지식산업센터 설립승인을 받기 이전에 취득한 토지가 취득세 감면대상에 해당하는지 여부

[참조결정] 조심2014지0764 / 조심2013지0483

[주 문] OOO시장이 2019.10.25. 청구법인에게 한 취득세 OOO, 지방교육세 OOO, 농어촌특별세 OOO 합계 OOO의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. OOO(이하 “시행사”라 한다)는 2017.4.18. OOO와 OOO 일원의 OOO 6-1블럭 10,475㎡(산업시설용지, 이하 “이 건 토지”라 한다)에 대한 분양계약을 체결하였고, 시행사는 2018.6.20. 처분청으로부터 지식산업센터 신설 승인(기업일자리과-29926호)을 받았다.
• 나. 청구법인은 2018.11.17. 시행사 및 OOO와 이 건 토지에 대한 권리의무승계계약을 체결하였고, 같은 날 청구법인과 시행사는 관리형토지신탁계약을 체결하였으며, 이러한 계약에 따라 청구법인은 OOO에 이 건 토지에 대한 잔금을 지급하고 취득한 후, 2019.1.7. 취득신고를 하면서 이 건 토지는 지방세특례제한법(2020.1.15. 법률 제16865호로 일부 개정되기 전의 것, 이하 “지특법”이라 한다) 제58조의2 제1항의 취득세 감면대상에 해당된다는 사유로 감면신청을 하여 처분청으로부터 취득세의 100분의 35를 경감받고 나머지 취득세 등을 신고납부하였다.
• 다. 처분청은 지식산업센터 설립승인을 받은 자는 시행사이므로 청구법인은 지식산업센터를 설립하는 자에 해당되지 아니하여 이 건 토지는 취득세 감면대상에 해당되지 아니하는 것으로 보아 감면한 취득세 OOO, 지방교육세 OOO, 농어촌특별세 OOO 합계 OOO(가산세 포함)을 2019.10.25. 청구법인에게 부과고지하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2020.1.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 시행사는 OOO에 본점을 두고 있는 사업자로, 2017.4.18. 지식산업센터의 신축 및 분양사업을 추진하기 위하여 OOO와 이 건 토지를 OOO에 취득하는 분양계약을 체결하였고, 시행사는 2018.6.19. 처분청에 이 건 토지상에 지식산업센터를 신설하는 승인신청서를 제출하여 2018.6.20. 처분청으로부터 지식산업센터 신설 승인을 통보를 받았다. 시행사는 2018.11.7. 청구법인 등과 이 건 토지에 대하여 매매계약상의 지위를 청구법인이 승계하는 내용의 권리의무승계계약과 청구법인을 수탁자로 하는 관리형토지신탁계약을 각각 체결하였으며, 청구법인은 이러한 권리의무승계계약에 따라 OOO에게 2018.11.7. 분양금액 OOO및 연체료 OOO, 합계OOO을 납부하였다. 시행사는 2019.1.25. 처분청에 이 건 토지상에 지식산업센터를 건축하기 위한 착공신고를 하였으며, 처분청은 2019.1.28. 착공신고필증을 교부하였고, 처분청은 2019.2.11. 건축주를 시행사에서 청구법인으로 변경하는 건축주 변경 신고필증을 교부하였으며, 청구법인은 2019.2.15. 지식산업센터 설립자를 시행사에서 청구법인으로 변경하는 지식산업센터 신설변경승인신청서를 제출하여 처분청은 같은 날 변경 승인 통보를 받았다. 지식산업센터를 설립하는 자에게 취득세를 감면하는 입법취지는 사업시행자가 지식산업센터를 조성하는데 지방세 감면혜택을 부여함으로써 지식산업센터의 원활한 조성을 촉진하려는 데 있다 할 것으로, 선결정례{조심 2014지764(2015.9.3.), 2013지483(2015.6.30.)}에서도 지식산업센터의 설립승인을 받은 자는 물론 설립승인을 받기 전이라 하더라도 토지 취득 후 설립승인을 받아 착공을 하려는 자도 포함하는 것이고, 다만 감면 규정의 단서에 따라 추후 추징하면 족하다고 결정하고 있다. 이 건의 경우에도 청구법인이 이 건 토지를 취득하기 전인 2018.6.20. 이 건 토지에 대하여 이미 시행사가 지식산업센터 설립 승인을 받아 이미 합법적인 지식산업센터 설립승인을 받은 토지이고, 대출 금융기관 등과의 약정에 따라 이 건 토지를 청구법인이 잔금 등을 지급하고 취득할 당시에는 청구법인 명의로 지식산업센터 설립승인 신청을 하는 것이 사실상 불가능했던 점 등에 비추어 청구법인은 이 건 토지 취득 당시 실질적인 지식산업센터를 설립하는 자에 해당된다 할 것이다. 특히, 청구법인은 2018.11.7. 이 건 토지를 취득하여 2019.2.12. 처분청은 청구법인을 건축주로 변경하는 것에 대한 승인서를 교부하였으며, 2019.2.15. 처분청으로부터 이 건 토지상에 지식산업센터 설립자를 청구법인으로 하는 변경 승인을 받았던 점을 고려하면, 이 건 토지는 취득세 등의 감면 요건을 충족한 것으로 보아야 할 것으로서, 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견

(1) 경기도지사 의견 청구법인이 이 건 토지를 취득할 당시 실질적인 지식산업센터를 설립하는 자에 해당되므로, 처분청이 이 건 토지에 대하여 감면한 취득세 등을 추징한 처분이 부당하다고 주장하므로 이를 살펴보면, 2016.12.31. 이전에는 지식산업센터 등에 대한 감면규정에서 “지식산업센터의 설립 승인을 받은 자가 사업시설용 부동산을 취득하는 경우”를 감면대상으로 규정하고 있었으나, 2017.1.1. 이후에는 “지식산업센터를 설립하는 자가 취득하는 사업시설용 부동산을 취득하는 경우”로 관련 규정이 개정되었고, 개정이유를 보면 지식산업센터 설립 승인 시 해당 건축물을 신축하기 위한 부동산을 소유하고 있거나, 토지 소유자의 사용승낙을 받아야 하는 지식산업센터 설립승인 절차를 고려하여 설립승인을 받기 전 토지를 취득한 경우에도 감면이 가능하도록 개선한 것으로 나타나며, 개정내용에 “신축 또는 증축하여 취득하는 건축물에 대한 부속토지를 포함하여 감면한다”고 적용 요령에서 밝히고 있다. 청구법인은 이 건 토지를 취득한 이후 지식산업센터 설립 변경 승인을 받았으나, 이 건 토지상에 신축 중인 건축물이 지식산업센터로 직접 사용하지 않을 경우에는 지특법 제58조의2 제1항 제1호 나목에 따라 이 건 토지에 대하여 감면한 취득세 등이 추징되는 점, 처분청의 주장처럼 건축허가 및 건축물 착공이 지식산업센터 설립승인자의 위치에서 할 것을 법령에서 별도로 규정하고 있지 아니한 점 등에 비추어, 청구법인이 이 건 토지를 취득한 이후 지식산업센터 설립자를 청구법인으로 하는 변경승인을 받았으므로 이 건 토지는 취득세 감면요건을 충족하였다는 청구주장은 이유가 있다 할 것이다.

(2) 처분청 의견 지특법 제58조의2 제2항에서 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률제28조의2에 따라 지식산업센터를 설립하는 자가 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률제28조의5 제1항 제1호 및 제2호에 따른 시설용으로 직접 사용하기 위하여 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산과 사업시설용으로 분양 또는 임대하기 위하여 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를 경감한다고 규정하고 있다. 청구법인은 시행사의 소유권이 완성(분양권 잔금납부 전)되기 이전인 2018.10.31. 시행사와 관리형 토지신탁계약을 체결하였으며, 이는 시행사가 이 건 토지의 소유권을 완성한 후 신탁자의 위치에서 청구법인과 신탁계약을 체결하였다는 의미인 것이나, 지방세법상 취득세 납세의무자는 분양권의 잔금을 완납한 자라 할 것이다. 이 건 토지의 분양계약서를 보면 분양회사인 OOO는 2017.4.18. 시행사와 분양계약을 체결하였고, 2018.11.7. 분양권의 매수인을 청구법인으로 변경하였으며, 청구법인은 분양권의 권리의무승계에 따라 분양대금을 완납하였는바, 청구법인은 이 건 토지를 2018.11.7. 취득하였고, 2019.2.15. 지식산업센터 설립승인을 받았으므로 설립승인자가 취득하는 토지에 해당되지 아니하며, 2018.7.6. 시행사가 건축허가를 신청하여 2019.1.28. 실제 착공이 이루어졌으며, 실제 착공 이후인 2019.2.12. 건축주를 청구법인으로 변경하였으므로 이 건 토지는 취득세 감면대상에 해당되지 않는다 할 것이다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 지식산업센터 설립승인을 받기 이전에 취득한 토지가 취득세 감면대상에 해당하는지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 지방세특례제한법(2020.1.15. 법률 제16865호로 일부개정되기 전의 것) 제58조의2(지식산업센터 등에 대한 감면) ① 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제28조의2에 따라 지식산업센터를 설립하는 자에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2019년 12월 31일까지 지방세를 경감한다.

1. 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률제28조의5 제1항 제1호 및 제2호에 따른 시설용(이하 이 조에서 "사업시설용"이라 한다)으로 직접 사용하기 위하여 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산(신축 또는 증축한 부분에 해당하는 부속토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 사업시설용으로 분양 또는 임대(중소기업기본법제2조에 따른 중소기업을 대상으로 분양 또는 임대하는 경우로 한정한다. 이하 이 조에서 같다)하기 위하여 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를 경감한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다.

• 가. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 착공하지 아니한 경우
• 나. 그 취득일부터 5년 이내에 매각·증여하거나 다른 용도로 분양·임대하는 경우

2. 과세기준일 현재 사업시설용으로 직접 사용하거나 그 사업시설용으로 분양 또는 임대 업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 1,000분의 35를 경감한다.

(2) 지방세특례제한법(2016.12.27. 법률 제14477호로 개정되기 전의 것) 제58조의2(지식산업센터 등에 대한 감면) ① 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제28조의2에 따라 지식산업센터의 설립승인을 받은 자에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2016년 12월 31일까지 지방세를 경감한다.

1. 지식산업센터를 신축하거나 증축하여 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률제28조의5 제1항 제1호 및 제2호에 따른 시설용(이하 이 조에서 "사업시설용"이라 한다)으로 직접 사용하거나 분양 또는 임대하기 위하여 취득하는 부동산과 신축 또는 증축한 지식산업센터에 대해서는 취득세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다.

• 가. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 착공하지 아니한 경우
• 나. 그 취득일부터 5년 이내에 매각·증여하거나 다른 용도로 분양·임대하는 경우

2. 과세기준일 현재 사업시설용으로 직접 사용하거나 분양 또는 임대 업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 1,000분의 375를 경감한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구법인이 제출한 심리자료는 다음과 같다. (가) 시행사는 2017.4.18. OOO와 이 건 토지에 대하여 분양대금을 OOO으로 하여 분양계약을 체결한 사실이 분양계약서에서 확인된다. (나) 시행사는 2018.6.20. 처분청으로부터 이 건 토지에 대한 지식산업센터OOO 신설 승인을 받은 사실이 관련 공문(기업일자리과-29926호)에서 확인된다. (다) 시행사는 2018.10.31. 시공사OOO, 수탁자(청구법인), 금융기관OOO과 이 건 토지를 청구법인에게 신탁하고, 그 지상에 지식산업센터를 신축하여 분양하는 내용의 관리형 토지신탁계약을 체결하였다. (라) 청구법인 및 OOO는 2018.11.7. 이 건 토지에 대하여 분양계약상의 일체의 권리 의무를 청구법인이 승계하는 내용의 “권리의무승계신청 및 계약”을 체결하였다. (마) 청구법인은 2018.11.7. 이 건 토지에 대한 잔금 및 연체료를 지급하고 이 건 토지를 취득하였다. (바) 시행사는 2019.1.25. 이 건 토지 상에 건축물 착공신청을 하였고, 처분청은 2019.1.28. 시행사에게 착공신고필증을 교부한 사실이 관련 공문(건축과-4252)에서 확인된다. (사) 시행사는 2019.2.11. 건축관계자(건축주)를 청구법인으로 변경하는 신고를 하였고 같은 날 처분청은 건축관계자 변경신고필증을 교부한 것으로 나타난다. (아) 처분청은 2019.2.15. 시행사에서 청구법인으로 지식산업센터 신설 변경승인 통보를 한 사실이 관련 공문(기업일자리과-8649)에서 확인된다. (자) 행정자치부에서 발행한 “2017년도 시행 지방세특례제한법 적용요령”에 따르면, 지식산업센터 등에 대한 감면 규정의 개정이유 및 개정내용을 아래와 같이 밝히고 있다. OOO

(2) 이상의 사실관계 및 관계법령을 종합하여 살펴본다. 지특법 제58조의2 제1항 본문 및 제1호에서 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률제28조의2에 따라 지식산업센터를 설립하는 자가 같은 법 제28조의5 제1항 제1호 및 제2호에 따른 시설용으로 직접 사용하기 위하여 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산(신축 또는 증축한 부분에 해당하는 부속토지를 포함한다)과 사업시설용으로 분양 또는 임대(중소기업기본법제2조에 따른 중소기업을 대상으로 분양 또는 임대하는 경우로 한정한다. 이하 이 조에서 같다)하기 위하여 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를 경감하도록 규정하고 있다. 지특법 제58조의2 제1항이 2016.12.27. 법률 제14477호로 개정되면서 종전에는 감면대상자를 “지식산업센터의 설립승인을 받은 자”로 규정하다가 개정 이후에는 “지식산업센터를 설립하는 자”로 개정하였고, 이러한 개정취지가 지식산업센터 설립 승인 시 해당 건축물을 신축하기 위한 부동산을 소유하고 있거나 토지 소유자의 사용승낙을 받아야 함에 따른 지식산업센터의 설립승인 절차를 고려하여 설립 승인을 받기 이전에 토지를 취득한 경우에는 감면이 가능하도록 개정한 점에 비추어, 토지 취득 당시 설립승인을 받지 아니하였다 하더라도 지식산업센터를 설립하는 자가 사전에 취득하는 토지의 경우에도 취득세 감면대상에 해당된다고 보아야 할 것이다. 이 건의 경우를 보면, 시행사가 2017.4.18. OOO와 이 건 토지에 대한 분양계약을 체결하고, 2018.6.20. 지식산업센터 설립승인을 받았으며, 그 후 시행사와 청구법인은 2018.10.31. 이 건 토지를 청구법인에게 신탁하여 그 지상에 지식산업센터를 신축 분양하는 내용의 관리형 토지신탁계약을 체결하고 이러한 계약에 따라 청구법인이 매수인 지위를 승계한 후 2018.11.7. 이 건 토지를 취득하고, 2019.2.15. 처분청으로부터 지식산업센터의 설립자를 청구법인으로 변경하는 승인을 받은 일련의 과정에 비추어, 청구법인은 이 건 토지를 취득할 당시 지식산업센터를 설립하는 자에 해당된다 할 것이고, 이러한 청구법인이 지식산업센터를 신축하기 위하여 취득한 이 건 토지는 취득세 감면대상에 해당된다고 하겠다. 따라서, 처분청이 이 건 토지에 대하여 감면한 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이라고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법 제96조 제6항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.