[요지] 청구법인이 이 건 물류센터를 신축하기 위하여 정상적인 노력을 다하였으나 시간이 부족하여 그 유예기간을 경과한 것이라고 볼 수도 없는 점 등에 비추어 청구법인은 정당한 사유 없이 이 건 토지를 그 유예기간 내에 고유 업무에 직접 사용하지 않았다고 보는 것이 타당하다 할 것이므로 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨
[요지] 청구법인이 이 건 물류센터를 신축하기 위하여 정상적인 노력을 다하였으나 시간이 부족하여 그 유예기간을 경과한 것이라고 볼 수도 없는 점 등에 비추어 청구법인은 정당한 사유 없이 이 건 토지를 그 유예기간 내에 고유 업무에 직접 사용하지 않았다고 보는 것이 타당하다 할 것이므로 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(2) 청구법인은 이 건 토지에 물류센터용 건축물(이하 “이 건 물류센터”라 한다)을 신축하기로 하고, 이 건 토지를 취득하기 전부터 소규모환경평가, 사전재해영향성평가, 농지전용허가 등 개발행위를 위한 인허가를 받기 위한 절차에 착수하여 2017년 3월 경 개발행위허가를 신청하였고, 제주특별자치도의 건축 관련 부서와 업무협의 등을 거쳐 OOO의 사전승인을 받아 2017년 11월 건축, 전기, 소방 설계용역 입찰을 실시하여, 2017.12.7. OOO등과 건축, 전기, 소방 관련 설계계약을 체결한 후 2018년 4월 경기본설계도서를 납품받았는바, 이 건 물류센터를 신축하기 위한 준비과정으로만 6개월 이상이 소요되었다.
(3) 이 건 물류센터를 신축하기 위해서는 이 건 토지의 주변에 소재하는 도로 밑(지하)으로 하수관로(이하 “이 건 하수관로”라 한다)를 매립하여야 하므로 2018년 4월부터 처분청과 도로점용 및 굴착허가를 협의하였으나 처분청이 해당 도로를 포장한지 3년이 지나지 않았다는 사유로 도로의 점용 및 굴착허가를 거부함에 따라 이 건 물류센터를 신축하기 위한 준비작업(개발행위)을 더 이상 진행할 수 없었고, 그 후 도로의 일부만 굴착하여 이 건 하수관로를 매립하는 방법으로 설계를 변경하여 도로 점용 및 굴착허가를 다시 신청하였으나, 행정관청 간의 떠넘기기식 일처리로 인하여 2018년 10월에서야 도로점용허가를 받았는바, 이 과정에서 약 6개월이 소요되었다.
(4) 청구법인은 이 건 물류센터 신축에 따른 오염수 유출을 방지하기 위한 저류지를 설치하기로 하고, 처분청과 협의를 마친 후 이에 대한 용역계약을 체결하였으나, 이 건 하수관로를 계획대로 매립하지 못하여 2018.12.31.까지 이 건 물류센터의 신축공사를 진행할 수 없어 저류지를 설치하지 못하였고, 2019.1.1. 개정된 관련 법령에 따라 저류지를 설치하는 경우 재해영향평가를 받게 되어, 이에 대한 영향평가를 받는데 다시 5개월이 소요되었는바, 만일 처분청이 제때 도로점용허가를 내주었다면 청구법인은 저류지 설치에 따른 재해영향평가를 받지 않고 바로 이 건 물류센터의 신축공사를 진행할 수 있을 것인데 처분청의 행정처리 지연으로 추가로 5개월이 더 소요하게 되었다.
(5) 청구법인은 유예기간 내 이 건 물류센터의 신축공사를 착공하기 위하여 정상적인 노력을 다하였으나 기본설계를 마치기까지 6개월, 이 건 하수관로 매립을 위한 도로점용허가를 받는데 6개월, 재해영향평가 과정에서 5개월 총 17개월이 소요되었고, 청구법인은 이를 해결하기 위하여 계속적이고 진지한 노력을 다하였으므로 청구법인이 이 건 토지의 유예기간을 넘긴 데에는지방세특례제한법제178조 제1호에서 규정하고 있는 “정당한 사유”가 있다고 할 것임에도 유예기간 내에 이 건 물류센터의 신축공사를 착공하지 못하였다는 사유만으로 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다.
(1) 이 건 토지의 최종 취득일(2017.5.31.)부터 2년 6개월이 경과한 이 건 심판청구일까지 이 건 물류센터의 신축을 위한 건축허가 조차 받지 못하였고, 부지조성공사도 시작하지 않았는바, 정상적인 노력을 다하였으나 시간이 부족하여 유예기간을 경과한 것이라는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다.
(2) 이 건 물류센터 신축을 위한 환경영향평가, 재해영향평가, 개발행위허가, 농지전용허가 등은 이 건 토지를 취득하기 전에 충분히 할 수 있는 행위로서 사전에 처분청 등과 협의를 하였다는 사실만으로 청구법인이 이 건 물류센터를 신축하기 위한 진지한 노력을 다하였다고 볼 수도 없다.
(3) 청구법인은 처분청의 도로점용 및 굴착허가 거부로 계획된 시간 안에 이 건 하수관로를 매립하지 못한 것이고, 청구법인으로서는 전혀 예상하지 못한 관련 법령의 개정으로 저류지 설치에 따른 재해예방평가를 받게 되어 상당한 시간이 소요되었으므로 유예기간을 경과한데에는 행정관청 금지․제한 등 청구법인으로서는 어쩔 수 없는 외부적 사유가 있다고 주장하나, 청구법인이 이 건 토지를 취득하기 전에 처분청의 관련 부서와 협의를 하였다면 도로 포장공사를 하지 않은 상태에서 도로 굴착 및 점용허가를 받을 수 있었을 것인데 도로 포장공사가 끝난 후에야 도로굴착 및 점용허가를 신청하여 그 신청이 거부된 것으로 이는 청구법인의 귀책일 뿐 정당한 사유에 해당되지 않는다.
(4) 설령, 유예기간 내 이 건 물류센터를 신축하지 못한 데에 정당한 사유가 있다 하더라도 청구법인은 2019.10.18. 이 건 토지 중 17,770㎡(64%)만 건축물의 부속토지로 하여 건축허가를 신청하였는바, 나머지10,140㎡(36%)에 대하여는 향후 채소류 산지유통센터를 신축할 예정이라고 할 뿐이므로 이에 대한 취득세 등의 추징은 당연하다.
3. 심리 및 판단
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 이 건 토지를 취득하기 전인 2016.7.21., 2016.7.28. 이 건 토지 일대를 물류센터로 개발하는데 필요한 각종 행위허가 및 환경영향평가를 받기 위하여 이를 대행할 용역업체를 선정하였다. (나) 청구법인이 2017.1.20., 2017.5.31. 취득한 이 건 토지의 소재지, 면적, 취득가격 및 납부하거나 감면받은 취득세 등은 아래 ＜표＞와 같다. ＜표＞ 이 건 토지의 취득 현황 (단위: ㎡, 원) (다) 청구법인은 2017.6.2. 처분청으로부터 이 건 토지 일대를 물류센터로 개발하는 조건부 행위허가를 받고, 2017.12.7. 이 건 물류센터의 신축을 위한 건축ㆍ전기 및 소방 관련 설계계약을 체결한 후 2018년 4월 경 기본 설계를 납품받았다. (라) 청구법인은 2018년 4월 경 이 건 하수관로를 매립하기 위하여 처분청과 협의를 진행하였으나 처분청이 포장공사를 마친지 3년이 경과하지 않아 도로를 굴착할 수 없다고 통보함에 따라 이 건 하수관로의 매립방법을 변경하여 다시 신청하였으나 2회에 걸친 심의 끝에 2018.11.5. 이 건 하수관로 설치를 위한 도로 점용 허가를 받았다. (마) 2019.1.1.부터는 건축현장에서 발생한 오염수가 바로 하천에 방류되지 않도록 하기 위하여 저류지를 설치하는 경우 재해영향평가를 받도록 관련법령이 개정되었으나, 청구법인은 2018.12.31.까지 이 건 물류센터의 신축을 위한 공사를 착공하지 않았고, 저류지도 설치하지 않은 것으로 나타난다. (바) 청구법인은 이 건 토지를 취득한 날(2017.5.31.)부터 2년 5개월 정도 경과한 2019.10.18. 건축면적을 7,258.64㎡, 그 부속토지를 27,910㎡(이 건 토지의 64%)로 하는 건축허가를 신청하였으나, 청구법인의 관계자는 2020.10.28. 개최한 조세심판관회의에 출석하여 2021년 1월 경 이 건 물류센터의 신축공사를 착공할 것이라고 진술하였다. (2)지방세특례제한법제14조의2 제1호에서 OOO가 구매·판매 사업 등에 직접 사용하기 위하여 취득하는 사업용 토지와 건축물에 대하여는 취득세의 100분의 25를 감면한다고 규정하고 있고, 같은 법 제178조 제1호에서 부동산에 대한 감면을 적용할 때 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다. (3)지방세특례제한법제178조 제1호에서 규정한 “정당한 사유”란 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유 업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령·사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유 업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것이다(대법원 1993. 2.26. 선고 92누8750 판결, 같은 뜻임).
(4) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구법인이 입찰을 거쳐 이 건 물류센터의 건축․전기․소방 관련 설계용역계약을 체결하였고, 그 설계안에 대하여 OOO심의를 받아야 한다고 하더라도 청구법인은 이 건 토지의 유예기간이 1개월 남짓 남은 2018년 4월에서야 기본설계를 마쳤고, 그 유예기간이 경과할 때까지 실시 설계를 마치지 못한 것으로 보이는 점, 이 건 토지의 유예기간까지 설계를 끝내지 못한 데에 처분청의 귀책이나 행정관청의 금지․제한 등이 있었다고는 보이지 않는 점, 이 건 물류센터를 신축하는데 이 건 하수관로 매립이 반드시 필요한 이상 청구법인은 처분청이 도로 포장공사를 하기 전에 하수관로 매립을 위한 협의를 하였어야 하고 만일 도로 포장공사 계획을 알지 못하여 협의를 하지 않은 것이라면 이는 청구법인의 부주의함에 따른 것인 점, 국민의 세금으로 포장공사를 마친 도로를 일정기간 동안 훼손하지 못하도록 하는 것은 정책목적 상 당연한 것으로 이를 행정관청의 금지나 제한으로 볼 수는 없는 점, 2019.1.1. 관련 법령의 개정으로 저류지 설치가 어려워졌다 하더라도 이를 이 건 토지의 유예기간 내 이 건 물류센터를 신축할 수 없는 직접적인 사유로 볼 수는 없는 점, 나아가 이 건 토지를 취득한 지 3년이 지난 현재까지 부지 조성조차 마치지 못한 것으로 보아 청구법인이 이 건 물류센터를 신축하기 위하여 정상적인 노력을 다하였으나 시간이 부족하여 그 유예기간을 경과한 것이라고 볼 수도 없는 점 등에 비추어 청구법인은 정당한 사유 없이 이 건 토지를 그 유예기간 내에 고유 업무에 직접 사용하지 않았다고 보는 것이 타당하다 할 것이므로 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로지방세기본법제96조 제6항,국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법률 지방세특례제한법(2016.12.27. 법률 제14477호로 개정된 것) 제14조의2 [농협경제지주회사 등의 구매·판매 사업 등에 대한 감면]농업협동조합법제161조의2에 따라 설립된 농협경제지주회사와 법률 제10522호 농업협동조합법 일부개정법률 부칙 제6조에 따라 설립된 자회사가 구매·판매 사업 등에 직접 사용하기 위하여 취득하는 다음 각 호의 부동산(농수산물 유통 및 가격안정에 관한 법률 제70조제1항에 따른 유통자회사에 농수산물 유통시설로 사용하게 하는 부동산을 포함한다. 이하 이 항에서 같다)에 대해서는 취득세의 100분의 25를, 과세기준일 현재 그 사업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 25를 각각 2017년 12월 31일까지 경감한다.
1. 구매·판매·보관·가공·무역 사업용 토지와 건축물 제178조[감면된 취득세의 추징] 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.
1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우