① 이 건 증액처분에 포함되어 있는 이 건 공동주택과 관련된 세액을 당초 신고납부한 세액에 대한 경정청구로 다툴 수 있는지 여부 ② 이 건 공동주택 신축에 대해서 일반적 경과조치를 적용하여 종전 규정에 따라 취득세를 감면하여 달라는 청구주장의 당부

[주 문] OOO구청장이 2019.12.24. 청구법인에게 한 취득세 등의 경정청구 거부통지 중 2017.3.10. 청구법인에게 한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원의 부과처분 부분에 대한 심판청구는 이를 각하하고, 나머지 취득세 등의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2015.12.15. OOO소재 건축물 OOO㎡(이하 “이 건 건축물”이라 한다)를 취득하고, 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 신고·납부하였다.
• 나. 처분청은 2017.3.10. 청구법인이 이 건 취득세 등을 과소신고·납부하였다고 보아 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(이하 “이 건 증액처분”이라 한다)을 부과·고지하였다.
• 다. 이후, 청구법인은 2019.11.13. 지방세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것) 제33조 제1항(이하 “종전 규정”이라 한다)이 폐지되기 전에 이 건 건축물을 건축 중이었으므로 종전 규정이 실효된 이후에 이 건 건축물을 취득하였다 하더라도 이 건 건축물 중 그 전용면적이 60㎡이하인 공동주택 70세대(이하 “이 건 공동주택”이라 한다)에 대해서는 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정 된 것) 부칙 제14조(이하 “일반적 경과조치”라 한다)를 적용하여 종전 규정에 따라 이 건 취득세 등 OOO원을 면제하여야 한다는 취지로 경정청구(이하 “이 건 경정청구”라 한다)를 제기하였고, 처분청은 2019.12.24. 이를 거부하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2020.1.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 이 건 건축물에 대한 착공신고를 할 당시(2014.5.13.)에는 종전 규정에서 주택건설사업자가 분양할 목적으로 건축한 전용목적 60㎡이하인 공동주택(5세대 이상)에 대하여는 취득세를 면제한다는 규정이 시행 중에 있었고, 비록 이 건 공동주택의 사용승인 당시에는 일몰 기한의 도래로 감면 조항이 효력을 상실하였다 하더라도 일반적 경과조치와 납세자의 신뢰보호 원칙에 따라 이 건 공동주택에 대하여는 일몰 기한의 도래에 관계없이 종전 규정을 적용하는 것이 타당하다.
• 나. 처분청 의견 종전 규정에서 주택건설사업자가 공동주택을 분양할 목적으로 건축한 전용면적 60제곱미터 이하인 5세대 이상의 공동주택에 대해서는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제한다고 규정하고 있어 감면기한에 대한 일몰 규정을 두고 있었던바, 그렇다면 감면기한(2014.12.31.) 이후에는 감면이 종료되거나 감면율이 축소될 수도 있음을 충분히 예측할 수 있었던 상황이므로, 청구법인이 종전 규정이 2014.12.31. 일몰기한 만료로 감면이 자동 종료된 후에 이 건 공동주택을 취득한다 하더라도 취득세 등이 면제될 것이라고 신뢰한 것을 정당한 것으로 볼 수 없고, 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호되어야 할 것은 아니다. 또한, 종전 규정에서 주택건설사업자가 공동주택을 분양할 목적으로 건축한 전용면적 60제곱미터 이하인 5세대 이상의 공동주택에 대해서는 2014.12.31.까지 취득세를 면제한다고 규정하고 있을 뿐 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 면제한다거나 과세를 유예한다는 내용을 명시적으로 규정하고 있지도 않다. 따라서 처분청에서 청구법인의 경정청구를 거부한 것은 달리 잘못이 없다고 할 것이다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점

① 이 건 증액처분에 포함되어 있는 이 건 공동주택과 관련된 세액을 당초 신고납부한 세액에 대한 경정청구로 다툴 수 있는지 여부

② 이 건 공동주택 신축에 대해서 일반적 경과조치를 적용하여 종전 규정에 따라 취득세를 감면하여 달라는 청구주장의 당부

• 나. 관련 법령

(1) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것) 제33조[주택 공급 확대를 위한 감면] ① 대통령령으로 정하는 주택건설사업자가 공동주택(해당 공동주택의 부대시설 및 복리시설을 포함하되, 분양하거나 임대하는 복리시설은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)을 분양할 목적으로 건축한 전용면적 60제곱미터 이하인 5세대 이상의 공동주택(해당 공동주택의 부속토지를 제외한다. 이하 이 항에서 같다)과 그 공동주택을 건축한 후 미분양 등의 사유로 제31조에 따른 임대용으로 전환하는 경우 그 공동주택에 대해서는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제한다. 부칙 제14조[일반적 경과조치] 이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다.

(2) 지방세특례제한법 시행령 제15조[주택건설사업자의 범위 등] ① 법 제33조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 주택건설사업자”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다.

1. 해당 건축물의 사용승인서를 내주는 날 이전에부가가치세법 제8조에 따라 건설업 또는 부동산매매업의 사업자등록증을 교부받거나 같은 법 시행령 제8조에 따라 고유번호를 부여받은 자

(3) 지방세기본법 제36조(경정 등의 효력) ① 지방세관계법에 따라 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 지방세관계법에서 규정하는 권리ㆍ의무 관계에 영향을 미치지 아니한다.

② 지방세관계법에 따라 당초 확정된 세액을 감소시키는 경정은 경정으로 감소하는 세액 외의 세액에 관한 이 법 또는 지방세관계법에서 규정하는 권리ㆍ의무 관계에 영향을 미치지 아니한다. 제50조(경정 등의 청구) ① 이 법 또는 지방세관계법에 따른 과세표준 신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제51조제1항에 따른 납기 후의 과세표준 신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 법정신고기한이 지난 후 5년 이내[지방세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정이 있음을 안 날(결정 또는 경정의 통지를 받았을 때에는 통지받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)를 말한다]에 최초신고와 수정신고를 한 지방세의 과세표준 및 세액(지방세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액 등을 말한다)의 결정 또는 경정을 지방자치단체의 장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준 신고서 또는 납기 후의 과세표준 신고서에 기재된 과세표준 및 세액(지방세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 지방세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준 신고서 또는 납기 후의 과세표준 신고서에 기재된 환급세액(지방세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 환급세액을 말한다)이 지방세법에 따라 신고하여야 할 환급세액보다 적을 때

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 자료에 따르면 아래와 같은 사실이 확인된다. (가) OOO세무서장이 2019.1.8. 발급한 청구법인의 사업자등록증에는 개업일이 2008.5.29.로, 업태가 OOO으로, 종목이 OOO로 기재되어 있다. (나) 청구법인은 2012.10.18. 이 건 건축물에 대한 건축허가를 받고, 2014.4.23. 1차례 변경허가를 거쳐 2014.5.13. 착공신고를 하였으며, 2015.5.20. 입주자모집 공고를 승인받고, 2015.12.15. 사용승인서를 교부받은 것으로 나타난다. (다) 청구법인은 2014.4.29. AAA 주식회사(이하 “이 건 수급인”이라 한다)와 이 건 건축물 건축공사를 위한 도급계약을 체결하였고, 해당 계약서에는 계약금액이 OOO원(부가가치세 포함)으로, 착공년월일이 2014.5.20.로, 준공예정년월일은 2015.7.30.로 기재되어 있으며, 청구법인은 위 도급계약에 따라 이 건 수급인에게 2014.10.7. 공급가액을 OOO원으로, 2014.12.30. 공급가액을 OOO원으로 하여 전자세금계산서 및 전자계산서를 발급한 것으로 나타난다. (라) 이 건 수급인은 이 건 건축물 건축공사와 관련하여 ㈜BBB과 하도급계약을 체결하였는데, 해당 계약서에는 계약금액이 OOO원으로, 공사기간은 2014.5.13.부터 2014.12.30.까지로 기재되어 있다. (마) 이 건 취득세 등에서 이 건 공동주택에 해당하는 부분은 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원 OOO원인 것으로 확인된다. (바) 행정안전부는 2014.9.15. 지방세특례제한법 일부개정법률(안)을 입법예고하였고, 그 개정 이유에는 2014.12.31. 일몰이 도래하는 지방세 감면사항들이 일괄 종료됨에 따라, 지방세 감면 지원이 계속 필요한 분야에 대하여 감면을 재설계하기 위한 것이라고 적시되어 있고, 그 개정 내용에 종전 규정은 포함되지 않은 것으로 확인된다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저, 쟁점①에 대하여 보면, 청구법인이 당초 신고납부한 세액의 한도 내에서 이 건 증액처분에 포함되어 있는 세액(이하 “쟁점세액”이라 한다)을 환급하여 달라는 취지로 경정청구를 제기하였다 하더라도, 지방세기본법 제50조 제1항에서는 증액처분의 과세표준과 세액에 대해서 다툴 수 있는 기간을 그 처분을 안 날부터 90일로 제한하고 있는바, 그 기간이 경과되어 제기된 쟁점세액에 대한 경정청구는 적법한 경정청구로 볼 수 없고, 이에 대한 거부통지는 단순한 민원회신에 불과할 뿐, 불복의 대상이 되는 처분으로 볼 수 없으므로 쟁점세액에 대한 심판청구는 본안심리 대상에 해당되지 않는다고 판단된다. (나) 다음으로, 쟁점②에 대하여 보면, 종전 규정은 지방세특례제한법 시행령 제15조에서 정한 요건을 갖춘 자가 감면 요건에 부합하는 규모로 건축허가를 받아 이루어지는 취득에 대해서는 취득세를 면제하겠다는 취지로 보이므로 신뢰보호와 관련된 내용을 담고 있는 것으로 보이고, 이 건 공동주택의 규모, 준공일 및 관련 계약서 등에 비추어 청구법인은 2014.12.31.이전에 이 건 공동주택의 건축공사를 시작한 것으로 보이므로 이 건 공동주택의 취득에 대하여 일반적 경과조치를 적용하여 종전 규정에 따라 취득세를 면제하는 것이 타당하다. 따라서 청구법인이 2015.12.15. 신고·납부한 취득세 등 OOO원 중 이 건 공동주택에 해당하는 부분에 대하여 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 일부는 부적법한 심판청구에 해당하고, 일부는 이유 있으므로 지방세기본법 제96조 제6항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제1호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.