청구법인(영농법인)이 쟁점토지를 취득하고 유예기간(1년)내에 해당 용도로 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2017.9.29. OOO 토지 5,779㎡ (이하 “쟁점①토지”라 한다) 및 같은 동 OOO 외 1필지 토지 1,943.45㎡(이하 “쟁점②토지”라 하고 쟁점①토지와 합쳐서 “쟁점토지”라 한다)를 취득하고, 지방특례제한법 제11조 제1항에 따른 농업법인이 영농에 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 하여 취득세를 면제받았다.
• 나. 처분청은 2019.1.21. 쟁점토지를 방문하여 확인할 결과 쟁점①토지에는 하우스, 창고, 건축물 등이 있고 내부에는 물건이 적치되어 있는 등 생활물품 보관창고로 사용되었고, 쟁점②토지는 임야상태로 방치된 것을 확인하여 청구법인이 쟁점토지를 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 않은 것으로 보아 기 경감한 취득세 OOO, 지방교육세 OOO, 농어촌특별세 OOO 합계 OOO(가산세 포함, 이하 “취득세 등”이라 한다)을 2019.4.15. 청구법인에게 부과ㆍ고지하였다.
• 다. 청구법인 이에 불복하여 2019.7.17. 이의신청을 거쳐 2019.12.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 영농을 목적으로 2017.7.14. 농업회사 법인을 설립하고 2017.9.29. 쟁점토지를 취득하고 같은 해에 해당 토지에서 재배한 농산물을 판매하여 OOO의 매출실적을 올렸으며, 영농 2년차인 2018년에는 선인장, 연근, 더덕 등을 추가하여 다양하게 재배하여 판매한 결과 OOO의 매출이 발생하였다. 이러한 매출실적은 재무제표 및 계정별 원장을 통하여 확인된다. 농지원부와 농업경영체등록확인서에 따르면 청구법인은 2017년 배추, 무, 고구마 등을 재배하여 수확 및 판매하였으며 2018년에도 영농사실을 알 수 있다. 청구법인은 2018년 위에서 설시한 고가의 품목(선인장, 연근, 더덕 등)을 재배하여 판매하여 전년도 대비OOO의 매출을 더 올릴 수 있었으나, 1차 산업형태의 현 영농방법으로는 청구법인이 결국에는 도산할 수 밖에 없으므로 고민하고 연구한 결과 6차산업으로 전환하기로 결정하고 2018년 10월말까지 그 해 영농을 서둘러 끝냈으며 6차 산업을 위한 비닐하우스 5개동 시설공사를 시작하였다. 그런데 처분청이 동절기인 2019.1.21. 현지확인을 실시한 결과 청구법인이 쟁점토지를 영농목적으로 사용하지 않은 것으로 보아 이 건 취득세 등을 부과·고지하였다. 결국, 처분청이 현지확인을 실시할 당시 청구법인은 그 해(2018년) 수확을 조기에 끝내고 2019년 영농을 준비하기 위하여 비닐하우스 시설공사 중이었으므로 쟁점토지를 해당 용도로 직접 사용하지 않은 것으로 보아 취득세 등을 부과한 이 건 처분은 부당하므로 취소되어야 한다. 나.처분청 의견 처분청이 2019.1.21. 현지출장을 통하여 확인한 결과 쟁점①토지에는 건축물, 하우스, 주택 등이 있고, 그 내부에도 일반 생활물품이 보관되어 있으며, 썰매장을 설치하여 홍보하는 등 영농 이외의 영업행위를 하고 있는 사실이 확인되었다. 쟁점②토지도 임야상태로 영농의 흔적이 전혀 보이지 않는 것으로 볼 때, 청구법인이 쟁점토지에서 천년초, 연근, 더덕 등을 재배하였다고 보기에는 무리가 있고 처분청(도시농업과)에서도 쟁점①토지는 휴경상태라고 적시하고 있고 청구법인이 제출한 계정별 원장 및 농업경영체등록확인서에서 나타나는 농산물이 쟁점토지에서 재배한 것이라 할 수 있는 증빙이라 보기 어려우며 청구법인은 법인장부의 상품매출 이외에 해당 토지에서 영농을 하였다는 다른 증빙을 제시하지 못하고 있으므로 쟁점토지의 취득일부터 1년이 경과할 때까지 정당한 사유 없이 해당 용도로 직접 사용하지 않은 것으로 보아 취득세 등을 부과한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 청구법인(영농법인)이 쟁점토지를 취득하고 유예기간(1년) 내에 해당 용도로 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부
• 나. 관련 법률: ＜별지＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 그 설립일부터 2년 이내에 쟁점토지를 취득한 것에 대하여는 다툼이 없다.

(2) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음의 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2017.7.11. OOO를 본점으로 하고 도․소매업(농수산품 및 건강식품) 등을 목적사업으로 하여 설립되었다. (나) 청구법인은 2017.9.29. 쟁점토지를 취득하고, 지방세특례제한법제11조 제1항에 따른 농업법인이 영농에 사용하기 위하여 취득한 부동산으로 하여 취득세를 면제받았다. (다) 표준손익계산서(2017년 및 2018년)에 따르면 청구법인은 2017년 OOO, 2018년 OOO의 매출을 발생하였고, 2018년 계정별 원장을 살펴보면 청구법인은 2018.10.16. 및 2018.10.19. OOO에게 농산물 OOO 및 OOO을, 2018.11.8. OOO에게 농산물 OOO을, 2018.12.19. OOO에게 농산물 OOO을 각각 판매한 것으로 나타난다. (라) 농지원부(2018.3.29. 발급)에 따르면 청구법인은 쟁점①토지를 소유하고 있고 해당 농지의 주재배작물은 ‘채소’이며, 경작형태는 ‘자경’으로 나타난다. (마) 농업경영체등록확인서(2018.8.22. 발급)에서 경영주인 청구법인의 쟁점①토지 이용면적을 살펴보면 ‘노지형태’로 더덕(1,030㎡), 시금치(1,030㎡), 도라지(1,030㎡), 양파(1,030㎡), 선인장(1,009㎡)이고, ‘온실(비닐)형태’로 연근(450㎡)이며, 폐경(200㎡)으로 기재되어 있다. (바) 일반건축물대장(갑)에 따르면 청구법인은 2018.11.12. 쟁점토지에서 창고시설(131.93㎡)을 신축한 것으로 나타난다. (사) 처분청이 쟁점토지에 출장하여 작성한 출장복명서(세무과-1061, 2019.1.22.)의 주요 내용은 다음과 같다. OOO (아) 처분청 공문(도시농업과-6592, 2019.2.27.)에 따르면 쟁점①토지는 농지원부 농지조서상 휴경상태(현장확인일 2018.11.16.)이고 첨부된 현장사진 등을 살펴보면 쟁점①토지에는 창고에 냉장고, 소파 등이 있고, 비닐하우스에는 식탁 등만 존재하는 상태이며, 쟁점②토지는 방치된 임야상태로 나무땔감이 일부 쌓여진 것으로 되어 있다. OOO (차) 등기사항전부증명서(2020.1.13. 발급)에 따르면 OOO은 1998.12.28. ‘임의경매로 인한 낙찰’을 원인으로 쟁점①토지를 취득하고, 2017.11.6. ‘매매’를 원인으로 청구법인에게 해당 토지의 소유권을 이전하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살펴본다. (가) 지방세특례제한법제11조에서 제1항에서 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제16조에 따른 영농조합법인과 같은 법 제19조에 따른 농업회사법인이 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내에 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를, 농업법인의 설립등기에 대하여는 등록면허세를 각각 2017년 12월 31일까지 각각 면제하도록 규정하고 있고, 같은 법 제3항에서 제1호에서 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우에는 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징하도록 규정하고 있다. (나) 청구법인은 2017.9.29. 쟁점토지를 취득하고 그 취득일부터 유예기간(1년) 내에 쟁점①토지에서 선인장, 연근, 더덕 등을 재배하였고, 쟁점②토지에서 배나무 등을 식재하는 등 쟁점토지를 해당 용도로 직접 사용하였다고 주장하나, 2,000평이 넘는 규모인 쟁점토지의 경작과 관련하여 인건비 지급내역이나 작물의 생산내역 등이 확인되지 않는 것은 수긍하기 어려운 점, 처분청이 쟁점토지에 대하여 현장조사를 실시한 후 2019.1.22. 작성한 출장복명서를 살펴보면 쟁점①토지에는 창고가 존재하고 그 내부에는 생활용품 등이 있었으며, 쟁점②토지는 자연림 상태로 나타나는 점, 청구법인(영농법인)이 유예기간(1년) 내에 쟁점토지를 해당 용도로 직접 사용하였다고 주장하면서 그 증빙으로 제출한 2018년 당시의 손익계산서 및 계정별 원장, 그리고 예금계좌 거래내역을 살펴보면 매출액 대부분은 OOO과의 거래로 나타나는바, 해당 거래처가 청구법인이 생산한 농산물의 매출처라기 보다는 청구법인이 2018년 당시에 쟁점①토지에서 시행한 비닐하우스 설치공사와 관련 있는 거래처로 보이는 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점토지를 취득한 후 유예기간 내 해당 용도로 직접 사용하였다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 할 것이다. 따라서, 청구법인이 쟁점토지를 취득한 후 유예기간(1년) 내에 해당 용도로 직접 사용하지 않은 것으로 보아 취득세 등을 부과(추징)한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제96조 제6항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법률 지방세특례제한법(2017.12.26. 법률 제15295호로 일부 개정되기 전의 것) 제11조(농업법인에 대한 감면) ① 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제16조에 따른 영농조합법인과 같은 법 제19조에 따른 농업회사법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)이 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내에 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를, 농업법인의 설립등기에 대해서는 등록면허세를 각각 2017년 12월 31일까지 면제한다.

② 농업법인이 영농ㆍ유통ㆍ가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을, 과세기준일 현재 해당 용도에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 50을 각각 2017년 12월 31일까지 경감한다.

③ 제1항 및 제2항에 대한 감면을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 3년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 5년 미만인 상태에서 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제20조의3에 따라 해산명령을 받은 경우