청구인이 이 건 주식발행법인의 과점주주가 됨에 따른 취득세도 면제되어야 한다는 청구주장의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 주식회사 OOO(이하 “이 건 주식발행법인”이라 한다)는 2014.12.24. OOO 외 2필지 토지(이하 “이 건 토지”라 한다)를 분양받아 취득한 후, 2015.1.23. 처분청에 지방세특례제한법제78조 제4항에 따른 산업용 건축물 등을 건축하려는 자가 취득하는 부동산으로 신고하여 취득세 등을 면제받았다.
• 나. 처분청은 청구인ㆍOOO(이하 “청구인 등”이라 한다)이 2015.1.20. 및 2015.2.4. 현재 이 건 주식발행법인의 주식 10%를 취득하여 과점주주 주식소유비율이 증가(90%→100%)하였으나 과점주주 취득세 등을 신고․납부하지 않은 것으로 보아, 2019.9.30. 청구인에게 주식취득일 현재 이 건 주식발행법인의 장부에 기재되어 있는 취득세 과세대상 물건의 장부가액에 청구인 등의 주식증가 비율(10%)을 곱하여 산정한 OOO원을 과세표준으로 하고 지방세법제15조 제2항 제3호의 세율(2%)을 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 부과ㆍ고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여, 2019.12.12. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 지방세법제7조 제5항에서 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 때에는 그 과점주주는 당해 법인의 부동산 등을 취득한 것으로 본다고 규정하고 있고, 과점주주의 간주취득도 지방세법령의 규정에 의하여 취득세 비과세 또는 감면요건에 해당하게 되면 취득세도 당연히 비과세 또는 감면되는 것이라 할 것(대법원 2011.1.27. 선고, 2009두20816 판결, 같은 뜻임)이다. 법인이 부동산 등을 임의처분하거나 관리 운용할 지위에서 실질적으로 그 재산을 직접 취득한 것과 위 규정에 따른 과점주주의 간주취득은 서로 구별할 수 없는 것이다. 이 건 토지는 공장용지로만 사용하도록 처음부터 계약이 되어 있어 산업단지 내에서 공장용지 외의 용도로 사용하는 것은 불가하므로 청구인이 이 건 토지를 간주취득하였다는 사실은 곧 산업용 건축물등을 건축하기 위하여 직접 취득한 것과 동일한 것이고, 이 건 주식발행법인은 2014.12.24. 이 건 토지를 취득한 후 산업단지 건축물 등을 신축하기 위하여 취득하는 부동산으로 신고하여 취득세를 면제받았는바, 청구인이 이 건 토지를 간주취득한 시점에 위 법원판례대로 취득세 감면요건을 충족하고 있었음에도 처분청은 청구인 등이 단지 이 건 주식발행법인의 과점주주에 해당한다는 이유만으로 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 지방세법제7조 제5항에서 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 지방세기본법제47조 제2호에 따른 과점주주가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산을 취득한 것으로 본다고 규정하고 있을 뿐, 간주취득에 대한 취득세 감면규정을 별도로 규정하고 있지 않으며 이 건 주식발행법인이 산업단지에서 공장용 건축물을 신축하기 위하여 이 건 토지를 취득한 것과 청구인이 과점주주에 해당하여 간주취득한 것에 대한 취득세 납세의무는 서로 별개에 해당하여 아무런 관련이 없다. 또한 청구인이 주장하는 법원판결은 국가 등에 기부채납 등을 조건으로 취득하여 취득세가 비과세된 부동산을 보유한 법인의 과점주주가 됨으로써 그 부동산을 취득한 것으로 간주되는 경우에 대한 예외적인 것으로 이 건 취득세와는 그 사실관계가 다르므로 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 청구인이 이 건 주식발행법인의 과점주주가 됨에 따른 취득세도 면제되어야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령: ＜별지＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료를 보면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) OOO는 2010.9.9. OOO 일대 토지 1,629,329㎡(이 건 토지 포함)를 OOO 일반산업단지로 지정․고시(경기도 고시 제2010-282호)하였다. (나) 용지매매계약서에 의하면, OOO)와 이 건 주식발행법인(수분양자)은 2014.10.10. 이 건 토지를 OOO원에 분양하는 계약을 체결하였고, 위 계약서 제3조를 보면, 이 건 토지는 공장용지로서 이 건 주식발행법인은 소유권을 이전하기 전에 지정된 용도로 사용하지 않고 다른 목적으로 사용한 때, 분양자 동의 없이 타인에게 양도 또는 임대할 경우에는 분양계약이 해지된다고 약정되어있다. (다) 이 건 주식발행법인은 2014.12.24. 이 건 토지를 분양받아 취득한 후, 2015.1.23. 처분청에 지방세특례제한법제78조 제4항에 따른 산업용 건축물 등을 건축하려는 자가 취득하는 부동산으로 신고하여 취득세 등을 면제받았다. (라) 주식등변동상황명세서 의하면, 청구인 등은 2014.12.31. 현재 이 건 주식발행법인 주식 OOO주 중 OOO주를, 2015.1.20. 현재 OOO주를, 2015.2.4. 현재 OOO주를 각각 보유한 것으로 나타난다. 세부 과점주주 현황은 다음의 ＜표＞와 같다. ＜표＞ 이 건 주식발행법인의 주식보유 현황 (마) 처분청은 2019.9.30. 청구인에게 2015.1.20.~2015.2.4.까지의 이 건 주식발행법인의 주식변동비율(10%)에 해당하는 과점주주 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(가산세 포함)을 부과ㆍ고지하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 지방세법제7조 제5항에서 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 지방세기본법제47조 제2호에 따른 과점주주가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산등을 취득한 것으로 본다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제11조 제2항에서 이미 과점주주가 된 주주 또는 유한책임사원이 해당 법인의 주식등을 취득하여 해당 법인의 주식등의 총액에 대한 과점주주가 가진 주식등의 비율(이하 이 조에서 "주식등의 비율"이라 한다)이 증가된 경우에는 그 증가분을 취득으로 보아 법 제7조 제5항에 따라 취득세를 부과하되, 다만, 증가된 후의 주식등의 비율이 해당 과점주주가 이전에 가지고 있던 주식등의 최고비율보다 증가되지 아니한 경우에는 취득세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있다. 청구인은 이 건 주식발행법인이 이 건 토지를 취득하여 취득세 등을 면제받았으므로 청구인이 이 건 주식발행법인의 주식을 취득하여 납세의무가 성립한 과점주주 취득세도 면제되어야 한다고 주장하나, 청구인은 2015.1.20. 등에 이 건 주식발행법인의 주식을 추가로 취득하여 과점주주 주식소유 비율이 증가한 점, 부동산 등을 취득함에 따라 성립한 취득세 납세의무와 주식을 취득함에 따라 성립한 과점주주 취득세 납세의무는 별개이므로 이 건 주식발행법인이 부동산 등을 취득하면서 취득세 등을 감면받았다 하더라도 과점주주에 따른 취득세 등이 당연히 감면되는 것은 아닌 점, 지방세특례제한법령 등에서 산업단지내 토지의 간주취득에 대한 취득세 감면규정을 별도로 규정하고 있지 않아 청구인과 같은 경우 취득세를 감면할 근거가 없는 점, 청구인이 인용한 판례(대법원 2011.1.27. 선고 2009두20816 판결)는 과점주주가 해당 법인의 부동산 등을 간주취득하는 경우라 하더라도 기부채납을 할 수 밖에 없는 특성을 고려한 취지의 판결로 해당 법인의 과점주주가 됨에 따른 과점주주 취득세도 당연히 감면된다고 판결한 것이 아닌 점 등에 비추어, 이 건 과점주주 취득세 등은 지방세특례제한법등에 감면할 근거가 없어 면제대상으로 보기 어려우므로 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제96조 제6항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세기본법(2015.12.29. 법률 제13635호로 개정되기 전의 것) 제47조(출자자의 제2차 납세의무) 법인(주식을 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 증권시장으로서 대통령령으로 정하는 증권시장에 상장한 법인은 제외한다)의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 지방자치단체의 징수금에 충당하여도 부족한 경우에는 그 지방자치단체의 징수금의 과세기준일 또는 납세의무성립일(이에 관한 규정이 없는 세목에 있어서는 납기개시일) 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호에 따른 과점주주의 경우에는 그 부족액을 그 법인의 발행주식총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 소유주식수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다.

2. 주주 또는 유한책임사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 해당 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들(이하 "과점주주"라 한다)

(2) 지방세법(2015.12.29., 법률 제13636호로 개정되기 전의 것) 제7조(납세의무자 등) ⑤ 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 지방세기본법제47조 제2호에 따른 과점주주(이하 "과점주주"라 한다)가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산등을 취득(법인설립 시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 취득으로 보지 아니한다)한 것으로 본다. 이 경우 과점주주의 연대납세의무에 관하여는 지방세기본법제44조를 준용한다. 제10조(과세표준) ④ 제7조 제5항 본문에 따라 과점주주가 취득한 것으로 보는 해당 법인의 부동산등에 대한 과세표준은 그 부동산등의 총가액을 그 법인의 주식 또는 출자의 총수로 나눈 가액에 과점주주가 취득한 주식 또는 출자의 수를 곱한 금액으로 한다. 이 경우 과점주주는 조례로 정하는 바에 따라 과세표준 및 그 밖에 필요한 사항을 신고하여야 하되, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 신고가액이 과세표준보다 적을 때에는 지방자치단체의 장이 해당 법인의 결산서 및 그 밖의 장부 등에 따른 취득세 과세대상 자산총액을 기초로 전단의 계산방법으로 산출한 금액을 과세표준으로 한다. 제15조(세율의 특례) ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 취득에 대한 취득세는 중과기준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다. 다만, 취득물건이 제13조 제1항에 해당하는 경우에는 중과기준세율의 100분의 300을, 같은 조 제5항에 해당하는 경우에는 중과기준세율의 100분의 500을 각각 적용한다.

3. 제7조 제5항에 따른 과점주주의 취득. 이 경우 과세표준은 제10조제4항에 따른다.

(3) 지방세법 시행령 제11조(과점주주의 취득 등) ② 이미 과점주주가 된 주주 또는 유한책임사원이 해당 법인의 주식등을 취득하여 해당 법인의 주식등의 총액에 대한 과점주주가 가진 주식등의 비율(이하 이 조에서 "주식등의 비율"이라 한다)이 증가된 경우에는 그 증가분을 취득으로 보아 법 제7조 제5항에 따라 취득세를 부과한다. 다만, 증가된 후의 주식등의 비율이 해당 과점주주가 이전에 가지고 있던 주식등의 최고비율보다 증가되지 아니한 경우에는 취득세를 부과하지 아니한다.

(4) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것) 제78조(산업단지 등에 대한 감면) ④ 제1호 각 목의 지역(이하 "산업단지등"이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 감면한다.

1. 대상 지역

• 가. 산업입지 및 개발에 관한 법률에 따라 지정된 산업단지

2. 감면 내용

• 가. 산업용 건축물등을 건축하려는 자(공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다)가 취득하는 부동산에 대해서는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제한다.

(5) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것) 제78조(산업단지 등에 대한 감면) ④ 제1호 각 목의 지역(이하 “산업단지등”이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.

1. 대상 지역

• 가. 산업입지 및 개발에 관한 법률에 따라 지정된 산업단지

2. 경감 내용

• 가. 산업용 건축물등을 건축하려는 자[공장용 건축물(건축법 제2조제1항제2호에 따른 건축물을 말한다)을 건축하여 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다]가 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2016년 12월 31일까지 경감한다. ＜부 칙＞ 제25조(산업단지 입주기업 등에 대한 경감세율 특례) 제78조 제1항에 따른 사업시행자와 2015년 12월 31일까지 분양계약을 체결하고 제78조 제4항 제1호의 대상지역에서 산업용 건축물등을 건축［공장용 건축물(건축법 제2조 제1항 제2호에 따른 건축물을 말한다)을 건축하여 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다］또는 대수선 하려는 자가 제78조 제4항에 따라 취득하는 부동산에 대해서는 이 법 개정 법률에도 불구하고 2017년 12월 31일까지 종전의 법률을 적용한다.