에 따라 지정된 산업단지
• 나. 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률에 따른 유치지역
• 다. 산업기술단지 지원에 관한 특례법에 따라 조성된 산업기술단지

2. 경감 내용

• 가. 산업용 건축물 등을 건축하려는 자[공장용 건축물(건축법 제2조 제1항 제2호에 따른 건축물을 말한다)을 건축하여 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다]가 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2016년 12월 31일까지 경감한다.
• 나. 산업단지 등에서 산업용 건축물 등을 대수선하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 25를 2016년 12월 31일까지 경감한다.
• 다. 가목의 부동산에 대한 해당 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 35를 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 75를 경감)한다.

⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각(해당 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우는 제외한다)·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 부 칙 ＜법률 제12955호, 2014.12.31.＞ 제25조(산업단지 입주기업 등에 대한 경감세율 특례) 제78조 제1항에 따른 사업시행자와 2015년 12월 31일까지 분양계약을 체결하고 제78조 제4항 제1호의 대상지역에서 산업용 건축물 등을 건축［공장용 건축물(건축법 제2조 제1항 제2호에 따른 건축물을 말한다)을 건축하여 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다］ 또는 대수선 하려는 자가 제78조 제4항에 따라 취득하는 부동산에 대해서는 이 법 개정 법률에도 불구하고 2017년 12월 31일까지 종전의 법률을 적용한다.

(2) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것) 제78조(산업단지 등에 대한 감면) ④ 제1호 각 목의 지역(이하 “산업단지 등”이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 감면한다.

1. 대상 지역

• 가. 산업입지 및 개발에 관한 법률에 따라 지정된 산업단지
• 나. 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률에 따른 유치지역
• 다. 산업기술단지 지원에 관한 특례법에 따라 조성된 산업기술단지

2. 감면 내용

• 가. 산업용 건축물 등을 건축하려는 자[공장용 건축물(건축법 제2조 제1항 제2호에 따른 건축물을 말한다)을 건축하여 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다]가 취득하는 부동산에 대해서는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제한다.
• 나. 산업단지 등에서 산업용 건축물 등을 대수선하여 취득하는 부동산에 대해서는 2014년 12월 31일까지 취득세의 100분의 50을 경감한다.
• 다. 가목의 부동산에 대한 해당 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 50을 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 면제)한다.

⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각(해당 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우는 제외한다)ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우