[요지] 청구법인이 쟁점부동산 신축공사를 착공할 당시에는 의과대학 부속병원용 부동산에 대한 취득세는 종전규정에 따라 면제되고 있었으므로 청구법인으로서는 향후 그 부동산이 완공되더라도 종전규정에 따라 취득세가 면제될 것으로 신뢰할 만한 사정이 있었던 것으로 보이는 점 등에 비추어 일반적 경과규정에 따라 종전규정을 적용하여 취득세를 면제하는 것이 타당하다 할 것임
[요지] 청구법인이 쟁점부동산 신축공사를 착공할 당시에는 의과대학 부속병원용 부동산에 대한 취득세는 종전규정에 따라 면제되고 있었으므로 청구법인으로서는 향후 그 부동산이 완공되더라도 종전규정에 따라 취득세가 면제될 것으로 신뢰할 만한 사정이 있었던 것으로 보이는 점 등에 비추어 일반적 경과규정에 따라 종전규정을 적용하여 취득세를 면제하는 것이 타당하다 할 것임
[주 문] OOO구청장이 2020.1.28. 청구법인에게 한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
3. 심리 및 판단
(1) 청구법인이 제출한 증빙서류와 처분청이 제시한 심리자료에서 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 고등교육법 제4조에 따라 설립된 OOO대학교를 경영하는 법인으로, OOO에 사용할 쟁점부동산을 신축하기 위해 2013.6.18. 건축허가를 받아 2013.7.23. 그 신축공사를 착공하여 2016.6.2. 임시사용승인을 받았다. (나) OOO용 부동산에 대하여 개정 전 지방세특례제한법은 2014.12.31.까지 취득세를 면제하는 것으로 규정하였으나(종전규정), 2015.1.1. 시행된 개정 후 지방세특례제한법(2015.1.1. 시행)은 2016.12.31.까지 취득세의 75%를 경감하는 것으로 규정하면서 “이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다”는 경과규정(부칙 제14조)을 두었다. (다) 청구법인은 2016.7.29. 쟁점부동산에 대하여 개정규정에 따라 75% 감면을 적용하는 것으로 취득세 등을 신고하였다가 2019.12.3. 위 경과규정 및 종전규정에 따라 100% 감면을 적용하는 것으로 이 건 경정청구를 하였다. (라) 한편, 사립대학교 OOO용 부동산은 지방세법이 제정된 1961년부터 ‘학술을 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위해 취득하는 부동산’으로서 취득세 비과세 대상(2010.3.31. 법률 제10221호로 전부개정되기 전의 지방세법제107조)이었으나, 2010년 지방세특례제한법이 제정되면서 2011.1.1.부터 ‘학교용 부동산’으로서 취득세 면제 대상으로 변경되었다가, 2015.1.1.부터는 그 감면율이 75%로 축소되었다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살펴본다. 조세법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 개정된 법령의 부칙에서 ‘이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하여야 할 조세에 대하여는 종전의 예에 의한다’는 취지의 규정을 두고 있다면 이는 납세의무자의 기득권이나 신뢰를 보호하기 위한 것이므로, 여기서 ‘종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하여야 할 조세’에 해당하여 개정 전 법령이 적용되기 위하여는 개정전 법령의 시행 당시 과세요건이 모두 충족되어 납세의무가 성립하였거나, 비록 과세요건이 모두 충족되지는 않았더라도 납세의무자가 개정 전 법령에 의한 조세 감면 등을 신뢰하여 개정 전 법령의 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 원인행위로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 그 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우여야 하고, 이러한 정도에 이르지 않은 경우에는 개정 전 법령이 아니라 납세의무 성립 당시의 법령이 적용된다고 할 것이다. 이 건의 경우, 청구법인이 쟁점부동산의 신축허가를 받아 그 공사를 착공할 당시에는 개정 전 지방세특례제한법에서 OOO용 부동산에 대한 취득세를 면제하는 것으로 규정하고 있다가, 청구법인이 쟁점부동산의 신축공사를 완공할 당시에 시행 중인 개정 된 지방세특례제한법에서 취득세 감면범위를 75%로 축소하였으나, 부칙에서 일반적 경과조치 규정을 두어 ‘종전규정에 따라 감면될 취득세’에 대하여는 종전규정에 따르도록 함으로써 종전규정에 따른 감면을 신뢰한 납세자를 보호하도록 하고 있는 점, 청구법인이 쟁점부동산의 건축허가를 받아 그 신축공사를 착공할 당시에는 OOO용 부동산에 대한 취득세는 종전규정에 따라 면제되고 있었으므로 청구법인으로서는 향후 그 부동산이 완공되더라도 종전규정에 따라 취득세가 면제될 것으로 신뢰하였을 것으로 보이고, 그러한 OOO에 대한 취득세 면제규정은 1954년 지방세법에 신설된 이후 2014.12.31.까지 지방세법 또는 지방세특례제한법에서 계속하여 그 형식만 바꾸어 비과세 또는 면제대상으로 유지되어 왔으므로 그와 같이 신뢰할 만한 사정이 있었던 것으로 보이는 점, 실제로 청구법인은 종전규정 시행당시 OOO용 건축물 신축을 추진하여 건축허가, 착공 등의 쟁점부동산의 취득과 밀접하게 관련된 원인행위를 한 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구법인이 지방세특례제한법이 개정되어 OOO용 부동산에 대한 취득세 감면율이 75%로 축소된 이후인 2016.6.2. OOO용인 쟁점부동산을 취득하였다 하더라도 개정 전 지방세특례제한법이 시행 중인 2013년에 쟁점부동산의 취득을 위한 원인행위를 하였는바, 일반적 경과규정에 따라 종전규정을 적용하여 취득세를 면제하는 것이 타당하다 할 것이므로 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이라고 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법제96조 제6항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법률
(1) 지방세기본법 제34조(납세의무의 성립시기) ① 지방세를 납부할 의무는 다음 각 호의 구분에 따른 시기에 성립한다.
1. 취득세: 과세물건을 취득하는 때
(2) 지방세법 시행령 제20조(취득의 시기 등) ⑥ 건축물을 건축 또는 개수하여 취득하는 경우에는 사용승인서를 내주는 날(사용승인서를 내주기 전에 임시사용승인을 받은 경우에는 그 임시사용승인일을 말하고, 사용승인서 또는 임시사용승인서를 받을 수 없는 건축물의 경우에는 사실상 사용이 가능한 날을 말한다)과 사실상의 사용일 중 빠른 날을 취득일로 본다. (단서 생략)
(3) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 일부개정되기 전의 것) 제41조(학교 및 외국교육기관에 대한 면제) ① 초ㆍ중등교육법 및 고등교육법에 따른 학교, 경제자유구역 및 제주국제자유도시의 외국교육기관 설립ㆍ운영에 관한 특별법 또는 기업도시개발 특별법에 따른 외국교육기관을 경영하는 자(이하 이 조에서 "학교등"이라 한다)가 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다.
1. 수익사업에 사용하는 경우
2. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우
3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우
⑦ 제1항부터 제6항까지의 규정에도 불구하고 고등교육법 제4조에 따라 설립된 의과대학(한의과대학, 치과대학 및 수의과대학을 포함한다)의 부속병원에 대한 제1항부터 제6항까지의 규정에 따른 면제는 2014년 12월 31일까지로 한정한다.
(4) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 일부개정된 것) 제41조(학교 및 외국교육기관에 대한 면제) ⑦ 제1항부터 제6항까지의 규정에도 불구하고 고등교육법 제4조에 따라 설립된 의과대학(한의과대학, 치과대학 및 수의과대학을 포함한다)의 부속병원에 대해서는 다음 각 호에 따라 취득세 및 재산세를 각각 경감한다.＜신설＞
1. 다음 각 목의 기간에 따라 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대한 취득세