청구법인이 쟁점토지를 취득일부터 1년이 경과할 때까지 영농에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 취득세 등을 추징한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2018.3.27. OOO 외 OOO 토지(157,514.2378㎡, 이하 “쟁점토지”라 한다)를 경매를 원인으로 취득하고, 지방세특례제한법제11조 제1항에 따른 농업법인이 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내에 취득하는 부동산으로 하여 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 면제받았다.
• 나. 처분청은 청구법인이 쟁점토지를 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하여 취득세 등의 추징사유가 발생한 것으로 보아, 2019.9.16. 청구법인에게 쟁점토지의 취득가액을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 부과·고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2019.12.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 2018.4.2. 쟁점토지를 영농에 사용하기 위하여 처분청에 복구계획서를 제출한 후 농지로 복구하였고, 토양의 안정화를 위하여 휴경을 한 것으로 이는 경작활동으로 보아야할 것이다. 또한, 쟁점토지 중 일부인 OOO 토지는 청구법인의 사내이사이며 농업인인 OOO이 경작하였고, 나머지 토지는 2019년 상반기에 농사가 어렵다고 판단하여 하반기에 농사를 위한 준비 중에 있으며, 이는 농지로 사용한 것으로 위 일부 토지는 해당 용도에 직접 사용된 것으로 보아야 할 것인바, 쟁점토지가 해당 용도로 직접 사용되지 아니한 것으로 보아 부과·고지한 이 건 취득세 등은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인이 2018.4.2. 제출한 농지 복구계획서에 따르면, 복구 작업 완료일은 쟁점토지 취득일부터 1년이 경과된 2019.12.30.로 확인되고, 설령 청구주장과 같이 복구 작업을 2018.5.15.에 완료하였다 하더라도 복구 작업을 한 사실만으로 쟁점토지를 영농에 직접 사용하였다고 보기 어려우며, 복구 작업을 완료한 후에도 쟁점토지 중 대부분은 경작하지 않고 휴경 상태로 확인된다. 청구법인의 사내이사인 OOO이 일부 토지를 직접 경작하였다는 진술은 청구법인의 장부로는 입증이 불가하여 사내이사 OOO이 일부 토지를 개인적으로 이용한 것으로 판단되고, 청구법인이 감면 신청시 제출한 사업계획서에 따르면 쟁점토지 중 임야화 된 토지를 제외한 경작 가능한 토지는 즉시 일반 농산물(옥수수, 벼, 고추) 및 엽채류(배추, 무)등을 재배하고, 임야화된 농지는 2019.1.30.까지 경작 가능한 상태로 복구한 후 객토, 퇴비 살포, 메밀․옥수수를 파종할 계획이었음이 확인된다. 또한, 청구법인이 쟁점토지를 유예기간 이내에 해당 용도로 직접 사용하지 못한 사유가 행정관청의 사용금지․제한 등의 외부적인 사유가 있었다고 보기 어려우므로, 청구법인이 정당한 사유 없이 쟁점토지를 취득일부터 1년이 경과할 때까지 영농에 직접 사용하지 않은 것으로 보아 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 청구법인이 쟁점토지를 취득일부터 1년이 경과할 때까지 영농에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 취득세 등을 추징한 처분의 당부
• 나. 관련 법률

(1) 지방세특례제한법 제11조(농업법인에 대한 감면) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 농업법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)이 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내에 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 2019년 12월 31일까지 면제한다.

1. 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제16조에 따른 영농조합법인

2. 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제19조에 따른 농업회사법인

② 농업법인이 영농ㆍ유통ㆍ가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을, 과세기준일 현재 해당 용도에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 50을 각각 2020년 12월 31일까지 경감한다.

③ 제1항 및 제2항에 대한 감면을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 3년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 자료에 의하면 아래와 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 2018.1.19. OOO을 주사무소로 하고 농업경영, 농산물의 가공 및 판매 등을 목적사업으로 하여 설립된 농업회사법인이다. (나) 청구법인은 2018.3.27. 쟁점토지를 취득하고 지방세특례제한법 제11조 제1항에 따른 농업법인이 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내에 취득하는 부동산으로 하여 취득세 등을 면제받았다. (다) 처분청은 청구법인이 쟁점토지를 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우에 해당한다고 보아 2019.9.16. 청구법인에게 쟁점토지의 취득가액을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 부과·고지하였다. (라) 청구법인이 2018.4.2. 처분청에 제출한 농지 복구계획서에 따르면, 쟁점토지는 장시간 농사를 짓지 않고 방치되어 잡목과 잡초가 무성하여 경작이나 다년생 식물의 재배에 적합하지 않은 임야 상태 또는 건축물이 존치된 상태로, 쟁점토지를 2020.3.1.부터 농지로 정상 가동하기 위해 2018.5.1.부터 복구 작업을 시작하여 2019.12.30.까지 완료할 계획이었음이 확인된다. (마) 청구법인이 쟁점토지의 복구 작업을 이행하였다고 주장하면서 제출한 사진을 보면, 잡풀이 우거진 상태에서 농지형태인 고랑이나 이랑 등을 만든 것으로 확인되며, 제출된 세금계산서는 OOO가 청구법인에게 2018.8.10. 발행한 것으로 장비대금 OOO원으로 기재되어 있다. (바) 인터넷 포털사이트 네이버지도에서, 2017년 3월, 2019년 5월, 2020년 4월에 촬영한 OOO 토지(쟁점토지 중 일부로 청구법인은 2018.3.27. 취득하였다)는 이용현황에 변동이 없는 것으로 확인된다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 지방세특례제한법제11조 제1항에서 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제16조에 따른 영농조합법인과 같은 법 제19조에 따른 농업회사법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)이 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내에 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 2019년 12월 31일까지 면제한다고 규정하고 있고, 같은 조 제3항에서 제1항 및 제2항에 대한 감면을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다고 규정하면서 그 제1호에서 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우를, 제2호에서 해당 용도로 직접 사용한 기간이 3년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우를 규정하고 있다. 청구법인은 이 건 취득세 등을 추징한 처분은 부당하다고 주장하나, 청구법인이 쟁점토지의 복구 작업을 완료하였다고 하더라도 복구 작업을 한 사실만으로 쟁점토지를 영농에 직접 사용하였다고 보기 어렵고, 복구 작업을 완료한 후에도 쟁점토지 중 대부분은 경작을 하거나 관리(농사를 위한 준비 작업)되고 있지 않는 것으로 확인되는 점, 청구법인은 경작이 가능한 토지는 즉시 일반 농산물 등을 재배하고, 임야화된 농지는 경작이 가능한 상태로 복구한 후 파종할 계획이었으나, 계획과 같이 이행된 사실도 확인되지 않는 점, 지방세법상 직접 사용이란 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다고 규정하고 있어, 청구법인의 사내이사가 아니라 청구법인이 쟁점토지를 영농에 직접 사용한 사실이 입증되어야 할 것인바, 청구법인의 장부 등에 의하여 농작물과 관련된 매출 및 매출원가가 나타나거나 농사를 위한 구입·비용지급내역(종자구입, 비료 및 농약구입, 농기계 구입이나 임차내역 등)이 명확히 확인되지 않는 점 등에 비추어 청구법인은 쟁점토지를 취득한 후 정당한 사유 없이 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하여 취득세 등의 추징사유가 발생한 것으로 보는 것이 타당하므로 이 건 취득세 등을 추징한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제96조 제6항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.