[참조결정] 조심2021지2585 / 조심2015전3311 / 조심2021지0893 / 조심2016지0550 / 조심2017지0712 / 조심2014지0608 / 조심2016지0107 / 조심2021지0789 / 조심2014지008
[주 문] OOO시장이 2019.9.11. 청구법인에게 한 2015～2019년도 재산세 등 합계 OOO원의 부과처분 중
1. 2015～2016년도 재산세 등 합계 OOO원의 부과처분은 해당 부과처분의 과세대상 중 OOO 일원에 대하여 분리과세대상으로 구분하여 그 과세표준과 세액을 경정하고,
2. 2017～2019년도 재산세 등 합계 OOO원의 부과처분은 해당 부과처분의 과세대상이 OOO 일원OOO에 해당하는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 확인된 면적을 분리과세대상으로 구분하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.
[이 유]
1. 처분개요
- 가. 처분청은 2013.12.2. 산업단지 인‧허가 절차 간소화를 위한 특례법(이하 “산단절차간소화법”이라 한다) 제15조에 따라 OOO 일원 OOO㎡를 OOO산업단지(이하 “쟁점산업단지”라 한다)로 지정하고, OOO산업단지 주식회사(이하 “쟁점위탁자”라 한다)를 사업시행자로 지정하는 내용의 산업단지계획을 승인‧고시OOO하였다.
- 나. 쟁점위탁자는 2014년 10월 청구법인과 체결한 부동산담보신탁계약에 따라 쟁점산업단지 내의 토지 등에 대한 담보신탁계약을 체결하였고, 이에 따라 담보신탁된 토지를 취득한 후 청구법인 앞으로 그에대한 소유권이전등기를 마쳐주었다.
- 다. 이후, 처분청은 2019.9.11. 2015년～2019년도분 재산세 과세기준일 현재 청구법인이 소유하고 있는OOO 외 등의 토지(이하 “쟁점토지”라 한다)에 대하여 지방세특례제한법제78조 제1항을 적용하지 아니하고 분리과세대상에서 종합합산과세대상으로 변경하여 아래 ＜표＞와 같이 재산세 등 OOO원을 부과‧고지하였다. ＜표＞ 2015～2019년 재산세 등 부과내역 ◯◯◯
- 라. 청구법인은 이에 불복하여 2019.12.5. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 산업입지 및 개발에 관한 법률(이하 “산업입지법”이라 한다) 제21조 제1항 제1호(이하 “쟁점의제규정”이라 한다)에 따라 쟁점위탁자는 도시개발법제11조에 따른 사업시행자로, 쟁점개발사업 실시계획의 승인은 도시개발법제17조에 따른 실시계획의 인가로 각각 의제되었으므로, 쟁점토지는 쟁점의제규정 효력에 따라 도시개발사업에 제공하는 산업단지용 토지로 의제되어 지방세법 시행령제102조 제7항 제4호(이하 “쟁점과세규정”이라 한다)에 따른 분리과세대상 토지에 해당한다. (가) 쟁점과세규정은 도시개발법제11조에 따른 도시개발사업의 시행자가 그 도시개발사업에 제공하는 토지(주택건설용 토지와 산업단지용 토지로 한정한다)를 분리과세대상으로 규정하고 있고, 쟁점의제규정에서는 산업단지지정권자(실시계획승인권자)가 제17조, 제17조의2, 제18조, 제18조의2 및 제19조에 따른 실시계획의 승인 또는 변경승인을 할 때 다음 각 호의 허가‧결정‧인가‧면허‧협의‧동의‧승인‧해제 또는 처분 등(이하 “인‧허가등”이라 한다)에 관하여 제2항에 따라 미리 관계 행정기관의 장과 협의하거나 승인을 받은 사항에 대하여는 해당 인‧허가등을 받은 것으로 보며, 제19조의2에 따라 실시계획의 승인이 고시된 때에는 다음 각 호의 관계 법률에 따른 인‧허가등의 고시 또는 공고가 된 것으로 본다고 규정하고 있고, 그 제1호에서 도시개발법제11조에 따른 사업시행자의 지정, 같은 법 제17조에 따른 실시계획의 인가를 규정하고 있다. (나) 산업단지개발사업은 대단위 토지의 형질을 변경하는 국토의 개발 사업이므로 국토의 계획 및 이용에 관한 법률(이하 “국토계획법”이라 한다) 제56조의 개발행위허가대상이며, 개발행위허가절차를 이행하는 방식은 쟁점의제규정 내에서 ① 첫째 국토계획법 제56조 개발행위허가 절차를 관계행정기관의 장과 협의하는 방법과 ② 산업단지개발 사업시행자에게 도시개발법상 사업시행자의 지위와 도시개발사업인가의 법적 지위를 인정해 주어 그 효력을 통해 국토교통부 훈령 개발행위운영지침 1-5-1에 따라 개발행위허가절차를 면제하는 방법이 있다(국토교통부 도시정책과-11859, 2015.11.30. 외). (다) 처분청은 쟁점산업단지가 도시개발구역으로 지정된 사실이 확인되지 아니하므로 쟁점의제규정이 충족되지 않았다고 주장하나, 쟁점의제규정은 도시개발법의 의제대상으로 ‘도시개발법에 따른 사업시행자의 지정 및 실시계획인가’만을 규정하고 있으므로, 도시개발구역 지정이 수반되지 않더라도 의제가 성립되는 것이며, 국토교통부도 “실시계획승인시점에 도시개발법제11조의 규정에 의한 사업시행자의 지정, 동법 제17조의 규정에 의한 실시계획의 인가를 처리(의제)하였다면 개발행위허가대상에서 제외되는 것”이라고 설명하여 도시개발구역의 지정은 불필요하다는 입장이다(국토부 개발행위허가운영지침 법령해설, 2021, 10면, 국토교통부 도시정책과-5998, 2009.10.29. 외, 같은 뜻임). (라) 또한 처분청은 사업시행자인 쟁점위탁자의 쟁점의제규정에 대한 도시개발사업자 등에 대한 의제신청이 없었으므로 쟁점의제규정이 충족되지 않았다고 주장하나, 산단절차간소화법 제10조 제1항에서는 지정권자는 산업단지계획을 수립 또는 승인하기 위하여 관계 행정기관의 장과 협의하는 경우 산업단지계획 승인에 필요한 관련 분야의 협의절차를 동시에 착수하도록 규정하여, 산업단지 지정권자에게 산업단지 개발 승인에 필수적인 인‧허가를 협의할 의무를 지우고 있고, 대법원도 인‧허가 의제제도는 사업시행자의 이익을 위한 것으로, 사업시행자에게 반드시 의제처리를 신청하여야 할 의무가 부여된 것은 아니라고 판시하였으며, 조세심판원도 합동회의를 통해 의제사항에 대한 관계 행정기관과의 협의절차는 외부에 공시되지 않는 행정기관 내부절차에 불과한 것으로 쟁점개발사업은 산업단지계획 승인‧고시 당시 관계 행정기관과 협의가 이루어진 것으로 보는 것이 타당하다고 결정한바 있다(조심 2016지550, 2016.6.30., 조세심판관 합동회의 결정). (마) 한편, 최근 조세심판원의 재산세 결정사례(조심 2021지2585, 2022.4.22.)는 쟁점의제규정(도시개발법 사업시행자 및 실시계획 의제)을 적용하는 대신 국토계획법 제56조 개발행위허가 절차를 관계행정기관의 장과 협의하는 방법을 통하여 개발행위허가절차를 직접 이행하였기 때문에 쟁점의제효력은 인정되지 않은 것으로 결정한 사례로서 개발행위허가를 면제한 이 건에는 적용되기 어렵다. (바) 따라서 쟁점토지는 쟁점과세규정에 따라 재산세를 분리과세하는 것이 타당하다.
(2) 쟁점의제규정에 따라 의제 받은 ‘도시개발법에 따른 사업시행자 지정 및 실시계획 인가’의 효력과 ‘도시개발법상 사업시행자 지정 및 실시계획 인가 의제’의 법적 효력은 동일하므로, 쟁점의제규정이 충족되는 경우 그 효력에 따라 쟁점과세규정에 따른 분리과세가 적용되어야 한다. (가) 인‧허가의제 조항은 사업시행자가 신속하게 개발사업을 시행할 수 있도록 창구를 단일화 하여 의제되는 인‧허가를 일괄 처리하기 위한 규정으로 의제된 인‧허가도 통상적인 인‧허가와 동일한 효력을 가지므로(대법원 2018.11.29. 선고 2016두38792 판결 등, 같은 뜻임), 지방세법에서 의제의 효력을 부인하는 별도의 규정을 두지 않은 이상 ‘의제된 인허가’와 ‘통상적인 인허가’의 법적 효력은 동일하게 적용된다 할 것이다. (나) 대법원(2020.8.27. 선고 2020두39044 판결), 조세심판원(조심 2017지712, 2018.6.4., 조심 2014지08, 2014.11.11. 등 다수) 및 행정안전부(지방세운영과-796, 2014.3.10., 지방세운영과-2288, 2009.6.9.) 등에서도 의제된 인허가의 효력에 따라 지방세법상 분리과세규정 등이 적용될 수 있다고 일관된 입장을 견지하고 있다. (다) 처분청이 의제된 인허가를 전제로 세법이 적용되지 않는다고 제시한 대법원 판례(2018.2.8. 선고 2018두38499 판결), 서울고등법원 판결(2016.12.9. 선고 2016누40049 판결) 및 조세심판원 사례(조심 2015전3311, 2017.6.5.) 등은 모두 감면요건이 불충족하거나, 재산세 경정이 선행되지 않아 종합부동산세가 기각된 것으로 의제된 인허가를 전제로 세법의 적용을 부인한 사례는 아니라 할 것이다. (라) 따라서, 쟁점위탁자가 시행하는 쟁점개발사업이 쟁점의제규정에 따라 도시개발법에 따른 사업시행자 지정 및 실시게획인가 등 도시개발사업으로 의제되었으므로 의제된 인‧허가의 효력에 따라 쟁점과제규정에 따른 재산세 분리과세가 타당하다 할 것임에도 처분청이 이를 종합합산과세하는 것은 부당하다.
(1) 산업입지법 제21조 제1항에서 산업단지지정권자가 실시계획의 승인을 할 때 다음 각 호의 인‧허가 등에 관하여 제2항에 따라 미리 관계 행정기관의 장과 협의하거나 승인을 받은 사항에 대하여는 해당 인‧허가 등을 받은 것으로 보며, 제19조의2에 따라 실시계획의 승인이 고시된 때에는 다음 각 호의 관계 법률에 따른 인‧허가 등의 고시 또는 공고가 된 것으로 본다고 규정하고 있다. 또한, 국토교통부의 산업입지의 개발에 관한 통합지침제28조에 의하면, 산업입지법 제21조 등에 따라 관계 법률에 따른 인‧허가 등을 의제 받고자 하는 경우에는 해당 인‧허가의 내역서와 관계서류를 첨부하여 제출하여야 한다고 규정하고 있다.
(2) 당초시행사 및 쟁점위탁자는 쟁점산업단지 실시계획의 승인을 받을 때 산업단지 지정권자에게 도시개발법제11조에 따른 도시개발사업 시행자의 지정 및 같은 법 제17조에 따른 실시계획의 인가의 의제를 요청한 사실이 없고, 이로 인하여 쟁점산업단지 개발사업 지정권자인 처분청은 실시계획의 승인할 당시에 도시개발사업 시행자의 지정권자OOO와 도시개발사업 시행자 지정 의제 등에 관한 협의 및 승인을 한 사실이 없으므로, 설령 쟁점위탁자가 쟁점산업단지 지정권자(처분청)으로부터 산업단지개발사업의 실시계획 승인을 받았다 하더라도 산업입지법 제21조에 의해 도시개발법제11조에 따라 도시개발사업의 시행자로 지정되었거나 같은 법 제17조에 따른 실시계획 인가가 의제되는 것으로 볼 수 없다. (다) 따라서, 쟁점토지는 쟁점과세규정에 따라 재산세가 분리과세되는 도시개발법제11조에 따른 도시개발사업의 시행자가 그 도시개발사업에 제공하는 토지로 볼 수는 없으므로 처분청이 이를 종합합산과세대상으로 구분하여 이 건 재산세 등을 부과‧고지한 처분은 적법하다.
3. 심리 및 판단
- 가. 쟁점 산업단지개발사업의 시행자(쟁점위탁자)가 산업단지 개발계획의 승인 고시 당시 도시개발법제11조에 따른 사업시행자로 지정(의제)된 것으로 보아 재산세 분리과세를 적용할 수 있는지 여부
- 나. 관련법령 등: ＜별지＞ 기재
- 다. 사실관계
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 1998.12.8. 설립되어 토지신탁을 포함한 부동산신탁업을 영위하는 것을 목적으로 하는 신탁회사로서 산업단지개발사업의 시행자 및 도시개발사업 시행자에 해당하지 아니하고, 2015～2019년도 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 쟁점위탁자로부터 쟁점토지를 신탁받아 본인 명의로 이전등기 하였으며, 쟁점토지에 대한 재산세 납세의무자이다. (나) 쟁점산업단지의 최초 시행자인 쟁점위탁자는 OOO 일원 OOO㎡에 대하여 2013년 12월 산업입지법 제18조 제1항 및 같은 법 제22조 제1항에 따른 ‘산업단지 개발사업 실시계획 승인신청서(별지 9호 서식)’를 처분청에 제출하였다. (다) 쟁점산업단지 승인권자인 처분청은 2013.12.2. OOO로 쟁점위탁자를 사업시행자로 하여 ‘OOO산업단지 계획 승인 및 지형도면 등 고시’로 최초 고시하였다. ＜ 쟁점산업단지 개발사업 개요 ＞ ◯◯◯ (라) 쟁점위탁자는 쟁점산업단지 개발사업에 필요한 자금조달을 목적으로 2014년 10월 청구법인과 쟁점산업단지 시행구역 내 토지를 신탁부동산으로 하는 부동산 담보신탁계약을 체결하고, 청구법인(수탁자)에게 신탁부동산인 쟁점토지에 대한 소유권을 이전하였다. (마) 처분청은 2016.11.21. OOO로 ‘OOO산업단지 산업단지계획(변경) 승인 및 지형도면 고시’를 하였다. ＜ 쟁점산업단지 개발사업 개요 ＞ ◯◯◯ (바) 처분청은 2016.11.30. OOO일원(1공구) OOO㎡에 대하여 (부분)준공인가OOO하였고, 2020.6.22. OOO 일원(2공구) OOO㎡를 포함한 전체에 대하여 준공인가한 것으로 확인된다. (사) 한편, 산업단지조성 제공토지에 대한 재산세 및 종부세 과세논란과 관련하여 아래와 같이 국회(행정안전위원회)에서도 논의가 있었던 것으로 나타나는데, 지방세법 시행령제102조 제7항 제5호가 개정되었지만, 2014∼2020년 귀속분은 여전히 불합리하다며 추가입법 필요성이 제기되었고, 행정안전위원회 회의록에 의하면 당시 행정안전부 차관은 이에 소급입법의 우려가 있어, 조세심판이나 사법기관 등을 통한 구체절차로 해결하는 것이 바람직하다고 답변한 것으로 되어 있다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 본다. (가) 지방세법 시행령 제102조 제7항 제4호에서 도시개발법 제11조에 따른 도시개발사업의 시행자가 그 도시개발사업에 제공하는 토지(주택건설용 토지와 산업단지용 토지로 한정한다)를 재산세 분리과세대상으로 규정하고 있고, 가목은 “도시개발사업 실시계획을 고시한 날부터 도시개발법에 따른 도시개발사업으로 조성된 토지가 공급완료(매수자의 취득일을 말한다)되거나 같은 법 제51조에 따른 공사 완료 공고가 날 때까지”로 규정하고 있다. 산업입지 및 개발에 관한 법률(2011.8.4. 법률 제11020호로 개정되기 전의 것) 제21조 제1항에서 산업단지지정권자(실시계획승인권자)가 제17조 내지 제19조에 따른 실시계획의 승인을 함에 있어서 다음 각 호의 허가ㆍ결정ㆍ인가ㆍ면허ㆍ협의ㆍ동의ㆍ승인ㆍ해제 또는 처분등(“인ㆍ허가등”)에 관하여 제2항에 따라 미리 관계 행정기관의 장과 협의하거나 승인을 얻은 사항에 대하여는 해당 인ㆍ허가등을 받은 것으로 본다고 규정하면서, 그 제1호에서 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제30조의 규정에 의한 도시관리계획의 결정, 동법 제56조의 규정에 의한 개발행위의 허가, 동법 제86조의 규정에 의한 도시계획시설사업 시행자의 지정, 동법 제88조의 규정에 의한 실시계획의 인가 및 도시개발법 제11조의 규정에 의한 사업시행자의 지정, 동법 제17조의 규정에 의한 실시계획의 인가를 규정하고 있고, 같은 법 제21조 제2항에서 실시계획승인권자가 제17조 내지 제19조에 따라 제1항 각 호의 사항이 포함되어 있는 실시계획을 승인하고자 할 때에는 미리 관계행정기관의 장과 협의하거나 승인을 얻어야 하고, 이 경우 관계행정기관의 장은 실시계획승인권자의 협의요청을 받은 날부터 15일 이내에 의견을 제출하여야 한다고 규정하고 있다. 또한, 산업입지의 개발에 관한 통합지침(국토해양부고시 제2010-120호, 2010.2.26., 일부개정된 것) 제28조 제1항에서 산업단지개발사업의 시행자는 산업입지 및 개발에 관한 법률 제6조·제7조·제7조의2 및 제8조의 규정에 의한 산업단지의 지정신청과 동법 제17조 내지 제19조의 규정에 의한 실시계획승인 신청시 동법 제21조 및 제23조의 규정에 따라 관계 법률에 의한 인·허가 등을 의제 받고자 하는 경우에는 당해 인·허가의 내역서와 별표에 해당하는 관계서류를 첨부하여 제출하여야 한다고 규정하고 있다. (나) 먼저 2015～2016년도분 재산세 등에 대하여 살펴보면, 처분청은 쟁점토지는 지방세법 시행령제102조 제7항 제4호에서 재산세 분리과세대상으로 규정하고 있는 도시개발법 제11조에 따른 도시개발사업의 시행자가 그 도시개발사업에 제공하는 토지로 볼 수 없으므로 이를 종합합산과세대상으로 구분하여 이 건 재산세 등을 부과·고지한 처분은 적법하다는 의견이다. 그러나 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 이를 확장 또는 유추 해석하는 것은 허용되지 않는 것이기는 하나, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우 등에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 그 입법 취지 및 목적 등을 고려하여 합목적적 해석을 하는 것이 불가피한 데(대법원 2008.2.15. 선고 2007두4438 판결, 같은 뜻임), 쟁점토지와 같은 산업단지 조성용 토지는 오랜 기간 동안 지방세법 시행령제102조 제7항 제5호에 근거하여 분리과세대상으로 분류되어 왔고[최소한 지방세법 분법에 따라 2010.9.20. 전부 개정된 지방세법 시행령에도 해당 규정(당시 제102조 제5항 제18호)은 존재한다], 이는 산업단지사업 시행자가 산업단지 조성용 토지를 직접 소유하면서 그 사업을 진행하든, 자금 충당을 위한 이유 등에서 부동산담보신탁 등에 따라 그 토지의 소유자를 제3자(수탁자인 신탁회사)로 변경하여 그 사업을 진행하든 마찬가지였으며, 2013.12.26. 법률 제12118호로 지방세법이 개정되어 재산세의 납세의무자가 신탁자에서 수탁자로 변경된 이후에도 여전히 동일하였던 것으로 보이는 점, 그런데 대법원 2019.10.31. 선고 2016두50754 판결이 이 건과 같은 신탁의 방식으로 산업단지 조성이 이루어지는 경우에는 지방세법 시행령제102조 제7항 제5호를 직접 적용하기 어렵다고 하자, 처분청을 포함한 지방자치단체장들은 이를 이유로 쟁점토지와 유사한 경우의 토지들을 종합합산대상으로 재분류하여 부과제척기간의 경과로 인하여 일부 기간에 대하여만 재산세를 추가로 부과한 점, 이러한 과정을 거친 여러 과세사례에 대하여, 국회에서는 정부를 상대로 적절한 보완 및 대책 마련을 요구하는 질의가 수차례 있었고, 특히 2020.12.31. 지방세법 시행령제102조 제7항 제5호가 개정되어 2021년부터는 과세문제가 해결되었음에도 불구하고, 기존에 한시적으로 처분된 불합리한 과세문제까지 해결하려면 추가로 소급입법이 필요하다는 다수 국회의원들의 발언이 있었으며, 이에 대하여 당시 행정안전부(차관)는 소급입법 자체는 반대하면서도 조세심판 등의 제도를 통한 개별적인 구제필요성은 언급하였던 점 등과 함께, 쟁점토지는 당초 계획대로 산업단지용 토지로 그대로 사용되고 있는 사정 및 토지에 대한 재산세 분리과세제도는 정책적 고려에 따라 중과세 또는 경과세의 필요가 있는 토지에 대하여 예외적으로 별도 기준에 의하여 분리과세하여 종합합산과세에서 오는 불합리를 보완하기 위한 것(대법원 2010.2.11. 선고 2009두15760 판결, 같은 뜻임)인 점 등을 종합하면, 이 건 2015～2016년분 재산세 등의 부과처분은 애당초 그 과세가 정당한 경우였다거나 그에 따른 반성적 고려 또는 정책의 변경에 따라 새로이 과세로 전환된 경우에 해당하기보다는, 과세 여부에 실질적으로 영향을 미치는 다른 규정의 개정(납세의무자를 신탁자에서 수탁자로 변경)이 있었음에도 불구하고 그에 대응하여 지방세법 시행령제102조 제7항 제5호 등에 대한 적절한 추가 입법조치가 이루어지지 않았던 까닭에 일부 기간에 한하여 예외적으로 재산세 등의 부과가 이루어진 것으로 보이므로, 가능한 한 법령의 문언이 허락하는 범위 내에서 관련 규정을 체계적ㆍ합목적적으로 해석하여, 기존의 불합리한 과세를 바로잡아 납세의무자가 겪을 부당함을 방지할 필요가 있다. 그에 따라 보건대, 쟁점의제규정은 그 문언상 ‘지정권자가 관계 행정기관의 장과 협의하거나 승인을 받은 사항(지방세법 시행령제102조 제7항 제4호 적용을 위한 도시개발 사업시행자 지정의제 포함)에 대하여 인ㆍ허가 등을 받은 것으로 본다.’라고 규정하고 있는바, 이는 산업단지 사업시행자가 별도로 다수의 개별적 인ㆍ허가 절차를 거치면서 발생하는 여러 불편함을 방지하여 개발사업의 신속한 진행을 돕기 위하여 관련 인ㆍ허가의 창구를 일원화한 것이므로, 그렇다면 쟁점의제규정을 통하여 별개의 다른 의제규정을 재차로 적용하거나 또는 그 결과가 국민에게 침익적 처분의 효과가 발생하는 등의 특별한 사정이 없는 한, 쟁점의제규정에 따라 의제된 인허가의 효력도 그 의제가 당초 의도한 효력의 합목적한 범위 내에서는 원칙적으로 보통의 인허가와 동일한 효력을 가지는 것으로 봄이 타당하고(대법원 2018.11.29. 신고 2016두38792 판결, 같은 뜻임), 이는 세법의 해석에 있어서도 마찬가지라 할 것이어서, 설령 그 결과 재산세 과세대상의 구분이 변경되었다 하더라도 세법 내에 달리 이를 배제하거나 또는 추가적인 요건을 요구하는 등의 별도의 규정을 두고 있지 않는 한, 쟁점의제규정은 일응 그대로 적용된다고 할 것이다. 이러한 태도는 종전에 우리 원이 취하고 있던 입장과도 동일한 바, 우리 원은 그 동안 국토개발과 관련된 의제된 인ㆍ허가에 대하여, 특별한 사정이 없는 한 보통의 인허가의 경우와 마찬가지로 지방세법이 정한 세제혜택을 부여하는 것으로 판단[조심 2014지608, 2014.11.11., 조심 2016지550, 2016.6.30.(조세심판관합동회의), 조심 2016지107, 2017.5.31. 등 다수]하여 왔는데, 굳이 이 건에서만 이를 다르게 해석하여 쟁점의제규정의 적용을 부인함으로써 선의의 납세의무자에게 예측하지 못한 손해를 가할 필요는 없어 보이고, 특히 앞서 본 여러 특수한 사정을 감안하면 더욱 그러하다. 대법원은 “어떤 개발사업의 시행과 관련하여 여러 개별 법령에서 각각 고유한 목적과 취지를 가지고 요건과 효과를 달리하는 인허가 제도를 각각 규정하고 있다면, 그 개발사업을 시행하기 위해서는 개별 법령에 따른 여러 인허가 절차를 각각 거치는 것이 원칙이나, 다만 어떤 인허가의 근거 법령에서 절차간소화를 위하여 관련 인허가를 의제 처리할 수 있는 근거 규정을 둔 경우에는, 사업시행자가 인허가를 신청하면서 하나의 절차 내에서 관련 인허가를 의제 처리해줄 것을 신청할 수 있다. 관련 인허가 의제 제도는 사업시행자의 이익을 위하여 만들어진 것이므로, 사업시행자가 반드시 관련 인허가 의제 처리를 신청할 의무가 있는 것은 아니다(대법원 2020.7.23 선고 2019두31839 판결, 같은 뜻임)”고 하였고, 우리 원은 유사한 사례에서 ‘관계행정기관의 장과의 사전협의절차는 외부에 공시되지 않는 행정기관 간의 내부절차에 불과한 것으로서 도로법에 따른 도로구역조성 사업이 이미 결정ㆍ고시되었다는 사실에 비추어, 그 사업에 대한 결정ㆍ고시 당시 이미 관계행정기관장과의 협의가 이루어졌거나 관계행정기관장이 공식적인 의견을 제출하지 아니한 경우로 보는 것이 타당하다’(조심 2016지550, 2016.6.30., 조세심판관합동회의)고 하였는바, 여기에다 앞서 본 이 건의 여러 특수한 사정 등을 함께 고려하면, 도시개발법상 모든 규정 자체의 직접적인 적용 여부는 별론으로 하더라도, 적어도 국토개발행위의 인허가 문제를 해소함과 동시에, 불합리한 과세문제를 해소하기 위한 세법의 적용, 즉 지방세법 시행령제102조 제7항 제4호의 적용을 위한 부분에 있어서는 쟁점의제규정과 관련하여 납세의무자 등에게 추가적인 절차나 불명확한 요건 등을 요구하여 그 효력 자체를 배제하여서는 아니된다 할 것이다. 그런데 쟁점의제규정 그 자체는 신청이나 협의절차 및 효력에 대한 사항을 구체적으로 직접 규정하고 있지는 아니하고, 다만 산업단지 개발과정에서의 인허가절차 등의 간소화를 위해 별도로 제정된 산업단지 인ㆍ허가 절차 간소화를 위한 특례법제10조(이하 “쟁점절차규정”이라 한다)에서 ‘지정권자는 산업단지계획 승인에 필요한 여러 관련 분야의 협의절차도 동시에 착수하고(제1항), 이 때 협의를 요청받은 관계 행정기관의 장은 10일 이내에 의견을 회신하여야 하며(제2항), 그 기한까지 의견을 회신하지 아니한 경우 이견 없이 산업단지계획의 신청내용을 협의한 것으로 본다(제3항)’고만 규정하고 있을 뿐이며, 이와 같은 관계 행정기관의 장과의 협의는 행정 내부의 절차에 불과하여 청구법인으로서는 이에 관여하거나 또는 구체적인 내용에 대하여 알기 어려운 측면이 있는 점 등을 감안하면, 설령 지정권자가 별도로 개별인허가와 관련된 사항을 특정하여 명시적인 협의요청을 하지 않았다하더라도, 관계 행정기관의 장에게 주된 인허가에 대한 협의요청을 한 이상 거기에는 주된 인허가(산업단지계획의 승인 등)에 필요하거나 그 전제가 되는 여러 인허가 사항이 함께 포함되어 있다고 보아야 하고, 같은 취지에서 관계 행정기관의 장이 10일 이내에 주된 인허가 등의 승인과 관련하여 명시적인 의견(거부 또는 추가보완사항 등)을 별도로 회신하지 않는 이상, 쟁점의제규정에 따라 그와 관련하여 필요한 인허가의제의 효력도 그대로 발생한 것으로 봄이 타당하다 할 것이다. 결국, 이상의 내용들과 함께, 인허가와 관련하여 어떠한 문제도 없이 쟁점산업단지 조성사업이 정상적으로 추진되고 있고, 달리 동 사업을 불법사업으로 볼 만한 아무런 사정도 확인되지 않는 점 등에 비추어, 적어도 재산세 분리과세대상인지 여부에 관한 세법의 해석에 관한 이 건에 있어서는, 쟁점의제규정에 따라, 쟁점토지가 도시개발 사업시행자로 의제된 산업단지조성 사업자(위탁자)가 부동산신탁사인 청구법인에게 산업단지 조성을 위해 제공한 토지에 해당함을 전제로, 지방세법 시행령제102조 제7항 제4호를 적용하여 재산세 분리과세대상으로 구분하는 것이 타당하다(조심 2021지893, 2022.10.21. 조세심판관합동회의 결정, 같은 뜻임) 할 것이다. (다) 다음으로 2017～2019년도분 재산세 등에 대하여 살펴보면, 처분청은 2016.11.21. 쟁점사업단지의 2공구를 추가하여 산업단지계획을 변경 승인 및 고시OOO하였고, OOO에 의하면 처분청은 2016.11.30. OOO 일원(1공구)에 대한 (부분)준공인가를, 2020.6.22. OOO 일원(2공구)에 대한 준공인가를 한 것으로 확인되는바, 설령 쟁점위탁자가 관련 법령에 따라 도시개발사업의 시행자로 의제된다 하더라도 준공인가(2016.11.30.)를 받은 이후에는 쟁점토지 중 1공구를 지방세법 시행령제102조 제7항 제4호의 규정에 따른 분리과세대상에 해당되는 것으로 볼 수 없고(조심 2021지789․790, 2023.5.10., 같은 뜻임), 쟁점토지 중 2017～2019년도분 재산세 부과대상이 2공구에 해당하면 위 (나)와 같이 분리과세대상으로 구분하는 것이 타당하다 할 것이다. 다만, 위 ＜표＞상에서 쟁점토지 중 2017～2019년 재산세 과세대상이 1공구인지, 2공구인지가 확인되지 아니하므로, 2017～2019년도 재산세 과세대상 중 분리과세대상인 2공구의 토지가 있는지를 재조사하여 그 결과에 따라 확인된 면적을 분리과세대상으로 보아 그 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법제96조 제7항과 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.