[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
- 가. 청구법인은 교육 및 의료사업 등을 영위하는 학교법인으로서 2014.5.6. OOO로부터 OOO필지 토지 1,038㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 OOO에 취득한 후, 취득신고를 하면서 이 건 토지상에 건축예정인 건축물 중 학교 및 의료업에 사용할 부분의 부속토지 해당 부분(80%)에 대하여는 지방세특례제한법제41조 제1항의 감면대상에 해당된다는 사유로 감면신청을 하여 처분청으로부터 취득세 등을 감면받고, 나머지 수익사업용 건축물의 부속토지에 해당하는 부분(20%)에 대하여는 안분계산한 취득가액OOO을 과세표준으로 하여 산정한 취득세 등 OOO을 신고납부하였다.
- 나. 청구법인은 유예기간 3년 이내에 이 건 토지를 당초 취득목적대로 사용하지 못함에 따라 이 건 토지 중 감면받은 부분에 대한 취득세 OOO, 지방교육세 OOO, 농어촌특별세 OOO 합계OOO을 2019.6.7. 신고납부하였다.
- 다. 그 후 청구법인은 2019.7.3. 이 건 토지를 유예기간 이내에 사용하고자 지속적으로 노력을 하여 유예기간 이내에 건축공사에 착공하였으나 시간적인 여유가 부족하여 유예기간을 경과하여 사용승인을 받아 취득목적대로 사용하고 있으므로 유예기간을 경과한 정당한 사유가 있다고 보아 이 건 토지상에 건축한 건축물 중 당초 취득목적대로 한방병원으로 사용하는 건축물의 부속토지는 감면한 취득세 등의 추징대상에 해당되지 아니한다는 취지로 경정청구를 하였으나, 처분청은 2019.9.2. 이를 거부하는 통지를 하였다.
- 라. 청구법인은 이에 불복하여 2019.12.2.(우편접수일: 2019.11.29.) 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
- 가. 청구법인 주장 청구법인은 비영리법인으로 국가 등이 하여야 할 업무를 대행하고 있는 법인이고 이 건 토지상에 건축물을 건축 중인 경우 해당 토지는 지방세특례제한법제41조 제1항 제2호에서 규정한 해당 용도에 직접 사용한 경우에 해당된다 할 것이므로 추징대상에 해당되지 아니한다고 보아야 할 것이며, 또한, 이 건 토지를 청구법인의 목적사업 용도로 사용하기 위해서는 필수적인 기간만 3년 이상 걸리므로 법령에서 정한 기간은 물리적으로 부족하고, 이 건 토지를 취득한 날로부터 3년 이내에 공사에 착공하는 등 진지한 노력을 다하였으므로 유예기간 내에 취득목적대로 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 보아야 할 것이므로, 청구법인이 이 건 토지 중 의료사업에 직접 사용한 토지 면적에 대해서는 취득세 감면대상에 해당된다고 보아야 할 것임에도, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
- 나. 처분청 의견
(1) 청구법인은 유예기간 이내에 건축물을 건축 중인 경우 지방세특례제한법제41조 제1항 제2호에서 규정한 고유업무에 직접 사용하는 것으로 보아야 한다고 주장하나, 대법원은 “산업단지 안에서 산업용 건축물 등을 신축 또는 증축하고자 하는 경우 그 취득 부동산에 대한 취득세 등을 면제하면서도 그 단서에서 감면된 취득세 등의 추징규정을 둔 취지, 건물의 착공행위는 토지를 건축물 등의 용도로 직접 사용하는 행위라기보다는 이를 위한 준비행위에 불과한 점 등을 종합해 볼 때, 산업용 건축물 등을 신축할 목적으로 취득한 토지의 취득세ㆍ등록세의 감면규정을 적용함에 있어서는 특별한 사정이 없는 한 그 신축한 건축물에 대하여 사용승인을 받은 시점에 그 토지를 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용하는 것으로 봄이 상당하다”고 판결하였다(대법원 2008.5.29. 선고, 2008두3319 판결). 청구법인의 경우 이 건 토지를 취득한 날로부터 3년 이내에 공사에 착공하였으나, 3년이 경과한 시점에 처분청으로부터 건축물 사용승인을 받았는바, 건축물 신축을 위한 착공행위는 이 건 토지를 청구법인의 목적사업(의료사업)에 사용하기 위한 준비행위에 불과하다 할 것으로서, 지방세특례제한법제41조 제1항 제2호에서 규정한 학교 등이 해당사업에 직접 사용한 경우에 해당되지 않는다 할 것이다.
(2) 청구법인이 이 건 토지를 취득한 날로부터 3년 이내에 해당사업에 직접 사용하지 못한 사유는 정당한 사유가 있는 경우에 해당된다고 주장하나, 대법원에서는 정당한 사유에 해당되는지 여부에 관하여 “법령에 의한 금지 제한 등 신청인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유 업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 입법취지를 충분히 고려하면서 당해 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령, 사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 토지를 고유 업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지의 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것(대법원 2002.9.4. 선고2001두229 판결, 같은 뜻임)”이라고 해석하고 있다. 청구법인의 경우 2014.5.6. 이 건 토지를 취득한 후, 이 건 토지 상에 건축될 건축물에 대한 활용 계획수립, 건축물 내의 배치계획 수립 내지는 병원 신설을 위한 정관 변경승인 등 청구법인의 내부적인 요인으로 인하여 청구법인이 이 건 토지를 취득한 날(2014.5.6.)로부터 약 2년 7개월이 경과한 후인 2016.12.8. 처분청에 건축심의를 신청한 사실, 이러한 건축심의가 1달 이내에 통과되었으나, 그로부터 3개월이 경과한 후인 2017.3.16. 처분청에 건축허가신청을 하여 2017.4.27. 착공신고필증을 받아 공사를 시작하고 2019.5.13. 사용승인을 받은 점 등을 종합하면, 청구법인이 이 건 토지를 유예기간 내에 해당 용도로 직접 사용하지 못한 사정은 법령에 의한 금지제한 등 외부적인 사유가 아닌 청구법인의 단순한 내부적인 사유에 불과하고, 설령 이사회 개최, 활용계획 수립, 정관 변경 등의 절차가 존재한다 하더라도 해당 절차 등은 이 건 토지를 취득한 시점에 충분히 예측가능한 것으로서 이러한 사정만으로는 이 건 토지를 3년 이내에 직접 사용하기 위한 정상적인 노력과 추진을 다하고도 시간적인 여유가 없어 부득이하게 유예기간을 경과하였다고 보기는 어려워 유예기간을 경과한 정당한 사유가 있다고 인정할 수 없다 할 것이므로, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 적법하다 하겠다.
3. 심리 및 판단
- 가. 쟁 점 학교법인인 청구법인이 토지를 취득한 후 유예기간 이내에 그 지상에 한방병원 등의 건축물 건축공사에 착공하였으나 유예기간을 경과하여 건축물을 신축한 후 한방병원 등으로 사용하는 경우 당해 부속토지가 감면한 취득세의 추징대상에 해당하는지 여부
- 나. 관련 법령
(1) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 일부개정되기 전의 것) 제41조(학교 및 외국교육기관에 대한 면제) ① 초ㆍ중등교육법 및 고등교육법에 따른 학교, 경제자유구역 및 제주국제자유도시의 외국교육기관 설립ㆍ운영에 관한 특별법 또는 기업도시개발 특별법에 따른 외국교육기관을 경영하는 자(이하 이 조에서 "학교등"이라 한다)가 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다.
1. 수익사업에 사용하는 경우
2. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우
3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우
⑦ 제1항부터 제6항까지의 규정에도 불구하고 고등교육법제4조에 따라 설립된 의과대학(한의과대학, 치과대학 및 수의과대학을 포함한다)의 부속병원에 대한 제1항부터 제6항까지의 규정에 따른 면제는 2014년 12월 31까지로 한정한다.
(1) 처분청과 청구법인이 제출한 심리자료는 다음과 같다. (가) 청구법인은 2013.5.8. OOO와 이 건 토지에 대하여 매매대금을OOO으로 하여 매매계약을 체결하고, 2014.5.6. OOO에게 매매잔금을 지급하고 이를 취득한 것으로 용지매매계약서 등에서 확인된다. (나) 청구법인이 이 건 토지상에 OOO 부속 한방병원(이하 “ 이 건 건축물”이라 한다)을 건립하기 위하여 추진한 내역은 다음과 같다. OOO (다) 이 건 건축물 중 의료시설(한방병원) 용도의 건축물은 지하1층, 지상 5～11층, 지상 13층인 것으로 건축물대장에서 확인된다. (라) 청구법인은 2019년 9월부터 이 건 건축물 내에 OOO을 설치하고 의료사업을 영위하고 있다.
(2) 이상의 관련법령과 사실관계를 종합하여 살펴본다. 지방세특례제한법 제41조 제1항 본문 및 제2호에서 초ㆍ중등교육법 및 고등교육법에 따른 학교가 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제하되, 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우에는 감면한 취득세를 추징하도록 규정하고 있다. 위 규정에서 학교법인이 토지를 취득하여 해당 사업에 직접 사용한다는 의미는 토지 자체를 학교부지 등으로 직접 사용하거나 지상에 교육용 건축물을 신축하여 현실적으로 교육사업에 공여하는 것을 의미한다고 할 것이고, 이러한 교육용 건축물을 건축하는 것은 교육용에 사용하기 위한 준비과정에 불과할 뿐으로서, 유예기간 이내에 건축공사에 착공한 사실만으로 교육용에 직접 사용하였다고 볼 수는 없다 할 것이므로 이에 대한 청구주장은 받아들일 수 없다 하겠다. 또한, 청구법인이 이 건 토지를 취득한 후 이를 유예기간내에 사용하지 못한 주된 사유를 보면, 이 건 토지 상에 신축할 병원의 규모, 이를 활용할 방안 등의 내부검토를 하는 과정에서 취득일(2014.5.6.)부터 2년이 경과하여 설계용역계약을 체결하고 2016.12.22. 건축심의를 통과하였으나, 건축심의 후 순차적으로 건축허가 등을 거쳐 유예기간을 경과할 무렵인 2017.4.12. 건축허가를 받고, 2017.4.27. 착공신고를 한 것으로서, 유예기간 3년 이내에 이 건 토지를 취득목적대로 사용하지 못한 주된 사유는 이 건 토지상에 건축예정인 건축물의 활용방안에 대한 내부검토를 거치는데 2년 이상이 소요됨에 따라 시간이 지연된 것으로 보이므로 이는 정당한 사유로 인정하기 어렵다 하겠으므로, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 별다른 잘못이 없다고 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제96조 제6항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.